Поскольку восстание вызывало большое беспокойство у Токугавы Иэмицу, он назначил главнокомандующим своего верного вассала Мацудайру Идзу-но Ками Нобуцуну. Во время поездки в Симабару Мацудайра проезжал через станцию Мидзугути провинции Оми, где собралось около сотни ниндзя из Кога. Из их числа он отобрал 10 лучших профессионалом «плаща и кинжала»: Мотидзуки Хёдаю (63 года), Мотидзуки Ёэмон (33 года), Акутагава Сэйэмон (60 лет), Акутагава Ситиробэй (25 лет), Яманака Дзюдаю (24 года), Бан Гобэй (53 года), Нацуми Какусукэ (41 года), Угаи Канъэмон (54 года), Иванэ Камбэй (45 лет), Иванэ Кандзаэмон (56 лет). Все они были представителями известных родов из 53 кланов Кога.
К тому времени осада замка продолжалась уже 9 месяцев, и продовольственные запасы осажденных подходили к концу, но защитники крепости отчаянно защищались, воспринимая происходящее как мученичество за веру.
4 января 1638 г. Мацудайра Нобуцуна вместе с отрядом в 1300 воинов, 200 полицейских (ёрики) и стражников (досин) прибыл в Симабару. Мацудайра принял ряд мер для организации правильной блокады крепости. Диспозиция была в это время такова: в Хигасигути, напротив замка Хара, находились лагеря Хосокавы, Татибаны, Мацукуры, Аримы, Набэсимы, Огасавары и Тэрадзавы; на северном побережье – Симадзу; в Хамадэ, к западу от замка – Куроды. Основной лагерь всех даймё находился в Мидзуно. Ставка расположилась в Мидзугути, позади позиций Итакуры и Татибаны. Все базовые лагеря даймё были укреплены пуленепробиваемыми связками бамбука, зигзагообразными траншеями. В главной ставке была установлена высоченная наблюдательная вышка.
Отряд ниндзя расположился в лагере Накафусы Мино-но Ками. Им было предоставлено разрешение свободно перемещаться по всем позициям осаждающей армии. В обязанности ниндзя из Кога входило наблюдение за врагом из-за заградительного вала бамбука и с наблюдательной вышки, а также еженощная разведка обстановки в лагере врага. Результаты ее каждое утро сообщались непосредственно Мацудайре Нобуцуне. Действия отряда ниндзя из Кога были подробно описаны в записках Угаи Кацуямы, прямого потомка участника той операции Угаи Канъэмона.
6 января 1638 г. ниндзя получили приказ провести общую разведку укреплений замка Хара. Они измерили расстояние от оборонительного рва лагеря Аримы до второго пояса укреплений замка, глубину рва, высоту стен, установили условия подхода к крепости, наличие амбразур для стрельбы из лука и ружей. Результаты разведки были перенесены на карту, которую с гонцом отправили в Эдо. 19 января эта карта была представлена сёгуну Иэмицу.
21 января по приказу Нобуцуны ниндзя проникли во вражеский стан из лагеря Куроды и захватили 13 мешков продовольствия. Той же ночью они вновь проникли во вражескую крепость и подслушали вражеский пароль.
27 января главнокомандующий Мацудайра, не имевший никаких сведений о положении внутри замка, отдал ниндзя приказ, в котором говорилось: «Я хочу знать о положении в замке. Поэтому вы должны, используя свои уловки, прокрасться в замок и выяснить ситуацию. Даже если из вас десятерых в живых останутся 2-3 человека, я буду ждать вашего возвращения».
Ночью 5 ниндзя: Мотидзуки Ёэмон, Акутагава Ситиробэй, Нацуми Какусукэ, Яманака Дзюдаю и Бан Гобэй – приступили к выполнению операции. Переодевшись стрелками-асигару (тэппо-гуми), они пробрались на нейтральную территорию из лагеря Хосокавы Эттю-но Ками и произвели залп из мушкетов в воздух, чем переполошили весь вражеский лагерь. Военачальник повстанцев Амакуса Сиро подумал, что начался вражеский штурм и приказал свесить со стен замка фонари сару-би, которые светят и вверх и вниз, и бросать факела со стены. Он усилил оборону так, что и муравей не мог проскочить в крепость. В это время пятеро ниндзя спрятались в кустарнике и стали поджидать удобного момента, чтобы проникнуть в замок. Дождавшись пока во вражеском лагере все успокоилось, при помощи специальных веревочных лестниц они перебрались через стену. Акутагава Ситиробэй и Мотидзуки Ёэмон, которые первыми пробрались в замок, имели неосторожность свалиться в волчью яму. Враги, которые услышали шум падения, подняли крик: «Шпионы! Шпионы! Враги! Враги!» Тогда Ёэмон стал втягивать Ситиробэя обратно наверх, но как раз в это время набежала куча врагов. Поскольку было очень темно, а оба ниндзя были переодеты во вражескую форму, они затесались в толпу и начали бегать вместе с ней. Поэтому враг никак не мог их обнаружить. Однако, когда мятежники запалили факела, обман раскрылся, и ниндзя пришлось удирать. Кога-моно вырвались из вражеской толпы, схватили один из штандартов с крестом, какие во множестве развевались на стенах замка, и бросились через стену. Тут враг обрушил на них град камней, так что ниндзя свалились вниз полуживыми. Видевшие это Нацуми Какусукэ, Яманака Дзюдаю и Бан Гобэй, бывшие в резерве, немедленно бросились на помощь, подхватили их на плечи и вынесли с поля боя.
