В настольных грамотах патриарших новопоставленному митрополиту говорилось, что великий князь должен воздавать ему честь, показывать духовную любовь с благоговением и послушанием и благим повиновением, равно как все другие русские князья, сановники, духовенство и весь христоименитый народ, и что митрополит должен во всем пределе своем ставить архиепископов, священников, монахов, дьяконов, поддьяконов и чтецов, освящать церкви и управлять всеми церковными делами. Избрание епископов, как видно, производилось так же, как и в предшествовавшем периоде: так, под 1289 годом читаем в летописи, что великий князь Михаил Ярославич тверской вместе с матерью своею послал игумена Андрея в Киев, к митрополиту Максиму, и тот поставил его епископом в Тверь; этот Андрей был сын литовского князя. Впрочем, от конца описываемого времени дошел до нас устав, как должно избирать епископа здесь говорится, что по случаю избрания митрополит созывает всех епископов, ему подчиненных; который из них не мог приехать, присылал грамоту, что будет согласен на решение остальных; собравшиеся епископы избирают три лица, имена которых в запечатанном свитке отсылают митрополиту, и тот из троих выбирает уже одного. Такой порядок действительно мог быть введен в конце описываемого времени, когда значение областных князей поникло. Избранный пред посвящением давал обет исповедовать православие, повиноваться митрополиту, не препятствовать в своей епархии сбору митрополичьих пошлин, не исполнять обязанностей своего звания в чужих епархиях, приезжать к митрополиту беспрекословно по первому зову, не позволять в своей епархии православным вступать в браки, кумиться и брататься с армянами и латинами; тут же новопоставляемый объявлял, что не дал ничего за поставление, не обещался дать и не даст; запись эту он писал собственною рукою и подписывал. Настольные грамоты митрополичьи епископам писались по приведенному образцу настольной патриаршей митрополиту. Архиепископы и епископы не могли называть митрополита братом, но только отцом; в противном случае подвергались выговору.
Митрополит имел право отлучать епископов от службы. В 1280 году митрополит Кирилл, обозревая подведомственные ему епархии, приехал в Ростов и узнал, что здешний епископ Игнатий велел в полночь выкинуть из соборной церкви тело князя Глеба Васильковича и запросто закопать его в монастыре. Митрополит немедленно отлучил за это епископа от службы и простил его только по усердным просьбам князя Димитрия Борисовича, причем дал такое наставление Игнатию: «Не возносись и не думай, что ты без греха, больше освобождай и прощай, чем запрещай и отлучай. Плачь и кайся до самой смерти в этой дерзости, потому что осудил ты прежде суда божия уже мертвого человека, а живого боялся, дары от него принимал, ел с ним, пил и веселился и, когда было можно исправить его, не исправлял, а теперь уже мертвого хочешь исправить таким жестоким отлучением. Если хочешь помочь ему на том свете, то помогай милостынями и молитвами». Митрополит Петр снял сан с епископа сарайского Измаила; митрополит Феогност отлучил и потом простил суздальского епископа Даниила. Князь, недовольный своим епископом, ездил жаловаться на него митрополиту. Тверской епископ Евфимий возбудил на себя сильное негодование своего князя Михаила Александровича, который в 1390 году послал звать в Тверь митрополита Киприана. Тот отправился с двумя владыками греческими и несколькими русскими. За 30 верст от Твери его встретил внук великого князя, за 20 — старший сын, за 5 — сам великий князь. Встреченный перед городскими воротами духовенством со крестами, Киприан отслужил обедню в соборной церкви, после чего обедал у великого князя; получил дары и честь большую. Три дня князь Михаил угощал таким образом митрополита; на четвертый собралось на великокняжеском дворе духовенство и бояре, и когда приехал туда Киприан, то все начали жаловаться ему на епископа Евфимия; митрополит вместе с другими владыками стал судить: по одним известиям, обвиняемый не мог оправдаться, не обрелась правда в устах его, по другим, обвинения были клеветами. Но как бы то ни было, известия согласны в одном, что неудовольствие на Евфимия было страшное, и митрополит, не успевши помирить князя с епископом, отослал последнего в Москву, а на его место поставил в Тверь протодьякона своего Арсения, который едва согласился быть здесь епископом, видя такие вражды и смуты. В начале описываемого времени, именно под 1229 годом, находим любопытное известие о суде местного князя над епископом как владельцем частной собственности. «Пришло, — говорит летописец, — искушение на ростовского епископа Кирилла: в один день все богатство отнялось от него вследствие проигрыша тяжбы, а решил дело в пользу соперников Кирилловых князь Ярослав; Кирилл был очень богат, деньгами и селами, всяким товаром и книгами, одним словом, такого богатого епископа еще не бывало в Суздальской земле».
