Дальнейшая обстановка в районе боевой деятельности Дунайской флотилии целиком определялась положением на южном участке советско-германского фронта. В конце июня противник усилил давление на правый фланг 14-го стрелкового корпуса в районе Фельчиул, Цыганка и у Джурджулешты. У Фельчиула ему удалось форсировать реку Прут и потеснить наши части. Командование корпуса начало снимать войска с левого берега реки Дунай и перебрасывать их на правый фланг. Оборона оголяемых участков в связи с этим все больше переходила к Дунайской флотилии.
Одновременно заметно ухудшились условия базирования сил Ренийской группы. Однако выводить корабли в Измаил командование флотилии не хотело, поскольку верило во временый характер неудач на фронте. Поэтому 30 июня Ренийскую группу увели в озеро Кагул. Здесь корабли оказались в относительной безопасности, но озеро легко могло превратиться в западню.
Тем временем ситуация на южном участке фронта заметно ухудшилась. Противнику удалось прорвать фронт соседнего справа 35-го стрелкового корпуса и занять Бельцы. В то же время две румынские дивизии, форсировавшие реку Прут в районе Фельчиул, Цыганка, продолжали теснить 150-ю стрелковую дивизию 14-го корпуса, стремясь развить наступление в общем направлении на Болград. Вследствие этого командование корпуса ускорило переброску войск с участка от Рени до устья Дуная на правый фланг. К 9 июля на фронте от Новой Некрасовки до устья реки протяжением в 120 км оставался всего один стрелковый батальон. С этого момента ответственность за оборону всего левого берега Дуная фактически полностью оказалась возложена на Дунайскую военную флотилию.
Одновременно в районе от Измаила до устья Дуная у румын остался один сильно укрепленный пункт – селение Периправа. Там располагался гарнизон до 1000 человек пехоты и до трех батарей артиллерии. Проход буксиров с баржами на расстоянии 150–200 м от румынских батарей всякий раз требовал проведения специальных мероприятий по прорыву их в ночных условиях. Учитывая это, командование флотилии неоднократно ставило перед командиром 14-го стрелкового корпуса вопрос о захвате Периправы. Но в связи с усилившейся активностью противника на правом фланге, командование корпуса отказалось выделять войска для захвата этого пункта.
Не имея сил для захвата Периправы, командование флотилии в ночь на 11 июля пыталось высадить небольшой диверсионный десант с целью разрушения батарей противника. Высадка оказалась неудачной. Периправа продолжала оставаться в руках противника до конца боевых действий в нижнем течении Дуная.
8 июля в связи с угрозой обхода противником правого фланга 35-й стрелковый корпус начал отход на рубеж озера Ялух. Дальнейшее нахождение кораблей Ренинской группы на озере Кагул становилось крайне опасным, и они получили приказ уходить в Измаил. В ночь на 9 июля мониторы «Жемчужин» и «Железняков», «Ростовцев» и два бронекатера совершили прорыв огневых рубежей противника и прибыли в Главную базу флотилии. Успех прорыва обеспечили искусно поставленные дымовые завесы и эффективный согласованный огонь по противнику 218-го артполка из района Картала и береговых батарей № 725 и 726 из Измаила.
Падение Кишинева 14 июля и продолжавшееся наступление противника на восток к Днестру грозило отсечением наших двух корпусов в Южной Бессарабии. 18 июля командиры 35-го и 14-го стрелковых корпусов получили приказ начать отход на рубеж реки Днестр. Еще до этого командование ВМФ своей телеграммой от 17 июля 1941 года, посланной на имя командующего Черноморским флотом, приказало в ночь на 18 июля вывести Дунайскую военную флотилию в Одессу.
Командование Черноморского флота и 9-й армии Южного фронта поставило перед Дунайской флотилией следующие задачи: эвакуировать свои тылы; прорваться кораблями в море для перехода в Одессу; прикрыть отход 14-го стрелкового корпуса.
17 июля в Одессу отправили вспомогательные суда, баржи и органы тыла. Тылы 96-й авиаэскадрильи и часть имущества отправили по железной дороге. 17-я пулеметная рота и батарея № 724 из Рени отошли на Болград совместно с частями 14-го стрелкового корпуса.
По требованию командования корпуса выход основных сил Дунайской флотилии из Измаила перенесли на сутки – на 19 июля. Используя темную ночь, корабли к утру 19 июля прорвались мимо укрепленного района противника у селения Периправа и к утру вошли в Очаковское гирло. Затем, следуя тремя раздельными группами, они совершили переход морем, и к утру 20 июля в Одессу прибыло 100 различных кораблей, судов и катеров. На переходе погиб лишь один портовый катер, севший на мель в районе Днестровского лимана. Всего же на Дунае с начала военных действий было потеряно пять бронекатеров. № 114 погиб от удара авиации 1 июля, от артиллерийского огня погибли четыре катера: № 112 – 8 июля, № 113 и № 134 – 11 июля, № 133 (398 [285] ) – 18 июля.
Прикрытие отхода флотилии от возможных ударов румынских мониторов осуществлялось постановкой минного заграждения из 14 мин типа Р-1 и 18 мин типа «Рыбка» в районе кордона Вогульский – устье реки Репида. При отходе из Потаповского канала бронекатера флотилии выставили 15 мин типа «Мираб».
Несмотря на то, что флотилия покинула Дунай, ее боевая деятельность на этом не прекратилась. Исправные мониторы «Жемчужин» и «Ростовцев» перешли на Днепр в состав Пинской флотилии, где в конце концов и погибли. Остальные корабли и катера Дунайской флотилии перешли в Николаев для аварийно-восстановительного ремонта. Так нежданно-негаданно боевой путь флотилии с реки Дунай переплелся с тыловой «судостроительной» Николаевской ВМБ на реке Южный Буг.
Все, что касается обороны и сдачи этой базы – тема другого повествования, но можно сказать, что именно деятельность кораблей флотилии оказалась чуть ли не самым светлым пятном во всей этой в целом печальной истории. Избрав своей передовой базой город Вознесенск, что на добрую сотню километров выше Николаева, флотилия попыталась взять под свой контроль весь этот участок реки Южный Буг. При этом основными задачами являлись прикрытие переправ соединений Красной Армии, откатывающихся на Восток, и одновременно – недопущении форсирования реки германскими войсками.
Начав развертывание 1 августа, к 4 августа соединения флотилии заняли назначенные участки реки: в Вознесенске – 4-й отряд бронекатеров; в Новой Одессе – мониторы «Ударный» и «Железняков», 1-й и 2-й отряды бронекатеров. Монитор «Мартынов» и 3-й отряд бронекатеров находились на переходе из Николаева в Новую Одессу. 5 августа поступили сведения о появлении войск противника на берегах реки Ингул, то есть уже восточнее Южного Буга. Туда немедленно перенацелили 1-й отряд бронекатеров.
