Несколько месяцев спустя после интронизации Евгения к нему прибыло посольство из Св. земли, возвестившее о падении Эдессы.
Возможно, Евгений лелеял мечту стать, подобно Урбану II, идейным вождем нового христианского воинства или же надеялся восстановить пошатнувшийся авторитет Церкви. Он принял решение об организации второго крестового похода, и выражением его настроений стала булла «Quantum Praedessores», обращенная к Людовику VII Французскому.
Король Людовик, «князь довольно одаренный, но набожный и мягкий», унаследовал трон после своего отца Людовика VI Толстого в возрасте семнадцати лет, одновременно вступив в брак с Алиенорой, наследницей Аквитании. Первоначально он находился под влиянием советников отца и молодой жены и не пользовался у баронов большим авторитетом. Стремясь повысить свой престиж, Людовик умолчал о полученном от папы послании, выдал идею крестового похода за собственную и объявил вассалам о намерении возглавить крестоносное войско. Однако главный советник французского монарха аббат Сугерий, опасаясь, что в отсутствие короля недовольные бароны попытаются подорвать государственные устои, открыто выступил против идеи похода. Сильные вассалы короля не горели желанием участвовать в разорительном предприятии. Евгений III был вовлечён в конфликт с собственной столицей и, кроме того, не имел ни напористости, ни личного обаяния Урбана II, чтобы организовать экспедицию. Поэтому миссия проповеди крестового похода во Франции была возложена на Бернара Клервоского.
31 марта 1146 г. Бернар обратился с речью к собранию в Везеле, созванному Людовиком VII, с одной из самых судьбоносных своих речей. Его воззвание вдохновило собравшихся, и уже к вечеру число будущих крестоносцев превзошло количество заготовленных заранее крестов. Бернару и его спутникам пришлось рвать собственные монашеские одеяния на лоскуты для крестов.
Из Везеля Бернар Клервоский отправился на север — в Шалонна-Марне и далее через Лотарингию во Фландрию. Оттуда он льстиво обратился к жителям Англии: «Спаситель небесный теряет свои земли, земли, где он явился перед людьми и где более тридцати лет жил среди людей… Всем известно, что ваша земля богата молодыми и сильными мужчинами. Весь мир восхваляет их достоинства, и слава об их отваге на устах у всех…». Затем Бернар двинулся в Германию, призывая к крестовому походу в переполненных церквах. В Шпейере после долгих колебаний, без всякого рвения крест принял и король Германии Конрад III. Это расстроило Евгения III; он надеялся на помощь ещё не коронованного императорской короной Конрада против мятежного Рима. Тем не менее папа не решился критиковать Бернара, нарушившего его прямые инструкции, и благословил германского короля на участие в походе.
Впрочем, уже было известно, что враги христиан и христианства существуют не только в Святой земле. Испанцы и португальцы, не сомневаясь, отождествляли с крестовыми походами свою нескончаемую борьбу с мусульманами на Пиренейском полуострове. Они смогли убедить папу обещать добровольцам, сражающимся в этих странах, духовные преимущества, сходные с теми, что гарантировались защитникам Иерусалима. Германцы и датчане, воодушевленные Бернаром, напали на своих старинных врагов к востоку от Эльбы. Евгений III объявил весной 1147 г. буллой «Divini dispensation» крестовый поход против вендов и обещал участникам этой экспедиции отпущение грехов. Вендский крестовый поход был направлен против оплота славянского язычества и открывал путь Западной церкви для широкого проникновения на европейский Восток.
В однообразно бурный восьмилетний понтификат Евгения III папству пришлось вплотную столкнуться с политическим олицетворением еретических идей. Итальянские города, образовавшие вслед за Римом коммуны, изгнали наследственных властителей и перешли к республиканской форме правления. Римляне отказывались повиноваться своему епископу-папе и демонстративно игнорировали высшее духовенство.
В конце января 1146 г. Евгений III принужден был бежать от своих мучителей в замок Св. ангела. Изнемогая, подобно Геласию, под бременем жизни, Евгений оплакивал свою судьбу и, вздыхая, повторял слова Бернара, что римскому пастырю приходится пасти не «овец св. Петра, а волков, драконов и скорпионов». Однако в этих сложных обстоятельствах в папе открылись незаурядные административные и дипломатические способности, которые на протяжении всего понтификата помогали ему успешно разрешать возникающие трудности. В его трудах ему усердно помогали кардиналы Роберт Пулл, основатель Оксфордского университета, и Роландо Бандинелли.
