В сентябре 1136 г. Лотарь III, с трудом урегулировав проблемы в Германии, во второй раз перешел Альпы. Им двигало отнюдь не желание протянуть руку помощи папе Иннокентию: Константинополь и Венеция просили у него поддержки против Рожера Сицилийского. В Болонье Лотарь разделил армию на две части: одна, под его командованием, двинулась вдоль адриатического побережья; другая, под началом его зятя, Генриха Гордого, проследовала через Тоскану и Папскую область. Обе армии, подавив сопротивление в Кампании и Апулии, встретились в Бари.
Холодная неприязнь, давно существовавшая между германской армией и папской свитой, грозила перерасти в открытую вражду. Когда зашел вопрос о распределении завоеваний, император и папа едва снова не поссорились. Папа рассматривал эти территории как лены св. Петра. Трудно было найти решение, которое могло бы удовлетворить обе стороны. Когда новый правитель Апулии получал герцогское знамя, папа и император вручали его ему, держа каждый за свой край. Более того, вопреки требованиям Иннокентия II Лотарь не пошёл на Рим, где по-прежнему правил Анаклет II, а продолжил наступление на Калабрию и Сицилию. В это время византийский император Иоанн II Комнин (1118–1143) через своих послов обвинил перед Лотарем папу Иннокентия в нечестивости, прелюбодеянии и содомии. Лотаря глубоко возмутили обнародованные сведения. Даже если византийский правитель передавал ложные слухи, молва редко ошибалась. Слухи не появляются на пустом месте; за ними всегда что-то таится, подпитывает и удобряет почву, на которой они растут. В свою очередь, Иннокентий был оскорблен даже возможностью подозрения.
В интересах сохранения мира между Церковью и империей обоим союзникам пора было расстаться.
Таким образом, второй итальянский поход Лотаря III имел главной целью сокрушить Сицилийское королевство Рожера II, а не прогнать Анаклета II из Рима. В отместку Иннокентий II осудил и изгнал из монастыря настоятеля Монте-Кассино и братию, сторонников антипапы, которым обещал покровительство зять императора Генрих Гордый.
Беспощадный климат Южной Италии и начавшаяся эпидемия малярии вынудила Лотаря III в июле 1137 г. принять решение об отступлении. В августе германская армия двинулась на север. Спеша возвратиться в Германию, престарелый император не сделал даже попытки поспособствовать Иннокентию вернуться на престол св. Петра. На пути домой в маленькой тирольской деревушке, в бедной крестьянской хижине повелитель империи умер в возрасте 72 лет.
«Мы называем Лотаря отцом отечества, — пишет немецкий историк, — ибо он мужественно защищал его и всегда был готов подвергнуть свою жизнь опасности во имя справедливости. Его имя менее известно, чем имена многих других императоров, но в средневековой истории Германии было мало таких счастливых царствований, как царствование Лотаря».
Лишенные помощи немецкого железного кулака, Иннокентий II и Бернар Клервоский действовали теперь только словом Божьим. Они не прекрашали попыток убедить Рожера II (который довольно быстро восстановил контроль над континентальной частью своего королевства, сведя результаты кампании Лотаря II к нулю) отказаться поддерживать Анаклета II. Положение антипапы становилось все более сложным: его сторонники удерживали только собор Св. Петра и замок Св. Ангела. Иннокентий уже помечал свои письма словом «Рим» вместо прежней формулы «Римская территория».
По три посланника от обоих соперничающих пап прибыли в Салерно, где их выслушали Рожер II и его советники. В результате диспута товарищ и секретарь Анаклета II Петр Пизанский предал своего патрона: он признался в собственных заблуждениях и склонился перед Бернаром Клервоским и Иннокентием. Измена друга и единомышленника больно ранила Анаклета. Тем не менее, несмотря на то, что антипапу покидали ранее самые верные, Рожер II отплыл в Палермо, отложив решение. Там в конце декабря 1137 г. он вновь заявил о безоговорочной поддержке Анаклета II.
