После этой катастрофы Сталин и Ставка подвергли критике исполнение обязанностей командованием Крымского фронта. В документе от 14 июня 1942 года, предназначенном для старшего командования Красной Армии, командование Крымским фронтом было раскритиковано, первое — за то, что оно не понимает сущности современной войны; второе — за то, что оно потеряло контроль над своими войсками; третье — за то, что оно продемонстрировало недисциплинированность, не выполнив инструкций Ставки. Документ также объявляет о смещении и понижении в должностях фактически всего командования фронтом. Среди пониженных в должности были командующий фронтом генерал Козлов и Лев Мехлис, глава ГПУ (главного полит. управления Красной Армии), который был представителем Ставки в Крыму. Мехлис потерял свой пост заместителя комиссара обороны вместе с работой в ГПУ и был понижен в звании на одну ступень с армейского комиссара 1-го ранга до корпусного комиссара. Сталинский гнев по отношению к Мехлису стал очевиден с первых дней наступления вермахта на Керчь, когда комиссар телеграфировал в Москву жалобы на действия генерала Козлова по отражению немецких атак. В ответ Сталин послал ядовитый выговор:
«Вы заняли странную позицию, как сторонний наблюдатель, который не имеет отношения к делам Крымского фронта. Эта позиция может быть удобной, но это абсолютно недостойно. Вы не сторонний наблюдатель… но ответственный представитель Верховного Командования, отвечающий за все фронтовые успехи и поражения, и обязанный корректировать ошибки командования на месте».
В другом случае Сталин телеграфировал Козлову: «Вы являетесь командующим фронтом, не Мехлис. Мехлис должен помогать вам. Если он не поможет, вы должны доложить об этом». Генерал занялся делом: прислал в Ставку документ от 4 июня, где написал, что все командиры «являются мастерами современного боя», понимающими важность «скоординированных действий всех видов оружия» и отвергают вредные методы бюрократического руководства… они должны не ограничиваться отдачей приказов, но посещать войска, армии и дивизии, чаще «помогать своим подчинённым выполнять приказы. Задачей для наших командиров, комиссаров и политработников является искоренение элементов недисциплинированности среди командиров всех рангов».
Эвакуация Красной Армии из Керчи открыла дорогу последнему штурму Севастополя, который начался 2 июня с массированной авиа и артиллерийской бомбардировки. В ходе многомесячной осады (siege) люфтваффе сделали более 23 000 самолётовылетов и сбросили 20 000 тонн бомб на город. Немцы даже перебросили с ленинградского фронта свою тяжёлую артиллерию, включая орудия, стреляющие снарядами весом 1 т, 1,5 т и даже 7 т. Штурм Севастополя с суши и моря начался в начале июня. Советские потери достигли десятков тысяч, и немцы захватили ещё 95 000 пленных. Немцы потеряли 75 000 человек, включая 25 000 убитых. Немцы восторжествовали, но оборона Севастополя внушила им страх и породила легенды о героической Красной Армии, защищавшей сначала Брест в июне 1941 года, затем Одессу, Смоленск, Ленинград, Тулу и Москву.
Тем временем главное событие происходило тоже на Украине: его не планировали начинать ни немцы, ни Советы. 12 мая Красная Армия начала главное наступление с целью возвратить Харьков, второй по значению украинский город. К несчастью советское наступление совпало с концентрацией немецких сил для операции «Синева»(Blau), и 6-я армия, и 1-я танковая армия смогли эффективно обороняться, и провести уничтожающую контратаку. Русские не только не смогли вернуть Харьков, но три советские армии, участвовавшие в операции, были окружены немцами и полностью уничтожены. Сражение произошло 28 мая. Советские потери составили около 280.000 человек, включая 170.000 убитых, раненых и пропавших без вести. Около 650 танков и 5000 орудий также были потеряны Красной Армией.
Харьков стал очередной военной катастрофой, постигшей Сталина. Выдающееся обвинение однажды сделал Хрущёв, который в то время был полит. комиссаром Юго-Западного направления, проводившего операцию. В 1956 году Хрущёв заявил, что он спрашивал у Сталина разрешения отменить операцию до того, как советские войска были окружены немцами. Версия Хрущёва была в своё время внесена в официальную историю Великой Отечественной войны, опубликованную в начале 60-х годов, когда он был вождём Советского Союза. Но Жуков категорически опровергает историю Хрущёва в своих мемуарах и возлагает вину на командование Юго-Западного направления, которое, как он заявил, проталкивало эту операцию и затем вводило Сталина в заблуждение о ходе сражения.
