Ситуация складывалась так, что в условиях постоянно ухудшающегося положения на фронте нередко приходилось ограничиваться вывозом только наиболее ценных и технически современных агрегатов, станков, машин, механизмов. При этом необходимо было, с одной стороны, обеспечить оперативную переброску определенного числа и профиля предприятий для развертывания военного производства на востоке, а с другой — требовалось не допустить, чтобы эвакуация вызвала резкие перебои в обеспечении первоочередных нужд действующей армии. В то время как одна часть промышленных предприятий находилась в пути на восток, другая продолжала на старом месте до последней возможности производить продукцию для фронта. Принцип очередности и поэтапности эвакуации зависел, таким образом, прежде всего от складывавшейся обстановки, а также типа и значения предприятий. При этом одним из основных правил, которые постоянно стремились соблюдать местные органы во время демонтажа и перемещения предприятий, было сохранение комплектности оборудования. Эшелоны с ценным оборудованием формировались так, чтобы каждый из них, а иногда и часть, могли быстро развернуться в самостоятельное предприятие и выпускать продукцию. К началу октября вывоз важнейшего оборудования запорожских и днепропетровских заводов был завершен.
С большими трудностями и потерями осуществлялась эвакуация из Харьковской области и Донбасса. Как отмечалось в одном из спецсообщений Транспортного управления НКВД СССР от 4 октября 1941 г., перебазирование харьковских предприятий «из-за неподготовленности заводов к погрузке, отсутствия средств механизации погрузочных работ и глазным образом из-за нераспорядительности и растерянности администрации заводов» проводилось неудовлетворительно. И все же к 16 октября все крупные заводы города и области (45 предприятий) удалось эвакуировать. Вместе с заводами выехали в тыл 24,5 тыс. рабочих, инженерно-технических работников и служащих. Решение Совета по эвакуации о перемещении в восточные районы страны предприятий Донецкого бассейна состоялось лишь, 9 октября 1941 г., когда противник уже завязал бои на территории Донбасса. Всего за пять дней до захвата врагом Макеевки началась эвакуация местного металлургического завода. Постановление ГКО о перебазировании на восток Мариупольского металлургического завода было вынесено 5 октября, эвакуация началась на следующий день, но уже 8 октября была прервана противником. «По важнейшим металлургическим, коксохимическим и огнеупорным заводам Сталинской области фактически эвакуация была сорвана», — сообщал в ГКО нарком черной металлургии СССР И. Ф. Тевосян. Из Сталинской и Ворошиловградской областей местные органы успели отправить в тыл только 11 870 вагонов с людьми, оборудованием и материалами. Чрезвычайно сложной задачей являлось перебазирование энергетического хозяйства Украины, которое нельзя было демонтировать одновременно с другими оборонными предприятиями. Ведь значительная часть из них выполняла срочные заказы фронта и нуждалась в бесперебойной подаче электроэнергии. Поэтому переброска из угрожаемых районов основного оборудования таких крупных электростанций, как Киевская, Кураховская, Зуевская, Северо-Донецкая, Штеровская ГРЭС, Одесская ТЭЦ, проходила буквально перед отходом советских войск, в самые последние дни и часы. На Днепропетровской ГЭС местные работники успели снять только некоторые детали с трех турбин, а плотину пришлось взорвать. Всего с Украины только с июля по октябрь были вывезены в тыл миллионы людей, около 500 крупных промышленных предприятий. Кроме того, удалось эвакуировать за пределы республики свыше 6 млн. голов скота, 1667,4 тыс. тонн зерна и 269,5 тыс. тонн зернопродуктов, тысячи тракторов, автомашин и много других материальных и культурных ценностей. Нелёгкой была эвакуация и из Крыма, где пропускная способность участков была недостаточной и отсутствовало необходимое количество порожних вагонов и погрузочных механизмов. В этих условиях и несмотря на близость фронта, только с 7 по 31 августа работниками Сталинской дороги было отправлено в тыл из Приднепровья и Крыма 54 000 вагонов с эвакогрузами и населением — значительно больше, чем это было предусмотрено планом, установленным правительством на вторую и третью декады августа 1941 г.