25 января 1138 г. Анаклет II скончался. Обстоятельства его безвременной и таинственной кончины всегда тщательно замалчивались, и теперь уже их невозможно восстановить. Он был тайно погребён своими сторонниками, которые опасались надругательства над телом усопшего друга. Жизнь этого папы, вначале столь многообещающая, оказалась печальной. В течение тех восьми лет, когда он занимал престол св. Петра, он страдал под потоками брани и оскорблений, изливаемых на него врагами под предводительством Бернара Клервоского. Эти обвинения повторялись на протяжении многих веков апологетами католицизма и биографами святого Бернара; во многих современных справочных изданиях имя Анаклета или подвергается поношению, или пропускается. Тем не менее, как пишет Д. Норвич, если начало карьеры Анаклета и было «запятнано симонией, оно все же светлее, чем у большинства понтификов его времени. Если на нем лежит вина за раскол церкви, то папа Иннокентий и кардинал Аймери виновны больше. Удовольствуйся св. Бернар делами своего аббатства и ордена, Анаклет с его мудростью, истинным благочестием и дипломатическим опытом, мог оказаться превосходным папой. И в существующих обстоятельствах он переносил до невозможности оскорбительное положение с достоинством и терпением».
После смерти Анаклета схизма продолжалась еще некоторое время. Верные ему кардиналы не отказались сразу от борьбы. В марте 1138 г. при поддержке Рожера II противники Иннокентия избрали на папский престол кардинала Григория Конти ди Сан-Клементе, принявшего имя Виктора IV (3.1138–29.5.1138). Но этот антипапа не пользовался и долей популярности своего предшественника. Немногие римляне, которые его поддерживали, вскоре были перекуплены Иннокентием. Виктор продержался менее двух месяцев: 29 мая 1138 г. антипапа тайно покинул своих сторонников, переплыл на левый берег Тибра и покорился Иннокентию II.
Получив крупную денежную сумму, братья Анаклета вместе с прочими римлянами присягнули Иннокентию как папе и своему государю. Дом Пьерлеони демонстрировал полную лояльность победившему понтифику. Благодаря избранной политике родные покойного антипапы сохранили свою власть при папском дворе, и Иннокентий даже отличил их почестями и пожалованием должностей.
Всегда реально мыслящий Рожер Сицилийский не видел смысла продолжать войну со Святым престолом. Король публично признал Иннокентия законным понтификом и повелел всем своим подданным сделать то же. Но злопамятный Иннокентий решил сломить нормандскую монархию и выступил против сицилийского короля войной. Собрав войско, в состав которого вошли многие знатные римляне, Иннокентий направился на юг, чтобы начать еще менее обдуманно, чем Лев IX и Гонорий II, неравную борьбу. Папа верхом возглавлял свою армию.
Рожер снова владел южными провинциями, отвоеванными после смерти императора Лотаря. Он заманил папу в ловушку и взял в плен. Иннокентий повторил судьбу св. Льва, так глубоко уязвленного посягательством на священную особу папы. Безжалостный нормандец принудил папу подписать в Миньяно (1139) договор, в силу которого все захваченные земли оставались за ним. Во время этой борьбы король не стеснялся вооружать против христиан своих сицилийских сарацин.
Подписание Иннокентием II договора с королем Сицилии чрезвычайно разгневало Бернара Клервоского. Он и без того часто имел основания быть недовольным этим папой, которого с таким трудом утвердил на престоле. Он позволял себе жестко выговаривать ему за все его прегрешения. С горечью Бернар отзывался о нем в письме к его преемнику, в котором призывал защитить добрые дела своего предшественника и «довершить несовершенное». Он имел ввиду потворство Иннокентия архиепископу Йоркскому Вильгельму. Тот обвинялся в том, что захватил кафедру посредством симонии и покровительства дяди, короля Стефана.
И владение Вечным городом не приносило Иннокентию ожидаемого удовлетворения. За годы схизмы в Риме усилились республиканские настроения. Проводником этих веяний стал Арнольд Брешианский, ученик Абеляра, монах августинского ордена, выступавший за возврат духовенства к апостольской бедности и восстановление древних городских свобод.
Иннокентий объявил его еретиком и осудил на изгнание. Но летом 1143 г. римляне воссоздали на Капитолии Сенат, избрали патриция, которым стал брат Анаклета II, Джордано Пьерлеони, и провозгласили республику. Светские полномочия папы в Риме были упразднены. Хроники сообщают, что папа, приведенный в ужас возможностью навсегда лишиться власти над Римом, угрозами, мольбами и золотом старался переломить ситуацию. Но в то время он уже тяжело болел и вскоре скончался. Всегда так стремившийся в Рим Иннокентий нашел наконец успокоение в Вечном городе, в Латеранском соборе, в порфировом саркофаге, ранее принадлежавшем императору Адриану.