Став во второй раз премьером страны, Бхутто начала ряд масштабных реформ в стране. Она национализировала нефтяные месторождения и развернула финансовые потоки на осуществление социальных программ. В результате предпринятых ею реформ безграмотность среди населения страны снизилась на одну треть, был побежден детский недуг — полиомиелит, в бедные села и деревни проведены электричество и питьевая вода. Кроме того, она сделала бесплатными здравоохранение и образование и увеличила государственные расходы на них. За период ее правления многократно вырос объем внешних инвестиций, темпы экономического развития Пакистана были более высокими, чем в соседней Индии.
Эти реформы Беназир Бхутто были по достоинству оценены не только народом Пакистана, где она стала объектом фанатичного поклонения, но и за пределами страны. В 1996 году она была внесена в Книгу рекордов Гиннесса как самый популярный международный политик, ей была присуждена почетная докторская степень Оксфордского университета, французский орден Почетного легиона и множество других наград. Во внешней политике Беназир Бхутто демонстрировала независимость — она продолжила финансирование программы создания ядерного оружия, с помощью афганского движения «Талибан» перекрыла оживленную наркоторговлю и даже пошла на сотрудничество с Россией, освободив российских солдат, находившихся в плену со времен войны в Афганистане.
И если во время второго премьерства Беназир Бхутто преуспела в социальной и международной политике, то коррупция в эти же годы в Пакистане приобрела еще больший размах. В частности, муж Бхутто, Азиф Али Зардари, был вновь обвинен в получении взяток. Брат Бхутто, выступавший за тщательное расследование этого дела, был убит в Карачи во время странной перестрелки с полицией. В его убийстве был обвинен муж Бхутто и сама Беназир. Популярность Бхутто в народе падала, а влияние исламских фундаменталистов росло. Чета Бхутто-Зардари жила в роскошном дворце из розового мрамора, Беназир держала экзотических диких зверей и кормила их деликатесами, а ее муженек закатывал грандиозные вечеринки и играл в гольф позолоченными клюшками — и это тогда, когда каждый третий пакистанец недоедал!
На выборах 1997 года ПНП потерпела сокрушительное поражение, получив всего 17 мест из 217. В начале 1998 года Бхутто, ее мужу и матери были предъявлены официальные обвинения в коррупции, их счета в британских и швейцарских банках были заморожены, а в конце 1999 года к власти пришли военные во главе с Первезом Мушаррафом, что еще больше усугубило положение.
Бхутто были предъявлены обвинения в финансовых махинациях и организации заказных убийств, и она была вынуждена покинуть страну. Ее муж провел более пяти лет в тюрьме по обвинению во взяточничестве, пока она с тремя детьми жила в Дубае. Туда же после освобождения в 2004 году приехал и ее супруг. Большую часть времени Бхутто проводила в Лондоне и Дубае, выступала по всему миру с лекциями и поддерживала контакты с руководством ПНП.
В 2001 году в Пакистане была принята поправка к конституции, запретившая одному и тому же лицу занимать пост премьер-министра более двух раз, что было воспринято многими как попытка Мушаррафа обезопасить себя от конкуренции со стороны Бхутто в случае проведения демократических выборов. В том же году Верховный суд Пакистана назначил новый процесс над Бхутто — это означало приостановку действия приговора, вынесенного в 1999 году. Беназир была приговорена к трем годам тюремного заключения за неявку в суд, что послужило основанием для отказа Бхутто в регистрации как кандидата на парламентских выборах 2002 года. В 2003 году суд Швейцарии признал Бхутто и ее мужа виновными в отмывании денег и приговорил их к 6 месяцам тюрьмы с отсрочкой исполнения наказания (банковские счета Бхутто были заблокированы Швейцарией по просьбе Пакистана еще в сентябре 1997 года).
В начале 2007 года в Абу-Даби состоялась первая личная встреча Беназир Бхутто и президента Пакистана Первеза Мушаррафа в целях налаживания контактов. Президент Мушарраф подписал указ о предоставлении ей и другим оппозиционным деятелям амнистии от обвинений в коррупции: военные круги Пакистана считали ее своим союзником в борьбе за изоляцию религиозных сил и исламистских военизированных группировок. 18 октября 2007 года Беназир Бхутто вернулась на родину после 8 лет вынужденной эмиграции. Во время следования кортежа в толпе встречавших ее сторонников прогремело два взрыва. Более 130 человек погибли, около 500 получили ранения… Сама Беназир не пострадала, но было ясно: Черной Розе вручили черную метку.
Прежде «Аль-Каида» и «Талибан» не раз угрожали устроить масштабные теракты, как только Бхутто ступит на пакистанскую землю. Однако наиболее вероятными организаторами теракта считают радикальных последователей Муххамада Зия-уль-Хака.
Упрямая Беназир решила не сдаваться и баллотироваться на новый премьерский срок. Парламентские выборы в стране намечены на январь 2008 года, и Беназир рассчитывала на победу. По закону пост премьер-министра нельзя занимать более двух раз. Бхутто была премьером как раз дважды. Однако многие аналитики считали, что президент страны Первез Мушарраф, подписавший в октябре соглашение с бывшей изгнанницей, пойдет на отмену запрета. Кандидатуру Бхутто поддерживали и США — именно официальный Вашингтон выступил инициатором возвращения Бхутто на родину и в большую политику.
3 ноября 2007 года президент Пакистана Первез Мушарраф ввел в стране чрезвычайное положение, необходимость которого объяснил «разгулом терроризма и экстремизма», поставившим под угрозу суверенитет государства, а также «саботажем деятельности» президента со стороны судебной власти». Действие конституции и работа судов на время чрезвычайного положения были приостановлены. Бхутто резко высказала свое мнение: введение чрезвычайного положения в Пакистане объясняется попытками властей укрепить в стране нынешний режим и предоставить Мушаррафу неограниченные властные полномочия. 9 ноября представители правоохранительных органов Пакистана при поддержке бронетанковой техники не позволили экс-премьеру покинуть свой особняк в Исламабаде и выступить с речью на митинге. На следующий день Беназир Бхутто была освобождена из-под домашнего ареста. Однако через несколько дней, 13 ноября, Бхутто вновь была помещена под домашний арест сроком на 7 дней и освобождена только через три дня — 16 ноября. Арест был произведен после заявления Бхутто, в котором она призвала президента страны Первеза Мушаррафа уйти в отставку и заявила о том, что исключила для себя возможность работать под его руководством в новом правительстве. Беназир Бхутто назвала президента Пакистана «препятствием на пути демократии» и подчеркнула, что его отставка необходима для «спасения Пакистана».