Куманев далее справедливо отмечает, что эвакуация производительных сил с территории Белорусской ССР осуществлялась в исключительно тяжёлых условиях. Уже 23 июня 1941 г. встал вопрос о незамедлительной эвакуации населения и материальных ценностей из городов, подвергавшихся обстрелу в полосе военных действий. «Это было нелёгкое решение, — рассказывал бывший первый секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. К. Пономаренко. — Ещё тяжелее было ставить этот вопрос перед ЦК ВКП(б) и правительством. В середине дня я позвонил Сталину и после краткой информации сообщил ему о нашем решении. Он удивился и спросил: „Вы думаете это надо делать? Не рано ли?“ Я ответил: „Обстановка сложилась такая, что в половине западных областей республики (в Брестской, Белостокской, Пинской, Барановической) широкая эвакуация уже невозможна. Боюсь, что опоздание с этим для Минска и восточных областей станет непоправимым“. Подумав, Сталин сказал: „Хорошо, приступайте к эвакуации…“» Была срочно создана республиканская комиссия во главе с председателем Совнаркома БССР И. С. Былинским, которая приступила к работе. Между тем обстановка стремительно ухудшалась, что не позволило организовать эвакуацию в достаточно широких размерах из западных областей БССР, которые уже через несколько дней были оккупированы врагом. В несколько больших размерах эвакуация прошла в восточной части республики. Только из Гомеля и одноименной области ежедневно отправлялось в тыл не менее 250–300 вагонов с эвакогрузами. Между тем для эвакуации оборудования только «Гомсельмаша», паровозоремонтного и станкостроительного заводов требовалось более 2500 вагонов и платформ. В докладной записке от 18 августа 1941 г. на имя Председателя ГКО Сталина Пономаренко сообщил, что все наиболее значительные предприятия числом 83 из Белоруссии эвакуированы полностью, в том числе станкостроительные заводы, «Гомсельмаш», очковая фабрика, ПРЗ, пресса для изготовления дельта-древесины (важнейший материал для изготовления самолетов того периода), Могилевский авиазавод, Оршанский льнокомбинат, Кричевский цементный завод, труболитейный завод, судоремонтные мастерские и др. В записке отмечалось, что в тыловые районы удалось вывезти более 16,5 тыс. единиц ценного технологического оборудования, 842 т цветных металлов, 44 км силового кабеля, более 3400 вагонов готовой продукции, свыше 2130 вагонов металлолома, а также 44 765 тонн зерна, 600 тыс. голов скота, 4 тыс. тракторов, 400 комбайнов, 150 молотилок и др. Всего из Белоруссии было эвакуировано свыше 1,5 млн. человек, 109 крупных и средних промышленных предприятий, из них 39 союзного и 70 республиканского значения.
По справедливому замечанию Куманева, в не менее напряженных условиях прошла эвакуация и в республиках Прибалтики. В первые дни войны, несмотря на непрерывные налеты вражеской авиации и действия диверсантов, железнодорожники и рабочие коллективы предприятий Риги, Елгавы, Вентспилса, Даугавпилса и других грузили в 4–5 раз больше вагонов, чем обычно. В работу по эвакуации включились и транспортные суда, расположенные вдоль Балтийского побережья. Недостаток времени и быстрое продвижение вражеских войск не позволили эвакуировать из этого региона страны много материальных ценностей. Не было вывезено оборудование ряда предприятий металлообрабатывающей, цементной, текстильной промышленности, в частности Рижского электротехнического завода, Кренгольмской и Балтийской мануфактур и др. Эвакуация дольше всего продолжалась в Эстонской ССР, где непосредственные боевые действия развернулись несколько позднее. Она началась по решению Комитета обороны республики в конце июня 1941 г. В соответствии со срочно разработанным планом эвакуации в первую очередь было полностью вывезено оборудование и часть основных производственных кадров машиностроительного завода «Красный Крулль», завода № 463 и завода радиоаппаратов «Радио-Пионер». С 15 июля по решению того же Комитета демонтаж производственного оборудования на заводах и фабриках Эстонии был приостановлен, а часть предприятий даже установила это оборудование и приступила к работе по выполнению военных заказов. Перевозки по Эстонской железной дороге были прекращены лишь после того, как 7 августа 1941 г. противник захватил станцию Раквере, перерезав тем самым основную линию Таллин — Нарва. На западном участке перерезанной линии осталось более 1 тыс. вагонов и 40 паровозов. В эвакуационном отчете Совнаркома Эстонской ССР отмечалось, что «условия эвакуации были крайне тяжелые из-за нехватки железнодорожного подвижного состава и больших потерь вследствие бомбежек при перевозках морским транспортом. Мобилизация в армию и на фортификационные работы вызвала острый недостаток в рабочей силе при погрузочно-разгрузочных работах». И всё же за время эвакуации удалось перебросить в тыл значительную часть людей и материальных ценностей: около 13 тыс. единиц различного производственного оборудования предприятий республики, 65 паровозов и мотовозов, более 6 тыс. единиц электрооборудования, 750 тыс. кв. м хлопчатобумажных тканей и т. п. на сумму свыше 600 млн. рублей.