Между 1500 и 1820 годами около 17 000 испанских кораблей отплыли в метрополию из Американских колоний. Подсчёты показывают, что примерно 5% (850 кораблей) были потеряны в море и примерно 2% (340 кораблей) так и не были найдены и исследованы испанскими спасателями. По другим данным, только за период с 1619 по 1659 год из 2431 судна, курсировавшего между Испанией и Америкой, были захвачены морскими пиратами или затонули 673 судна.
Испанский флот, перевозивший ценности через океан, быстро приходил в упадок. Между 1570 и 1599 годами Испания в Карибском море еще держала флот из 110 кораблей, а в 1610 году их было всего 55. В 1640—1650 годы испанский флот в Карибском бассейне составлял лишь 25 кораблей, а в 1661 году для перевозки сокровищ через Атлантику Испания была вынуждена арендовать корабли у Голландии.
Не меньших трудов стоило испанцам удержать перевозимые сокровища в своих руках. В соответствии с отчетом, подготовленным в 1670 году для Кольбера (министр финансов Франции с 1665 года), общий торговый баланс с островами Вест-Индии достиг в этом году суммы, превышавшей 38 миллионов лир. При этом доля Франции составляла 6 миллионов, Англии — 5, Голландии, Гамбурга и Данцига — 10, Фландрии, Швеции и Дании — 4, Генуи, Неаполя, Ливорно — 7, Португалии, Галатии и Биссаи — 2 и Берберийских государств — 1 миллион. На долю же Испании приходилось всего 3 миллиона лир.
Таким образом, огромные богатства, стекавшиеся в Испанию из Америки, не приносили этой стране процветания, а впоследствии стали настоящим проклятием, стоившим жизни многим морякам.
С конца XV столетия испанские и португальские мореплаватели обратили свой взор в сторону Востока, который считали источником неисчислимых богатств. Прежде всего завоевателей привлекали пряности, золото и серебро, которыми так славились восточные страны.
Ограничение возможностей получения золота и серебра в Европе, накануне Великих географических открытий толкали мореплавателей к поиску новых источников драгоценных металлов. После открытия Америки испанцы получили в свои руки огромный источник золота и серебра, который тут же вызвал в Европе так называемую «революцию цен». Обесценивание драгметаллов вызвало ещё большую необходимость в их получении. Стремление к приобретению предметов роскоши и специй охватило аристократию Европы.
Удовлетворить потребности в золоте, шёлковых тканях, китайском фарфоре, специях и других товарах оказалось возможным только путём создания прочной системы транстихоокеанской торговли. Колонизировав Филиппинские острова, испанцы получили устойчивые базы не только в Америке, но и в Азии, что позволило начать создание межконтинентальных торговых связей. Большим стимулом к этому процессу являлась огромная разница между соотношением цен на золото и серебро в Европе и в Азии и стремление таких стран, как Китай, получать всё больше серебра для удовлетворения потребностей внутреннего рынка. Так, в 1574 году соотношение стоимости золота и серебра в Китае составляло от 1: 8 до 1:4, а на Филиппинах доходило до 1:2. Учитывая, что в Европе это соотношение составляло 1:12, становится ясно, что чрезвычайно выгодно было бы обменивать мексиканское серебро на китайское золото, фарфор, шелка и специи. Именно это и объясняет появление такого феномена, как манильский галеон.
Маршрут Новая Испания — Филиппины открыла экспедиция Легаспы—Урданеты в 1565—1566 годы. Это путь был относительно лёгок ввиду попутных течений и ветров. Однако путь обратно в Америку был значительно сложнее. С 1522 года было предпринято пять безуспешных попыток вернуться с Филиппин в Новую Испанию. Всякий раз неудачи объяснялись встречными ветрами и течениями. Только испанский мореплаватель Урданета смог окончательно сформировать устойчивый торговый путь. Именно он предложил при возвращении из Манилы сначала подниматься на север к 42-й параллели, а затем следовать на восток к Верхней Калифорнии, после чего вдоль берега к Акапулько. Этот путь оставался главным вплоть до 1815 года.
Филиппины, ставшие опорой испанского владычества в Азии, стали местом, куда сходились сразу три потока товаров: из Китая, Юго-Восточной Азии и Индии. Основными товарами были шёлк-сырец и шёлковые изделия, фарфор, ювелирные изделия, лаки, мебель, ширмы, пряности, ароматические вещества, слоновая кость, драгоценные камни. В обмен испанцы доставляли из своих американских владений шерстяные ткани, кошениль, вино, растительное масло, какао и серебро, которое являлось главным товаром в испанской торговле.
