Чтобы защитить свои материальные интересы, Ваад Литвы установил жесткие правила для въезда в Литву евреев из других стран. Однако, когда на евреев Украины и Волыни обрушились бедствия времен хмельнитчины, были позабыты все ограничительные постановления Ваада. Беглецов из пострадавших районов распределяли по литовским общинам, им выдавали еженедельное пособие; многими своими постановлениями Ваад пытался облегчить жизнь несчастным скитальцам, которые "слоняются босыми и нагими, не имея чем прикрыться и во что одеться". Еврейские общины Польши и Литвы имели собственные автономные суды, которые разбирали все внутренние дела. Штраф, который налагали на виновных, шел на ремонт местной синагоги. На своих заседаниях еврейские суды разрешали все дела по законам Талмуда и по кодексам законов таких авторитетов, как Рамбам (Маймонид) и др. В большинстве случаев еврейский суд наказывал денежным штрафом, хотя он имел право применить и телесное наказание, а также подвергнуть виновного тюремному заключению на срок до трех месяцев. Широкий круг вопросов, решаемых кагалами, говорят о большой сплочённости и организованности евреев и их стремлении выполнять все заповеди Торы.
Дубнов видел в кагале проявление "широкого внутреннего самоуправления…, которое делает нам честь. Пользоваться внутренним самоуправлением и известной общественной независимостью могут народы более или менее культурные, одарённые самобытными духовными качествами, умеющие сами устраивать свою жизнь на собственных началах. Кагал всею силою своей власти отстаивал интересы евреев и те ничтожные человеческие права, которые из милости или за деньги были дарованы ему разными властями."(15). В предисловии к "Книге жизни" В.Е. Кельнер отмечает, что историк рассматривал кагал, как символ сохранения традиции солидарности, без которой евреи не могли бы выжить.
Мстиславль являлся приграничным с Россией городом. Российские власти всегда препятствовали проникновению евреев в её пределы и их постоянному там поселению. И в семнадцатом веке российские правители неохотно впускали в страну иноземцев и тем более евреев. Их боялись, как возможных шпионов и как проповедников безбожных обычаев. Иноземцы не могли рассчитывать в России на многолетнюю оседлость, их терпели и нередко изгоняли. Иностранные купцы приезжали для торговли в пограничные города, но в Москву их допускали с особого дозволения, а по окончании ярмарки они обязаны были немедленно уехать: местные российские купцы видели в них еще и нежелательных конкурентов. Временами в Москву приезжали послы из других стран с огромной свитой, и вместе с послами появлялись купцы с иностранными товарами. Иностранцев обязывали жить в особых частях города или даже за городом; они должны были носить свои одежды, отличавшиеся от русских одежд, чтобы их легко можно было выделить в толпе; посещать иностранцев местному населению было категорически запрещено. Еврей-купец тоже был иностранцем на улицах Москвы и не мог рассчитывать на особое гостеприимство. В 1652 году царь Алексей Михайлович издал особый указ, по которому иностранцам разрешалось проживать в Москве только в пределах слободы Кукуй при реке Яузе в так называемой Немецкой слободе. Им запрещали оставаться на ночь в Москве.
Во второй половине 17 века разгорелась тринадцатилетняя война России с Речью Посполитой (1654–1667 гг.).
Тяжелейшие испытания выпали на Мстиславль в 1654 году, когда на город, была двинута крупная военная группировка войск русских князей. Только под командованием князя А. Трубецкого находилось 18, 2 тысячи человек. 18 июля 1654 года его войско подошло к Мстиславлю и осадило городские укрепления. Однако взять город оказалось делом непростым. Сюда, спасаясь от войны, сбежалось множество жителей Мстиславского воеводства: шляхта с семьями и слугами, крестьяне, мещане мелких городов и местечек. Судя по всему, острог недолго выдерживал осаду войск Трубецкого и был взят приступом. Затем события сконцентрировались вокруг замка, куда успела перебраться значительная часть защитников города. Но после многократных штурмов с применением артиллерии 22 июля замок пал. Русские войска учинили в Мстиславле настоящую резню. Город и все замковое имущество было предано огню и разграблению. Жестоко расправился князь с местными жителями, в том числе и с евреями. А те, кто остался в живых, присягнули русскому царю. В народе их прозвали "недосеками".
В Кармелитском костеле сохранились две картины под общим названием "Трубецкая резня", которые ярко передают атмосферу тех ужасных событий. Одна из них — "Взятие Мстиславля князем Трубецким" — изображает пылающий в огне Мстиславский замок на Замковой горе и штурм его московскими войсками, другая — "Наказание ксендзов" — жестокую расправу победителей с польскими католическими священниками.
