Кроме соборов митрополиты старались уничтожить нравственные беспорядки посланиями к духовенству и мирянам; таково поучение Фотия митрополита священникам и монахам о важности их сана, «каковым подобает им быти ходатаем, посылаемым к царю царствующих о душах человеческих»; митрополит обращает особое внимание священников на то, чтоб они блюли за чистотою браков у своих прихожан: не позволяли бы им бросать законных жен и жить с незаконными, как то делывалось, также чтобы не дозволяли отнюдь четвертого брака. Сохранился и прежний обычай, по которому духовные лица обращались к митрополиту с разными вопросами, которых сами решить были не в состоянии; так, дошли до нас ответы митрополита Киприана на вопросы игумена Афанасия, ответы того же митрополита на вопросы неизвестных духовных лиц.
Особенные отношения Новгорода, Пскова, Вятки требовали особенной деятельности митрополитов относительно этих городов. Что касается избрания владыки новгородского в описываемое время, то обыкновенно на вече избирались три лица, имена которых, или жребии, клались на престол в церкви св. Софии, после чего духовенство собором служило обедню, а народ стоял вечем у церкви; по окончании же службы протопоп софийский выносил народу по порядку жребии, и владыкою провозглашался тот, чей жребий выносился последний. Если и везде владыки имели важное значение, то оно еще более усиливалось в Новгороде, при известных отношениях его жителей к князю, при частых распрях с последним, при частом междукняжии и внутренних смутах. Архиепископ в Новгороде без князя был первым правительственным лицом; его имя читается прежде всех других в грамотах; он был посредником города в распрях его с великими князьями, укротителем внутренних волнений, без его благословения не предпринималось ничего важного. Но владыка новгородский принимал посвящение от митрополита, зависел от него, от суда владычнего был перенос дел на суд митрополита, и когда последний, утвердив свое пребывание в Москве, начал стараться всеми зависевшими от него средствами содействовать московскому великому князю в приобретении могущества, в утверждении единовластия, причем и Новгород должен был отказаться от своего особного и особенного быта, то положение новгородского владыки стало очень затруднительно: владыка Иоанн благословил новгородцев воевать с великим князем для возвращения Двинской области и заплатил за это трехлетним заключением в Москве. Мы упоминали в своем месте о неприятной переписке митрополита Ионы с новгородским владыкою по поводу Шемяки. Митрополит Иона счел также своею обязанностию дать наставление новгородскому владыке и его пастве насчет воздержания от вечевых буйств. «Я слышал, дети, — пишет митрополит, — что по наветам дьявольским творится богоненавистное дело у вас, в отчине сына моего, великого князя, в Великом Новгороде, не только между простыми людьми, но между честными, великими: за всякое важное и пустое дело начинается гнев, от гнева — ярость, свары, прекословия, с обеих враждующих сторон является многонародное собрание, нанимают сбродней, пьянчивых и кровопролитных людей, замышляют бой и души христианские губят». Предшественник Ионы, митрополит Фотий, также посылал поучение новгородскому владыке и его пастве: митрополит увещевает новгородцев удерживаться от привычки сквернословить (за которую летописец осуждает еще дорюриковские славянские племена); Фотий говорит, что такой привычки нет нигде между христианами. Далее митрополит увещевает новгородцев басней не слушать, лихих баб не принимать, узлов, примолвленья, зелья, ворожбы и ничего подобного не употреблять; при крещении приказывает погружать в сосуде, а не обливать водою, по обычаю латинскому; запрещает венчать девочек ранее тринадцатого года; запрещает духовенству белому и черному торговать или давать деньги в рост; если кто пред выходом на поле (судебный поединок) придет к священнику за св. причастием, тому причастия нет; который из соперников убьет другого, тот отлучается от церкви на 18 лет, а убитого не хоронить.
Политические и находившиеся в тесной связи с ними церковные отношения Новгорода ко Пскову также требовали внимания митрополита. Мы видели, что Псков, разбогатевший от торговли, давно уже начал стремиться к независимости от Новгорода, вследствие чего последний стал обнаруживать нерасположение ко Пскову, высказывавшееся иногда открытою войной. Понятно, как затруднительно было при таких отнотшениях положение Пскова, зависевшего в церковных делах от владыки новгородского; отсюда естественное желание псковитян избавиться от этой зависимости, получит особого владыку. Но мы видели, как их старание об этом осталось тщетным, ибо митрополит Феогност не согласился поставить им особого епископа. Действительно, псковичи выбрали дурное время: митрополит Феогност, подобно своему предшественнику, утвердил пребывание в Москве, и Псков более других городов испытал на себе следствия этого утверждения: еще недавно Феогност грозил ему проклятием в случае, если он не откажется от союза с Александром тверским; теперь же этот самый Александр опять княжил у них, и под покровительством литовским, тогда как Новгород еще не ссорился с Москвою. О прямой вражде псковичей с новгородским владыкою не раз упоминает летописец; так, он говорит о ссоре их с владыкой Феоктистом в 1307 году; в 1337 году владыка Василий поехал в Псков на подъезд, но псковичи не дали ему суда, и владыка выехал из города, проклявши жителей; когда в 1411 году владыка Иоанн прислал протопопа во Псков просить подъезда на тамошнем духовенстве, то псковичи не велели давать и отослали протопопа с таким ответом: «Если, бог даст, будет сам владыка во Пскове, тогда и подъезд его чист, как пошло изначала, по старине». В 1435 году приехал во Псков владыка Евфимий, не в свой подъезд, не в свою череду, псковичи, однако, приняли его и били ему челом о соборовании; но он созвать собор не обещался, а стал просить суда да на священниках своего подъезда.
