Обеспокоенный Хрущёв дал прямое поручение академику Келдышу, только что, в конце 1957 г избранному членом Президиума ЦК КПСС, разобраться с положением дел в Академии. (В реальной истории такое поручение было дано секретарю ЦК Нуритдину Акрамовичу Мухитдинову).
Зная, что сам Келдыш — тоже сторонник реформирования Академии, Хрущёв не сомневался в успешном решении проблемы, но попросил Мстислава Всеволодовича учесть мнение как сторонников реформы — академиков Лаврентьева, Семёнова, Капицы, Соболева, так и сторонников линии Несмеянова.
— Не спешите, взвесьте все «за» и «против», — прямо сказал Никита Сергеевич. — Нам не нужно, чтобы потом всякие «обиженные» писали в мемуарах, что «Хрущёв разогнал учёных».
Деловые отношения у Несмеянова с Хрущёвым тоже не складывались. Несмеянов был достаточно консервативным, и в динамичную линию поведения Первого секретаря не вписывался. Никита Сергеевич не мог понять, почему «рядовые» академики Капица, Курчатов, Семенов, Лаврентьев, Христианович идут к нему с вопросами общегосударственного значения, болеют за дело, а глава Академии всё больше беспокоился о готовящемся сокращении двухмесячного отпуска академическим научным сотрудникам, а также отмена выплаты ежемесячной «надбавки за звание». (Тогда академикам выплачивали каждый месяц 500 (5000 рублей до реформы 1961 года), а членам-корреспондентам 250 (2500) сверх зарплаты, независимо от выполненной работы. Источник: С.Н. Хрущёв «Реформатор»)
Плотно занятый в Главкосмосе академик Келдыш готовил свои предложения по реформе Академии Наук более года. Сначала проблему обсуждали на Президиуме Академии, затем в Отделе науки ЦК у Кириллина, и наконец в мае 1959 года вынесли на заседание Президиума ЦК, положившее начало реформированию Академии.
Мстислав Всеволодович, как член Президиума ЦК (АИ), изложил свой проект. Потом выступил Несмеянов, после него — Косыгин, завершил обсуждение Хрущёв. Все пришли к согласию, что реформа Академии Наук назрела, но взгляды на методы проведения реформы у всех сторон были свои.
Хрущёв в целом склонялся к мнению академика Келдыша, а он как раз поддерживал позицию академиков Семёнова, Лаврентьева, Тамма, Соболева и других «реформаторов». Тем не менее, решать с ходу ничего не стали, согласились с тем, что реорганизация науки дело неспешное и деликатное.
Никита Сергеевич миролюбиво отметил, что «переселение — это как перенос старого дома, что нередко трудно сделать. Кроме того, опыт показывает: переселение ученых связано с разного рода проблемами. Лучше создавать новые лаборатории при заводах, научные институты — в районах-комбинатах, куда наряду с опытными известными учеными выдвигать больше молодежи. Подумайте, товарищи, и вносите предложения».
Ничего особенно угрожающего в словах Первого секретаря не прозвучало. Несмеянов опасался, что Хрущёв потребует передачи в местное подчинение уже существующих филиалов академических институтов, но Никита Сергеевич предложил создавать на стыке практики с теорией новые исследовательские организации так, чтобы они бы не порывали связи с большой московской наукой и одновременно увязывали бы эту большую науку с интересами производства.
Идея Первого секретаря ученым понравилась. Московские институты один за другим учреждали свои филиалы в промышленных центрах. Со временем они набирали сил, отделялись и превращались в самостоятельные научные центры. Предложенная Хрущёвым стратегия развития науки оказалась жизнеспособной и намного пережила его самого.
В итоге поручили Несмеянову и ученому секретарю Академии Александру Васильевичу Топчиеву подготовить свои собственные предложения, чтобы затем сравнить их с проектом академика Келдыша.
Александр Николаевич поначалу рассчитывая, как и в 1955—1956 годах, спустить вопрос на тормозах, предложил передать в промышленность лабораторию двигателей академика Стечкина, занятую вопросами сугубо прикладного направления, и передать в подчинение районов-комбинатов расположенные на их территории филиалы некоторых институтов. С этими предложениями Несмеянов выступил в июне 1959 года на уже упомянутом Пленуме ЦК.
И тут, не ко времени для сторонников Несмеянова, в самой Академии снова начали активно выступать Семёнов с Капицей, к ним присоединились и другие весьма авторитетные академики, физики Алиханов и Тамм, химики Кабачник и Шемякин, их поддержал Мстислав Всеволодович Келдыш, к которому они апеллировали в поисках поддержки на уровне ЦК.
С этими академиками у Несмеянова отношения были сложные. Он вообще не жаловал «нарушителей спокойствия», а Лаврентьева и Семёнова откровенно не переносил, именно потому, что они постоянно лезли «не в свое дело», да ещё через его голову. Лаврентьев не ставя в известность Несмеянова, «пробил» в правительстве создание Сибирского отделения АН СССР. Семёнов, также вопреки распоряжениям Несмеянова, организовал под Москвой, в Черноголовке, испытательный центр, где исследовал теорию взрыва. Пользуясь личными связями, на собственной «пробивной» энергии Николай Николаевич привел в Черноголовку военных строителей, ежегодно неведомым для президента Академии образом «осваивал» изрядную часть выделяемых Академии ресурсов. В результате Черноголовка под руководством Семёнова существенно обгоняла создаваемый Несмеяновым научный комплекс химических и биохимических институтов в Пущино.
В этой ситуации Несмеянов растерялся и попросился на приём к Хрущёву. Первый секретарь Александра Николаевича не «мариновал», принял без задержки, на следующее же утро, 3 июля 1959 года. Несмеянов и в этот раз не решился идти один, взял с собой Топчиева.
Беседа длилась примерно полчаса. Говорил главным образом Топчиев, он же и отвечал на вопросы Хрущёва. Несмеянов только изредка уточнял детали. Топчиев жаловался на сложность управления современной наукой,
— У нас, Никита Сергеич, чуть ли не каждый год в самых различных областях возникают новые направления исследований, — объяснял Александр Васильевич, — а все нужно держать в одном кулаке.
— Не будет ли разумнее в таких условиях разделить Академию по нескольким основным направлениям, учредить несколько специализированных академий? — спросил Хрущёв. — Времена поменялись, началась научно-техническая революция, а мы продолжаем жить по старинке, как в петровские времена. Пригласили тогда в Россию с Запада первых ученых, они создали свое сообщество, Академию наук, где занимались всем: и физикой, и химией, и стихи сочиняли, и сейчас так же продолжают. Я не настаиваю, — подчеркнул Никита Сергеевич, — я только пытаюсь прояснить для себя возможные варианты.
