Лимиты, введенные испанской короной, соблюдались достаточно редко. Обычно стоимость отправляемых из Америки грузов (преимущественно серебра) варьировалась от 200 тысяч до миллиона песо, а стоимость прибывавших обратно товаров была в 2—3 раза больше. Контрабанда увеличивала эту сумму более чем на 10 миллионов песо. На пике торговли, в 1597 году, из Акапулько в Манилу было отправлено серебра на двадцать миллионов песо — цифра, превосходившая товарооборот испанской торговли через Атлантику.
Существовавшие ограничения дали негативный результат, поскольку значительный сектор торговли в Маниле перешёл в руки китайских и португальских купцов. Первые контакты с китайцами на Филиппинах завязались поле того, как испанцы спасли китайских моряков, потерпевших крушение у берегов Филиппин в 1571 году. Через год первые китайские джонки прибыли в Манилу с грузом фарфора и шёлка.
Немаловажное значение Манила приобрела и для португальских купцов, которые доставляли товары с Молуккских островов и из Японии. После потери португальцами Малакки именно манильские галеоны стали альтернативным путем снабжения восточными товарами Европы.
Поскольку, согласно королевскому указу, только два галеона в год могли пересекать Тихий океан, это наложило отпечаток на конструктивные особенности подобных кораблей. Для своего времени это были очень крупные суда. Изначально их водоизмещение было определено в 300 тонн (с 1593 по 1718 год), затем его увеличили до 560 тонн. Однако сразу стало очевидно, что корабли подобных размеров слишком малы. Потребовались корабли гораздо большей грузоподъёмности. Постепенно водоизмещение росло. Уже в конце XVI века оно составило 700 тонн, в 1614 году манильский галеон, отправившийся в плавание, имел водоизмещение 1000 тонн. «Розарио», работавший на тихоокеанской линии с 1746 по 1761 год, имел водоизмещение 1710 тонн, «Сантисима Тринидад» (1762 год) — 2000 тонн.
Всего за 250 лет существования трассы Манила — Акапулько её обслуживало 110 галеонов. Большинство из них сроились на Филиппинах, и только 8 были построены в Мексике.
Наряду с перевозкой официальных грузов возросла роль контрабанды, причём её размеры иной раз могли сравниться с объемами законных перевозок, что неоднократно приводило к трагическим последствиям из-за перегруженности галеонов.
И всё же, несмотря на все ограничения, весь период второй половины XVI — начала XVII века можно охарактеризовать как очень оживлённый. В 1635—1716 годы доля серебра, отправляемого в Азию, составляла 29—35% от добычи на мексиканских копях.
Одним из первых манильских галеонов, погибших на пути в Новую Испанию, был корабль «Сан Пабло», принадлежавший Мигелю Лопесу Легаспи. Галеон затонул в районе Марианских островов, сев на мель возле Гуама после отправления с Филиппинских островов в 1568 году. Все пассажиры и экипаж были спасены и, соорудив небольшой плот из обломков корабля, через три месяца возвратились на Филиппины. В марте 1601 года у острова Рота погиб ещё один галеон — «Санта Маргарита». Спасшиеся подверглись нападению местных жителей и были убиты. В сентябре 1638 года у острова Сайпан затонула «Нуэстра сеньора де ла Консепсьон».
Несмотря на то что Марианские острова были открыты ещё Магелланом в 1521 году, испанские галеоны заходили сюда лишь эпизодически. Гибель нескольких кораблей заставила власти задуматься об организации здесь постоянной промежуточной стоянки для пополнения запасов провизии и питьевой воды. С конца XVII столетия все галеоны задерживались здесь примерно на 1—2 дня.
В последующие годы погибло около сорока галеонов. Четыре раза английским пиратам и каперам удавалось захватить манильский галеон в 1587, 1709, 1743 и 1762 годах.
Руководил флотом, который пересекал океан, генерал-капитан, назначаемый самим королём. Как правило, это был очень знатный человек, приближенный к королевской семье. Ему подчинялся второй флагман в звании адмирала и все офицеры флота.
Команда каждого судна была разделена в соответствии с корабельной иерархией. Вся власть на корабле принадлежала офицерам: капитану, его помощникам, штурману (он же лоцман) и боцману. В ранге офицеров на судне также находились старший плотник, старший рулевой, старший цирюльник, священник и доктор. В случае, если на борту находился военный отряд для охраны, к ним присоединялся ещё и руководивший им офицер. Все они были испанцами, за исключением лоцмана, зачастую португальца или итальянца.