После захвата Мстиславля в 1654 году князь Трубецкой вывез из Мстиславля в Москву многих городских мастеров, в том числе выдающегося керамиста Степана Полубеса. Осенью 1658 года казаки полковника Ритора, вместе с жителями города разгромили русский гарнизон в Мстиславле и захватили власть в свои руки. Тогда царь Алексей Михайлович направил на завоевание непокорного города войско под командованием воеводы Лобанова-Ростовского. Сражение произошло 11 марта 1659 года. Воевода бросил в бой все свои отряды и победил, захватив большие трофеи. Город снова оказался под властью московского царя. В сражении погибло около трех тысяч мстиславчан. Многих забрали в плен. Пленниками, мужчинами, женщинами и детьми торговали в Москве на Ивановской площади.
Известно(25), что в 1659 году в Немецкой слободе провели облаву и среди других людей, которые без разрешения жили в Москве, были схвачены и евреи. Некие Ганка и Рыся — дочери Мееровы, с детьми — заявили, что их взял в плен подполковник Михайло Вестов в городе Мстиславле и привез в Москву. Его брат Самойло Вестов привёз из Мстиславля девушку Эстерку, дочь Юдину. Жили там также еще Оска Александров с женой, который "кормился черною работою"; Марко Яковлев с женой Дворкою, торговавший ветошью. Якубко Израилев, старик, бобыль, второй уже год жил в Москве и пек "на торг хлебы", а Моска Марков торговал мясом. Трое из этих евреев приняли лютеранство, а остальные, пойманные на облаве, решили остаться при своей вере и их сослали с женами и детьми в Сибирь, на вечное житье. В Москве могли тогда жить только крещеные евреи, но многие из них тайно исповедовали прежнюю веру. Интересна сохранившаяся в истории судьба мстиславчанина Григорьева Матвея Григорьевича. В переписи жителей Мещанской слободы в Москве значилось: "Матюшка Григорьев, еврей; у него сын Петрунька, да у него же брат его родной Федка Григорьев". Матюшка Григорьев был родом из Мстиславля. Он был взят в плен во время русско-польской войны 1654–1667 гг. и через пятнадцать лет освобождён по царскому указу. Он жил в Мещанской слободе и торговал в овощном ряду. Через восемь лет после первой переписи этот самый Матюшка Григорьев был уже в мещанских старостах, на высшей должности слободского самоуправления. В начале 18 века Матвей Григорьевич стал первостатейным купцом в Москве и Петербурге. Он разбогател на поставках сукна в период Северной войны. В 1721 г. с сыном Иваном вступил в компанию Московской шелковой мануфактуры, которая прекратила деятельность в 1725 г. Оставшаяся фабрика находилась в общем владении многочисленных сыновей до раздела её в конце 1730 г. Его сын, Яков Матвеевич носил уже фамилию Евреинов. Он в 15-летнем возрасте был отправлен Петром Первым в Европу для обучения иностранным языкам и коммерции. В числе стран, где он проходил обучение, была Голландия. В 1742 г. Я.М. Евреинов был назначен советником Мануфактур-коллегии, в 1745 г. стал вице-президентом, а в 1753 г. президентом Коммерц-коллегии. В этой должности он и возглавил Коммерческий банк. Я.М. Евреинов был удостоен дворянства и вошел в элиту российского купечества.
В 1661 году город вновь становится польским. Война России против Речи Посполитой закончилась полным разрушением Мстиславля. Город обезлюдел, было уничтожено около 70 % населения. Сельское хозяйство находилось на грани катастрофы.
Для восстановления хозяйства и защитных сооружений города сейм Речи Посполитой на 4 года освободил Мстиславль от всех налогов. В 1667 году в селе Андрусово (недалеко от Мстиславля) между Россией и Речью Посполитой было подписано перемирие, по которому Мстиславль официально вошел в состав польской державы. В эти годы в городе появились иезуиты. Они насильственно обращали православных в католиков, закрывали церкви и превращали их в костёлы. В конце 17 века при иезуитской резиденции открылась трёхклассная школа с преподаванием на латинском языке. Происходило быстрое окатоличевание населения, в первую очередь богатых горожан.
В 1676 г. сейм Речи Посполитой поддержал предложение послов Мстиславского воеводства о восстановлении замка, постановив выделить для этих целей артиллерию, порох и прочее снаряжение.
