Однако, занимаясь формированием временного правительства, перераспределением земель, сбором налогов, ополченцы как бы забыли о своей главной задаче — очищении страны от польско-литовских интервентов. К тому же материальные вопросы вскоре стали вызывать ожесточенные споры среди руководителей рати. И. Заруцкий и казаки требовали для себя все больше и больше земель, денег, кормов. Считая недостаточным то, что им выделялось, они занимались грабежами и разбоем. Атаманы и казаки полагали, что с оружием в руках они могут добыть для себя все что угодно. П. П. Ляпунов с городовыми воеводами пытались ограничить казачье самоуправство и своеволие. Они даже постановили, что разбойничающих воинских людей будут наказывать на месте преступления.
Захват поляками Смоленска и шведами Новгорода
В июне ополченцы с горечью узнали, что Смоленск пал. Это произошло 3 июня 1611 г. Часть городских стен была разрушена, часть захвачена во время штурма поляками. Смоленский воевода М. Б. Шеин долго оборонялся в одной из башен, но силы были неравными, и он был взят в плен. В это время защитников крепости почти не осталось, поскольку многие были убиты, другие скончались «от морового поветрия», т. е. эпидемии. Некоторые настолько не хотели оказаться в плену, что взрывали себя порохом при подходе поляков.
М. Б. Шеин принадлежал к старомосковскому боярскому роду. Начал службу рындой в Серпуховском походе царя Бориса и тут же затеял местнические споры с князьями Б. М. Лыковым и A. A. Телятевским и у первого выиграл его. Принимал участие в Береговой службе в качестве воеводы сходного полка. С 1600 г. неоднократно исполнял обязанности стольника во время царских пиров. В 1603 г. был первым воеводой Передового полка, направленного на борьбу с разбойниками. В январе 1605 г. был отправлен к царю Борису с сообщением о разгроме Лжедмитрия I под Добрыничами. За радостную весть получил чин окольничего. После свержения самозванца новый царь Василий Шуйский отправил Шеина на борьбу с восставшими северскими городами. В 1607 г. он сражался с И. И. Болотниковым и получил боярский чин. В 1609 г. Михаил Борисович был назначен первым воеводой Смоленска, поэтому осенью этого же года он возглавил героическую оборону города, длившуюся до июня 1611 г. После этого воевода попал в польский плен и пробыл в нем до 1619 г. Вернувшись в Москву в 1629 г., он возглавил Пушкарский приказ. На царской свадьбе в 1624 г. исполнял почетную должность первого дружки невесты. В 1632 г. Шеин был назначен главнокомандующим царского войска, осадившего Смоленск. Однако взять город не удалось. Осада затянулась на много месяцев. Этим воспользовался новый польский король Владислав. Он окружил русское войско и заставил сдаться. За позорную капитуляцию М. В. Шеин был обвинен в измене и в 1634 г. казнен.
Заполучив Смоленск, Сигизмунд вернулся в Польшу, хотя правильнее для него было бы возглавить поход к Москве. Он мог бы ударить ополченцам в тыл и заставил бы их сдаться. Но у короля, скорее всего, закончились деньги для платы войску.
Поляки из московского гарнизона, воодушевленные взятием Смоленска, решили предпринять атаку на ополченцев. В начале лета они устроили вылазку сразу из трех ворот: Никольских, из них вышел полк Струся, Ильинских и Всехсвятских, из которых вышел отряд Млоцкого. Однако им удалось лишь на некоторое время взять острожки. Вскоре они были выбиты из них и с большими потерями вернулись в Китай-город. Оказалось, что поляки были плохо приспособлены к пешему бою.
Только когда к Москве подошло войско П. Сапеги, полякам удалось нанести урон ополченцам. Особенно ожесточенными были бои у Тверских ворот. Но Сапега не смог выбить ополченцев из Белого города и был вынужден отойти к селу Братошино, намереваясь дальше двинуться по Ярославской дороге к Переславлю-Залесскому. Там он намеревался собрать продовольствие для московского гарнизона. Ополченцы отправили вслед за ним А. Просовецкого. Около Александровой слободы разгорелся ожесточенный бой. Под натиском поляков и литовцев ополченцы отошли к Переславлю и усилили его оборону. В итоге город выдержал все атаки Сапеги.
В это время П. П. Ляпунов на «Совете всей рати» заявил, что необходимо уже сейчас решить вопрос о будущем государе, поскольку московские бояре называют ополченцев разбойниками и смутьянами.
