Нижеследующий список содержит некоторые с исторической точки зрения важнейшие и влиятельнейшие Нин-дзютсу-рю, а также их руководителей, области действия и военные, а также политические связи:
— Накагава-рю — область действия — округ Аомори. Организовал Накагава Кохаюато.
— Хагуро-рю — центр в округе Ямагата, считается, что создана воинственными аскетами-сюгендзя горы Хагуро.
— Усуги-рю — создатель Усами Суроганоками Садаюки (округ Ниигата) для удельного кггязя Уесуги Кеноша как военная шггионская организация.
— Кадзи-рю — основана Кадзи Оминоками Кагэхидэ, учеником основателя Усуги-рю, но имела также связи с патриархами Хаттори-рю (провинция Ига).
—Мацумото-рю — действовала в округе Тоихиги.
— Мацуда-рю — действовала в провинции Ибацаки.
— Коюо-, Нинко- и Такэда-рю основагга Такэдой Сингэн для агентурной работы. Эти Рю активно использовали шпионов, которые ггереодевались в бродячих монахов или торговцев.
— Фума-рю Нин-по (округ Канагава) основана Фума Котаро и специализировалась в организации диверсий и партизанской войне.
— Акиба- и Ихицэн-рю (округ Аихи) — основатель Хахисукэ Короку Масакатсу, знаменитый воин тех мест.
— Мино-рю (округ Гифу) — создана во время господства Сайто Досан и охватывала группу Курокава-ниндзя местности Кота.
— Эгизэн-рго (округ Тайома) — основана Ига-ниндзей, которому удалось уйти от войск Ода Обунага.
— Йосицунэ-рю (округ Фукуи) создан Йосицунэ Минамото. Эта Рю являлась смесью шпионских методов Исэ Сабуро и различных традиций ямабуси.
— Ига-рю — также региональная традиция Нин-дзютсу, состоявшая из многих влиятельных семей, в том числе клана Хаттори и Момоти.
— Нэгоро-рю — основана Сугинобо Мюосан, которому приписывалось изобретение деревянной пушки; Саша-рю готовила специалистов по огнестрельному оружию и взрывников; Натори-рю основал Натори Сандзюро Масатакэ, автор справочника «Со-нин-ки Нин-дзютсу». Все они располагались в округе Вакаяма.
— Бицэн-рю — происходила из округа Окаяма.
— Фукусима-рю (округ Симанэ) — создал Нодзиридзиро Дзиуэромон Наримаса.
— Курода-рю (округ Фукуока) — поддерживала семью властелина Курода.
— Нанбан-рю — действовала в округе Нагасаки.
— Сацума-нин-по (округа Кагошима) поддерживала семью властелина Симацу.
За исключением немногих, эти Рю задолго до начала эпохи Мэйдзи (в 1868 г.) свернули свою деятельность.
После объединения и вынужденного мира в XII веке резко уменьшилась необходимость разветвленной информационной сети и упорной тренировки не на жизнь, а на смерть. Вследствие этого сократилось также число тех, кто был готов посвятить всю свою энергию существованию в духе Синоды.
Так же как сегодня лишним является существование французского подпольного движения, поскольку нет больше немецких частей, оккупировавших французскую область, так и с появлением «Века просвещения» больше не было потребности в первоначальных семьях ниндзя.
Отдельные аутентичные исторические Нин-дзютсу-рю, которые еще и сегодня имеются в Японии, возглавил живущий в городе Нода Великий Мастер Масааки Хатсуми. Остаткам других традиций теперь можно дивиться разве только в различных японских музеях и галереях. Доступные общественности свитки рукописей, документально подтверждавшие владельца как Великого Мастера, оружие или даже в некоторых случаях боевое снаряжение говорят о конце этого стиля.
Как только Рю заканчивала свою деятельность, последний Великий Мастер был обязан уничтожить все свитки и рукописи, чтобы таким образом сберечь добрую славу традиции от возможности в будущем нечестного обращения (трактовки). Но все же нередко это случалось. Материал оставался нетронутым или даже продавался несведущими наследниками, которые даже не осознавали важности своего имущества.
В середине XIX века островная нация Японии стала открытой торговле и иностранному влиянию. Потомки когда-то могущественного Тогекава-клана, который правил Японией как военные диктаторы более 200 лет, передали свою власть правительству, и непосредственное господство снова досталось императорской семье. Военная каста самураев, которая более чем 700 лет заботилась о законе, порядке и стабильности, сразу была ликвидирована, и Великая Япония смогла подражать вновь открытой западной культуре.
