Положение великого магистра было не из лучших. Наемники требовали денег, которые орден был не в состоянии заплатить, в то время как польский король готов был платить за помощь конфедератам и наемникам, которых не мучили угрызения совести, он мог удерживать Мариенбург и контролировать действия магистра и всех тевтонов. Измена наемников, грабежи и резня, которыми они не гнушались по отношению к мирному населению регионов, привели к тому, что некоторые конфедераты усомнились в целесообразности политики своих руководителей. Но было слишком поздно. Когда народ Данцига захотел примириться с орденом, руководители Конфедерации попросили наемников подавить мятеж и насильно принудили жителей Данцига подчиниться Конфедерации. Тем временем наемники вели переговоры с поляками и по договору от 15 августа 1456 г. пообещали продать королю Польши Мариенбург, Диршау, Меве, Кониц и Хаммерштейн за 436 192 венгерских флоринов, подлежащих выплате до конца года. В то же самое время они предложили магистру, что откажутся от своего соглашения с поляками, если орден выплатит им аналогичную сумму… незамедлительно. Однако орден был не в состоянии собрать подобную сумму за такое короткое время. Мариенбург и его жители оказались в полном распоряжении озверелой банды наемников.
Пока руководители наемников торговались, их солдатня вела себя в Мариенбурге как истинный хозяин. Реально братья ордена были пленниками наемников, которые стали их тюремщиками. Наемники не испытывали никакой жалости к членам ордена, большинство из них было табористами, самыми экстремистки настроенными гуситами, и подчинить себе членов религиозного ордена, преданного папству, было для них удовольствием. Гуситкие войны, которые разрушали Богемию в течение тридцати лет, таким неожиданным образом нашли свое продолжение в Пруссии.
Не было такого унижения, которое бы ни выпало на долю тевтонских рыцарей в течение долгих месяцев их пленения. Меморандум, составленный магистром Людвигом фон Эрлихсхаузеном, описывает их жизнь, когда наемники ввели свой порядок: «Когда братья ордена вставали, чтобы отправляться на утреннюю службу в монастырскую церковь Мариенбурга, их хватали солдаты, били розгами, раздев догола, прогоняли голыми из церквей и монастыря. И дабы лишить их возможности одеваться, врывались к ним в кельи, хватали одежду и рвали ее на куски, мечами рубили постели. Иной раз солдаты ночью оскорбляли братьев ордена в их кельях, подняв их с постели среди ночи, издевались над ними, вплоть до того, что заставляли их выпрыгивать из окон…»
Сам магистр был заперт в своих апартаментах, и его постоянно охраняли многочисленные солдаты; он был лишен возможности писать, не получал почту и пребывал в полной изоляции. Плен магистра и братьев длился более шести месяцев до того момента, когда, получив обещаемые деньги, наемники оставили Мариенбург полякам. 8 июня 1457 г. в Троицу король Казимир вошел в Мариенбург. Накануне магистр Людвиг фон Эрлихсхаузен вынужден был покинуть замок, не имея возможности взять с собой церковные реликвии, особенно кусочек истинного Креста Господня, что некогда Герман фон Зальца получил от Фридриха П. В последний момент, вопреки своим обещаниям, предводитель цыган отдал эти реликвии полякам. Магистр отправился в Кенигсберг, который отныне становится резиденцией великих магистров Тевтонского ордена.
Война с Польшей тем не менее на этом не закончилась, но ставки уже были сделаны. Тевтонский орден не имел сил, чтобы сопротивляться Конфедерации и полякам. Крепости Пруссии сдавались одна за другой. Время от времени прибывало небольшое подкрепление из Германии, что позволяло добиться кое-каких успехов. Прусские подданные ордена требовали, чтобы был положен конец войне. В 1465 г. жители Кенигсберга потребовали от магистра заключить мир. Некоторые дворяне и мещане Самбии организовали заговор против него; заговор был раскрыт, шесть заговорщиков казнены. Дальше медлить было нельзя. Крепости, которые еще удерживали тевтонские рыцари, сдавались одна за другой.
В начале августа 1466 г. начались переговоры в Штеттине (Щецин) в присутствии папского легата. Они закончились 19 октября заключением Второго Торнского мира. По договору тевтонские владения разделялись между Польшей на западе и орденом на северо-востоке. Тевтонский орден отказывался в пользу Польши от Кульмерланда со всеми городами и крепостями (Торн, Кульм и т. д.), от Померании со всеми крепостями (Данциг, Штеттин и т. д.), также от города и замка Мариенбург и от городов Эльбинг и Христбург со всеми прилежащими территориями. Епископства Вармии и Кульма, так же как и города, от них зависящие, переходили под юрисдикцию польской Церкви. Со своей стороны, Тевтонский орден сохранял все, что понималось отныне как восточная Пруссия и Кенигсберг, Мемель, епископство Самбии и Помезании; на деле магистр Тевтонского ордена признавал себя вассалом короля Польши, как и будущие его преемники.
