Работавший в начале войны первым секретарем Челябинского обкома ВКП(б) Н. С. Патоличев впоследствии отмечал, что «случалось, что в открытых полувагонах или на платформах ехали люди. Хорошо, если был брезент, которым можно было прикрыться от дождя. Иногда и этого не было. Здесь же станки или материалы, кое-что из вещей эвакуированных. Именно кое-что. Люди спасались от нашествия варваров, и было, конечно, не до вещей. При более благоприятной обстановке два-три крытых вагона выделяли для женщин с детьми. Вместо 36 человек в них набивалось по 80–100. Никто, разумеется, не роптал — горе объединяло людей, кров которых был захвачен фашистами». Перевозки населения были взяты под постоянный и строгий контроль руководства страны. Начальники дорог ежесуточно не позднее 22 часов сообщали в НКПС о следовании людских эшелонов и отдельных вагонов с эвакуируемым населением по состоянию на 18 часов. В свою очередь наркомат путей сообщения ежедневно представлял в ГКО подробную справку о находящихся на железных дорогах составах с эвакуируемыми гражданами СССР. ещё в июле на ряде железнодорожных узлов, станций и пристаней были организованы эвакуационные пункты, которые принимали и отправляли эшелоны с людьми, организовывали их питание и медицинское обслуживание. «Цепь эвакопунктов протянулась на тысячи километров от прифронтовых железнодорожных станций юга и запада страны до Восточной Сибири, Казахстана, Средней Азии», — вспоминал позднее А. Н. Косыгин. Для оказания помощи спасающемуся от угрозы фашистского порабощения населению государство выделило значительные средства. В эвакуационных пунктах старшие вагонов получали хлеб и другие продукты. Организовывались столовые, душевые, санпропускники, было обеспечено снабжение людей кипятком. Только во второй половине 1941 г. государство израсходовало в помощь эвакуированным советским гражданам около 3 млрд. рублей.
В то же время Куманев справедливо замечает, что все это, конечно, не означало, что эвакуация советских граждан с самого её начала протекала гладко и слаженно. Срочно поднять миллионы людей с «обжитых мест», организовать их погрузку, перевозку и обеспечить размещение в тылу было чрезвычайно сложно. Как и во всяком большом деле, да к тому же без соответствующей подготовки, здесь в разное время было немало неполадок. Тут и отсутствие транспортов, длительное простаивание ряда эшелонов на некоторых станциях (нередко из-за нераспорядительности местных властей или ответственных лиц), перебои со снабжением продуктами питания, кипятком, потери родных в пути следования, кражи вещей эвакуируемых, отсутствие оперативной медицинской помощи и т. п. Однако, как свидетельствовали впоследствии сами участники событий и многочисленные документы, эти недостатки все же не носили массового характера. С ними боролись, их преодолевали весьма решительно и последовательно по законам военного времени. Имели место и упущения другого рода, во многом связанные с отсутствием необходимого опыта при проведении столь масштабного перебазирования.
Погрузка эвакуационных грузов на станциях и узлах западноевропейской части СССР зачастую распылялась, что затрудняло быстрое формирование эшелонов. Точные направления продвижения эвакопоездов и конечные пункты их следования были указаны в большинстве случаев только для пассажирских составов. Новые места размещения многих предприятий первоначально устанавливались самими наркоматами. Они нередко планировали или чрезмерно дальнюю переброску некоторых грузов (в Сибирь и даже на Дальний Восток), или в районы ближайшего тыла, которые вскоре сами становились зоной боевых действий. Бывали случаи, когда вместе с эвакогрузами в глубокий тыл без всякой надобности отправлялись вагоны с боеприпасами и вооружением, предназначенные для действующей армии. И все же в целом грандиозная операция по перемещению в тыл целой индустриальной базы страны, включая огромные людские контингенты, принимала все более планомерный и целеустремленный характер. Советом по эвакуации был выработан твердый порядок планирования и организации эвакуационных перевозок. Наркоматы заблаговременно представляли в Совет по эвакуации заявки по каждому предприятию, подлежавшему перебазированию в тыл. В них содержалось требуемое число и тип вагонов (крытых, полуплатформ, цистерн, полувагонов и т. п.). «Ночью еду по темной Москве в Кремль, в Совет эвакуации, „выбивать“ эшелоны под погрузку, — вспоминал нарком авиационной промышленности военных лет А. И. Шахурин. — Докладываю, сколько погрузили за день и сколько