Эта критика «местного» руководства была поддержана маршалом Москаленко, командовавшим одной из армий в этой операции. На его взгляд Юго-Западное направление недооценило противника и преувеличило возможности своих собственных сил. Эта новая версия событий, произошедших по официальной советской истории, опубликованной в 1970 году, не подтверждается Василевским в его мемуарах. Он частично согласен с версией Жукова-Москаленко, но подтверждает историю Хрущёва о его усилиях переубедить Сталина. Василевский также подтверждает, что Ставка могла больше помочь Юго-Западному направлению. Эта последняя точка зрения подтверждается в мемуарах маршала Баграмяна, начальника штаба Юго-Западного направления, который считает главной проблемой недостаточную подготовку операции Ставкой.
Собственный вердикт Сталина о харьковском поражении был сделан в приказе Юго-Западному направлению от 26 июня, в котором было объявлено, что Баграмян отстранён от должности начальника штаба, так как его неудача по обеспечению ясной и чёткой информацией Ставки «не только привела к провалу наполовину достигшей успеха операции, но и привела к сдаче 18–20 дивизий врагу». Сталин сравнил эту катастрофу с поражением одной из царских армий в ходе первой мировой войны и указал, что не только Баграмян наделал ошибок, но и Хрущёв, и Тимошенко, командующий Юго-Западным направлением. «Если мы объясним стране всё о катастрофе…, то я опасаюсь, что с вами будет поступлено весьма строго».
Сталин, однако, обошёлся с виновными в катастрофе очень мягко. Хотя Баграмян был понижен с уровня направления до армейского начальника штаба, он позднее занял место среди самых главных командующих всей войны, один из двоих не-славян (он был армянином, другой — еврей), командующих фронтами. Он был не единственным козлом отпущения. Действительно, многие из тех, кто участвовал в операции, позднее занимали высокое положение в советском высшем командовании, например, генерал Антонов, который стал сталинским начальником Генерального штаба в декабре 1942 года. В июле 1942 года Тимошенко был переведен в Ленинград командующим Северо-Западного фронта. Это было наказанием, или понижением, но одновременно это было возвращением Тимошенко на место триумфа в советско-финской войне.
Сталинское мягкое обращение с командованием Юго-Западного направления контрастировало с наказанием виновников крымского поражения. Возможно это косвенное признание того, что за харьковскую катастрофу были ответственны отчасти и Ставка, и Верховный Командующий. Уважительное отношение к донесениям от Юго-Западного направления в Ставку, посланным в марте-мае 1942 года, и внимание к ситуации, сложившейся там, весьма показательны. Из документов следует, что предлагая операцию, командование нацеливалось не только на возвращение Харькова, но и на выход к Днепру. Даже когда в ходе сражения стало ясно, что немцы намного сильнее, чем предполагалось, и что ожидаемых целей достичь невозможно, командование направления продолжало посылать оптимистические донесения в Москву.
Разработка подобных планов и поддержка наступательных устремлений направления — не единственный признак оптимистического взгляда Сталина и Ставки на перспективы Красной Армии на восточном фронте весной 1942 года. В конечном итоге именно наступательные действия привели к изгнанию немецких сил из СССР. Харьков был только одной из многих амбициозных наступательных операций, разработанных Сталиным и Ставкой весной 1942 года. В Крыму дополнительные наступательные действия Красной Армии были предупреждены началом немецкого наступления от 8 мая. В начале мая Северо-Западный фронт начал операцию против немецких превосходящих сил в районе Демьянска. В середине мая Ленинградский фронт начал операцию по освобождению частей советской армии из окружения. В центральном секторе Красная Армия готовилась начать наступление в направлении на Ржев, Вязьму и Орёл.
Причины харьковского поражения лежат в наступательной доктрине более, чем в прочих ошибках Сталина, или командования Юго-Западного направления. Эта истинная причина харьковского поражения не разъясняется в военных мемуарах и описаниях дискуссии в Совете Верховного командования весной 1942 года, широко распространённых Жуковым, и одобренных Василевским. Согласно им, основной плана Ставки на на летний период 1942 года оставался оборонительным. В этом контексте харьковская операция представлена, как неудачное отклонение от главного плана, и как результат сталинской склонности к наступлениям, и лоббирования Тимошенко большого наступления в районе Харькова.
