По справедливому замечанию Куманева, в не менее напряженных условиях прошла эвакуация и в республиках Прибалтики. В первые дни войны, несмотря на непрерывные налеты вражеской авиации и действия диверсантов, железнодорожники и рабочие коллективы предприятий Риги, Елгавы, Вентспилса, Даугавпилса и других грузили в 4–5 раз больше вагонов, чем обычно. В работу по эвакуации включились и транспортные суда, расположенные вдоль Балтийского побережья. Недостаток времени и быстрое продвижение вражеских войск не позволили эвакуировать из этого региона страны много материальных ценностей. Не было вывезено оборудование ряда предприятий металлообрабатывающей, цементной, текстильной промышленности, в частности Рижского электротехнического завода, Кренгольмской и Балтийской мануфактур и др. Эвакуация дольше всего продолжалась в Эстонской ССР, где непосредственные боевые действия развернулись несколько позднее. Она началась по решению Комитета обороны республики в конце июня 1941 г. В соответствии со срочно разработанным планом эвакуации в первую очередь было полностью вывезено оборудование и часть основных производственных кадров машиностроительного завода «Красный Крулль», завода № 463 и завода радиоаппаратов «Радио-Пионер». С 15 июля по решению того же Комитета демонтаж производственного оборудования на заводах и фабриках Эстонии был приостановлен, а часть предприятий даже установила это оборудование и приступила к работе по выполнению военных заказов. Перевозки по Эстонской железной дороге были прекращены лишь после того, как 7 августа 1941 г. противник захватил станцию Раквере, перерезав тем самым основную линию Таллин — Нарва. На западном участке перерезанной линии осталось более 1 тыс. вагонов и 40 паровозов. В эвакуационном отчете Совнаркома Эстонской ССР отмечалось, что «условия эвакуации были крайне тяжелые из-за нехватки железнодорожного подвижного состава и больших потерь вследствие бомбежек при перевозках морским транспортом. Мобилизация в армию и на фортификационные работы вызвала острый недостаток в рабочей силе при погрузочно-разгрузочных работах». И всё же за время эвакуации удалось перебросить в тыл значительную часть людей и материальных ценностей: около 13 тыс. единиц различного производственного оборудования предприятий республики, 65 паровозов и мотовозов, более 6 тыс. единиц электрооборудования, 750 тыс. кв. м хлопчатобумажных тканей и т. п. на сумму свыше 600 млн. рублей.
Согласно постановлению Военного совета Северо-Западного фронта от 28 июня 1941 г. началась эвакуация из Ленинграда и области. В первую очередь по указанию местных партийных и советских организаций стали вывозиться старики и женщины с малолетними детьми. Одновременно был организован вывоз ленинградских архивов, импортного оборудования, уникальных станков, агрегатов; началась разгрузка города от ряда оборонных предприятий. В начале июля Отделом военных сообщений штаба главнокомандующего Северо-Западным направлением совместно с начальниками военных сообщений Северного и Северо-Западного фронтов был составлен декадный план эвакуации военного имущества и различных материальных ценностей с территории фронтов. Этот план предусматривал погрузку 600 вагонов в сутки. Как отмечал в своих мемуарах М. Д. Опендик, работавший начальником службы движения Октябрьской железной дороги, погрузка оборудования ленинградских заводов и фабрик проходила тогда «не совсем организованно. Это объяснялось отсутствием не только достаточного опыта, но и приспособлений для погрузочных работ. И все же на грузовые и сортировочные станции Ленинградского железнодорожного узла, на подъездные пути фабрик и заводов подавались тысячи вагонов и платформ». Массовая же эвакуация ленинградских промышленных предприятий и населения по решению ГКО от 11 июля 1941 г. развернулась после того, как противник овладел Псковом и вышел к р. Луге. Работа Ленинградского узла резко осложнилась. Значительно возрос поток эшелонов с грузами из Прибалтики, со станций Карельского перешейка и других районов. Ход эвакоперевзок находился под контролем заместителя председателя Совнаркома СССР А. Н. Косыгина, направленного в Ленинград в качестве уполномоченного ГКО. В первую очередь вывозилось оборудование тех оборонных предприятий, которые не могли в создавшихся условиях выпускать продукцию. Решение ГКО о перемещении в тыл Кировского и Ижорского заводов было вынесено 26 августа 1941 г., однако через два дня по указанию ГКО их вывоз был временно остановлен. В то же время демонтаж и эвакуация других ленинградских предприятий продолжались. Но 29 августа 1941 г. враг перерезал последнюю железнодорожную линию. 8 сентября замкнулось кольцо блокады, и эвакуировать в тыл многих ленинградцев, а также материальные и культурные ценности полностью не удалось. К этому времени из города Ленина было эвакуировано, согласно оперативным сводкам НКПС (с 29 июня по 26 августа включительно), 773 590 человек (в том числе беженцев из Прибалтики и Карело-Финской ССР) и десятки крупных предприятий. Вывоз из Ленинграда населения и оборудования возобновился воздушным путем и через Ладожское озеро, которое использовалось для этой цели и в зимние месяцы. Как сообщал в ГКО Косыгин, только с 22 января по 11 апреля 1942 г. из Ленинграда по льду Ладожского озера удалось переправить на автомашинах и специально оборудованных товарных вагонах 539 400 человек.
