В Петровском заводе декабристы устроили нечто вроде вольного университета. Многие пополняли таким образом свои знания в различных областях науки, в языках. Пущин рассказывал здесь о великом поэте, читал и давал переписывать вольнолюбивые стихи Пушкина, способствуя этим распространению их среди сибирского населения.
В каторжных тюрьмах декабристы устраивали также философские собеседования. Среди сосланных на каторгу было несколько человек с ясно выраженным материалистическим мировоззрением: А. П. Барятинский, П. И. Борисов, Н. А. Крюков, И. Д. Якушкин и некоторые другие. Были также в читинской и петровской тюрьмах представители религиозно-мистических взглядов. Они образовали там группу, которой декабристы дали название «Конгрегации». Среди сторонников Конгрегации и материалистов-атеистов велись ожесточенные споры.
И. И. Пущин принимал участие в этих философских собеседованиях и спорах на стороне материалистов и атеистов. Его убеждения отражены во многих письмах, где часто встречаются иронические замечания по поводу формальной религиозности, отрицательные отзывы о представителях церковной обрядности.
Через двенадцать лет каторжных работ, в 1839 году, Пущин был сослан на поселение в город Туринск Тобольской губернии. Климат Туринска вредно влиял на его здоровье. Сразу после приезда он стал просить о переводе в село Урик близ Иркутска, где жил талантливый врач, декабрист Ф. Б. Вольф. Такие вопросы разрешались лично царем, и он отказал в переводе.
Лишь осенью 1840 года Пущин получил возможность выехать для лечения в Тобольск. Не получив облегчения, он вернулся в Туринск.
Родные и друзья продолжали между тем хлопотать о разрешении Пущину переменить место поселения. Канцелярская волокита тянулась долго. В 1842 году Пущин снова получил возможность съездить в Тобольск. Этим временем у него в Туринске 8 сентября родилась дочь. О матери этой девочки говорится в письмах Е. П. Оболенского. Это была молодая якутка Аннушка. Происходила она из бедной семьи. Девочку тоже назвали Аннушкой. И. И. Пущин вернулся в Туринск в начале декабря 1842 года и взял дочь к себе. Узаконить положение дочери браком с ее матерью мешала Пущину сословная психология. Но он любил дочь и заботился о ней.
В Ялуторовске, куда Пущину было разрешено переехать, он устроился основательно. Было ясно, что там придется жить без надежды на переезд в другое место. Обстановка в Ялуторовске сложилась в общем не хуже, чем в других поселениях декабристов, принадлежавших к наиболее материально обеспеченной группе участников движения 20-х годов. В колонии вокруг Иркутска (Восточная Сибирь) жили Волконский, Трубецкой и Муравьевы с семьями, Юшневский с женой, Поджио, Вадковский, Муханов. Около Тобольска (Западная Сибирь) и в самом городе находились тогда Фонвизин с женой, Басаргин, Бригген, Анненков с семьей. Свистунов, С. М. Семенов (ближайший друг Пущина по Москве). В Ялуторовске жили М. И. Муравьев-Апостол с женой, Е. П. Оболенский, И. Д. Якушкин. С ними Пущин сошелся очень близко.
Городок Ялуторовск расположен на левом берегу реки Тобола – самого крупного притока Иртыша. От Ялуторовска до губернского города Тобольска – 339 верст, по местным расстояниям – совсем рядом. Находился Ялуторовск на Сибирском тракте, и проезжающие из Сибири в Россию не могли миновать этого городка.
И. И. Пущин вместе с Оболенским занял один из лучших местных домов – Бронникова. У них жили: няня Аннушки, вольноотпущенная крепостная Варвара Баранова, и старая служанка Михеевна. В доме было просторно, что позволяло ссыльным целыми семьями приезжать в гости к Пущину.
От проезжавших из России в Сибирь чиновников, курьеров, купцов здесь узнавались все новости. Вот почему в переписке декабристов между собою, в их письмах к Пущину его дом называли объединяющим центром.
Главной деятельностью Пущина в каторжных тюрьмах и в ссылке была помощь нуждающимся. Но ему должно быть также отведено место и в истории просвещения Сибири. Он принимал видное участие в знаменитых ялуторовских школах И. Д. Якушкина, учил детей местных жителей у себя на дому, хлопотал об улучшении положения учителей различных местностей Сибири. В воспоминаниях народовольца С. Л. Чудновского имеется рассказ о том, как благоговейно чтили в Ялуторовске в конце XIX столетия память И. И. Пущина за его просветительскую деятельность.
Обосновавшись в 1843 году в Ялуторовске, Пущин жил там до весны 1849 года, повидимому, безвыездно. Но еще в феврале 1848 года он писал Я. Д. Казимирскому, что собирается в Иркутск, и намечал маршрут: Тобольск, Тара, Тюмень, Красноярск. В Иркутске Пущина с нетерпеньем ждала семья его друзей – Волконских. «Все здесь так дышет тобой, – писал Пущину декабрист П. А. Мухаиов, – и старики и дети все тебя поминают. Ты то умнейший, то честнейший, то любезнейший… всегда в превосходном наклонении».
4 марта 1849 года Пущину было разрешено приехать в Иркутск. При этом иркутскому генерал-губернатору Муравьеву предписывалось установить за «государственным преступником» наблюдение, а как только ему станет лучше – отослать его обратно в Западную Сибирь.
В конце мая Пущин писал в Ялуторовск, что ему удается иногда «собирать всю тамошнюю колонию воедино».
Поездка Пущина в Иркутск была вызвана болезнью, но не только ею; из его писем видно, как глубоко волновали Пущина революционные события в Западной Европе и аресты участников кружка М. В. Петрашевского в Петербурге. Даже в тех письмах, которые пересылались с оказией, не было возможности изложить все, что хотелось. Поездка в Иркутск дала возможность свободно поговорить с товарищами по ссылке и сибирскими друзьями о всех волновавших его вопросах.
Сердце деятельного участника восстания 14 декабря забилось надеждой: может быть, пришла пора отечеству освободиться от горестного состояния. За выражениями о «комюнистах»-петрашевцах, на первый взгляд скептическими, видно сочувствие старого декабриста революционерам 40-х годов.
Выработанный в феврале 1848 года маршрут был значительно расширен Пущиным во время поездки. Он побывал в Селенгинске – у Бестужевых, в Петровском заводе – у Горбачевского, ео многих других местах поселения декабристов, заехал в Кяхту.
В письмах, посылавшихся друзьям sa время восьмимесячного отсутствия из Ялуторовска, Пущин сообщал обо всем, что с ним происходило и что он делал: собирал деньги для нуждающегося Д. А. Щепина-Ростовского, хлопотал через своих влиятельных родных в столице за В. И. Штейнгейля, просил в Тобольском губернском правления об улучшении положения ялуторовских учителей.
Имеются в путевых письмах Пущина отклики на политические события того времени. Так он выражал негодование по поводу «помощи», оказываемой Николаем I австрийскому императору для подавления национально-освободительного движения Венгрии, и возмущался «странной экспедицией» французов в Рим для содействия врагам национально-освободительного движения итальянцев.