Гэта быў першы ў сьвеце прававы акт, якi дэкляраваў прынцыпы раўнапраўя памiж людзьмi розных веравызнаньняў. Для Эўропы, ахопленай полымем рэлiгiйных войнаў, Варшаўская канфэдэрацыя стала прыкладам, як укладаць справы свабоды сумленьня. Пяць месяцаў раней у Парыжы быў абвешчаны каралеўскi дэкрэт, забараняючы па ўсёй Францыi ўсялякiя сабраньнi, пропаведзi i служэньнi эвангельскiх хрысьцiянаў, пагражаючы за яўнае цi патаемнае вызнаньне «герэзii» сьмерцю. Аж да канца XVI стагодзьдзя францускiя гугеноты ставiлi Рэч Паспалiтую ў прыклад сваiм суайчыньнiкам.
Увогуле, час першага бескаралеўя паказаў, на што здольны народ, у якiм жывуць iдэi Рэфармацыi. Уладу ў Вялiкiм Княстве ўзяў на сябе сэнат на чале зь вялiкiм гетманам Радзiвiлам Рудым. Шляхта па ўсёй краiне пачала склiкаць «каптуры» — канфэдэрацыi на ўзроўнi ваяводзтва, якiя павiнны былi захаваць цэласнасьць дзяржавы i забясьпечыць унутраны супакой на час бескаралеўя. "Калi б хто парушаў парадак, рабаваў цi забiваў, будзем таго лiчыць па-за законам, жыцьця яго пазбавiм, маёмасьць яго спустошым", — пiсалася ў адным з тагачасных унiвэрсалаў (пасланьняў). На шляхах i ўздоўж межаў краiны зьявiлiся ўзброеныя шляхецкiя аддзелы. Да вялiкага зьдзiўленьня сваiх i чужых не было нiякага замяшаньня. За паўтары гады адсутнасьцi манарха ў Вялiкiм Княстве не пралiлося анi кроплi крывi. Унутраны парадак у дзяржаве забясьпечылi самi лiцьвiны, выдатна здаючы iспыт на грамадзянскую сьпеласьць.
Мiж тым трэба было выбiраць караля. Кандыдатура Генрыка Валуа падабалася католiкам, але не падабалася кальвiнiстам. Але i тыя, i другiя хацелi заключыць з будучым каралём дамову аб уладзе. Так паўсталi знакамiтыя генрыкаўскiя артыкулы. Iх можна сьмела назваць канстытуцыйным актам Рэчы Паспалiтай Двух Народаў, якi акрэсьлiваў палiтычны i грамадзкi лад дзяржавы. Шляхта, сабраная каля Варшавы, мусiла зрабiць тое, што праз два стагодзьдзi рабiлi айцы-заснавальнiкi Злучаных Штатаў Амэрыкi. Генрыкаўскiя артыкулы вызначалi, што вольныя элекцыi (выбары) караля i вялiкага князя павiнны праходзiць пры кожнай зьмене манарха, пры гэтым нельга iм перашкаджаць або вызначаць наступнiка пры жыцьцi папярэдняга караля. Далей падцьвярджалася Варшаўская канфэдэрацыя, гэта значыць свабода веравызнаньня, i забаранялася каралю бяз згоды сойму аб'яўляць вайну, склiкаць паспалiтае рушэньне, а таксама прызначаць падаткi. Каралеўскi скарб павiнен быў забясьпечваць абарону межаў i ўтрыманьне прафэсiйнага войска. Калi няма пiльнай патрэбы, сойм павiнен склiкацца раз на два гады не даўжэй, чым на шэсьць тыдняў. Са складу сойму выбiралiся шаснаццаць сэнатараў, якiя павiнны быць пры каралi i вялiкiм князю як дарадцы. Акрамя таго манарх не павiнен нiчога прадпрымаць у справе сужонства бяз рады i згоды сэнатараў i не шукаць магчымасьцяў для разводу. "А калi б, Божа захавай, штосьцi супраць правам, вольнасьцям, артыкулам i ўмовам мы (г. зн. кароль) учынiлi або нечага ня выканалi, тады грамадзяне двух народаў ад паслушэнства i веры, якiя нам належаць, свабодныя".
