Франциск старался относиться с уважением и любовью ко всем людям без исключения. Однажды, встретив прокаженного, он не бросил ему милостыню, как раньше, а обнял и поцеловал. Несколько дней спустя юноша отправился в поселок прокаженных и также поцеловал каждого из них. Этот поступок говорит о великой силе духа, которой обладал Франциск: в те времена прокаженных изгоняли из общества и старались держаться от них в отдалении.
Франциск сильно изменился, в результате чего жизнь в родительском доме становилась для него невыносимой. Отец так и не простил сыну неудачной попытки стать рыцарем и все время напоминал ему об этом. Скоро у Пьетро Бернардоне нашлись и другие причины для недовольства — он начал сердиться на сына за то, что тот раздавал все деньги нищим. В конце концов отец, отчаявшись воздействовать на сына уговорами, прекратил материально поддерживать его. Франциск, встречая непонимание в родной семье, старался как можно меньше времени проводить дома, блуждая по окрестностям Ассизи.
Во время одной из прогулок он набрел на маленькую часовню Святого Дамиана, старую и полуразрушенную. Старик священник, который присматривал за часовней, не имел средств на ее восстановление. Франциск стал часто приходить туда молиться, и однажды во время молитвы ему показалось, что распятый Христос, изображенный над алтарем, обратился к нему, призывая отремонтировать разваливающуюся часовню.
Денег на восстановление храма у Франциска не было. Чтобы раздобыть их, он продал своего коня, оружие и несколько кусков сукна, принадлежавших его отцу. Полученные деньги он хотел вручить пожилому священнику, живущему при часовне Святого Дамиана, но тот отказался, опасаясь гнева Пьетро Бернардоне. Молодой человек упросил священника позволить поселиться вместе с ним, потому что не желал возвращаться в отцовский дом.
Тем временем Пьетро Бернардоне, обеспокоенный долгим отсутствием, сына, начал его разыскивать. Узнав Об этом, Франциск решил укрыться в пещере, находящейся неподалеку от Ассизи. Там он прятался в течение месяца, пока не понял, что не подобает последователю Христа скрываться, как преступнику. Франциск покинул Пещеру и отправился к отцу.
После целого месяца добровольного заключения молодой человек выглядел далеко не лучшим образом: он осунулся, одежда его истрепалась и перепачкалась. В таком виде Франциск скорее напоминал сумасшедшего, и стоило ему войти в город, как местные дети принялись дразнить его. Сопровождаемый шумом и криками, молодой человек подошел к дому родителей. Когда Пьетро Бернардоне увидел, как выглядит его сын, он пришел в ярость. Схватив Франциска, отец сильно поколотил его, затем связал и посадил в кладовую под замок.
Юноша, даже сидя взаперти, не думал отказываться от своих убеждений. Он не поддавался ни на угрозы отца, ни на уговоры матери. Мать не смогла долго выносить мучений сына, и видя, что он все равно не уступит, освободила его, пока отца не было дома.
Франциск вернулся в часовню Святого Дамиана. Когда за ним явился Пьетро Бернардоне, он заявил отцу, что не обязан подчиняться ему, потому что теперь подвластен только Богу. Но отец не желал сдаваться. Он напомнил Франциску, сколько денег потратил на его прихоти. Молодой человек отдал отцу деньги, предназначенные на ремонт часовни.
Пьетро Бернардоне вынужден был уйти, но вскоре обратился в суд с жалобой на сына. Ассизские консулы вызвали Франциска для разбирательства, но тот не пришел, сказав, что они не имеют права судить его. По совету консулов отец передал жалобу епископу.
Горожане Ассизи были крайне взбудоражены скандалом в семье Бернардоне. В маленьком городишке редко происходило что-нибудь интересное, и суд над Франциском стал значительным событием. Почти все население городка явилось на площадь Санта-Мария Маджоре, чтобы поглядеть, чем все закончится. Большая часть горожан стала на сторону Франциска, главным образом потому, что Пьетро Бернардоне многим не нравился из-за своей гордыни.
Франциска не смутило, что его будут судить при таком скоплении народа, напротив, он обрадовался возможности подать пример христианского смирения большому числу людей.