нужно на завтра. Для авиации — первая очередь, но ведь вагоны нужны и другим. Поэтому строгая проверка: весь ли транспорт использован, насколько обоснована новая заявка». По свидетельству бывшего заместителя председателя Совета по эвакуации М. Г. Первухина, «Совет по эвакуации с участием представителей наркоматов и почти всегда с участием представителя Наркомата путей сообщения уточнял представленные проекты решений, определял сроки эвакуации, пункты размещения и количество требуемых для этого железнодорожных вагонов. Проекты постановлений об эвакуации вместе с короткой запиской посылались на рассмотрение ЦК ВКП(б) и ГКО». Затем выносились согласованные решения по каждому крупному промышленному объекту, который следовало эвакуировать. В них указывались сроки перебазирования, необходимое количество вагонов, которое должен выделить НКПС, скорость продвижения грузов, пункты назначения и т. п. Постановления Совета по эвакуации или ГКО немедленно поступали в НКПС и соответствующие наркоматы для исполнения. С середины июля 1941 г. Совет по эвакуации совместно с НКПС стал составлять планы эвакоперевозок (промышленности, ресурсов сельского хозяйства, населения, культурных ценностей и т. п.) на каждую декаду месяца. Эти планы рассматривались и утверждались Государственным Комитетом Обороны. Был уточнен весь наличный вагонный парк и предусмотрено наиболее целесообразное его использование под перевозки. В частности, было намечено, что многие эшелоны, осуществляющие мобилизационные перевозки на запад, должны после разгрузки немедленно предоставляться для эвакогрузов. С этой же целью в прифронтовые области перебрасывалась часть порожних вагонов и платформ. Но вагонов не хватало, и потребность в них все время увеличивалась. Это заставляло искать дополнительные резервы, усиливать контроль за правильностью погрузки и заполнения емкости вагонов. Ввиду нехватки порожних вагонов наркомату путей сообщения неоднократно приходилось обращаться в Совет по эвакуации или в ГКО с просьбой разрешить досрочную разгрузку части неоперативных эвакогрузов. Преимущественно с этой целью на всех магистралях периодически проводилась перепись вагонов с эвакогрузами, в которой указывались номер каждого вагона, откуда, куда и с грузом какого предприятия и наркомата он следует и т. п. Такие переписи, например, состоялись на железнодорожной сети 14 и 25 июля, 25 августа, 5 и 30 сентября, 5 и 10 октября, 15, 17 и 27 ноября, 12 декабря 1941 г.
Далее Куманев отмечает, каких огромных усилий потребовало перебазирование сотен и тысяч промышленных объектов. При демонтаже многих предприятий ощущалась острая нехватка рабочей силы, грузоподъемных и транспортных средств. Чрезвычайно сложно было в крайне ограниченное время, часто под огнем противника демонтировать и размещать на железнодорожных платформах крупногабаритные грузы: оборудование электростанций, горной, угольной промышленности, металлургии. В условиях быстро ухудшающейся военной обстановки нередко приходилось ограничиваться вывозом только наиболее важных и технически современных агрегатов, станков, машин и механизмов. Одним из основных правил, которые постоянно стремились соблюдать местные органы во время демонтажа и перемещения предприятий, было сохранение комплектности оборудования. Эшелоны с ценным оборудованием формировались так, чтобы каждый из них, а иногда и часть могли на новом месте быстро развернуться в самостоятельное предприятие и выпускать необходимую фронту и стране продукцию.
Эвакуация из различных регионов и областей европейской части страны происходила по-разному. С наименьшим успехом она прошла в западных приграничных районах, откуда вследствие быстрого продвижения противника организовать более или менее полный вывоз населения и материальных ценностей не представлялось возможным. По свидетельству, например, руководства Брест-Литовской железной дороги, эвакуацию пришлось начать под огнем наступающего врага «при полнейшем отсутствии связи с военным командованием» и при противоречивых указаниях местных организаций, «рассматривавших вопрос об эвакуации как создание паники, как нарушение государственной дисциплины». Только после получения в 22 часа 23 июня 1941 г. приказа НКПС об эвакуации были приняты меры по вывозу различных материальных ценностей и документов. Во второй половине дня в глубь страны отправились составы с семьями трудящихся, прибывшие из зоны военных действий. Потери оказались значительными: из 10 091 вагона с материальными грузами удалось отправить в тыл только 5675.