Считали его дикарем и грубым. А он преобразовал Краковский коллегиум в университет и взял его под свою опеку. До Ягайлы коллегиум едва существовал, даже не имел в городе своего здания, а занятия велись в пригородной деревне. Ягайло попросил папу Бонифация XI выдать буллу на основание университета и открытие в нем теологического факультета. Для университета Ягайло купил два здания в Кракове и 22 июля 1400 года торжественно открыл его. Он утвердил доходы, назначенные коллегиуму еще королем Казимиром Великим, и приумножил их дарением земель и привилеев. В привилее этот «неуч» говорил:
«Желаем иметь студию во всех науках: в теологии, юриспруденции, физике, праве и других науках свободных, для этого великий коллегиум ставим на вечные времена. И пусть уже там будут, как диаменты, все науки, чтобы выпускал людей умных и в разных профессиях наученных». Этот «неуч» оказался куда более сведущим в просвещении, чем те, кто порочил его за невежество и дикость. И справедливо, что университет назвали Ягеллонским.
Любил он искусство. Приглашенные Ягайлой белорусские и украинские художники расписывали фресками костелы и часовни в византийском стиле.
Этот «грубый» литвин отличался скромностью и вежливостью. Этот «жестокий» деспот проявлял милосердие к убогим и несчастным. Этот «кровавый» воитель проливал слезы в молитвах о мире. Этот «язычник» впечатлял своей набожностью. Этот «человек поверхностного ума и невеликих способностей» (как отозвался о нем Ян Длугош) правил, побеждал в войнах, последовательно проводил свою политику, проявлял государственную мудрость, данную ему высокую власть использовал на благо страны.
Ягайло сохранил за собой титул великого князя литовского (он титуловал себя и наследником Руси), а своим наместником назначил с титулом князя Литвы брата Скиргайлу. В грамоте от 28 апреля 1387 года Ягайло обещал: «...держати ми его выше оусее иншее братье и слушати ми его боле усехъ своих приятелии и братьи, а всякому ми делу и справа ему чинити и его людямъ, а в обиду ми брата своего князя Скирикгайла не выдати». Видимо, Ягайло не очень доверял брату, поэтому лишил его верховной власти. Но надо было задобрить Скиргайлу и укрепить его силу в противовес мятежному Витовту, поэтому Ягайло отдал брату «на руской стороне» Менск, Пропойск, Игумен, Логойск, Свислочь, Бобруйск, Речицу, а также Полоцк, «што еще отець ему оудделилъ». Таким образом, Ягайло только усложнил положение: Великое Княжество было разделено на владения Витовта, Скиргайлы, Владимира Киевского, Корибута Новгородского, Коригайлы Мстиславского, что вскоре привело к конфликтам между ними. Ягайло вынужден был выступить третейским судьей. Но важнейшие дела Ягайло решил сам. В том же 1387 году он обратил Литву в католичество. Приехав в Вильно, он постановил: «Всех природных литвинов, обоих полов и всякого звания, к вере католической и до служения святой римской церкви присоединить и даже заставить, к какой бы вере они раньше ни принадлежали». Ягайло, как выяснилось, совсем не стремился исполнять свое обещание. Видимо, он боялся недовольства православного населения Великого Княжества Литовского, поэтому не принуждал его к принятию католичества язычников. Для поощрения крещения в католичество Ягайло 20 февраля выдал грамоту, в которой декларировал сословные права и вольности католикам. Феодал-католик получал право распоряжаться своими вотчинами, а также «свободно выдавать замуж своих дочерей, внучек и женщин», ему вменялось не привлекать рыцарей к «каким-либо нашим работам», за исключением строительства или ремонта замков. Немного привилегий, но и они воспринимались как щедрый дар и делали католиков привилегированным сословием перед православными. Этот конфессиональный раздел не послужил консолидации аристократии Великого Княжества Литовского. Но в защите Отечества для Ягайлы не было различия между католиками и православными. Он писал в той же грамоте: «Согласно древнему обычаю, военный поход остается обязанностью, которая осуществляется собственными затратами и расходами. В том же случае, если придется преследовать врагов, неприятелей наших, которые бы убегали с нашей Литовской земли, то для этого рода преследования, которое по-народному называется погоней (сам термин указывает, что это традиция была белорусской. — Авт.), обязуются отправляться не только рыцари, но и каждый мужчина, какого бы он ни был происхождения или состояния, только он был способен носить оружие». Так началось крещение Литвы.
В Вильно было основано епископство с семью приходами — в Медниках, Мейшеголе, Вилькомире, Немечине, Крево, Гайне и Обольцех.