На суде Франциска обвинили в краже нескольких кусков сукна. Епископ от лица Пьетро Бернардоне потребовал возврата украденного и публичного отказа Франциска от всех прав на имущество отца и будущее наследство. На это молодой человек спокойно и доброжелательно ответил, что теперь он принадлежит только Богу и готов вернуть отцу все, что у него взял. Сказав это, он снял с себя всю одежду и вместе с оставшимися деньгами отдал Пьетро. Пораженный этим поступком епископ дал Франциску плащ своего садовника и заявил, что суд окончен.
Теперь Франциск был свободен. Он вышел за пределы Ассизи и долгое время бродил по окрестностям, напевая песни. Несмотря на то что на нем была только холщовая рубашка и плащ, Франциск не ощущал холода — его переполняла радость и любовь ко всему миру.
Пение молодого человека привлекло разбойников, которых в то время много было в Италии. Они отняли у Франциска плащ, а его самого столкнули в снег. Но это происшествие совершенно не расстроило его: вдохновленный примером Христа, он обрадовался, что ему представилась возможность пострадать.
Переночевав в ближайшем монастыре, будущий святой отправился в Губбио, где старый друг подарил ему новый плащ. Затем он снова поспешил в Ассизи. По дороге домой Франциск побывал в селении прокаженных, которое уже посещал однажды. Теперь он не мог предложить им милостыни. Некоторое время Франциск жил с прокаженными, поддерживал и утешал их, без всякой брезгливости промывал даже самые страшные язвы. Прокаженные полюбили его за его доброту и веселый нрав.
Покинув место обитания прокаженных, Франциск вернулся в Ассизи и занялся восстановлением часовни Святого Дамиана. Чтобы собрать нужные для строительства камни, он пел псалмы на дорогах, а затем просил собравшихся людей принести ему по камню. Тяжелые каменные глыбы, которые ему доставляли, он таскал на себе, не обращая внимания на насмешки и издевательства некоторых горожан.
Старый священник, вместе с которым жил Франциск, полюбил его как сына. Чтобы не пользоваться щедростью доброго старика, Франциск стал просить подаяния. Он ходил от дома к дому, выпрашивая объедки, кости, сухие хлебные корки. Как ни противна была ему такая пища, он заставил себя есть только ее.
Франциск старался не уклоняться ни от каких испытаний, выпавших на его долю. Как-то раз во время сбора милостыни он наткнулся на дом, где находились его прежние друзья. Ему было неловко появиться перед ними в образе нищего. Но Франциск переборол себя и вошел в зал, где царило шумное веселье. Справившись со смущением, он стал просить бывших друзей пожертвовать деньги на масло для лампады в часовне Святого Дамиана. Речи Франциска возымели должное действие, и друзья пожертвовали солидную сумму денег.
Многие горожане насмехались над Франциском, но особенно тяжело молодому человеку было постоянно сталкиваться на улицах с отцом и младшим братом Анджело, которые при каждой встрече старались оскорбить его. Но Франциску встречались и люди, желавшие помочь ему. Благодаря им будущий основатель ордена смог в 1208 году закончить реставрацию часовни. Франциск вдохновлял добровольных помощников своим трудолюбием и неизменно хорошим настроением, поэтому работа продвигалась быстро.
После часовни Святого Дамиана Франциск занялся восстановлением других храмов, пришедших в запустение. Он отремонтировал церкви Святой Марии, известной также под названием Порциункулы, и Святого Петра.
Свое настоящее призвание Франциск нашел совершенно случайно — во время чтения Евангелия он обратил внимание на призыв Христа оставить все свое имущество и следовать за ним. Франциск сразу понял, что именно в этом заключается его предназначение — идти по миру и нести людям христианское учение. Он не собирался, как монахи, уединяться и заниматься спасением только собственной души, потому что стремился помочь каждому грешнику встать на путь исправления.
Будущий святой стал проповедовать на улицах Ассизи. Речи его были простыми и ясными; они не содержали ничего принципиально нового, но обыденные, всем известные библейские сюжеты и мысли Франциск преподносил людям с такой непоколебимой верой, что многие откликались на его призывы.
С каждым разом Франциск собирал все большую аудиторию. Теперь редко кто-то позволял себе смеяться над ним. В его проповедях возник новый образ Христа, милосердного и всепрощающего, в то время как в церковном учении Христос представал суровым и беспощадным. Будущий основатель ордена старался убедить всех в том, что истинный путь к спасению души не труден; для этого нужно только искренне верить в Бога и любить ближнего своего, не придавая слишком большого значения церковным обрядам.