Отдельную группу на судне составляли мастера: кузнец, скульптор, занимавшийся резьбой по дереву, маляр, мастер по насосам, бондарь, баталер, парусный мастер, плотники, такелажники и мастер по блокам. На крупных галеонах за приготовление пищи отвечал шеф-повар и несколько коков, а также личный повар адмирала или капитана, и «засольщик», в введении которого находилась солонина и сухари — основная пища моряков.
Низшую ступень в иерархии экипажа занимали палубные матросы. Среди них испанцы составляли не более 20%, остальные были выходцами из других европейских стран. На борту судна могли быть представители сразу всех национальностей, поэтому драки не считались редкостью. Матрос тех времён, вне зависимости от того, каким образом он попал на борт судна, добровольно или был принудительно законтрактован, был личностью непрезентабельной. Он не имел форменной одежды, поэтому одевался в то, что считал удобным. Ужасный внешний облик, как правило, дополняла и неблаговидная биография. Нередко матросы были самыми ужасными преступниками. Достаточно вспомнить, что на борту корабля Христофора Колумба было два преступника-рецидивиста — англичанин и голландец. Чаще всего у таких людей было два выбора — море или виселица, и первое они выбирали чаще.
Поскольку на лояльность команды полагаться было невозможно, а в Карибском море и у берегов Европы хозяйничали пираты, капитаны галеонов для охраны ценного груза брали на борт отряд солдат. Эта мера должна была обеспечивать безопасность судна в течение всего плавания. Но, как показывала морская практика, даже самый сильный отряд на борту галеона был беспомощен против пиратских нападений, особенно учитывая, что матросы не проявляли энтузиазма при защите своего судна, зная о возможных последствиях. Более того, при необходимости матросы с галеонов пополняли пиратские экипажи, с лёгкостью меняя жизнь в подчинении на пиратскую вольницу.
С того момента, как человек поднимался на борт галеона, начинались его испытание на прочность, смелость и выносливость.
Жизнь на борту была чрезвычайно тяжёлой. Больше сотни людей, на ограниченном пространстве в 40 метров длиной и 12—14 метров шириной, толпились и мешали команде при работе на палубе. Только в случае непогоды пассажиры перебирались вниз. Случалось, что пассажирам в течение всего рейса не удавалось подняться наверх, и они оставались в зловонии корабельного трюма без нормального освещения и воздуха.
Плавание продолжалось несколько месяцев. Те, кто уже имел опыт пересечения океана, знали, что продовольствие и питьевая вода — это самая большая ценность на хрупком судне среди океана. Никаких продовольственных припасов для нелегальных пассажиров не предусматривалось, поэтому очень скоро из-за этого вспыхивали ссоры, которые могли перерасти в мятеж. Любой матрос или пассажир чётко знал, что главное — зорко следить за своими вещами и припасами, поскольку кралей и азартные игры были излюбленным занятием на борту судна во время перехода. Самой же большой напастью были различные паразиты — клопы, вши, черви, тараканы, долгоносики и крысы.
Жизнь под палубой требовала и от матросов и от пассажиров большого терпения. Любой деревянный корабль пропускал воду, особенно в период непогоды. Команде каждый день приходилось откачивать её, и, тем не менее, в глубине трюма она продолжала скапливаться, что приводило и к гниению, и к отвратительному зловонию. Не меньший смрад источали разогревавшиеся на солнце пропитанные смолой и дёгтем палубы и борта корабля.
Немало хлопот доставляли и крысы, которые были постоянными «пассажирами» любого судна тех лет. Эти создания, идеально приспособившиеся к жизни в трюмах, поглощали запасы провизии и воды, служили возбудителями болезней. Даже массовые облавы на крыс не позволяли полностью избавиться от этой напасти.
Более или менее сносное существование могли себе позволить лишь привилегированные слои общества, располагавшиеся на корме судна. Именно здесь располагались каюты капитана и офицеров судна, а также наиболее именитых пассажиров из числа аристократии и священнослужителей. Остальная часть команды, менее значимые пассажиры и солдаты вынуждены были довольствоваться помещениями на носу судна или просто в трюме и на палубе.