Был изменен устав ордена. В первую очередь, как вассалов короля Польши и подданных Короны, магистров нельзя было смещать без согласия короля; кроме того, польские рыцари могли быть приняты в Тевтонский орден, в то же время их численность не должна была превышать половины численности ордена.
Таким образом, после заключения Второго Торнского мира образовалось две Пруссии — Пруссия королевская и Пруссия герцогская. Но каждая из этих Пруссии являла печальную картину разрухи и разорения; война оставила глубокие следы: сохранились только три тысячи двадцать деревень на всю Пруссию, тогда как в начале XV столетия их насчитывалось двадцать одна тысяча, не считая десятков тысяч человеческих жертв.
* * *
Прямые преемники Людвига фон Эрлихсхаузена, магистры Генрих фон Плауен младший (1467-1470), Генрих фон Рихтенберг (1470-1477), Мартин фон Ветцхаузен (1477-1489) и Иоанн фон Тифен (1489-1497) пытались поднять страну из руин и воскресить былую мощь ордена в своей новой столице Кенигсберг, население которого превышало десять тысяч жителей. Стремясь сохранить мир, они строжайшим образом соблюдали обязательства, навязанные им Польшей. Кроме Восточной Пруссии, Тевтонский орден владел в Ливонии значительными земельными наделами и недвижимостью, а также в Священной империи, Италии, Венгрии, главным образом, в виде командорств, сел, госпиталей, зданий, получал он и какие-то нерегулярные выплаты.
Для многих тевтонских рыцарей, тоскующих по славному прошлому ордена, польская опека была тяжелой и унизительной. Поэтому после смерти магистра Иоанна фон Тифена генеральный капитул ордена предложил магистратуру иностранному принцу, у которого не было соответствующих уставу ордена регалий, но его положение могло бы обеспечить новый взлет ордену. Выбор пал на герцога Фридриха Саксонкого, который мог рассчитывать на поддержку императора и немецких принцев. Фридрих прибыл в Кенигсберг 28 сентября 1498 г. и высказал свои пожелания, что обеспечило ему должность магистра. Король Польши пригласил Фридриха преклонить перед ним колени, но безуспешно. Новый магистр обратился к имперскому Совету, которому напомнил, что мир 1466 г. не был ни подтвержден, ни отвергнут Святым Престолом и империей. Фридрих осознавал, что его отказ преклонить колени перед королем Польши может спровоцировать новую войну. Во время заседания Генерального капитула ордена, состоявшегося в 1507 г., было принято решение взимать налог для набора войск и о реорганизации обороны. Каждый житель должен был вооружится за свой счет, обеспечить себя доспехами, аркебузой или арбалетом под угрозой лишения гражданских прав. Новый магистр таким образом пытался восстановить армию. Он попытался даже получить от Совета империи, собравшегося в Вормсе, карательные санкции для Данцига, Эльбинга и Торна (Торунь) за их измену во время Тринадцатилетней войны, но король Польши Сигизмунд I запретил представителям упомянутых городов отправляться в Вормс.
После смерти магистра Фридриха, которая последовала 14 декабря 1510 г., вопрос о подчинении королю Польши все еще не был урегулирован. Проблема выбора нового магистра стала еще острее. Капитул назначил нового магистра, маркграфа Бранденбургского Альбрехта, сына Фридриха Старшего, маркграфа Брандебургского, и Софии, дочери короля Польши Казимира IV.
Как и его предшественник, Альбрехт не был братом ордена и должен был огласить свои намерения в Мариентале перед правителем Германии, который и посвятил его в рыцари. После чего Альбрехта известили об избрании, он принес клятву верности императору Максимилиану и империи, прежде чем отправится в Кенигсберг, куда и прибыл в ноябре 1512 г. Альбрехт отказался подчиниться королю Польши и требованиям Краковского Сейма, состоявшегося в апреле 1518 г., ответив, что получил свою власть от империи и что его предшественники клялись в верности империи, а не Польше, и что он намерен действовать так, как они. Король Польши Сигизмунд обратился к Карлу V; тот потребовал от магистра принести требуемую клятву, так как желал, чтобы христианские принцы жили в мире и объединялись «против врагов религии». Правда, в это время император был обеспокоен серьезным религиозным кризисом, который реформы Мартина Лютера спровоцировали во всей Центральной Европе, особенно среди немцев. Магистр Альбрехт расценил ответ Карла V как измену и снова уклонился от принесения клятвы, что привело к возобновлению войны с Польшей.