17 мая 1990 года, после возвращения трёх представителей закона в Лексингтон, Хаггинс вместе с Полом Мейнардом и Ричардом Рэем за два с половиной часа добрался обратно в Пайквилл.
Позже в тот же день они допросили местную жительницу, которая утверждала, что является подругой Патнема. Она сказала, что знала о работе Сьюзен Смит на Патнема в деле об ограблении банков, и рассказала команде, что они с Патнемом проводили время вместе с 20:00 до 03:00 либо в пятницу, 9 июня, либо в субботу, 10 июня 1989 года. Но она не была уверена, в какой именно день.
На следующий день, 18 мая 1990 года, Хаггинс совершил вторую поездку в Майами. После краткого разговора он попросил агента Патнема съездить с ним в штаб-квартиру ФБР в Вашингтоне.
— У меня проблема с двумя или тремя вещами, которые ты мне рассказываешь, и ты единственный можешь подтвердить собственные слова. Я бы хотел, чтобы ты прошёл проверку на детекторе лжи, чтобы у меня не осталось сомнений.
Несмотря на то, что ФБР не имеет права заставлять своего сотрудника проходить проверку на детекторе лжи, можно с уверенностью предположить, что отказ мог быть сочтён подозрительным. Кроме того работа Патнема теперь была под угрозой из-за неоднократных утверждений, что он спал с федеральным свидетелем, который был осведомителем ФБР. По словам Хаггинса, если бы Патнем открыто не признался в измене, было бы проведено внутреннее расследование, и сексуальные связи Патнема рано или поздно были бы доказаны, так что в любом случае от увольнения из Бюро Патнема отделяли всего несколько дней.
— Он серьезно нарушил правила Бюро. На карте стояла его работа, он должен был это понимать, — сказал Хаггинс.
Единственным возможным источником улик был взятый напрокат автомобиль. Патнему сообщили, что лаборатория ФБР в Вашингтоне проводит экспертизу "Ford Tempo" и что на нём могут быть обнаружены следы крови, волокна с одежды и другие доказательства нечестной игры.
Накануне пятницы, 18 мая, Патнем согласился пройти проверку на детекторе лжи, и перед тем, как уехать из Флориды с Хаггинсом, он позвонил Кэти, чтобы сказать ей, что у него могут возникнуть проблемы из-за того, что он сделал в Пайквилле. Его жена уже была в курсе обвинений, что Сьюзен забеременела от Марка, поэтому звонок не стал для неё неожиданностью. Но Кэти не верила, что Марк в чём-то виноват. Фактически, когда Шелби Уорд позвонила Терри Халсу, чтобы сообщить о романе в июне 1989 года, Кэти Патнем выбесило, что кто-то может намекнуть на такую неосмотрительность мужа.
Патнем и Хаггинс вылетели в Вашингтон той же ночью, а рано утром следующего дня Хаггинс сопроводил Патнема в штаб-квартиру ФБР.
Специальный агент Марк Патнем не прошёл проверку на детекторе лжи.
Полиция штата Кентукки и ФБР были разгневаны тем, что он обманывает их, но ничего не могли поделать. Теперь всё перешло руки прокурора округа Пайк.
Когда Марк вернулся домой вечером 20 мая 1990 года, жена встретила его в аэропорту Форт-Лодердейла в полночь. Они поехали в бар местного отеля "Holiday Inn" — тихое местечко, где они часто бывали. По дороге они вообще не разговаривали. Кэти готовила себя к признанию в романе со Сьюзен Смит. Она уже всё обдумала и решила, что простит мужа.
Когда они сели за столик, Марк продолжал молчать. Кэти заказала коктейль. Ей пришло в голову, что муж, возможно, что-то сделал Сьюзен, и хотела прояснить этот вопрос как можно скорее.
— Ну так, ты убил её? — выпалила она.
— Да, я, — ответил Марк, но жену интересовало другое.
— Ты спал с ней? — спросила она.
— Да.
— Это мог быть твой ребёнок?
— Да.
В ярости Кэти залепила Марку такую пощёчину, что он чуть не упал со стула. Затем она допила коктейль, и пара ушла. Марк сказал ей, что в понедельник утром ему первым делом придется нанять адвоката.
В понедельник, 22 мая, после обращения к адвокату в Форт-Лодердейле Патнем уволился из ФБР. В тот же день федеральному прокурору Раньону позвонил Брюс Зимет, адвокат Патнема.
