В отношении передачи прикладной науки в промышленность, Хрущёв подтвердил, что отступать он не намерен, и спустить дело на тормозах не удастся:
— Мы в мае на Президиуме ЦК решили, что вы, товарищ Несмеянов, обязаны к 16 октября 1959 года представить свои конкретные предложения, — напомнил Первый секретарь. — Времени у вас достаточно, я жду от вас документ к установленному сроку.
В течение июля-августа Несмеянов ничего не предпринял — и члены Президиума Академии, и другие ученые отгуливали свои двухмесячные отпуска.
В целом же поначалу в Президиуме Академии наук побеждали сторонники Несмеянова. И тогда академик Семёнов, утвердившийся как негласный предводитель «оппозиции», 8 августа 1959 года опубликовал в газете «Известия» статью на целый разворот под заголовком «Наука сегодня и завтра».
В статье Семёнов сформулировал основной принцип реформ в науке: «задачи академических исследований — поиск новых свойств материи, проникновение в неизведанные тайны природы», а конструированием техники на базе этих открытий должна заниматься промышленность. В той же статье Семёнов изложил своё видение новой, реформированной Академии наук, описал возможные основы её организационной структуры, сформулировал главные направления научных исследований, а также призвал «избавиться от балласта, передать в промышленность всё лишнее, все институты, научным поиском не занимающиеся».
Он предлагал сосредоточить академические исследования на основных, перспективных направлениях науки, изменив структуру Академии так, чтобы каждое отделение разрабатывало одно из них, закладывало фундамент производства, технологий будущего. Семёнов предлагал полностью упразднить Техническое отделение Академии, перевести все его институты в промышленность. репутации их директоров-академиков такое переподчинение никакого ущерба не нанесет. В промышленности уже работали немало членов Академии, таких как Туполев, Александров, и другие.
Возмущённый Несмеянов потребовал обсудить статью Семёнова на Президиуме Академии, призвал своих сторонников дать отпор «ренегату». 28 августа 1959 года также в «Известиях» появилась статья академика Бардина. Иван Павлович руководил институтом в составе Академии Наук и одновременно был директором отраслевого Научно-исследовательского института черной металлургии в профильном министерстве. Само собой, ему хотелось сохранить оба поста. Поэтому Бардин Несмеянова поддержал, но выступил осторожно, не желая конфликтовать открыто ни с коллегами-академиками, ни, тем более, с Хрущёвым.
Несмеянов обиделся на Бардина за подобную позицию «и нашим и вашим» и вознамерился ударить по Семёнову в полную силу. 6 сентября 1959 года «Известия» под заголовком «Изучать и переделывать мир» опубликовали коллективную статью академиков, занимавшихся прикладными проблемами. Её авторы — заведующий отделом теории машин Института механики Иван Иванович Артоболевский, артиллерист-баллистик Анатолий Александрович Благонравов, радист Александр Львович Минц, директор лаборатории двигателей Борис Сергеевич Стечкин, управленец-автоматчик Борис Николаевич Петров были учеными весьма разного толка, мало совместимые между собой. Их объединило нежелание переходить в промышленность.
Серьезных аргументов у них, однако же, не нашлось. Тогда авторы статьи раскритиковали Семёнова с идеологических позиций, придрались к тому, что Семенов ничего не сказал об общественных науках, сослались при этом на цитату из Карла Маркса: «Наука не только изучает, но и переделывает мир», чем, собственно, и занимаются прикладники. Авторы статьи заявили, что Семенов об усовершенствовании мира не задумывается, а это советскому ученому не к лицу. В 1949 году от таких обвинений Николаю Николаевичу пришлось бы туго. Но в 1959 году более трети ЦК составляли прогрессивные, инициативные учёные, мыслившие точно так же, как и Семёнов. На коллективный донос в ЦК не обратили внимания. (АИ частично, в реальной истории столько учёных в ЦК не было, но ожидаемой авторами реакции на письмо не последовало)
Хрущёв, читая в «Известиях» одну статью за другой, только дивился. Когда эта перепалка только начиналась, он затребовал из ИАЦ информацию по реформе Академии Наук, и теперь понимал, что действовать следовало более решительно. Он уже знал, что в «той» истории Президентом Академии был избран Мстислав Всеволодович Келдыш, а общее управление научными исследованиями было поручено Научно-техническому комитету Совета Министров СССР, переименованному в Государственный комитет Совета Министров СССР по координации научно-исследовательских работ, но это решение было принято только весной 1961 г, после окончания 2-го президентского срока А.Н. Несмеянова. Тянуть ещё два года Хрущёв не хотел, каждый месяц промедления вёл к отставанию в научных исследованиях.
9 сентября 1959 года Несмеянов собрал Президиум Академии, сообщил о неизбежности реформ, предупредил всех, что отделаться косметическими изменениями не получится, и попросил «наметить наиболее правильные пути реорганизации, но не тронув каких-то важных позиций».
Существовавшая структура Академии Александра Николаевича устраивала, и он не желал никаких лишних хлопот и перемен. Из членов Президиума Академии только вице-президент Келдыш высказался за реформы, предложенные Семёновым. Остальные члены Президиума либо открыто поддержали Несмеянова, либо молчали.
16 октября Хрущёв собрал расширенное совещание Научно-технического совета СССР. Слушали предложения Несмеянова по реформированию Академии. В сравнении с программой академика Семёнова Несмеянов ничего нового не предложил, по-прежнему пытаясь ограничиться полумерами.
Недовольный очередным затягиванием решения вопроса Хрущёв своего настроения не скрывал, заявил прямо:
— Перед нами стоят гигантские задачи, которые в итоге сводятся к обеспечению выживания страны и сохранения её как сверхдержавы мирового значения. Большинство академиков это понимают, и что ни день — идут ко мне со своими предложениями. Товарищи Келдыш, Курчатов, Королёв, Семёнов, Александров и многие другие за прошедшие несколько лет буквально вытащили страну из болота, дневали и ночевали кто на космодроме, кто на подводной лодке, кто у реактора... Тем более меня удивляет неактивная позиция руководства Академии Наук. Почему-то Александр Николаевич, будучи президентом Академии, ни разу не пришёл ни ко мне, ни на НТС с каким-либо перспективным научным предложением.