Встречаем известие о жалобе епископа на митрополита константинопольскому патриарху. Так, жаловался на митрополита Петра упомянутый уже прежде тверской епископ Андрей, родом литвин. Патриарх для разобрания дела отправил в Россию своего посланного, который когда приехал, то созван был собор в Переяславле: явился обвиненный, явился и обвинитель, с которым вместе приехали из Твери двое князей — Димитрий и Александр Михайловичи, другие князья, много вельмож и духовных. Обвинитель был уличен во лжи; но Петр простил его и, поучив присутствующих, распустил собор. Если по приведенному выше уставу должен был созываться собор для избрания епископа, то встречаем известие о созвании собора для отрешения его: так, в 1401 году митрополит Киприан созвал в Москве собор, на котором отписались от своих епископий Иоанн новгородский и Савва луцкий.
Митрополит Кирилл в 1274 году воспользовался собором, созванным для поставления владимирского епископа Серапиона, чтобы предложить правило для установления церковного и народного благочиния. «Сам видел я и от других слышал о сильном церковном неустройстве, — говорит Кирилл в своем правиле, — в одном месте держатся такого обычая, в другом — иного, много несогласий и грубости… Какую пользу получили мы от того, что оставили правила божественные? не рассеял ли нас бог по лицу всей земли? не взяты ли наши города? не пали ли сильные князья наши от острия меча? не отведены ли были в плен дети наши? не запустели ли святые божии церкви? не томят ли пас каждый день безбожные и нечестивые поганы?» Прежде всего митрополит вооружается против поставления в духовный сан на мзде и преподает правила относительно этого поставления. В народе по-прежнему продолжалась страсть к кулачным и дрекольным боям, которые мы видели в такой силе в предыдущем периоде; Кирилл пишет: «Узнал я, что еще держатся бесовского обычая треклятых еллин: в божественные праздники со свистом, кличем и воплем скаредные пьяницы сзывают друг друга, бьются дреколием до смерти и берут платье убитых; на укоризну совершается это божиим праздникам и на досаждение божиим церквам». Кирилл вооружается также против пьянства, препятствующего совершать божественную службу от Вербной недели до дня Всех святых. На соборах решались иногда и другие дела, как, например, споры относительно границ епархий: митрополит Алексий в грамоте к красноярским жителям пишет, что предел Рязанской и Сарайской епархий указанна Костромском соборе; на соборе ростовский архиепископ Феодосий был убежден в неправильности своего мнения относительно рода пищи, какую должно употреблять в богоявленское навечерие, если оно придется в день воскресный; на соборе было определено о неправильности поступка Исидорова; на соборе владыки Северо-Восточной Руси решили держаться московского митрополита Ионы и не сообщаться с киевским Григорием. Кроме общих соборов, созывавшихся митрополитом всея Руси из подведомственных ему владык, могли быть еще частные, созывавшиеся владыкою, какой-нибудь области из подведомственного ему духовенства: так, в 1458 году ростовский архиепископ Феодосий созвал собор в Белозерске для отвращения некоторых злоупотреблений, например позволения вступать в четвертый брак.
Кроме соборов митрополиты старались уничтожить нравственные беспорядки посланиями к духовенству и мирянам; таково поучение Фотия митрополита священникам и монахам о важности их сана, «каковым подобает им быти ходатаем, посылаемым к царю царствующих о душах человеческих»; митрополит обращает особое внимание священников на то, чтоб они блюли за чистотою браков у своих прихожан: не позволяли бы им бросать законных жен и жить с незаконными, как то делывалось, также чтобы не дозволяли отнюдь четвертого брака. Сохранился и прежний обычай, по которому духовные лица обращались к митрополиту с разными вопросами, которых сами решить были не в состоянии; так, дошли до нас ответы митрополита Киприана на вопросы игумена Афанасия, ответы того же митрополита на вопросы неизвестных духовных лиц.