Во время периода Мейдзи, последовавшем за «открытием Японии» (1868 г.), изменились два важных политических понятия: лицо и образ жизни страны. Первая цель нового правительства называлась «Фококу-кохей» — обогащение науки и укрепление армии. «Бунмей-каика» — означало открытие культуры; таким образом попытались перенять чужое мировоззрение, чтобы страну поскорее подвести к уровню современных западных наций. С древними традициями, такими, как боевое искусство или система ближнего боя, было покончено как с «йабан» (варварскими), и новые офицеры ориентировались исключительно на современную европейскую тактику.
Эта культурная революция забрала у военного искусства его военное значение и превратила его в виды спорта и системы упражнений для развития личности. Методы, помогавшие когда-то на поле битвы успешно отстоять собственную жизнь, распались на многочисленные системы: системы, которые сконцентрировались на отдельных ритуальных движениях и оставили только одно-единственное оружие или превратились в игры, которые признавали только ограниченное количество физических приемов, а все другие запретили. Разумная отработка борьбы, охватывавшая весь диапазон возможностей применения, была осмеяна как пережиток прошлого, как бесполезная трата времени в современный период.
Мастера борьбы, которые были пионерами в осуществлении перехода от жестких видов борьбы к методам самосовершенствования, сегодня имеют легендарную славу. Дзигоро Кано (дзюдо), Морихей Уесиба (айкидо) и Гитин Фунакоси (каратэ) воодушевили островную нацию своими новыми, безопасными, четко ограниченными и понятными вариациями когда-то ожесточенных, бескомпромиссных методов борьбы, при которой на тренировке бывали несчастные случаи.
«Эти новые боевые искусства», как часто подчеркивалось, являются преобразованием отживших, бессмысленных сегодня методов борьбы в «цивилизованные формы».
Не все великие мастера были согласны с этим преобразованием. Многие из старых воинов предупреждали постоянно об излишней поспешности и опрометчивости в решении таких вопросов в стране с древними традициями. Но их предупреждения в подавляющем большинстве случаев не были услышаны, а с наступлением XX столетия их призывы становились все реже.
Одним из таких людей был мастер Такакагэ Мацутаро Иситани, семья которого 300 лет занимала высокие посты Тюнин в Ига-Ниндзя-Рю Хансо Хаттори. Как 26-й Великий мастер Нин-дзютсу-Куки-Синдэн-рю-Хаппо Хи-Кэн (секретное боевое искусство), Иситани категорически отказывался «опошлить» свою систему, созданную в свое время Ицумо Кандзя Йоситэру, сделать бессодержательным свой метод, чтобы таким образом приспособить к интересам толпы, которые к этому времени больше склонялись к спортивному соревнованию или чему-то в этом роде.
Поиск укромного места вынудил Иситани поступить на работу ночного сторожа на спичечной фабрике семьи Такамацу в Кобэ; это было место, которое давало ему лучшую возможность тренировок в своих секретных специальных упражнениях, которые родились в далеком и темном прошлом. Без учеников и додзе Великий мастер Куки-Синдэн-рю смирился с тем, чтобы провести остаток своего земного существования как живой анахронизм. Он был готов, как и другие Великие Мастера, уничтожить все записи и оружие, чтобы никакие узурпаторы ими не воспользовались.
Работа на фабрике Такамацу свела его с юным сыном хозяина. Между ними сложились отношения учителя и ученика, и однажды Такакагэ Мацутаро Иситани осознал, что он нашел своего горячо желанного наследника: это был юный Тосицугу Такамацу. Он был уже опытным учеником Кото-рю-Коппо-дзютсу и Синдэн-Фудо-рю-Дакэн Тай-дзютсу — двух искусств, которые он изучал у своего дедушки Синрюкэн Масамицу 'Года.
Юный Такамацу был в восторге от возможности изучить еще и особенности Куки-Синдэн-рю у своего нового наставника. Во время, которое давно лишилось истинных идеалов воина, у них были отличные отношения ученик-учитель. Вначале Иситани учил Тосицуго Такамацу методу Хап-по, состоявшему из 8-ми частей. Метод содержал следующие искусства:
