О пребывании Алексея в Швеции известно только то, что он прекрасно справился с поручением, и уже в 1852 году два маленьких железных парохода проверенным маршрутом в разобранном виде доставили в Раимское укрепление. Пароход побольше назвали «Перовский», а другой, даже не пароход, а паровой баркас, — «Обручев». Видимо, тщательно взвесили заслуги каждого начальника края, прежде чем присвоить название. Командиром парохода назначили Бутакова, а баркаса — лейтенанта Христофора Эрдели. Теперь русские войска имели огромное преимущество при ведении боевых действиях в районе Аральского моря. Побывал в заграничной командировке и Григорий. Но не в захудалой тогда Швеции, а в Англии и в конце года тоже получил назначение командиром пароходо-фрегата «Владимир». Быть командиром лучшего парохода на Чёрном море и командиром маленького пароходика на Аральском — разница существенная. Младший брат вырвался по службе далеко вперёд. А тем временем в Русском географическом обществе заслушали доклад о географических открытиях, сделанных Алексеем Бутаковым Доклад опубликовали в следующем, 1853 году в «Вестнике» общества Это событие не прошло мимо недреманного ока английской разведки, внимательно следившей за всем, что происходило в Средней Азии. Английское правительство подозревало русских в коварном плане проникнуть в Индию. В журнале Королевского географического общества опубликовали сведения об экспедиции Бутакова и его карту Аральского моря. Это был сигнал русскому правительству о том, что его действия в Средней Азии находятся под пристальным вниманием. Международная известность, которую получил Алексей Иванович Бутаков, была, без сомнения приятной, но и в то же время… опасной. Со всеми русскими, которые приближались к границам Британской империи в Индии, всегда случалось что-то плохое, какая-нибудь беда Но Алесей Иванович об этом не думал, потому что его голова была занята куда более привлекательными мыслями.
Недолгое пребывание в Петербурге после возвращения из Швеции оказалось счастливым Он познакомился с дочерью генерала Николая Александровича Безобразова, Ольгой. Любовь не обходит стороной никого. Свадьба состоялась не в самое удачное время, осенью началась Крымская война Но если выбирать для свадьбы время, да ещё и с учётом внешнеполитических обстоятельств, можно вообще никогда не жениться. К месту службы Алексея Ивановича молодые поехали вместе, ну а там вскоре пришлось расстаться. Бутакову предстояло принять участие в боевых действиях. Пока внимание великих держав было приковано к европейской части, где шла ожесточённая война, завершившаяся потом жестоким поражением России, на Дальнем Востоке бескровно, а в Средней Азии «малой кровью», как говаривал красный маршал Клим Ворошилов, русские войска заняли огромные территории Об этом забывают, когда говорят о поражении России в Крымской войне и скорбят о потерянных территориях в европейской части. Все эти потери — просто копейки по сравнению со сделанными без особого шума новыми приобретениями. В 1853 году Обручева сменил генерал Василий Алексеевич Перовский, который лично возглавил новый поход, на этот раз более удачный. У кокандцев захватили крепость Ак-Мечеть, переименовав её в форт Перовский (генерал особой скромностью не страдал). В результате последующих боёв захватили территорию вдоль нижнего течения Сырдарьи, где возвели несколько укреплений. Успех этих действий подкреплялся огнём и высадкой десанта с парохода, которым командовал Алексей Иванович Бутаков. За боевое отличие его наградили орденом Св. Анны 2-й степени.
Братья Алексея Ивановича, Григорий, Дмитрий и Владимир, воевали в Крыму. Брата Ивана носило ветрами по морям и океанам в экспедиции вице-адмирала Путятина Алексею довелось завоёвывать чужую землю, а не защищать свою. В 1854 году Бутаков командовал отрядом из 300 казаков и 50 башкир, доставляя из Оренбурга в Аральское укрепление обоз с семью разобранными железными гребными судами и прочим военным имуществом. Затем на него навалились обязанности по организации верфи, созданию порта — словом, можно загибать много пальцев, чтобы перечислить, чем он занимался в абсолютно необжитой местности и в условиях постоянной угрозы нападения. Письма он получал нерегулярно и редко. В 1855 году пришло горькое известие о смерти в симферопольском госпитале брата Дмитрия, смертельно раненного на бастионе
В 1856 году Бутаков возобновил исследования, на сей раз Сырдарьи, от устья до урочища Кум-Сухта.
