Вскоре после того, как завещание было составлено, Федор Шереметев удалился в монастырь, где принял постриг под именем Феодосия. К тому моменту ему было уже за семьдесят, он лишился зрения, но, однако, не мог полностью устраниться от всяких дел и посвятить себя лишь молитве. Он покупал и раздавал книги духовного содержания, стремясь содействовать просвещению народа. В Кирилло-Белозерском монастыре он прожил лишь полгода, до своей смерти в феврале 1650 года.
При дворе остались три брата Шереметевых, племянники Федора. Их отец, Петр Никитич, давно уже умер – он был убит сторонникам Лжедмитрия II, когда отказался принести присягу новому самозванцу.
Его старший сын, Иван, заведовал Владимирским Судным приказом и пользовался при дворе уважением, несмотря на то, что во время смуты активно противодействовал воцарению Романовых, да и после совершил ряд неблаговидных поступков. По сути, своим положением он целиком был обязан своему дяде, который не любил его, но продолжал защищать.
Василий Петрович Шереметев, напротив, был человеком вежливым, умным и веселым. К тому моменту уже успел отличиться на службе, вел переговоры с послами, часто обедал за царским столом и был пожалован из московских дворян прямо в бояре.
Его добрый нрав не раз вызывал неудовольствие царя. К примеру, при взятии Витебска он отпустил всех людей, запретив своим ратным людям убивать жителей города, хотя отпускать народ принято было лишь в том случае, если город сдавался без боя, а Витебск осаждали довольно долго. Царь прогневался на Василия Шереметева за ослушание и отправил к нему комнатного стольника Федора Абросимовича Лодыженского с письмом, в котором говорилось, что Шереметев, «позабыв нашу государскую милость к себе, нас, великого государя, прогневал, а себе вечное бесчестье учинил, начал добром, а совершил бездельным».
Василию было велено остаться воеводой в Витебске и, несмотря на все просьбы об отставке – «я стар, увечен и болен», – писал он Алексею Михайловичу, – царь лишь несколько лет спустя разрешил ему вернуться в Москву.
Сыновья Василия, Матвей и Петр, тоже с детства были при дворе.
Матвей с четырнадцати лет был чашником царя Алексея Михайловича, а в девятнадцать лет занял пост его оруженосца, сопровождая государя в походах и поездках. Затем он становится военачальником, сменяет отца на посту витебского воеводы и участвует в войне с Польшей и Швецией. В декабре 1656 Матвей Васильевич был назначен псковским воеводой и получил приказ атаковать шведские войска, вторгшиеся на русские земли, и преследовать их «до стен Риги или Ревеля и потом сжечь и выпустошить всю страну». И уже в марте под Псково-Печерским монастырем у деревни Мигузице войска «стольника и воеводы Матвея Васильевича Шереметева… графа Магнуса и его полку немецких людей многих побили и языки поймали».
Успехи Матвея побудил царя в июне 1657 года отправить его на выручку Афанасию Ордину-Нащокину, которого осаждал генерал Левен. И в битве под Валком, когда отряд Шереметева завяз в болоте и начал отступать, он продолжал отбиваться до тех пор, пока не упал вместе с лошадью, раненый двумя пулями в живот.
Алексей Михайлович до последнего был уверен, что Матвей Шереметев выживет. Пока тот был еще жив, царь писал своему двоюродному брату Афанасию Матюшкину: «А о Матвее не тужи, будет жив, вперед ему к чести; радуйся, что люди целы, а Матвей будет по-прежнему».
Но 10 июня 1657 года Матвей Васильевич Шереметев скончался. В память о своем полководце царь велел взять его жену, Анастасию Федоровну, у которой не было своих детей, во дворец, в «мамы» к царевне Екатерине Алексеевне, родившейся 27 ноября 1658 года.
Второй сын Василия Шереметева, Петр Васильевич, также был царским оруженосцем и служил при дворе: сопровождал царя Алексея в его богомольных походах в Кашин, Углич и Савво-Сторожевский монастырь, принимал участие в соколиной охоте в селе Коломенском, присутствовал при приеме высокопоставленных гостей и на царских обедах.
Кроме того, как и его брат, Петр участвовал в войнах с Польшей и Швецией. В 1654 году Шереметев сопровождал царя в первом походе против польского короля Яна Казимира, во время похода на Смоленск командовал отрядом легкой конницы, следовавшим впереди главного войска для изучения местности и разведки, а в 1655 году участвовал во втором царском походе на Великое княжество Литовское, а год спустя – в походе на Ригу. Во время похода он командовал ертаульным полком – то есть занимался разведкой, двигаясь впереди основных сил, а затем два месяца оставался в Смоленске, пока там находился Алексей Михайлович, а когда после неудачной осады русские войска отступили – прикрывал со своей конницей их отход, удерживая шведов от преследования, и взял множество пленных.
Царь был настолько доволен службой Шереметева, что пожаловал его в бояре и поручил вести мирные переговоры со шведскими послами, а затем и с Польшей. Но с Речью Посполитой заключить мир так и не удалось, и Петр Шереметев продолжил службу, отражая нападение польских и литовских войск, а затем был назначен на должность киевского воеводы, которую занимал четыре года, с 1665 по 1669 год. В Киеве он пользовался огромным уважением у населения и дела вел весьма хорошо, но затем был отправлен в Симбирск. Там случилось восстание казаков под предводительством атаманов Василия Уса и Федора Шелудяка, которые, двигаясь к Москве, сначала осадили Симбирск, а затем начали штурм города. Шереметев, под командованием которого находились стрельцы, городовые дворяне, дети боярские, рейтары, драгуны, казаки, солдаты и татары, руководил обороной Симбирска, и повстанческие отряды потерпели поражение и вынуждены были отступить.
Оставшись на некоторое время в Москве, Петр вскоре был отправлен на воеводство в Нижний Новгород, где оставался в течение двух лет, прежде чем вновь был вызван в Москву для придворной службы. Он ездил с царем Алексеем Михайловичем в село Воробьево, провожал образа из Успенского собора в Троицкое подворье и «ведал» Москву во время отсутствия царя, а также участвовал в различных приемах, в том числе, например, в праздновании имении царицы Натальи Кирилловны.
В январе 1676 года, после смерти царя Алексея Михайловича и вступления на царский престол его сына Федора Алексеевича, Милославские, родственники молодого царя, решили удалить влиятельного боярина Шереметева от двора и устроили ему назначение на должность воеводы в Тобольск. Зимой путь до Тобольска занял почти два месяца, и к службе Шереметев смог приступить лишь в апреле. Служба эта продлилась два года. За эти два года он очень многое сделал для блага города, при нем были открыты в Забайкалье месторождения олова, серебра и золота, а в 1677 году Шереметев отстроил Тобольск, полностью сгоревший от удара молнии – деревянные здания занялись мгновенно, огонь перекидывался с одного дома на другой, и погасить пламя не удалось.