Получив финансовую и военную поддержку от своих сторонников, Евгений III смог добиться изгнания правительства Пьерлеони и вернуться в Рим. По условиям соглашения, заключенного с республиканцами, ежегодно избираемые горожанами сенаторы сохраняли за собой контроль над городом, но приносили присягу папе, а в спорных случаях папа имел право вмешиваться в вопросы городского управления.
Однако все эти обещания оставались только словами. В марте Евгений уже вынужден был перебраться в Сутри, и в мае — в Витербо, где оставался до конца года. После того он направился в Пизу, а в марте 1147 г. через Ломбардию бежал во Францию.
Здесь он покончил со скандалом вокруг назначения архиепископа Йоркского: отрешил Вильяма Фиц-Герберта от поста и назначил на его место цистерцианца Генриха Мердака. Однако нового архиепископа отказался признать дядя Вильяма, английский король Стефан Блуаский. По некоторым сведениям, король рассчитывал в обмен на согласование кандидатуры папского претендента склонить епископа Кентерберийского, примаса Англии, короновать его сына Евстахия Булонского как соправителя. Однако этого добиться ему не удалось, и противостояние Стефана и Папской курии продолжалось несколько лет.
Тем временем Арнольд Брешианский продолжал смело проповедовать свое учение по городам Италии. Когда в Риме началось движение за восстановление республики, друзья призвали его на помощь. Сначала он дал обет смириться и молчать и был даже снова присоединен Евгением III к Церкви. Но поскольку ситуация, по мнению республиканцев, благоприятствовала завоеванию свободы, Арнольд выступил перед народом и, уже не думая более о клятве, данной папской курии, стал снова излагать римлянам свое прежнее учение.
Пламенные проповеди Арнольда, восславлявшего добродетели раннего христианства, привлекли к нему низшее духовенство, а красноречиво нарисованные величественные картины античной республики с ее господством над миром усиливали энтузиазм римлян. Арнольд реставрировал Капитолий, восстановил сенат и сословие всадников и продолжал убеждать церковных иерархов отказаться от своих владений и политической власти. В ответ на Реймсском соборе 1149 г. Евгений III снова обратился к светским правителям с требованием принять участие в уничтожении еретических учений. Но он частично признал конструктивную критику трибуна и огласил декрет, предписывающий духовенству вести аскетический образ жизни. В частности, этим декретом прелаты лишались права носить меха. Однако, высмеянный молодым немецким священником Рейнальдом Дассельским, папа тут же отказался от своей смелой инициативы.
Второй крестовый поход, это совместное детище Евгения и Людовика Французского под эгидой Бернара Клервоского, потерпел позорную неудачу. «И замыслы, и исполнение его были ужасны». «Любимый сын Церкви» французский король переживал бесславное окончание крестоносной авантюры и крушение семейной жизни с Алиенорой Аквитанской; он не желал вмешиваться в итальянские дела. Евгений III лично утешал короля и предпринял попытку сохранить распадающееся супружество. Папа поклялся, что никогда не расторгнет этот союз, но в 1152 г. под давлением Бернара, которому было дело до всего на свете, был вынужден нарушить своё слово и аннулировать королевский брак.
Теснимый республиканцами Евгений III все-таки нашел себе защитника в лице Рожера II Сицилийского, сумел вновь войти в Рим и даже отпраздновать Рождество 1149 г. в Латеранском дворце. С тех пор, не вполне доверяя Рожеру, папа все-таки рассматривал его как полезного союзника. Но сторонники Арнольда Брешианского были несоизмеримо сильнее, и папа вновь вынужден был бежать из Рима.
Последующие годы папа и его двор вели кочевую жизнь, перемещаясь из одного города Папской области в другой. Личные переговоры Евгения III и Рожера II в Чепрано остались безрезультатными. За признание своей легитимности король готов был поступиться правом назначать сицилийских епископов, допускать в королевство посланцев папы и даже действовать вместо папских легатов. Папа не пошел на соглашение, надеясь на союз с вернувшимся из крестового похода Конрадом III. В случае покорения Рима он обещал ему императорскую корону. Но германский король, на которого так рассчитывал папа, тяжело заболел в походе и по возвращении домой в феврале 1152 г. умер, так и не коронованным. Однако он завещал своему племяннику и преемнику Фридриху Гогенштауфену, за рыжую бороду прозванному Барбароссой, немедленно отправиться на коронацию в Рим.
