по 1875 год любимцем России среди центральноазиатских ханств был Коканд. В июле 1875 года такое положение дел резко закончилось, когда внутренние распри, десятилетиями раздиравшие Коканд до прихода России в Центральную Азию, вспыхнули снова. Ситуация была гораздо более серьезной, чем хивинская проблема с туркменами, поскольку в Коканде произошло всеобщее восстание, направленное не только против хана Худояра, но и против России. Восставшие даже осадили Ходжент. Худояр бежал в русский Туркестан, а его сын Насреддин был провозглашен ханом. Кауфман пришел в Коканд, разбил повстанцев и в сентябре 1875 года вошел в столицу. Он заключил договор, в котором Насреддина признавали ханом Коканда, а тот, в свою очередь, отдавал России половину ханства, находящуюся на правом берегу Сырдарьи, и обещал выплатить контрибуцию. Таким образом, Кауфман давал Коканду последний шанс сохранить автономию. Однако после ухода русских войск новый хан оказался не способен поддерживать порядок и вскоре вслед за своим отцом бежал в Россию. Генерал-губернатор приказал генерал-майору М.Д. Скобелеву занять оставшуюся часть ханства, и в феврале 1876 года Коканд вошел в состав русского Туркестана под названием Ферганская область. Так первое из трех зависимых от России государств Центральной Азии утратило автономию из-за своей неспособности удовлетворить минимальные требования Петербурга по поддержанию внутренней стабильности.
Во время проведения кокандских операций Бухара демонстрировала такое же внешнее дружелюбие и вместе с тем напряженное ожидание, как и во время кампании в Хиве. И только после поражения Коканда в 1875 году Музаффар передал Кауфману полученное летом от Насреддина письмо, в котором тот просил помощи Бухары в войне против России. Вопреки своей обычной практике, эмир провел зиму 1875/76 года в Шахрисабзе вместе со своей армией, чтобы удобней наблюдать за событиями в Коканде. Возможно, он еще подумывал об отвоевании Самарканда, если русские потерпят поражение в Ферганской долине. Пребывание Музаффара в Шахрисабзе в сочетании с восстанием в Коканде и слухами о предстоящем нападении на русских эмира Каратегина спровоцировало беспорядки в горных районах Верхнего Зарафшана, которые оказались настолько серьезными, что генерал Абрамов из соображений безопасности приостановил караванную торговлю между Самаркандом и Бухарой. В начале 1876 года по просьбе Ташкента Музаффар со своей армией ушел из Шахрисабза в Бухару, и после этого Верхний Зарафшан успокоился.
Аннексия Коканда не только укрепила престиж Музаффара за счет устранения соперничавшего с ним за русские милости Худояра, но и сделала возможным прямое вхождение в Бухару Каратегина и Дарваза. Эти два удаленных горных княжества в течение двух с половиной веков сохраняли фактическую независимость, лавируя между двумя более сильными соседями, Бухарой и Кокандом. Их независимость ненамного пережила падение Коканда. Во время восстания в Коканде эмир Каратегина Мухаммад Рахим предоставил убежище многим беглым повстанцам и, как говорили, готовился вторгнуться в Коканд и Ура-Тюбе. После окончательной аннексии Коканда генерал Скобелев, военный губернатор новой Ферганской области, просил у Кауфмана разрешения войти в Каратегин и покарать Мухаммада Рахима. Кауфман отказал, поскольку теперь он признавал сюзеренитет Бухары как над Каратегином, так и над его южным соседом Дарвазом. После этого Кауфман потребовал, чтобы Музаффар заменил Мухаммада Рахима на того, кто относился бы к России дружелюбно и изгнал из Каратегина всех, кто настроен против русских. Мухаммад Рахим отказался явиться к эмиру на аудиенцию и весной 1876 года попытался достичь согласия с Кауфманом. Кауфман, убежденный в неискренности эмира, 6 июля снова написал Музаффару, повторив свои прежние требования. К началу августа эмиру удалось навязать отдаленной провинции свою волю. Мухаммад Рахим отправился под арест в Бухару, а эмир назначил правителем Каратегина Мухаммадшаха-бия (которого называли также Мухаммад Саид), приказав ему действовать в соответствии с пожеланиями Кауфмана.
На следующий год Музаффар по неизвестной причине послал своего самого способного генерала Худойназара-аталыка арестовать Мухаммада Саида и управлять Каратегином как бухарским бекством. Некоторые члены смещенной правящей семьи Каратегина нашли прибежище в русском Туркестане, где получили пенсион от русских властей, считавших, что они могут оказаться полезны против эмира Бухары, если тот когда-нибудь будет создавать проблемы. Однако до тех пор, пока эмир играл роль доброго соседа и надежного союзника, Ташкент держал этих изгнанников на коротком поводке. В начале 1880-х годов один из них попытался настроить население Каратегина против эмира, но Кауфман предупредил его, что, если он не прекратит свою деятельность, его выдадут эмиру.
После того как Бухара утвердила свою власть над Каратегином, эмир Дарваза и родственник Мухаммада Саида Сераджаддин отказался признать сюзеренитет Бухары над Дарвазом. В декабре 1877 года Ходойназар по приказу Музаффара вторгся в Дарваз. К следующей весне весь Дарваз был оккупирован, а Сераджаддин доставлен в Бухару пленником. Бывший эмир Дарваза оставался в заключении до конца царствования Музаффара, то есть до 1885 года. Потом генерал-губернатор уговорил сына и преемника Музаффара освободить его. Сыновья эмира оказались более удачливы, поскольку им удалось бежать в Фергану, где они, как и другие беженцы из Каратегина, получили пенсионы. Два других родственника Сераджаддина, которые были амлакдарами (управляющими частью бекства) в южном Дарвазе на левом берегу реки Пяндж, бежали в Бадахшан. В 1882 году один из них при помощи Афганистана попытался захватить контроль на левом берегу, но его попытка провалилась, и он был казнен в Бухаре.
В течение десяти лет после того, как он потерпел поражение от России, Музаффар частично компенсировал потерю Самарканда, установив контроль над центральной и восточной частью Бухарского ханства. Не считая случая с Шахри-сабзом, он добился этого без помощи России, хотя Россию, безусловно, порадовало, что эмир занялся таким конструктивным делом, укреплявшим его позицию и, таким образом, снижавшим вероятность внутренних беспорядков в ханстве.
Исследование русскими Хивы и Бухары, 1873–1883 гг
Хива и западная часть Бухары были хорошо известны русским еще до завоевания благодаря различным русским и западным визитерам. Однако в центральную и восточную часть Бухары не ступала нога ни одного европейца, и, следовательно, никакой надежной географической информации о ней практически не существовало. С 1873 года в течение десяти лет архив географических знаний о новых подконтрольных России землях Центральной Азии пополнялся благодаря научным экспедициям, военной разведке, искавшей возможные пути для русской армии, и исследованиям географов и этнографов, которые часто сопровождали русские посольства и военные экспедиции.
С 1874 по 1880 год низовья Амударьи стали предметом изучения как минимум пяти экспедиций, финансируемых Императорским Русским географическим обществом, великим князем Михаилом Николаевичем, великим князем Николаем Константиновичем и Министерством путей сообщения. Эти экспедиции занимались составлением карт местности, нанесением на карты рек, сбором сведений о пригодности рек для коммерческого судоходства и поисками предполагаемого древнего русла Амударьи.
В период с 1875 по 1880 год основную роль в