В 1589 году Лев Сапега стал канцлером Великого княжества Литовского, главным представителем власти в княжестве. Теперь он полностью отвечал за внутреннюю и внешнюю политику, принимал и отправлял посольства, проводил сеймы всех уровней, отвечал за деятельность местных властей, правоохранительной системы, урегулировал различные конфликты между ветвями власти. Ему подчинялись подканцлер, великий гетман, воеводы, каштеляны, подскарбии, надворные маршалки, Трибунал и даже Всеобщий сейм. Канцлеру не подчинялась только экономическая жизнь княжества, только король и великий князь раздавал земли, подписывал привилеи и грамоты для шляхты. Король назначал и духовных лиц. В 1590 году Сигизмунд III попытался назначить на освободившуюся вакансию виленского епископа поляка, Лев Сапега вынес протест – согласно Статуту. Конфликт короля Речи Посполитой и великого канцлера продолжался десять лет, но виленским епископом стал выходиц из Великого княжества Литовского. Лев Сапега писал, что «покой Отчизны своей до конца жизни охранять буду».
Король был вынужден согласовывать все документы Великого Княжества с его канцлером. Без визы и печати Льва Сапеги документы короля не имели юридической силы на территории Великого княжества Литовского. Великий канцлер постоянно находился в Вильне, периодически выезжал в Краков к королю. Работы у канцлера Великого княжества Литовского всегда было очень много. И. Саверченко писал:
«Преодолевая неимоверные трудности Л. Сапега в это время много сил отдает урегулированию конфликтов между шляхтой, беспрерывно ведет переговоры с протестантами, встречается с лидером белорусских евангелистов – Андреем Воланом, обеспечивает охрану южных рубежей, начинает упорядочение главного архива Княжества, разрешает очень важный вопрос об участии Великого Княжества в антитурецкой коалиции христианских государств (между Портой и Речью Посполитой существовал тогда мирный договор), которая создалась в середине 90-х годов XVI века под эгидой папы римского Климента VIII.
Лев Сапега всегда оставался сторонником сильного правового государства. Канцлер подчеркивал, что ни закон, ни история не дают никому оснований требовать чего-либо от властей с помощью силы».
По приказу великого канцлера в течении 1594–1607 годов были переписаны все книги Метрики Великого княжества Литовского, чтобы при их использовании они не пришли в негодность – именно благодаря этому эти уникальные документы дошли до наших дней.
556 томов Метрики, архива XIV–XVII веков, содержат записанные в хронологическом порядке все важнейшие исторические события в Великом княжестве Литовском.
В 1596 году на церковном соборе в Бресте Лев Сапега в звании королевского комиссара выступил в защиту унии между православием и католичеством. Современный белорусский историк А. Грицкевич писал:
«В октябре 1596 года в Бресте была заключена церковная уния, акт об организационном объединении католического костела и православной церкви на территории Речи Посполитой. Целью унии были необходимость объединения обеих церквей против протестантизма, идейное объединение духовенства и феодалов Речи Посполитой при проведении внутренней и внешней политики, сохранение религиозно-культурной независимой державы, противодействие стремлению русского царя захватить земли Беларуси и Украины. Лев Сапега одержал идею создания униатской церкви. Он выступил на соборе с пламенной речью в защиту церковной унии».
Слияния православной и католической церквей не произошло, возникло новое религиозное направление, усложнив политическую ситуацию в Великом княжестве Литовском. Ожидаемого полного исчезновения конфликтов между католиками и православными на территории Речи Посполитой не произошло. Национальную объединенную церковь в Великом княжестве Литовском также создать не удалось. После 1596 года началась борьба конфессий в Речи Посполитой. Исследователь В. Чаропка писал в работе «Отец Отчизны Лев Сапега»:
«На своем примере Сапега показывал идеал, как он это понимал, межконфессиональных отношений.
В то время, когда увеличивалось в Речи Посполитой вероненавистничество, когда православный Константин Острожский называл папу антихристом и угрожал католикам и униатами войной, когда католик Юрий Радзивилл жег Библию, напечатанную его отцом-протестантом, когда униат Кунцевич закрывал православные церкви, Сапега строит и католические, и униатские, и православные храмы, основывает при них школы, издает православную литературу. Грозно звучит предупреждение Сапеги тем, кто сеял рознь между христианами: «Каждого такого я сейчас вызываю на суд Божий страшный, и с ним о том на страшном суде Христовом судиться хочу, где ему это пусть не будет прощено». И если в Великом Княжестве сохранялся религиозный мир, то только потому, что на его охране стоял канцлер Лев Сапега».
До конца жизни Лев Сапега делал все от него зависящее, чтобы создать новую, единую церковь Великого княжества Литовского. Он старался не выходить «за рамки правового поля» – «Боже, охрани нашу Отчизну от такого ужасного беззакония!» Религиозные конфликты он решал мирным путем. Исключением стал приговор ста могилевским жителям, убившим архиепископа И. Кунцевича, закрывшего православные храмы в Могилеве – их приговорили к смертной казни; имущество конфисковали, Могилев лишили всех привилегий. И. Саверченко писал о Льве Сапеге:
«Униатская церковь, по его мысли, должна была спасти белорусский народ от духовного гнета, стать заслоном на пути польской и московской экспансии».
В 1599 году, через пять лет после смерти первой жены, Лев Сапега женился на княжне Елизавете Радзивилл, дочери великого гетмана литовского.
После смерти московского царя Федора Ивановича в 1598 году Лев Сапега предложил московским боярам кандидатуру Сигизмунда III – царем стал Борис Годунов. Сигизмунд хотел получить и корону Швеции – своей родины. Великое княжество Литовское ждала новая война. Чтобы не воевать на два фронта, необходимо было договориться с Москвой. В начале октября 1600 года во главе посольства из тысячи человек Лев Сапега отправился в Москву. Он вез с собой предложения по созданию унии трех славянских государств. В. Чаропка писал:
«В мире складывались мощные коалиции. Католическая лига, во главе которой стояли папа римский и Габсбурги. Протестантские краины создавали свой протестантский союз. Турецкие султаны объединяли мусульманский мир. Под прикрытием религиозных идей эти союзы прежде всего заботились о расширении своих границ – завоевании новых земель. Лев Сапега хотел создать славянский союз Польши, Литвы и Московии, что позволило бы наконец установить между ними долгожданный мир и защититься общими силами от наступления мусульманской Порты и завоевательных планов Швеции. Великая идея, стоящая того, чтобы посвятить себя ее осуществлению».
