В 1979 году ее отец был обвинен в заказе убийства политического оппонента и казнен. По словам Беназир, именно казнь отца заставила ее стать политиком. «Я не выбирала эту жизнь, это она выбрала меня», — резюмировала Беназир Бхутто в своих мемуарах «Дочь Востока». Вскоре Зия-уль-Хак, удовлетворившись казнью Зульфикара Бхутто, выпустил из тюрьмы его семью, но не преминул выдворить всех Бхутто из страны. Беназир объявила себя преемницей отца и возглавила в изгнании Пакистанскую Народную партию, основанную ее отцом. Но в это время начались проблемы внутри самого клана Бхутто. Ее братья Муртаза и Шах Наваз заявили свои права на политическое наследство и не собирались делиться с сестрой. В 1980 году Шах Наваз был убит во Франции при невыясненных обстоятельствах. Слухов много — некоторые полагают, что его отравили пакистанские спецслужбы, а другие — что это было политическое убийство по заказу самой Беназир Бхутто.
В эмиграции Бхутто вышла замуж за бизнесмена Асифа Аль Зардари. Самая влиятельная политическая династия Пакистана соединилась с одним из самых богатых кланов в исламском мире. Как и Беназир, Зардари был представителем одного из богатых семейств провинции Синд и мусульманином-шиитом. По мнению международной прессы, это был брак по расчету, на который Бхутто согласилась добровольно: в Зардари она видела человека, готового принять и даже поддержать приобретенные ею на Западе прогрессивные воззрения и планы. Однако после заключения брака Беназир предпочла сохранить фамилию отца. От Асифа она родила троих детей: сына Билавала и дочерей Бахтавар и Асифу.
После гибели Зия-уль-Хака в авиакатастрофе Бхутто получила возможность вернуться на родину. Самое поразительное, что и эту смерть некоторые приписывали Беназир, ее матери или брату.
Возвращение Беназир — теперь уже как лидера Народной партии — было поистине триумфальным: в аэропорт ее пришло встречать более миллиона человек. Такое не снилось и самой популярной певице или актрисе!
А вот другой рекорд имел куда более важное и принципиальное значение. Одержав убедительную победу на парламентских выборах и заняв кресло премьер-министра (в Пакистане де-факто премьер — более высокая позиция, чем президент), Бхутто стала первой женщиной, возглавившей ортодоксальную мусульманскую страну. Причем позже ей удалось повторить свой успех. Во многом это стало возможно благодаря тому, что имя ее отца в стране действительно было очень популярно. Муж Бхутто вошел в состав правительства в качестве министра финансов.
От западного образа жизни пришлось отказаться. Никаких мини-юбок, декольте и оголенных плеч. Теперь только элегантные просторные платья, строгие деловые костюмы и обязательный платок-хиджаб. На переговоры с политиками-мужчинами Беназир всегда брала с собой мужа — так положено по мусульманским канонам. Единственное, что позволяла себе госпожа премьер-министр — яркий макияж и драгоценности в неограниченном количестве.
Мир восхищался Бхутто — ее называли самым красивым политическим деятелем XX века, сравнивали с Клеопатрой и Семирамидой, с ней связывали надежды на демократизацию Пакистана, мусульманки-феминистки мечтали, что примеру Беназир последуют и другие женщины Востока, способные потеснить мужчин с политического Олимпа. А вот на родине бойкие на язык журналисты дали Бхутто эффектное, но двусмысленное прозвище — Черная Роза.
Бхутто была крайне противоречивым правителем. Она освободила и раскрепостила женщин — теперь по закону никто не мог заставить их носить чадру и чинить препятствия при приеме на работу. Но вместе с тем премьер с треском провалила кампанию по ликвидации процветающей в стране наркоторговли. Новый кабинет достиг некоторых успехов в выполнении программы социальных и политических реформ, она смогла наладить отношения с давним противником Пакистана — Индией. Особенно это показательно и важно, если знать, что обе державы располагают ядерным оружием и не одно десятилетие спорят из-за территорий, — это ее безусловная заслуга во внешней политике. Бхутто осуждала терроризм, а своим главным врагом назвала Усаму бен Ладена, который тоже ее люто ненавидел и даже обещал награду в 10 миллионов долларов тому, кто принесет ему голову Черной Розы. Но одновременно премьер-министр заигрывала с другими радикальными исламистскими организациями, в том числе с афганскими талибами.
Правление Беназир также характеризовалось резким ростом коррупции в стране. При этом в коррупционных скандалах нередко упоминалось имя мужа премьер-министра, получившего прозвище «господин десять процентов» — якобы он всегда требовал от инвесторов именно десять процентов от вложений. Скандал принял почти международный размах, так как обвинения в адрес Асифа Али Зардари выдвигали правоохранительные органы не только Пакистана, но и Великобритании с Швейцарией. В этот период Бхутто часто выезжала за пределы страны, избегала дебатов в парламенте и принимала произвольные и непродуманные решения. Пакистан раскололся на два непримиримых лагеря — сторонников премьера и последователей погибшего диктатора Зия-уль-Хака, над страной постоянно висела угроза полномасштабной гражданской войны. Собственная семья Беназир не поддерживала ее. Стали регулярно пропадать или умирать видные политики, неугодные правящему режиму. Эти обвинения закончились тем, что в середине 1990 года президент Гулам Исхак Хан отправил правительство Беназир Бхутто в отставку.
В 1993 году на очередных выборах Бхутто одерживает победу под лозунгом борьбы с коррупцией и бедностью. Общее количество голосов, полученных Пакистанской народной партией (ПНП), оказалось меньше, чем у главного соперника — Мусульманской лиги, поэтому для формирования правительства Бхутто образовала коалицию с партиями консервативного толка. В ноябре из эмиграции вернулся ее брат — Муртаза, который потребовал уступить ему руководство партией. Раздоры в семействе Бхутто сказались на единстве партии. Муртаза возглавил отколовшееся крыло Пакистанской народной партии — с одобрения их матери, считавшей, что семейным политическим делом должен руководить мужчина. Однако по прибытии в Карачи Муртаза был арестован по обвинению в терроризме, но был освобожден под залог в июне 1994 года.
Став во второй раз премьером страны, Бхутто начала ряд масштабных реформ в стране. Она национализировала нефтяные месторождения и развернула финансовые потоки на осуществление социальных программ. В результате предпринятых ею реформ безграмотность среди населения страны снизилась на одну треть, был побежден детский недуг — полиомиелит, в бедные села и деревни проведены электричество и питьевая вода. Кроме того, она сделала бесплатными здравоохранение и образование и увеличила государственные расходы на них. За период ее правления многократно вырос объем внешних инвестиций, темпы экономического развития Пакистана были более высокими, чем в соседней Индии.