Пребл немедленно направился на Мальту, где его застало письмо от Бейнбриджа с подробным отчётом о происшедшем Кроме того, он получил дополнительные сведения о сложившейся ситуации от капитанов торговых судов, посетивших Триполи.
С течением времени вырисовалась достаточно сложная картина. Если триполитанцы смогли бы восстановить «Филадельфию», это изменило бы расстановку сил в войне. У Пребла остался лишь один боевой корабль равного с «Филадельфией» ранга. Бриги и шхуны, имевшиеся у американцев, не могли бы составить серьёзной конкуренции фрегату в бою. Кроме того, рассчитывать на быстрый подход подкреплений было невозможно, поскольку все равные по силе «Филадельфии» фрегаты находились в США либо на ремонте, либо в патрулировании. В течение следующих шести месяцев Преблу предстояло рассчитывать только на свои силы.
Несколько обстоятельств немного смягчали последствия захвата фрегата. При попытке спасти судно команда выбросила за борт все корабельные запасы, в том числе рангоут, такелаж, парусину, якоря и т. п., а, значит, их необходимо было восполнить за счёт запасов триполитанского порта. Кроме того, на судне отсутствовала фок-мачта и большинство орудий, которые ещё предстояло поднять из моря. На восстановление всех повреждений в обычное время требовалось несколько месяцев. Однако Триполи находилось в состоянии войны, и корабельные запасы в порт доставлялись нерегулярно. Кроме того, у арабов могла возникнуть существенная проблема с поиском фок-мачты, подходящей для «Филадельфии». Использовавшиеся триполитанцами типы судов имели низкие мачты малого диаметра Необходимая древесина была только в Алжире и Марокко, но доставить её также было затруднительно, ввиду блокады побережья.
Поскольку первые известия о захвате «Филадельфии» достигли Пребла только через месяц, командору приходилось действовать очень быстро. За это время арабы уже подняли со дна моря орудия фрегата, но ещё не поставили мачты и паруса Таким образом, фрегат уже превратился в плавучую батарею, защищающую гавань. Только одно обстоятельство облегчало положение: за исключением «Филадельфии» флот триполитанского паши не мог противопоставить американскому флоту достойного противника Самый крупный триполитанский боевой корабль — «Мешуда» находился в руках марокканцев, которые не желали его возвращать. Тем не менее в Триполи продолжалось строительство ещё одного 22-пушечного судна, однако оно не было готово к выходу в море.
5 декабря 1803 года Байнбридж в письме к Преблу, тайно переправленном датским консулом, оценил триполитанский флот в одну полакру, один 14-пушечный бриг, одну 10-пушечную шхуну, одну шебеку, пять галер (на каждой от 4 до 6 орудий) и небольшого количества бомбардирских судов. Вооружение на полакре не указано, но она вряд ли несла больше 18 орудий. Артиллерия на всех кораблях была относительно слабой. В основном это были 4- и 6-фунтовые орудия. На полакре, шхуне, бриге и шебеке было от 70 до 100 человек команды, на галерах от 50 до 60.
Все эти сведения позволили составить общую картину соотношения сил. Американская эскадра могла выставить силы, значительно превосходившие триполитанские. Даже самые слабые корабли эскадры Пребла были значительно сильнее любого арабского судна, как показала практика боевых столкновений за предшествующие два года.
Реальную опасность в гавани представляли галеры и бомбардирские лодки. Первые, поскольку могли передвигаться на вёслах даже в безветренную погоды, вторые, поскольку были вооружены 24-фунтовыми орудиями и имели малую осадку. Второе обстоятельство позволяло бомбардирским лодкам укрываться на отмелях, недоступных крупным американским кораблям. Насколько опасно преследовать подобный тип судна в неизвестной гавани, показал печальный опыт «Филадельфии». Но и у бомбардирских лодок был серьёзный недостаток — они были слишком хрупкими и не смогли бы выдержать бой даже с самым слабым американским судном Кроме того, опасность могли представлять крепостные орудия. Пребл полагал, что порт защищает до 300 орудий, хотя в реальности имелось лишь 115. Однако большинство этих орудий, распределённых между 12 батареями, стреляли 24–42-фунтовыми ядрами, в том числе калёными, что было крайне опасно для деревянных кораблей.
Пребл мог противопоставить всем этим силам только свой флагман — фрегат «Конституция» и бриги. Два брига — «Аргус» и «Сирена» были новейшими судами, спущенными на воду в том же 1803 году. Оба были вооружены шестнадцатью 24-фунтовыми канонадами и двумя 12-фунтовыми орудиями.