Обычно галеоны, покидавшие Акапулько (16°51’ с.ш., 99°55' з.д.), следовали на юго-запад, примерно до 12° с.ш. и далее на запад, пока не достигали пролива Сан-Бернардино (12°32’ с.ш., 124°10' в.д.), где входили во внутренние филиппинские воды. После этого они направлялись далее к Маниле (14° 35' с.ш., 121° в.д.).
В обратный путь галеоны выходили в апреле—июне, чтобы захватить попутные пассаты, и брали курс на север, в сторону Японии. Достигнув 10—15° с.ш., они поворачивали на запад. Видимо, этим и объясняется причина того, что испанцы так и не открыли Гавайские острова (24° с.ш., 167° з.д.).
Рейс с Филиппин в среднем длился пять с половиной месяцев, и в Акапулько галеон прибывал в период с конца ноября по январь. Средняя продолжительность 37 зарегистрированных плаваний в восточном направлении, с 1565 по 1758 год, составляла 170 дней.
Столь длительное плавание в антисанитарных условиях нередко приводило к большим человеческим жертвам среди команды и пассажиров из-за цинги и различных инфекционных заболеваний. В 1697 году итальянский аптекарь Франческо Гемелли, совершавший путешествие на манильском галеоне, записал: «Голод, жажда, тошнота, невозможность ни на минуту остаться одному и другие страдания, не говоря уже о том, что швыряет из стороны в сторону от страшных волн. Корабль кишит мелкими грызунами, питающимися печеньем и галетами и размножающимися так быстро, что очень скоро они не только бегают по каютам, кроватям и даже тарелкам, из которых едят люди, но даже и по самим людям Мухи падают в тарелки с супом, где также плавают и черви всех видов. Каждый кусок пищи кишит личинками. В рыбные дни обычно кормят тухлой рыбой, сваренной в солёной воде; днём едят суп из бобов, в котором так мною личинок, что они плавают на поверхности».
В 1657 году один корабль приплыл в Акапулько, проведя более двенадцати месяцев в море: на борту все были мертвы. Положение осложнялось ещё и тем, что после прибытия в Новую Испанию ситуация менялась мало, учитывая условия жизни в испанских колониальных городах того времени и отсутствие гостиниц для путешественников.
После достижения Акапулько груз перегружался на мулов, после чего под охраной двигался в сторону Веракруза, главного порта на Атлантической стороне Мексики, где, в свою очередь, грузился на борт галеонов флота Новой Испании и следовал в метрополию. Такой длительный маршрут мог занять несколько лет. Однако ввиду постоянства торгового пути, перебои с поставкой необходимых товаров случались относительно редко.
Ещё до того, как манильский галеон успевал разгрузиться в порту, его готовили к обратному пути. На борт поднимались пассажиры, солдаты и преступники, ссылаемые на Филиппины. Швы в бортах заделывались паклей и заливались смолой, трюмы заполняли провизией, водой и едой. При благоприятном стечении обстоятельств обратный путь занимал чуть меньше времени — около четырёх месяцев. Январь и февраль были самым благоприятным временем для отплытия, но нередко отплытие откладывалось до марта—апреля. Из 148 зарегистрированных рейсов из Акапулько с 1566 по 1748 год 2 галеона вышли в море в декабре, 5 — в январе, 11 — в феврале, 87 — в марте, 42 — в апреле, и 1 галеон покинул Акапулько в мае.
Изначально торговля с Филиппинами носила свободный характер. Однако постепенно это стало угрожать поступлению серебра в Испанию, поскольку всё большие объёмы этого драгоценного металла уходили в Азию. В связи с этим, с середины 1570-х годов была введена монополия на торговлю с Филиппинами, наподобие той, что существовала в американских колониях. Торговля ограничивалась портами Акапулько и Манила. Сумма экспорта на Филиппины лимитировалась в 250 тысяч песо в год, импорта — 500 тысяч. Ежегодное число судов, посылаемых через океан с коммерческими целями ограничивалось двумя галеонами. Но случалось, что в течение года океан пересекали три или четыре галеона, а иногда из-за нападения пиратов или кораблекрушения сообщение прерывалось более чем на год, что негативно сказывалось на состоянии экономики.
Лимиты, введенные испанской короной, соблюдались достаточно редко. Обычно стоимость отправляемых из Америки грузов (преимущественно серебра) варьировалась от 200 тысяч до миллиона песо, а стоимость прибывавших обратно товаров была в 2—3 раза больше. Контрабанда увеличивала эту сумму более чем на 10 миллионов песо. На пике торговли, в 1597 году, из Акапулько в Манилу было отправлено серебра на двадцать миллионов песо — цифра, превосходившая товарооборот испанской торговли через Атлантику.
