Василий Шуйский крайне нуждался в деньгах. Его воинство, в отличие от повстанцев, служило не за идеи и право грабить, а за наличное жалование. Царь не раз забирал огромные суммы денег у патриарха и монастырей. Келарь Троице-Сергиевой обители Авраамий Палицын писал «о последнем грабеже в монастыре от царя Василия». По словам дьяка Ивана Тимофеева, царь безжалостно переплавил отнятую у церквей и монастырей драгоценную утварь, которую вскоре «блуднически изжил».
Патриарх не жалел церковного имущества для прекращения кровопролития. Но сказать, что повстанцы нанесли больше вреда Церкви, чем боярский царь, он не мог. Лишь когда все чины Москвы покаялись перед ним и Иовом в нарушении прежних клятв и многих согрешениях, святейший смог отлучить от Церкви тех, кто не принес покаяния.
Гермоген не проклинал повстанцев, пока была надежда обойтись без этой крайней душегубительной меры. Лишь когда восставшие разгромили полки Шуйского, сняли осаду Калуги и приняли в свои ряды толпы перебежчиков из «христолюбивого воинства», патриарх решился. Он предал проклятию Болотникова и главных его соратников, оставив остальным повстанцам церковный путь спасения. Патриарх призвал всех подняться на врагов веры, велел монастырям открыть кладовые и высылать в армию всех людей, способных носить оружие, «даже чтобы самые иноки готовились сражаться за веру, когда потребует необходимость».
Вдохновлённые Гермогеном бояре потребовали, чтобы царь Василий сам повел войско. Или — уходил в монастырь, чтобы они могли выбрать государя, способного защитить их имущество и семьи. Под давлением патриарха и бояр Шуйский согласился возглавить армию, собиравшуюся в поход под Тулу, где сосредоточились главные силы болотниковцев.
Ядром новой армии стало войско, спасенное Скопиным-Шуйским под Калугой. Его пополнили полки, которые спешно и крутыми мерами мобилизовали по всей стране. Немалую часть войск составили татары, мордва, чуваши, «даточные люди» монастырей и служащие Государева двора. Ударной силой были дворянские полки и стрельцы.
Скопина-Шуйского царь поставил первым воеводой Большого полка. На 21-м году жизни воевода стал командующим армией, с которой шел в поход сам государь. Патриарх Гермоген надеялся, что Скопин-Шуйский, которого он лично благословил в поход, несмотря на трусость царя, сохранит армию и сумеет одолеть бунтовщиков.
Войско выступило из Москвы под звон всех колоколов 21 мая 1607 г. Однако «царь, будучи в походе, — писал современник, — все время страшась измены, не решался выступить со всем войском и не удалялся от Москвы». Патриарх разослал по стране богомольные грамоты о царском походе полторы недели спустя, убедившись, что царь не сбежал от опасности.
Армия Скопина была воодушевлена благословением святейшего патриарха. И ещё больше сознанием, что идет на последний и решительный бой за кровные интересы землевладельцев: дворян, монастырей, мурз… А у повстанцев уже не оставалось прежнего ядра холопов и крестьян. Оно растворилось в разношерстном воинстве буйных казаков и просто разбойников. Многие из них уже не мечтали о победе. Им довольно было продолжать вольную жизнь на войне.
У восставших отсутствовала система снабжения. Это не позволяло им стоять на одном месте. Сочувствующие им города и села могли кормить войско лишь недолгий срок. Царская армия была намного сильнее. Болотников мог победить только быстрым и смелым ударом.
Болотников и князь Телятевский выступили против главных сил Шуйского, стоявших в Серпухове. А в пути внезапно свернули на Каширу, намереваясь прорваться к Москве. Со сравнительно небольшими силами Иван Исаевич азартно пытался выиграть качество, захватив столицу в отсутствие больших полков. Но его цели были раскрыты перебежчиками.
В битве на реке Восме, в 13 км от Каширы, повстанцы были разгромлены полками князя Андрея Васильевича Голицына. Скопин-Шуйский вовремя прислал ему подкрепления. Участников сражения было много. Но его исход решали отборные отряды. Победу Голицына обеспечили дворяне Ляпунова, а Болотников опирался на казаков.
Пять часов армии налили друг в друга из пушек и ручного оружия. Неожиданно 1700 спешенных казаков Болотникова «с огненным боем» форсировали Восму. Укрепившись в «буераке», они открыли огонь во фланг и тыл воинства Голицына. Царские ратники уже видели «над собою победу от врагов». Но рязанские дворяне Прокопия Ляпунова, оказавшись под обстрелом, ушли от него вперёд, а не назад.