Раньон был ошеломлён.
— У нас не было абсолютно никаких против него улик. В первый раз за мою 28-летнюю карьеру кто-то сам желал признаться в убийстве, а я не мог предъявить ему обвинение, — заявил Раньон.
Позже он настаивал на том, что Патнему могло сойти с рук его преступление, если бы адвокат посоветовал ему держать рот на замке.
— Джон Пол, я хочу поговорить с тобой, но мне нужно сослаться на "правило 11" уголовного судопроизводства, — сказал Зимет, как только Раньон поднял трубку. Это означало, что Раньон, прокурор, должен был не использовать ничего из сказанного в разговоре в суде. Тот согласился.
— Первоначально Зимет говорил чисто гипотетически, — позже рассказывал Раньон журналистам, — и спрашивал: что было бы, если бы произошло вот это или вот то? Наконец я сказал: ”Послушай, если мы собираемся что-то обсуждать, давай уж играть в открытую".
И тогда Зимет начал говорить о непредумышленном убийстве, и Раньон согласился, что факты довольно хорошо соответствуют такому обвинению. Это не было хладнокровным преднамеренным убийством, как выразился Зимет, здесь были замешаны эмоции. Сьюзен Смит загнала Марка Патнема в угол, и он убил её во время ссоры в приступе ярости.
В течение 3 недель Зимет и Раньон вели переговоры об условиях сделки с правосудием. Одновременно прокурор США Луиза Де Фалез и офицеры полиции штата Кентукки слушали их переговоры, сидя в библиотеке Раньона. Голос Зимета транслировался из громкоговорителя. Ближе к концу переговоров Раньон убедил всех, что нет другого выбора, кроме как позволить Патнему признать себя виновным в непредумышленном убийстве. Ему невозможно было предъявить обвинение в убийстве без трупа, к тому же никто не знал, что Патнем сделал с девушкой. Сьюзен Смит можно быть спрятать где угодно в округе Пайк.
Раньон знал, что даже если 5 тыс. военнослужащих армейского резерва будут в течение недели прочёсывать холмы, они всё равно не найдут труп Сьюзен. Патнем тоже это знал. Он был рядом, когда десятки полицейских месяцами перекапывали местность в поисках тела осведомителя Рассела Дэвиса.
Майор Джерри Ловитт также был в курсе длившихся несколько недель переговоров и проблемы, с которыми столкнулся прокурор округа Пайк. Патнем был достаточно опытен, чтобы замести следы. Никто в ФБР или местной полиции не смог найти доказательств, которые можно было бы использовать в суде. Даже при признании в непредумышленном убийстве не было бы возбуждено никакого дела, если только Патнем сам не покажет полиции останки Сьюзен Смит.
В период с 22 мая по 2 июня 1990 года Раньон информировал ФБР о ходе переговоров с Зиметом, а тем временем агенты ФБР продолжали расследование. 24 мая агенты забрали копии записей Сьюзен Смит из мемориальной больницы Уильямсона. В них указывалась её группа крови.
В тот же день специальный агент Эндрю Сласс отправился в Пайквилл. Марк Патнем заявил, что смотрел фильм "Дом у дороги" в местном кинотеатре 9 июня 1989 года. Сласс проверил местную газету и обнаружил, что фильмы "Дом у дороги" и "Розовый Кадиллак" шли в прокате до 8 июня 1989 года. 9 июня в прокате были уже фильмы "Последний рубеж" и "Не видеть зла".
1 июня агенты Сэм Смит и Тим Адамс отправились в бывшую резиденцию Патнема на Хонисакл-драйв и осмотрели бывший гараж Патнема. Новая владелица дома, миссис Болтон, сказала им, что полки оставались нетронутыми с тех пор, как она въехала в дом. Агенты ФБР не обнаружили ни торчащих гвоздей или острых предметов, о которые можно было бы порезать руку, ни следов крови вокруг полок.
Тем временем переговоры между Раньоном и Зиметом становились всё более жаркими. Зимет как-то позвонил и сказал, что Патнем согласен на 12-летний срок заключения. Раньон сказал, что потребует не меньше 16 лет, и повесил трубку.
— Мы выборочно проанализировали ситуацию, — сказал Раньон. — Я выторговывал сделку о признании вины и сказал адвокату мистера Патнема по телефону, что не смогу спать по ночам, если не затребую меньше 16 лет. Говорю вам, мы делали ставки на то, что Патнем откажется, но он согласился.