1 марта 1990 году между Святым Престолом и СССР были установлены дипломатические отношения. А в 1991 году в СССР к власти пришёл Борис Ельцин, возглавив новое демократическое государство – Российскую Федерацию. Встречи папы Иоанна Павла II и Бориса Ельцина состоялись в 1991 и 1998 гг.
В сентябре 1992 года Святой Престол установил дипломатические отношения с Мексикой.
В конце этого года папа обратился к Международной конференции по проблемам питания, проходившей в штаб-квартире ООН по продовольствию и сельскому хозяйству (ФАО), расположенной в Риме. Хотя Иоанн Павел II не имел ввиду кризис, разразившейся в Сомали, куда были готовы высадиться подразделения американской армии, чтобы попытаться установить общественный порядок, необходимый для борьбы с голодом и смертью, ситуация в Сомали повлияла на общий тон выступлений. Голод, говорил Папа не может больше рассматривать как естественный процесс, ни как негативный результат перенаселения. Современная проблема касается не производства, а распределения продовольствия, которому препятствуют природные катаклизмы, коррупция, жесткая политика или протекционизм. Иоанн Павел II отмечал, что каждый день голод приводит к смерти тысячи детей, пожилых и наиболее уязвимых возрастных и социальных групп людей. Излечить эту болезнь – обязанность справедливости. Войны между нациями и внутренние конфликты не должны приговаривать беззащитных граждан к смерти от голода из-за чужих эгоистических или фанатичных убеждений. Принцип невмешательства во внутренние дела стран в подобных обстоятельствах неприменим. Папа настаивал, что совесть человека, поддерживаемая обеспечением международного гуманитарного права, требует, чтобы гуманитарная интервенция была обязательной там, где выживание населения и целых этнических групп поставлено под угрозу. Это диалог наций и международного сообщества.
Можно отметить высокую активность действий католической Церкви в Казахстане. После падения Советской «империи» и обретения Казахстаном независимости, католики данной страны пытались всеми силами возродить Церковь. Иоанн Павел II установил новые церковные структуры в Казахстане. Весной 1991 года была создана Апостольская Администратура Казахстана и Средней Азии. В её состав входило ещё четыре республики: Узбекистан, Таджикистан, Киргизия и Туркменистан. 13 апреля 1991 года апостольским администратором был назначен епископ Ян Павел Ленга. Город Караганда, являвшийся центром духовной жизни католиков и городом мучеников, стал столицей новой администратуры.
Немного позже были установлены официальные дипломатические отношения между Казахстаном и Святым престолом. Обмен нотами состоялся 17 октября 1992 года. А назначение архиепископа Марианна Олеся апостольским нунцием в Казахстане – 9 апреля 1994 года. В 1997 г. католики остальных четырёх республик Администратуры получили статус «sui iuris».
1998 год становится историческим для Казахстана – основывается первая Высшая духовная семинария. 24 сентября того же года подписывается договор о взаимном сотрудничестве между Республикой Казахстан и Святым престолом, что открывает Католической Церкви в Казахстане много перспектив. Казахстан является первой республикой бывшего Советского Союза, предпринявший подобный политический шаг.
В связи с ростом количества приходов были необходимые новые церковные структуры, и 6 августа 1999 года Апостольская Администратура Казахстана была преобразована папской буллой «Ad aptius consulendum» в Карагандинскую епархию, в которой епископское служение было вверено Его Преосвященству Яну Павлу Ленге, как епископу Карагандинскому (буллой «Romani est Pontificis»). Учреждены три новые апостольские администратуры: Астанинская (на севере страны), Атыраусская (на западе) и Алма-атинская (на юге Казахстана). Был организован также благотворительный общественный фонд «Каритас Казахстан».
Президент Н.А.Назорбаев отметил: «Мы казахстанцы, разделяем точку зрения многих людей мира, считающих Иоанна Павла II величайшим человеком, олицетворением настоящей нравственной силы.
Для Иоанна Павла II проблема абортов являлась главной проблемой для мировой культуры. Народонаселение и развитие являются серьёзными проблемами. За них нельзя взяться полностью без чувства священности жизни и понимания и понимания человеческой способности к любви и самопожертвованию. А это, по сути, было упущено в проекте Каирского документа. Святой Престол практически не нашёл сторонников по данному вопросу. Несмотря на сообщения прессы о поражении Ватикана, Святой Престол кое -чего достиг на Каирской конференции. Одно из основных положений заключительного доклада звучало: «…аборты ни в коем случае не могут пропагандироваться как метод планирования семьи».
Предложение, на котором так настаивали США – определение аборта по требованию как международного признанного права человека – было отклонено. Вряд ли Каирская конференция прошла бы таким образом, если бы не предшествующая ей наставительная кампания Иоанна Павла II и отказ папы уступить неприемлемым для Церкви положениям, которые определили весь ход конференции и её итоги.