Несколько месяцев Ягайло строил костелы, «больше похожие на сараи, чем на святыни», по словам крестоносцев, ездил по Литве и объяснял язычникам основы христианской веры, учил их молитвам.
Он приказывал сечь священные леса, уничтожать идолов и тушить вечные огни. На места крещения одних язычников сгоняли тиуны, других привлекали суконными рубахами в награду за принятие новой веры. Язычников делили на мужчин и женщин и каждую группу окропляли святой водой и давали одно для всех имя.
Теперь они становились вроде бы христианами, но в душе оставались идолопоклонниками, по словам тех же крестоносцев. Так Ягайло окрестил около 30 тысяч человек — только часть язычников. Язычество оставалось еще сильным, но все равно Литва в глазах папской курии стала христианской страной. Буллой от 17 августа 1388 года папа римский Урбан VI признал акт крещения Литвы. Позже папа Климент VII восхвалял Ягайлу как «апостола» Литвы: «Среди всех королей земли тебе принадлежит первое место в чувстве благодарности святой Римской церкви, матери нашей! Утешай себя в глубине твоей души, что такая великая слава ходит по свете о деяниях твоих и что ты, такой ласковый и милый, находишься в сиянии славы в лоне матери-церкви».
Зато Орден усомнился в искреннем крещении Ягайлы и жаловался на него императору Руперту: «Славится, как новый христианин, но от своих безумств ни в чем не отступил. Как стал королем, то сделался жестоким неприятелем правоверного рыцарства. Посылает к неверным ремесленников, раздает им шлемы, панцири и стрелы, шлет им воинов. Литвинов и Русь учит военному делу, так что, усовершенствовавшись после его смерти, даже могут быть опасными. Хвалится, что где-то принес веру, а на деле подстрекает сечь или вешать иконы, жестоко убивать христиан, срывать мир, хватать орденских братьев, давать опеку изменникам и отступникам — вот христианские поступки Ягайлы. Так он поступает с нами в союзе с Витовтом, который не помнит той помощи против татар, когда наши кровь пролили».
Ничего удивительного в орденских обвинениях нет. Ягайло, как и надлежит правителю, заботился об укреплении боеготовности подданных, расправлялся с врагами, а вот насчет святотатства над иконами можно поверить крестоносцам, а можно посчитать это выдумкой. Все же христианство Ягайло воспринимал как неофит, не избавившийся от языческих суеверий и привычек. Удивлялись ему, когда в костеле ставил свечки и огарки. А когда его спросили, почему он так делает, объяснил, приведя народную мудрость: «Богу молись, а черта не дразни».
Но католик Ягайло по-прежнему в душе оставался православным. Его сердцу было ближе православная культура, чем католическая. Длугош пишет, что Ягайло украсил гнезненский, сандомирский и вислицкий костелы произведениями «греческого» искусства, «ибо оно ему более нравилось, чем латинское». Защищал православие. В грамоте 1387 года Ягайло предупреждал тех, кто нанесет урон монастырю и церкви Св. Иоанна в Логойской земле: «...а хто приобидить или отиметь от стого Ивана цркви, тот будет проклять оусии веки и оу будщии». Даже его наместник в Великом Княжестве Литовском Скиргайло был православным и носил крещеное имя Иван.
Когда Витовт в 1390 году поднял восстание, Ягайло лично возглавил борьбу с ним. Городенский князь вновь заручился поддержкой крестоносцев, а это означало войну с Орденом. Польское войско во главе с Ягайлой захватило Берестье, Каменец и Городно, принадлежавшие Витовту. Своим наместником и старостой виленским Ягайло назначил польского подканцлера Николая из Мошкожова. Изгнанный из своих владений, Витовт при поддержке крестоносцев продолжил войну. В августе 1390 года орденское войско подошло к Вильно. Был взят главный замок Вильно — Кривы город, но два других замка мужественно защищались. Через пять недель крестоносцы сняли осаду замков и отступили.
Выступление Витовта напугало виленского старосту Николая Мошкожовского, и он отказался от управления столицей. На его место Ягайло назначил Яна Олесницкого, но, для того чтобы он «мог распоряжаться более свободно и дельно», князя Скиргайлу переводит на управление Киевской областью. Этот шаг Длугош объясняет страхом «могущества и свирепости врагов, предательства и вероломства своих и, кроме того, самовластия князя Скиргайлы». Если с двумя первыми причинами можно согласиться, то «самовластие» Скиргайлы — только предлог. Видимо, Ягайло загодя готовил условия для перемирия с Витовтом и передачи ему власти в Литве. Естественно, Скиргайло противился бы этому, и Ягайло убрал его подальше от столицы на окраину государства, где он лишался влияния на политическую ситуацию в Великом Княжестве.