Разам з генрыкаўскiмi артыкуламi будучаму манарху паставiлi таксама ўмовы, датычныя свабоды веравызнаньня ў самой Францыi. Гэтыя ўмовы патрабавалi, каб Карл IX абвесьцiў паўсюдную амнiстыю для гугенотаў, прызнаў свабоду веравызнаньня, вярнуў нашчадкам кальвiнiстаў, забiтых у ноч сьвятогы Баўтарамея, а таксама эмiгрантам, маёмасьць i годнасьць, дазволiў свабодна праводзiць кальвiнскiя набажэнствы i зьняў аблогу гугеноцкiх крэпасьцяў. Францускi пасол Жан дэ Манлюк прыняў ад iмя будучага манарха гэтыя ўмовы, чым у значнай меры паспрыяў выбраньню Генрыка Валуа каралём Рэчы Паспалiтай.
Адразу пасьля выбараў пасольства Рэчы Паспалiтай Двух Народаў накiравалася на берагi Сэны. Парыж зь неахвотай пагадзiўся на ўмовы беларускiх i польскiх кальвiнiстаў. Была зьнятая аблога Ля Рашэлi, гэтаму гораду i яшчэ двум iншым было дазволена публiчна праводзiць эвангельскiя служэньнi, а прыватныя набажэнствы дазвалялiся па ўсёй краiне. Прыезд пасольства выратаваў ад зьнiшчэньня гугеноцкi горад Сансэру, у якiм на момант зьняцьця аблогi засталася толькi адна бочка пораху. Рэлiгiйная вайна ў Францыi была спынена на добрых некалькi гадоў. Беларускiя i польскiя кальвiнiсты супольнымi намаганьнямi прымусiлi францускага караля даць свабоду сваiм братам па веры.
На колькi прыклад Рэчы Паспалiтай заахвочваў Францыю да талерантнасьцi, на столькi прыклад Францыi быў для паслоў Рэчы Паспалiтай яшчэ адным падцьвярджэньнем слушнасьцi сваёй паставы. Яны праяжджалi праз спаленыя вёскi i зруйнаваныя мястэчкi, бачылi голад i зьнiшчэньне на ўсiм сваiм шляху. Таму з тым большай настойлiвасьцю патрабавалi ад Генрыка Валуа прысягнуць, згодна з генрыкаўскiмi артыкуламi, захаваньне свабоды веры, сумленьня i слова. Калi пад час урачыстай iмшы ў Нотрэ-Дам будучы кароль Рэчы Паспалiтай паспрабаваў абмiнуць гэтыя параграфы артыкулаў, адзiн з паслоў, Ян Збароўскi, на вачах усяго каралеўскага двара сказаў: "Si non iurabis, non regnabis" (Не прысягнеш, ня будзеш каралём). Прыйшлося Генрыку Валуа падцьвердзiць артыкулы Варшаўскай канфэдэрацыi. Пад час каранацыi ў Кракаве 20 лютага 1575 году сцэна з Нотрэ-Дам паўтарылася. Зноў Валуа паспрабаваў абмiнуць невыгодныя словы пра свабоду веравызнаньня. Тады Ян Фiрлей, маршалак каронны, i Мiкалай Радзiвiл Руды, вялiкi гетман лiтоўскi, не дазволiлi працягваць каранацыю, пакуль усе пункты прысягi ня будуць названыя, у тым лiку абавязацельства не перасьледваць нiкога за веру. Францускi каралевiч саступiў i стаў каралём i вялiкiм князем Генрыкам I, а артыкулы Варшаўскай канфэдэрацыi набылi сiлу закону. Праўда, караляваньне новага манарха доўжылася ўсяго чатыры месяцы. Даведаўшыся пра сьмерць свайго брата, Карла IX, Генрык Валуа ў чэрвенi 1575 году ўцёк з Кракава, каб стаць францускiм каралём Генрыкам III, а для Рэчы Паспалiтай Двух Народаў зноў пачалося бескаралеўе.
У наступным годзе прайшлi новыя выбары, i каралём стаў сямiгародзкi гаспадар Стэфан Баторы. Новы манарх адразу заявiў, што ён пануе над народам, а не над сумленьнямi, i без анiякiх хiтрыкаў падпiсаў генрыкаўскiя артыкулы. Многiя гiсторыкi назвалi гэтага караля "адпаведным чалавекам", якi паказаў, што Рэч Паспалiтая Двух Народаў, дзяржава, якая абмежавала сваiх манархаў законам, дала iм уладу на падставе дамовы, ня толькi не апынулася ў хаосе i анархii, але наадварот, жыла, разьвiвалася, перамагала ў войнах. Заходняя Эўропа прыглядалася да дэмакратычных мэханiзмаў улады ў Рэчы Паспалiтай, шукаючы для сябе прыклады дзяржаўнага будаўнiцтва.