Наутро трое ниндзя явились в ставку главнокомандующего и доложили о результатах разведки. Мацудайра Нобуцуна был очень доволен и никак не мог нарадоваться на своих шпионов. Акутагава Ситиробэй и Мотидзуки Ёэмон, получившие тяжелые раны были переданы в руки лучших лекарей.
20 февраля повстанцы организовали вылазку. Воспользовавшись суматохой, ниндзя проникли в крепость и узнали, что из продовольствия у армии Амакусы остались только морские водоросли – голод был не за горами.
27 февраля начался генеральный штурм крепости. Ниндзя находились в непосредственном подчинении главнокомандующего, участвовали в захвате второго и третьего поясов обороны и до самого падения замка осуществляли связь со всеми даймё во время боя.
1 марта Мацудайра предал огню замок Хара. 12 мая он с триумфом вернулся в Эдо и на следующий день получил аудиенцию у сёгуна Иэмицу и сделал подробный доклад о кампании. Ниндзя получили большую награду. А в письме Дзимбо Сабуробэя, которое было адресовано Мотидзуки Хёдаю, Акутагаве Ситиробэю и другим ниндзя и ныне хранится в доме Иванэ Камбэя говорилось о том восхищении, которое вызвали у главнокомандующего подвиги ниндзя. Сам Дзимбо получил 500 коку за свою службу. А Мацудайра назвал свой замок в провинции Мусаси «Оси-дзё», где «оси» записывается тем же иероглифом, что и «синоби». Возможно, это было сделано в память о подвигах ниндзя во время осады Симабары.
Трансформация сущности оммицу
Начиная с эпохи Канъэй (1624.II-1644.XII) наметилась новая тенденция в развитии секретной службы оммицу. К этому времени ситуация в стране в значительной степени стабилизировалась, и период опасливого отношения к потенциальным мятежникам-даймё ушел в прошлое. Тайные агенты все меньше и меньше использовались для слежки за князьями и их вассалами, и в целом их численность резко сократилась. Однако система секретной агентуры не разрушилась окончательно, хотя и претерпела коренные изменения. Этому в немалой степени способствовало бурное развитие городов, прежде всего Эдо, Киото и Осаки, формирование городского сословия, увеличение численности населения в стране, рост числа крестьянских выступлений. В этих условиях усилия тайной службы все чаще направлялись на поддержание порядка и контроль за настроениями масс. Таким образом система мэцукэ постепенно трансформировалась из секретной службы политического и военного характера в полицейский аппарат. В этот период многие специалисты по нин-дзюцу стали переходить под начало городских и храмовых управляющих (бугё). А деятельность по контролю за даймё, хотя и не была полностью свернута, но продолжалась в гораздо меньших масштабах.
Так, многие ёрики (полицейские) из числа Кога-моно заняли важные посты в полицейской структуре, а Ига-моно по большей части остались на прежнем месте службы, в качестве садовников-телохранителей и лишь некоторые из них поступили на службу в полицию. Такая разница в судьбах Ига-моно и Кога-моно объясняется различиями в их подготовке. Дело в том, что Кога-моно по большей части были выходцами из слоя тюнинов. Поэтому они владели не только приемами рукопашного боя, разведки и маскировки, но и навыками анализа, оценки ситуации, глубоко разбирались в человеческой природе. А вот ниндзя из Ига, комплектовавшие ряды «садовников», владели, в основном, приемами уровня гэнин – могли тайком прокрасться куда надо, убить кого нужно и бесследно исчезнуть. Только все это для полицейского-стражника большого значения не имело.
Переход из службы безопасности сёгуната в полицейское ведомство не мог не повлиять на содержание подготовки бывших ниндзя. Теперь им приходилось разоблачать и задерживать разного рода преступников. Отсюда повышенный интерес к технике обезоруживания, связывания, конвоирования, пыток и допроса свидетелей. С другой стороны, старинные шпионские методы проникновения в охраняемые помещения и крепости, сближавшие ниндзя с ворами, из системы обучения полицейских агентов были изъяты. Фактически, это привело к полному пересмотру наследия нин-дзюцу, которое теперь рассматривалось с точки зрения преследователя, а не с точки зрения преследуемого.