«Виксен» также был новым судном, но немного меньшим по размерам Он был копией шхуны «Энтерпрайз», построенной ещё в 1798 году. Форма корпуса была выбрана неслучайно, поскольку «Энтерпрайз» считался хорошим ходоком и развивал приличную скорость. Однако «Виксен» была немного больше (170 тонн водоизмещения) по сравнению с оригиналом («Энтерпрайз» имел водоизмещение 135 тонн). Он нёс двенадцать 18-фунтовых и два 9-фунтовых орудия. «Энтерпрайз» был вооружён двенадцатью 6-фунтовыми орудиями.
«Наутилус» был построен в 1799 году и имел необычный для того времени V-образный корпус вместо традиционного U-образного. Он нёс двенадцать 6-фунтовых орудия и две 12-фунтовых канонады.
На основе имеющихся сил Пребл решил действовать и начал разработку планов освобождения «Филадельфии» из пиратского плена. Предпочтение он отдавал ночной операции по захвату судна в гавани. Однако это предприятие требовало большой смелости, поскольку риск обнаружения абордажной партии и её уничтожения во вражеской гавани был очень велик.
Примеры подобных действий имелись. В 1799 году капитан Эдвард Гамильтон, командовавший английским фрегатом «Сюрприз», предпринял попытку освободить фрегат «Гермиона», захваченный мятежниками и переданный в руки испанских властей в Америке. Гамильтон собрал абордажную команду в составе 100 моряков и морских пехотинцев и направился в Пуэрто-Кабело (на территории нынешней Венесуэлы). Он захватил фрегат, охранявшийся четырьмя сотнями матросов испанского экипажа, поднял паруса и покинул гавань. За подобный подвиг Гамильтон был посвящён в рыцари.
Офицеры американской эскадры были хорошо осведомлены об этом событии и понимали, что в случае успеха их ждёт не меньшая награда. Это создавало положительную мотивацию, и поэтому недостатка в добровольцах среди офицеров эскадры не было. Было лишь одно обстоятельство, ставившее под сомнение успех миссии. «Филадельфия» лишилась фок-мачты, а, значит, судно плохо управлялось. Кроме того, фрегат частично лишился такелажа, и оставшиеся мачты не выдержали бы напора ветра и могли сломаться. Таким образом, судну недоставало парусности для свободного прохода по узкому каналу, ведущему из гавани. Буксировка также была невозможной, поскольку единственным судном, способным сдвинуть фрегат подобных размеров, являлась «Конституция», рисковать которой было нельзя.
Таким образом, от первоначального плана пришлось отказаться. Судьба «Филадельфии» была предрешена — её предстояло уничтожить прямо в гавани, причём желательно таким образом, чтобы абордажная команда после окончания операции могла покинуть гавань.
К январю 1804 года общий план уничтожения «Филадельфии» был готов. Среди способов уничтожения судна несколько было отвергнуто. Повреждение корпуса при помощи ручного инструмента было отвергнуто сразу, поскольку требовало большого количества рабочих рук и времени. Кроме того, уничтожить огромный фрегат при помощи топоров во враждебной гавани было практически нереально. Взрыв при помощи подрывного заряда также был отвергнут, поскольку был слишком ненадёжен и не гарантировал безопасность подрывной команде. После долгих размышлений был выбран способ поджога, поскольку деревянный корпус в случае распространения огня невозможно потушить и это гарантировало полное уничтожение судна по ватерлинии.
Впервые идея поджога была высказана Преблом в письме секретарю ВМФ США от 10 декабря 1803 года, В этом его поддерживал и Бэйнбридж, находившийся в качестве пленника в Триполи. Поскольку ему была предоставлена свобода передвижения в пределах города, он через датского посла Николаса Ниссена, вступил в тайную переписку с Преблом. В своих письмах Бэйнбридж подробно сообщил все имевшиеся у него сведения об укреплениях Триполи и силе вражеского флот.
В письме от 5 декабря 1803 года он предложил использовать одну из американских шхун для проникновения в гавань. Имея команду из решительных офицеров и матросов, она могла бы взять на абордаж фрегат и сжечь его. Однако в этом не было необходимости. Случай помог американцам найти подходящее судно для осуществления своих планов.
23 декабря 1803 года «Энтерпрайз» захватил триполитанский кеч «Мастико». Несмотря на то что кеч шёл под турецким флагом, он был остановлен американским кораблём для досмотра Из газет было известно, что команда «Мастико» участвовала в захвате «Филадельфии». На борту даже был обнаружен мундир лейтенанта Дэвида Портера Все эти факты позволили объявить «Мастико» законным призом, и его включили в состав ВМС США. Он был переоборудован и получил новое название «Интрепид».