Псковичи ему этого не посулили, но стали за соборование и за свою старину, стали говорить владыке, зачем он сажает наместника и печатника из своей руки — новгородцев, а не псковичей; владыка за это рассердился и уехал, побывши только одну неделю во Пскове. Князь Владимир, посадники и бояре поехали за ним, нагнали и упросили возвратиться: псковичи дали ему суд на месяц, подъезд на священниках; о соборе же владыка сказал, что отлагает его до митрополита. Но владычный наместник начал судить не по псковской пошлине, начал уничтожать разные уговорные грамоты (посужать рукописанья и рядницы), стал сажать дьяконов в гридницу, все по-новому, покинувши старину; псковичи были правы, говорит их летописец, священники за подъезд и оброк не стояли, но по грехам и дьявольскому наваждению случился бой между псковичами и владычными служилыми людьми (софьянамп). Тогда владыка опять рассердился и уехал, не взявши псковского подарка, а игуменам и священникам наделал много убытка, не бывало так прежде никогда, с тех пор как начал Псков стоять. После того как псковичи вместе с московским войском опустошили новгородские владения и заключили мир, оба города жили дружно, и дружба эта отразилась на отношениях церковных: в 1449 году владыка Евфимий приехал во Псков; духовенство с крестами, князь, посадники, бояре вышли к нему навстречу и приняли с великою честью. В самый день приезда владыка служил обедню у св. Троицы, а на третий день соборовал в той же церкви и читал синодик: прокляли злых, которые хотят зла Великому Новгороду и Пскову, а благоверным князьям, лежащим в дому св. Софии и св. Троицы, пели вечную память, также и другим добрым людям, которые сложили головы и кровь пролили за домы божии и за православное христианство, живым же новгородцам и псковичам пели многая лета. Князь, посадники и во всех концах господина владыку много чтили и дарили и проводили его из своей земли до границы с великою честию. С такою же честию был принят и провожен владыка и в 1453 году, потому что он делал все точно так же, как и прежние братья его — архиепископы.
Неприязненные отношения Пскова к Новгороду и его владыке были причиною церковного неустройства и заставляли псковичей обращаться прямо к митрополиту за управлением и наставлением, а неприязненные отношения Новгорода к митрополиту благоприятствовали этим непосредственным сообщениям. Так, псковичи послали в Москву к митрополиту Киприану несколько священников для поставления и для извещения о своих нуждах, что нет у них церковного правила настоящего.
Митрополит посвятил священников и послал с ними устав службы и синодик правый, какой читают в Константинополе у св. Софии, приложил к этому правило, как поминать православных царей и князей великих, как совершать крещение и брак: велел вывести прежний обычай — держать детей при крещении на руках и сверху поливать водою; послал также 60 антиминсов с запрещением резать их, по примеру новгородского епископа. Разрывы псковичей с владыкою новгородским и проистекавшее от того церковное безначалие вело к тому, что вече псковское присвоило себе право судить и наказывать священников: митрополит Киприан в 1395 году писал псковичам, что это противно христианскому закону, что священника судит и наказывает святитель, который его поставил; при этом митрополит запрещал также псковичам вступаться в земли и села церковные. Близость Пскова к литовским границам, частые и давние сношения его с Литвою и князьями ее заставляли митрополитов беспокоиться о Пскове при разделении митрополии: так, митрополит Фотий в 1416 году писал псковичам, чтоб они удалялись от неправедных пределов, отметающихся божия закона и святых правил, также чтобы с радушием принимали православных, которые вследствие религиозного гонения будут искать убежища в их городе. В другой раз писал Фотий к псковскому духовенству с приказанием не употреблять при крещении мира латинского, но только цареградское и не обливать младенцев, но погружать; митрополит требует, чтоб псковичи прислали к нему одного из своих священников, человека искусного, и он научит его всем церковным правилам и миро святое с ним пришлет. В другом послании Фотий пишет, чтобы псковичи не позволяли людям, играющим клятвою, быть церковными старостами и вообще занимать правительственные и судебные должности; также чтоб не позволяли старостить в церквах людям, которые, разведясь с законными женами, вступили в новые браки. Митрополит Иона, стараясь везде утверждать власть великого князя московского, писал и во Псков, называя его отчиною великого государя русского, который дедич и отчич во Пскове, по родству, по изначальству прежних великих господарей, великих князей русских, его праотцев. Митрополит увещевает псковичей жить по своему христианству, по той доброй старине, которая пошла от великого князя Александра; увещевает их стоять в том, что обещали великому князю.