Эвакуация из Мурманской области и Карело-Финской ССР была проведена главным образом по Кировской железной дороге, которая на протяжении более чем 1500 км находилась в прифронтовой полосе. Из Советского Заполярья железнодорожники перебазировали в глубокий тыл несколько тысяч вагонов грузов, в том числе все оборудование комбинатов «Северони-кель» и «Апатит», Кандалакшского алюминиевого завода, Левозерского горнообогатительного комбината, гидростанции Нива-3, часть турбин Туломской ГЭС, Нива-ГЭС-II, рыбокомбинат, часть оборудования судоремонтных заводов Главсевморпути, морского пароходства и судоверфи Наркомрыбпрома. Было также вывезено большое число рабочих и 115 тыс. человек женщин и детей. С территории Карелии были отправлены в тыл почти 90 % населения, а также оборудование и имущество Онежского завода, слюдяной и лыжной фабрик, Соломенского, Сунского и Ильинского лесозаводов, часть оборудования Кемского и Беломорского лесозаводов, Кондопожского и Сегетского комбинатов, большинство МТС, колхозов и совхозов и т. д.
Эвакуационными перевозками были заняты и железные дороги Кавказа. С 28 октября началось перебазирование «Майкопнефти» и «Грознефти». К 9 ноября 1941 г. с Орджоникидзевской магистрали на Закавказскую железную дорогу поступило 16 208 вагонов с эвакогрузом, в том числе 10 758 вагонов с промышленным оборудованием и материалами. Почти все грузы направлялись на перевалку в Бакинский порт. Через кавказские магистрали эвакуировались и таганрогские заводы им. Андреева, авиационный им. Дмитрова и «Красный котельщик», Новочеркасский листопрокатный завод им. Буденного, Ростовский завод «Красный Аксай», Краматорский завод тяжелого машиностроения, Новочеркасский станкостроительный завод и другие крупные предприятия.
Как справедливо замечает Куманев, много усилий от транспортников потребовал вывоз хлеба и других продуктов питания из зоны военных действий и прифронтовых районов. К 1 августа 1941 г. по Калининской, Западной, Одесской, Ленинградской, Юго-Западной, Московско-Киевской, Южной и Белорусской дорогам удалось эвакуировать 32 731 вагон с хлебом. А между тем в связи со сбором нового урожая зерновых в западных и южных областях на местах погрузки начали скапливаться целые горы зерна, которые требовалось любой ценой спасти от немецко-фашистских захватчиков. По указанию НКПС вывоз хлеба стал проводиться только маршрутами или укрепленными группами вагонов. На станции массовой погрузки хлеба направлялись руководящие работники дорог. Несмотря на постоянную острую нехватку порожняка, только железнодорожники Сталинской магистрали с начала эвакуации по 1 октябри сумели вывезти 35 514 вагонов хлеба. По решению Совета по эвакуации от 5 августа 1941 г. по южным и юго-западным магистралям намечалось эвакуировать также 5385 вагонов сахара, но работники этих дорог обеспечили вывоз к началу сентября не менее 6,5 тыс. вагонов. Темпы массовых эвакуационных перевозок в осенние месяцы 1941 г., когда противнику удалось захватить около 40 % протяженности сети, были весьма напряженными.
Всё возраставшая угроза советской столице вызвала необходимость проведения эвакуации также Москвы и Московской области. Так, уже в первые недели войны развернулась подготовка к перебазированию из столицы на восток двух заводов наркомата судостроительной промышленности. Одновременно была начата довольно широкая эвакуация населения. Следует учесть, что с конца июня через Москву, как важнейший транспортный узел, стал проходить большой поток беженцев из западных районов СССР, На пути этого потока наркоматом внутренних дел были организованы заслоны железнодорожной милиции, которая на близко расположенных к столице станциях вела строгую проверку всех прибывавших лиц. Только в течение одной недели — с 28 июня по 4 июля 1941 г. — ею было задержано для проверки 49 730 человек, из них оказались арестованными по разным причинам — 2116 человек. Одновременно органы милиции изъяли 29 пулемётов, 1026 винтовок, 1260 пистолетов, 223 боевые гранаты, свыше 47,2 тыс. патронов и др. По данным Пассажирского управления НКПС, с 29 июня по 29 июля специальные эвакопоезда вывезли из Москвы 959 530 человек (включая беженцев из прифронтовых областей). Быстрое приближение линии фронта потребовало форсировать эвакуационные мероприятия. 26 июля 1941 г. Совет по эвакуации вынес решение об ускорении эвакуации гражданского населения столицы. Наркомату путей сообщения было предписано с 26 июля по 2 августа ежедневно эвакуировать не менее 64 тыс. человек. Более широкие масштабы эвакоперевозки из Москвы и Московской области приняли в осенние месяцы 1941 г., когда гитлеровское командование начало операцию «Тайфун» — генеральное наступление на советскую столицу. «Ввиду неблагополучного положения в районе Можайской оборонительной линии» ГКО вынес 15 октября постановление «Об эвакуации столицы СССР г. Москвы». На 12 декабря, по данным 24 наркоматов, эвакуацией было охвачено 523 предприятия Москвы и Московской области. На 10 декабря вместе с предприятиями удалось переместить в тыл 564 248 работников промышленности и членов их семей. Общее число эвакуированных москвичей достигло 2 млн. человек.