В Новгороде, который с 16 июня 1611 г. оказался под властью шведов, по его сведениям, было решено избрать на престол шведского принца Карла-Филиппа, младшего брата шведского короля Густава II. Ему было только 10 лет, поэтому, повзрослев на Руси, он мог стать «своим» для русских людей. Большинство ополченцев согласились поддержать кандидатуру юного принца. Во главе посольства в Новгород были поставлены князь И. Ф. Троекуров, дворянин Б. С. Собакин и дьяк С. Васильев. Однако казакам во главе с И. М. Заруцким это решение не понравилось. Они надеялись посадить на царский престол Марину Мнишек с сыном Иваном, чтобы самим править за них.
Отрывок из Нового летописца о взятии Новгорода шведами
«В то же время прииде под Новгород немецкой воевода Яков Пунтусов с немецкими людми и ста на Хутыне от Нова города семь верст. В Новее городе бывшу в те поры боярину князь Ивану Никитичю Одоевскому и воеводе Василью Ивановичу Бутурлину, грех же ради наших и к разорению Новгороцкому государству в воеводах не бысть радения, а ратным людем с посадцкими людми не бяше совету. Воеводы же иные пияху безпрестани, а Василей же с немецкими людьми ссылашесь, и тоговые люди вожаху к ним всякие товары. Василей же с ними съезжашесь. Немцы ж, видя их слабость, пришед сташа на Колмове в монастыре. Той же Василей тут же с ними съезды творяше и пияше с ними, а мысли их нихто не ведаше. В то же время бысть у немцев в полону Иванов человек Лухотина Ивашко Шваль и обещася им, что ввести их в город. Во граде же в те поры по стенам стража худа. Той же Ивашко приведе их нощию в город в Чюдинцовския ворота, и в город внидоша, нихто их не видал. Послыша же в те поры, как начаша сещи стражи по городу и по дворам, той же Василей Бутурлин с ратными людьми, на Торговой стороне, выграбив лавки и дворы, пойде из города вон, против немец же нихто не противляшеся… Митрополит же Исидор и боярин князь Иван Никитич Одоевский, видя то, что отнюдь никово во граде не остася ратных людей, и послаша к воеводе к Якову Пунтусову и начаша с ними уговариватца. Новгородцы же у него прошаху на Наугороцкое государство королевича Филиппа. Он же им обещася дати, и поцеловаша новгородцы королевичу Филиппу крест, а Яков им поцеловал крест на том, что Нова города не разорити». (ПСРЛ. Т. 14. Указ. изд. С. 113–114.)
Следует отметить, что шведы не ограничились одним Новгородом. Они захватили Иван-город, Ям, Копорье, Ладогу, Тихвин, Старую Руссу, Порхов, Гдов, Орешек. Во всех этих городах они посадили своих воевод.
Исидор стал новгородским митрополитом в 1603 г. при царе Борисе и, очевидно, считался его ставленником. Поэтому после смерти царя в апреле 1605 г. именно его послали под Кромы приводить к присяге новому царю Федору стоящее там войско. Однако среди ведущих воевод начался мятеж, закончившийся переходом почти всех воинов на сторону Лжедмитрия I. После этого Исидор уехал в свою епархию и постарался сохранять нейтральные отношения с самозванцем. Это, очевидно, понял новый царь Василий Шуйский, поэтому поручил новгородскому митрополиту венчать его на царство. После осады Новгорода шведами в июле 1610 г. Исидор вместе с воеводами руководил обороной города. Но когда город был захвачен шведами, вступил с ними в переговоры по поводу избрания на царство шведского принца Карла-Филиппа. Он полагал, что правитель-протестант не будет ущемлять православную церковь в отличие от поляка-католика Владислава. Поскольку остальные города не поддержали эту кандидатуру, Исидор стал ратовать за отделение Новгорода от Русского государства. Исидор принимал послов и Первого и Второго ополчения, но реальных договоров с ними не заключал. После избрания на московский престол Михаила Федоровича Романова Исидор отправил в Москву посольство, имевшее тайную миссию — договориться о возвращении Новгорода в состав России. Принимал активное участие в заключении Столбовского мирного договора. Поэтому после присоединения Новгорода к Москве остался на своем посту. В 1619 г. он скончался.
Видя безвыходность своего положения, А. Гонсевский решил с помощью обмана внести раскол в ряды ополченцев. По его указу была изготовлена подложная грамота, якобы составленная П. П. Ляпуновым. В ней писалось о том, что городовым воеводам следует убивать всех казаков, оказавшихся в их городах. С помощью одного из пленных казаков она была доставлена в лагерь ополченцев.