В 1995 году Иоанн Павел II прибыл в США с пастырским визитом и с обращением к ООН, чтобы обратиться к делегатам и миру по поводу пятидесятой годовщины ООН.
Познавший и восхищение и критику, понтифик стал одной из значимых фигур XXв., «вехой современной истории». Ему было что сказать делегатам и всемирной телеаудитории о значении этого века и о том, и о том, что могут принести новый век и новое тысячелетие. Папа хотел, чтобы веку жестокого насилия пришёл век убеждения и диалога. Недавняя история показала, что миру ещё предстоит научится жить в разнообразии. Религиозная свобода и свобода совести являются основой в структуре прав человека и каждого свободного общества. Папа говорил, что находится в ООН как «свидетель надежды». Обращение папы к Генеральной Ассамблее получило хорошие отзывы.
В октябре 1996 года состоялись переговоры между Святым Престолом и правительством Вьетнама в Ханое.
Иоанн Павел II вторую половину 1990-х гг. продолжал обострять одну из отличительных тем своего понтификата – культура как движущая сила истории.
Во время визита в Польщу в июне 1995 года Иоанн Павел II разъяснял особое видение приоритета культуры над политикой и экономикой, в тоже время развивая видение общественной Церкви, как формы культуры. Июньское паломничество осознано было заполнено образами польского христианского прошлого. Кроме этого, папа поощрял практически каждое католическое движение или католические инициативы в Польше.
Стратегия Иоанна Павла II с приоритетом культуры и социальных реформ сдала свой самый трудный экзамен во втором десятилетии его понтификата, когда папа выполнил своё давнее намерение посетить Кубу.
Кубинский католицизм никогда не уходил в подполье, как Церковь на Украине или в Чехословакии в период коммунистического правления в этих странах. В конце 1989 года кубинские епископы, наблюдавшие за происходящим в Европе, написали Кастро и призывали его отказаться от диктаторской власти. Кубинский лидер признал епископов как пособников контрреволюционеров. В 1991 году Коммунистическая партия Кубы согласилась принимать верующих в свои ряды и в 1992 официально провозгласила кубинское государство «секулярным», а не атеистическим. Но участвуя в 1992 году во Всемирном саммите по защите окружающей среды в Рио-де-Жанейро, Кастро обвинил кубинских епископов в пособничестве правительству США, и в это время папский визит был отклонён. Позже кубинские епископы выпустили пастырское послание. Они обвиняли режим в массовом исходе беженцев и призывали, чтобы изгнанникам предоставлялась возможность участия в разрешении кубинских проблем. Иоанн Павел II одобрял данную инициативу, в то время как это не устраивало кубинское правительство. «Игра» между Римом и Гаваной продолжалась. Папа посылал на остров неофициальных личных представителей, Кастро принимал их. В 1996 году Кастро посетил Всемирный саммит по продовольствию, который проходил в Риме. Он был принят Иоанном Павлом II на приватной аудиенции. После этого Кастро официально пригласил папу посетить Кубу. Папа и Святой Престол были полны решимости использовать визит как возможность разрешить несколько серьёзных для себя проблем. На тот момент на Кубе не хватало священнослужителей. Также отсутствовал доступ к средствам массовой информации, что означало, Церковь не имеет возможности представлять себя кубинскому обществу. Кроме этого судьба примерно 900 политических заключённых, сидящих в тюрьмах Кастро, оставалась не разрешённой. Подготовкой к папскому визиту осуществлял Папский представитель по связям с общественностью Хоакин Наварро – Валлс.
21 -25 января 1998 года осуществилось первое в истории папское паломничество на Кубу. Темы его главных обращений были логически выстроены и вытекали одна из другой: от семьи и полноты образования через новую интерпретацию кубинской истории и до активного призыва возродить Кубу для истории и международного сообщества. Без упоминания существующего кубинского режима, Иоанн Павел II излагал схему его замещения истинно кубинской системой свободы. Проповедь папы включала процесс христианской евангелизации и формирования культуры. Он рассматривал также список кубинских культурных и политических героев, столетиями выбиравших путь свободы и справедливости, как основу человеческого достоинства, затем призывал к освобождению политических заключённых. Иоанн Павел II не упустил возможность во время последнего, главного, публичного выступления на Кубе критиковать экономическое эмбарго США. Папа говорил о проблемах Кубы как результатах работы системы, которая отказалась от достоинства человеческой личности. Иоанн Павел II снова решительно защищал религиозную свободу, призывая строить не государство жертв и атеистов, а свободное государство. Папа призывал к тому, что каждая личность и каждая религиозная конфессия имеет право жить в своей вере свободно, выражать веру в контексте общественной жизни, приносить духовную, моральную, гражданскую пользу, имеющую отношение к жизни нации. Понтифик открывал для кубинцев, что пришло время, начать новый путь. Он говорил, что настало время обновлений, которое чувствуется в приближении третьего тысячелетия христианской эры.
