В крайне тяжелой обстановке проходила эвакуация из Молдавской ССР. Лишь благодаря оперативным и энергичным действиям республиканских и местных органов, рабочих предприятий и железнодорожников Кишиневской дороги было вывезено из угрожаемых районов до 300 тыс. граждан республики, а также 4076 вагонов с ценным промышленным оборудованием, сельскохозяйственными машинами, зерном, продовольствием и большое количество скота. «В первые два-три дня военных действий, — вспоминал нарком путей сообщения СССР (1944–1945 гг.) генерал-лейтенант И. В. Ковалев, — вопросы эвакуации населения, воинского имущества, промышленного оборудования и других народнохозяйственных ценностей в значительной мере приходилось решать военному командованию, партийным и советским органам по собственному усмотрению. В одних случаях местные органы, трезво оценив обстановку, принимали решительные меры для эвакуации гражданского населения и материальных ценностей, в других — проявляли колебания, и в результате советские люди не по своей воле остались на оккупированной врагом территории, а материальные ценности либо в последний момент приходилось уничтожать, либо, что ещё хуже, они доставались немецко-фашистским захватчикам».
Куманев справедливо указывает, что к решению эвакуационных задач с первых дней войны были подключены и органы военных сообщений (ВОСО) фронтов и армий. Когда в середине июля 1941 г. на железнодорожном узле Великие Луки скопилось большое число вагонов с эвакогрузами, офицеры военных сообщений пришли на помощь железнодорожникам. За двое с половиной суток отсюда было отправлено в тыл страны около 1000 вагонов ценных грузов. Вместе с населением, промышленным и сельскохозяйственным оборудованием, продовольствием и культурными ценностями из прифронтовой зоны вывозилось транспортное хозяйство магистралей, заводов и предприятий НКПС. Большую роль в этом деле играли части железнодорожных войск. С первых дней войны они приняли на себя не только основную тяжесть проведения заградительных и восстановительных работ на головных железнодорожных участках, но и техническое прикрытие железных дорог. Важной составной частью их деятельности стало также обеспечение эвакуации подвижного состава, станционного оборудования, верхнего строения и т. п. Так, воины 4-й железнодорожной бригады (командир полковник М. Т. Ступаков) Особого корпуса железнодорожных войск, находясь с начала боевых действий по август 1941 г. в составе Юго-Западного фронта, сумели вывезти или разрушить 244 км главного и 32 км станционного пути. За это же время они обеспечили переброску в тыл 25 400 вагонов и 692 паровоза. Части того же корпуса сумели угнать с Львовской железной дороги в тыл более 150 паровозов.
Значительный объём эвакуационных работ в юго-западных приграничных районах на железнодорожных узлах Самбор, Стрый, Тернополь выполнили также воины 5-й железнодорожной бригады (командир полковник П. А. Кабанов) и другие части. С громадными трудностями, под непрекращающимися бомбардировками и обстрелами осуществлялось перебазирование предприятий и населения Украины и Крыма. 4 июля ЦК КП(б) Украины и Совнарком УССР направили всем партийным и советским организациям специальную директиву. В ней ставилась задача «немедленно выделить ответственных людей за каждую МТС, совхоз, отвечающих за уничтожение ценного имущества, которое не может быть взято на случай эвакуации». Директива требовала усилить «отгрузку ценностей, оборудования предприятий и продовольствия (зерно, сахар и другие ценные товары), приняв меры к тому, чтобы подготовиться к уничтожению всего оборудования, продовольственных и других товаров, которые не могут быть вывезены при вынужденном отходе частей Красной Армии». Поток грузов на восток из важнейших промышленных центров УССР быстро возрастал. Уже в первых числах июля значительных размеров достигли эвакуационные перевозки из областей Правобережной Украины. Много усилий прилагали местные органы, чтобы обеспечить вывоз всего намеченного к перебазированию. Один из руководящих работников Днепропетровской области К. С. Грушевой впоследствии отмечал, что «для проведения полного демонтажа этих заводов, для погрузки станков и различного оборудования в железнодорожные составы мы имели считанные дни. Эвакуацию провели организованно, без нервозности и спешки. Оборудование, буквально до последнего винтика и гайки, установили и уложили на своевременно поданные платформы. Инженерно-технический персонал, рабочих и служащих обеспечили продовольствием, деньгами и усадили в теплушки. К середине июля был отправлен последний, как мы его называли, „специальный“ эшелон». Одновременно развернулась эвакуация из Одесской области. Днем и ночью в условиях постоянных воздушных налетов демонтировалось наиболее важное промышленное оборудование, и шла его погрузка в эшелоны и на морские суда. В начале августа немецко-фашистские войска перерезали основную коммуникацию дороги, и Одесса оказалась изолированной с суши. Тогда было решено организовать вывоз основных железнодорожных грузов водным путем через Одесский порт в Николаев. Прибывшие в Николаев локомотивы подали к подготовленным составам, и они увезли в тыловые районы свыше 20 эшелонов с ценными грузами. К моменту занятия города противником вывоз населения и промышленного оборудования железнодорожным и морским путем был завершён.