Переправившись через Восму, бывшие болотниковцы атаковали восставших. «И воры не устояли, побежали, а боярские полки, видя, что воры побежали, полками напустили же и воров в погоне бесчисленно побили и живых поймали, а гоняли за ними тридцать верст».
Казаки, укрепившиеся за Восмой, показали, что Болотников не зря на них надеялся. Им обещали полное прощение, но казаки заявили, «что им помереть, а не сдаться». Трое суток они «бились насмерть» против всех полков, «конных и пеших». Казаки были перебиты, лишь когда у них кончился порох. Пленных было очень много. Царские воеводы их безжалостно казнили.
Патриарх велел молебствовать в честь победы царских войск на реке Восме во всех храмах. Гермоген призвал прихожан не обольщаться положением в стране. «Грех ради наших и всего православного христианства, — писал он, — от восстающих на церковь Божию врагов и крестопреступников междоусобная брань не прекращается. Бояр, дворян, детей боярских и всяких служилых людей беспрестанно побивают и отцов, матерей, жен и детей их всяким злым поруганием бесчестят. И православных христиан кровь как вода проливается, и вотчины и поместья разоряются, и земля от воров чинится пуста».
Болотников ушел к Туле, закрепившись за «топкой и грязной» речкой Воронкой. Его оборона опиралась одним флангом на Малиновую засеку Тульской засечной черты, другим — на укрепления при Калужской дороге. Немногочисленные силы повстанцев были растянуты на семь километров. Болотников не мог уйти, бросив без защиты жителей Тулы, и делал все, чтобы предотвратить осаду города.
Скопин-Шуйский не рискнул ввести в бой всю армию, которую легко могла охватить паника. Он выступил с тремя отборными полками, соединившись в пути с отрядами рязанских и каширских дворян. Тяжеловооружённые дворянские сотни пытались форсировать топкую речку Воронку сразу во множестве мест. Казаки энергично отстреливались. Под прикрытием этой канонады Михаил Васильевич прорвал оборону Болотникова на фланге, возле самой Малиновой засеки.
Семь верст отборная конница Скопина-Шуйского рубила бегущих в панике повстанцев. Всадники едва не ворвались на их плечах в город. Резервов у Болотникова не было. Но вождь смог остановить бегущих и перебить дворян, прорвавшихся в городские ворота.
В пятницу 12 июня 1607 г. началась осада Тулы. Через две недели вокруг города сосредоточилась вся царская армия. Располагая 5-7-кратным превосходством в числе войск и мощной артиллерией, Михаил Васильевич обстреливал и атаковал город с двух сторон. Осадные работы и атаки велись непрерывно. За месяц царская армия 22 раза ходила на штурм. В те же дни царские войска шли по городам и уездам, заливая кровью очаги восстания. Прежде восставшие жгли усадьбы господ. Теперь огню предавались избы крестьян.
Неизвестно, как молодой воевода смотрел на то, что царские полки применяли тактику «выжженной земли». Но это была не самодеятельность военачальников. Царские указы повелевали «татарам и черемисе» в южных уездах «всяких людей воевать, и в полон брать, и имущество их грабить за их измену». Города, которые царские войска не могли удержать, предписывалось сжигать дотла.
Скопин-Шуйский оказался полководцем армии, воюющей в России как в неприятельской стране. Это было похоже на действия крымских татар. Те, в отличие от опричников Ивана Грозного и дворянских сотен Шуйского, старались брать рабов живьем и не уничтожать население подчистую. Царь Василий Шуйский ошибся, сделав карательной силой войско татар, чувашей и мари под командой своего свойственника князя Петра Араслановича Урусова. В отличие от русских карателей, Урусов «и иные многие мурзы» не были готовы к бессмысленной резне. Они оставили немалую часть населения в живых, и ушли с толпами рабов в Крым.
Кровавые расправы над населением ударили по армии Шуйского. Насильно взятые «даточные люди», служилые и дворяне массами бежали из войска царя-злодея. Люди справедливо видели в его жестокости признак слабости. Командующему требовалось любой ценой ускорить взятие Тулы.
Не имея ни калужских припасов, ни прежнего ядра армии, Болотников показан Скопину-Шуйскому, на что способен настоящий полководец. «Из Тулы — писал современник, — вылазки были на все стороны всякий день трижды и четырежды, а всё выходили пешие люди с огненным боем и многих московских людей ранили и побивали». Народный вождь упорно не отдавал царскому войску инициативу.
