Наглость испанской солдатни порой переполняла чашу терпения, и тогда стихийно вспыхивали народные волнения, которые жестоко подавлялись. Искать защиты было не у кого, а из Рима помощи никакой, поскольку для Ватикана испанское присутствие в Милане являлось надёжным щитом против проникновения протестантской заразы из-за Альп, и он вынужден был закрывать глаза на беззаконие и зло, чинимое испанцами. Доведённые до отчаяния растущими налогами и поборами многие горожане, несмотря на выставленные на дорогах кордоны, были вынуждены покидать насиженные места и искать счастье на чужбине. Приходили в упадок когда-то процветавшие торговля и ремёсла.
14 января 1571 года в Милане состоялось бракосочетание архитектора Фермо Меризи, отца будущего художника, с двадцатилетней Лючией Аратори, дочерью состоятельного землевладельца из Караваджо, небольшого городка в 40 километрах восточнее Милана. У недавно овдовевшего Меризи на руках осталась годовалая дочь Маргарита. Он занимал должность управляющего на службе у маркиза Франческо Сфорца да Караваджо, представителя одной из ветвей некогда могущественного миланского рода, утратившего своё былое влияние и пришедшего в упадок. Чтобы поправить дела, молодой маркиз породнился со старинным аристократическим римским семейством, женившись на двенадцатилетней Костанце, дочери адмирала Маркантонио Колонна, прославившегося в знаменитом морском сражении, когда объединённый флот христианского мира нанёс поражение турецкой эскадре при Лепанто в Эгейском море 7 октября 1571 года. В том знаменитом сражении принял участие Мигель Сервантес, получивший в бою тяжёлое ранение и потерявший левую руку.
Относительно даты рождения первенца молодожёнов Меризи можно делать только предположения, так как архивные данные не сохранились. Однако в регистре миланской приходской церкви Санта-Мария делла Пассерелла имеется запись от 21 ноября 1572 года о появлении на свет второго сына супругов, названного Джован Баттистой. Следовательно, первенец мог родиться в сентябре или октябре 1571 года — при крещении он получил имя Микеланджело в честь святого Михаила Архангела, чей день отмечается 29 сентября.
В самом выборе имени младенца уже была некая предопределённость, продиктованная временем, когда римская церковь объявила войну всем врагам истинной веры и, как никогда, нуждалась в воинах и защитниках. Недаром в Апокалипсисе говорится: «Михаил и его ангелы сражались с драконом… И был сброшен великий дракон, древний змий, по прозванию Дьявол и Сатана, вводящий в заблуждение всю Вселенную, вместе с ним были сброшены на землю и его ангелы». Заметим, что шесть лет спустя 29 июня в день святых апостолов Петра и Павла родился Рубенс, которого нарекли именем Питер Пауэл в честь его небесных покровителей.
Забегая немного вперёд следует признать, что Микеланджело Меризи не оправдал своего имени, так и не став ревностным защитником веры в самый разгар наступления Контрреформации против ереси и инакомыслия. Хотя сюжеты подавляющего числа написанных им картин черпались из Священного Писания — главного источника вдохновения многих тогдашних художников, — но их толкование, как правило, шло вразрез с общепринятым пониманием и даже противоречило церковным канонам. Вот почему представляется вполне правомерным, что за ним закрепилось не имя, данное при крещении, а прозвище Караваджо, которое оказалось наиболее полно отвечающим бунтарской натуре, независимости суждений и смелым деяниям художника-новатора.
После Джован Баттисты в семье Меризи через два года родились Катерина, а затем Джован Пьетро. Все дети появились на свет в Милане, ибо в приходской церкви городка Караваджо, где прошло их детство, о них нет упоминаний, кроме записи в 1588 году о смерти младшего сына Джован Пьетро. Зиму семья Меризи проводила в снимаемом в центре Милана доме по соседству с дворцом маркиза Франческо Сфорца. В городе было неспокойно, там часто вспыхивали народные волнения, и поэтому с наступлением первых погожих дней детей отправляли к родителям матери Лючии Аратори в Караваджо, предпочитая держать их в деревне на приволье, а иногда оставляли там и на всю зиму. В ту пору любые поездки были далеко не безопасны. По всем дорогам бродили разбойничьи шайки так называемых bravi, состоящие из разорившихся ремесленников и крестьян. Не отставали от местных грабителей и испанские мародёры, нередко обиравшие путников до нитки. Таковы были нравы в Ломбардии, жившей под пятой испанцев, ярко описанные в историческом романе классика итальянской литературы Алессандро Мандзони «Обручённые». Укажем на ещё одно загадочное совпадение. Установлено, что первоначально Мандзони назвал свой роман «Фермо и Лючия», то есть именами родителей Караваджо, а в лирических отступлениях его повествования, особенно когда автор живописует картины природы Ломбардии, отдельные страницы живо напоминают некоторые пейзажи и натюрморты кисти Караваджо.
Тихий городок Караваджо с его приземистыми похожими друг на друга домами, напоминающими крепости, затерялся на просторах Паданской равнины в окружении садов, виноградников, тенистых рощ тутовых деревьев и обширных бахчей. Его жители издавна разводили шелковичных червей для работающих в округе шелкопрядильных фабрик и выращивали сочные дыни, которые так хороши с сырокопчёной ветчиной в жаркую пору. В остальном городок был ничем не примечателен, если бы не одно знаменательное событие, нарушившее его тихую размеренную жизнь. Как отмечено в местных анналах, 26 мая 1432 года одной крестьянской девочке, собиравшей цветы в поле, было видение Богоматери, и в этом месте из-под земли забил родник. Весть разнеслась по всей округе, и в ознаменование чуда над источником построили часовню, ставшую местом паломничества. В 1575 году по указанию миланского архиепископа Карло Борромео на месте чудесного видения началось возведение грандиозного храма со стометровым центральным нефом и мощным куполом, вознёсшимся на высоту в шестьдесят пять метров. Строительные работы продлились до конца XVII века, и одним из руководителей стройки был двоюродный брат отца Микеланджело. Род Меризи был довольно многочисленным. Его отпрыски, рассеянные по всей округе, были в основном священниками, нотариусами или строительными подрядчиками. За ними прочно закрепилось прозвище quacchiati, означавшее на местном диалекте «вездесущие». Видимо, за какие-то заслуги Меризи получили право на обладание фамильным гербом. На нём сверху изображён орёл с широко расправленными крыльями, а внизу рука с зажатыми пятью колосьями, говорящая о том, что в своё время все Меризи были простыми землепашцами.