Вскоре ввиду угрозы широкого выхода немецко-фашистских войск к Днепру в полосе обороны Юго-Западного и Южного фронтов стала неизбежной массовая эвакуация промышленных районов Приднепровья и Крыма. Только через Киевский узел было отправлено на восток 450 эшелонов, которые эвакуировали оборудование 197 крупных предприятий украинской столицы и свыше 350 тыс. киевлян. «Обстановка здесь была исключительно тяжёлой, — отмечал в своих воспоминаниях бывший уполномоченный Совета по эвакуации Л. И. Погребной. — С утра до ночи Киев бомбили. Все торопились с эвакуацией. Однако рабочие в столь напряжённой обстановке проявляли беспримерный героизм и сумели вывезти из Киева основное оборудование, сырье и материалы».
В начале августа 1941 г. ГКО и Совет по эвакуации обязали НКПС, наркоматы черной металлургии, электростанций, боеприпасов, химической промышленности, среднего и тяжелого машиностроения и земледелия ускорить перебазирование предприятий, расположенных на правом берегу Днепра. При демонтаже многих предприятий здесь ощущалась острая нехватка рабочей силы, грузоподъемных и особенно транспортных средств. Так, в докладной записке уполномоченного наркомата тяжелого машиностроения СССР Н. И. Гусарова от 7 августа 1941 г. о ходе эвакуации с Украины оборудования, материалов и рабочей силы Первомайского машиностроительного завода им. 25 Октября говорилось, что «отгрузка заводского хозяйства была прекращена только после того, как военный комендант станции заявил, что вагонов больше нам не даст, т. к. положенную норму мы уже забрали… Вагоны под погрузку поступали очень плохо, медленно, несмотря на наши категорические требования о нормальной и своевременной их подаче».
Как отмечает Куманев, основной поток эвакуационных перевозок из Приднепровья и Крыма проходил через Южную и особенно Сталинскую магистрали. В течение 15 дней августа 1941 г. только по Сталинской дороге (начальник дороги Н. Т. Закорко) было погружено около 14 тыс. вагонов эвакогрузов. С середины августа развернулось перебазирование предприятий и населения с левого берега Днепра, в первую очередь заводов, фабрик, электростанций Запорожской и восточной части Днепропетровской областей. Местными органами вместе с уполномоченными ГКО и Совета по эвакуации — председателем СНК УССР Л. Р. Корнийцом и заместителем наркома черной металлургии СССР А. Г. Шереметьевым, представителями НКПС С. И. Багаевым и Н. Ф. Дубровиным, начальниками военных сообщений Южного и Юго-Западного фронтов генерал-майором А. Н. Королевым, полковником А. А. Коршуновым, а также Военными советами этих фронтов были приняты энергичные меры по демонтажу, погрузке и вывозу наиболее ценного оборудования. 20 августа с запорожских заводов ушел первый эшелон, и с этого дня размеры эвакуационных перевозок из города и области ежесуточно нарастали. Завершалось перебазирование важнейших предприятий Днепропетровска, а после его захвата противником (25 августа) эвакуация продолжалась в левобережье области. В тесном контакте с железнодорожниками демонтировали и грузили эшелоны коллективы запорожских и днепропетровских заводов «Запорожсталь», «Днепроспецсталь», «Правда», им. В. И. Ленина, «Светофор», «Коминтерн», «Коммунар», им. Карла Либкнехта, им. Ф. Э. Дзержинского, им. Г. И. Петровского, им. Артёма, им. Шевченко, алюминиевого, магниевого, ферросплавного, коксохимического, азотнотукового, авиамоторов и др. Отвечавший за эвакуацию запорожской группы заводов А. Г. Шереметьев в послевоенное время вспоминал, что «с правого берега гитлеровцы просматривали заводы. Враг видел, как увозят оборудование запорожских предприятий, бомбил и ежедневно обстреливал территории заводов артиллерийским и миномётным огнём. Ежедневно были раненые и убитые. Но люди работали, спешили. Были дни, когда из Запорожья уходило по 800–900 вагонов, груженных оборудованием и материалами». В обычных условиях для перевозок по железным дорогам негабаритных грузов, в том числе и особо тяжелых, применялись специальные платформы. Десятки таких платформ требовались для вывоза оборудования запорожских заводов, но их на месте не было. Тогда для этой цели были приспособлены нормальные 60 — тонные платформы. Каждая усиленная платформа грузилась и отправлялась только после тщательного осмотра представителями железных дорог. На таких платформах были перевезены 22 станины прокатных станов и другие детали, вес которых превышал 60 тонн. По предложению железнодорожников для вывоза тяжелого оборудования были использованы тележки тендеров паровозов «ФД». А вскоре прибыло около 100 большегрузных платформ и транспортеров, направленных сюда по указанию Совета по эвакуации.