Стэфан Баторы, таленавiты военачальнiк i мудры палiтык, шмат зрабiў для ўмацаваньня Рэчы Пасталiтай, перад усiм у ваенна-палiтычнай сфэры, i перш за ўсё яго дзейнасьць была скiраваная на справы Вялiкага Княства. У 1579 годзе войскi вялiкага князя лiтоўскага вызвалiлi Полацак i ўсю паўночна-усходнюю Беларусь ад маскоўцаў, а ў 1582 годзе было падпiсанае перамiр'е з Масквою, якое скончыла Лiвонскую вайну — крывавую вайну, што паставiла пад пагрозу незалежнасьць Вялiкага Княства. Стэфан Баторы меў таксама вялiкае жаданьне пашырыць адукацыю ў краiне. Аднак у караля i вялiкага князя была адна iлюзiя: яму здавалася, што найлепш паспрыяюць разьвiцьцю краiны езуiцкiя школы, у якiх ён бачыў апiрышча ладу i парадку. На жаль, практыка паказала, што менавiта з гэтых школаў у хуткiм часе выйшлi найвялiкшыя крыкуны, якiя пад прыкрыцьцём абароны свабодаў i шляхецкай залатой вольнасьцi нiшчылi ўсякi парадак i супакой краiны. Як бы там нi было, але кароль Стэфан надаў вiленскай езуiцкай школе статус Акадэмii i адкрыў калегiюмы ў Полацку i Гораднi.
Маючы такога апекуна, езуiты зь вялiкай руплiвасьцю ўзялiся за справу пашырэньня каталiцтва ў Вялiкiм Княстве. Перш за ўсё яны скiравалi сваю ўвагу на палiтычную элiту краiны, спрабуючы перацягнуць яе на свой бок. I адразу дасягнулi гучнага посьпеху. Мiкалай Крыштаф Радзiвiл, званы Сiротка, сын Мiкалая Радзiвiла Чорнага, пад час сваёй вучобы ў Нямеччыне i Iталii, сур'ёзна захварэў i, шукаючы паратунку, выракся веры свайго бацькi, перайшоўшы ў каталiцтва. Стан здароўя маладога магната палепшыўся, i Мiкалай Крыштаф, вярнуўшыся на радзiму, схiлiў перайсьцi з кальвiнiзму на каталiцтва сваiх родных. Каталiцкая царква ў Беларусi трыюмфавала, бачачы, як сын апостала Рэфармацыi нiшчыць справу свайго бацькi, закрываючы ў сваiх уладаньнях цэрквы, друкарнi, палячы Бiблii. Аднак у хуткiм часе хвароба вярнулася, i малады чалавек амаль цалкам страцiў слых. Жадаючы замалiць свае грахi, Мiкалай Крыштаф паехаў у Сьвятую Зямлю, у Ерузалiм, але гэта не дапамагло, засноўваў езуiцкiя калегiюмы, але здароўе станавiлася ўсё горшым. З-за хваробы бацькi зь дзевяцi ягоных дзяцей трое памерлi ў дзяцiнстве, а яшчэ чацьвёра сыноў памерлi, не пакiнуўшы нашчадка. Ня дзiва, што хутка галасы, што славiлi "мудрае рашэньне" Мiкалая Крыштафа, сьцiхлi, а спробы схiлiць да каталiцкай веры iншых магнатаў Княства ня мелi вялiкага посьпеху.
Тым ня менш езуiты не здалiся, а пачалi рэалiзоўваць больш доўгатэрмiновую праграму. Школы, адкрытыя пры кальвiнскiх зборах яшчэ за жыцьця Мiкалая Радзiвiла Чорнага, далi адукацыю сотням маладых людзей. Каб працягваць вучобу, яны павiнны былi ехаць за мяжу, бо ў Вялiкiм Княстве не было свайго ўнiвэрсытэту, а зрабiць гэта маглi далёка ня ўсе. Бачачы патрэбу краiны ў вышэйшай навучальнай установе, езуiты пачалi захады, каб адкрыць у Вiльнi Акадэмiю, што i адбылося ў 1579 годзе. У Вiленскую Акадэмiю прымалiся на вучобу ня толькi католiкi, але таксама кальвiнiсты, лютаране, праваслаўныя, i гэта адкрыла перад езуiтамi вялiкую прастору для распаўсюджваньня "рымскай веры". Калi празь некалькi гадоў эвангельскiя хрысьцiяне ўсьвядомiлi, што значыць унiвэрсытэт у сваёй краiне, i пачалi рабiць захады па арганiзацыi кальвiнскай акадэмii ў Вiльнi, быў ужо iншы час i iншая ўлада. Вялiкае Княства так i не атрымала свайго кальвiнскага ўнiвэрсытэту.