Армейское командование планировало продвижение вдоль реки, где никак было не обойтись без моряков. Но кому неизвестно: не зная брода, не суйся в воду. Предварительно следовало изучить условия плавания по реке. 30 августа Алексею Ивановичу присвоили звание капитана 2-го ранга. Младший брат Григорий к тому времени стал контр-адмиралом Теперь у него, а не у Алексея была приставка к фамилии — Бутаков-1-й. Иван имел приставку 3-й. Стал контр-адмиралом и Геннадий Иванович Невельской. А вот у Алексея Ивановича продвижение в званиях двигалось черепашьими темпами. Одно дело быть на виду у начальства, а другое — совершать подвиги там, где тебя не видят. Правда, иногда бывают и такие начальники, что лучше от них быть подальше. Например, вице-адмирал Павел Иванович Сушёв славился своей строгостью. В бытность начальником 1-й флотской дивизии на вопрос командира брига «Казарский» Николая Потулова, почему он не получил положенной награды, вице-адмирал рявкнул: «Пока я жив, Вы не получите ничего!» На что Потулов, которому уже нечего было терять, ответил: «Не извольте беспокоиться, ваше превосходительство, я подожду». Смысл сказанного дошёл до Сушёва только после того, как нахальный капитан-лейтенант покинул адмиральскую каюту.
Закончилась Крымская война. В Морском министерстве все были заняты послевоенными реформами, и, кроме того, ломали головы, куда пристроить офицеров Черноморского флота, покоившегося на дне Севастопольской бухты. О Бутакове в такой обстановке даже и не вспоминали. Встречи с женой были редкими. Ольга Николаевна подолгу жила в Оренбурге, а когда становилось ясно, что муж опять застрял в Аральском море или на реках на неопределённый срок, уезжала домой в Петербург. Она оказалась талантливой художницей, училась живописи у хороших мастеров.
В Оренбурге Ольга Николаевна открыла для себя красоту степных пейзажей и написала много картин и офортов со степной тематикой. Дочь военного и жена моряка не боялась житейских трудностей, много ездила по степным укреплениям, жила с мужем на Арале, в форте №1. Для европейской женщины в то время такие поездки по пустыням требовали немало храбрости и выдержки. К тому же, помимо постоянной опасности нападения разбойников, была и масса естественных неудобств, которые испытывала молодая женщина, находившаяся в степи в окружении мужчин. Поэт Алексей Плещеев, отправленный, подобно Тарасу Шевченко, осваивать оренбургские степи за участие в кружке петрашевцев, писал о ней: «Говорят, замечательная женщина. Путешествовала, занималась разными предметами, вызывающими на размышления, акварельные портреты пишет…»
К сожалению, приходится довольствоваться вот такими крохами сведений о жене Бутакова, творческая жизнь которой заслуживает своего отдельного исследования. Пока жена рисовала пейзажи, муж воевал и исследовал дикую местность, население которой жило ещё в Средневековье. Оба, и муж, и жена, спали и видели, чтобы вырваться из этих пустынных просторов. Отец Алексея Ивановича давно был не у дел, на пенсии, связей у него не осталось, помочь не мог. Оставалась надежда только на брата, занявшего после войны высокий пост.
Нужно отдать должное Григорию: он предпринял всё от него зависящее, чтобы вырвать брата из песков Средней Азии. Может, вспомнил, что не без его рокового совета тот оказался в песках, но всё было непросто — разные министерства. Вот отрывок из письма Алексея, отправленного 30 ноября 1856 года, в котором тот с отчаянием пишет: «…Грицко, вот и декабрь на дворе, а мы всё здесь…» В 1857 году во главе отряда из 300 казаков Алексей Иванович Бутаков подавил вооружённое восстание населения в урочище Арыкбалык на реке Сырдарье. Может быть, это и бросает тень на светлый облик героя, но что было, то было. В то же время сохранились свидетельства о его дружеских отношениях со многими местными жителями. После этой военной операции ему 6 июня присвоили за отличие звание капитана 1-го ранга и наконец-то вызвали в Петербург. Но радоваться оказалось преждевременно.
А случилось вот что: 16 октября того же года царь согласился с предложением государственного канцлера Александра Михайловича Горчакова отправить посольство в Хиву и Бухару для проведения глубокой разведки, противодействия дипломатическими путями проникновению в Среднюю Азию англичан и с целью усиления влияния России. В январе 1858 года Особый комитет, созданный для рассмотрения этих вопросов, также высказался за отправку посольства, но, кроме того, предложил максимально использовать плавание по Амударье, чтобы проникнуть как можно дальше в глубь территории Средней Азии. Для этого и понадобился Бутаков. Во главе посольства назначили молодого, но уже опытного талантливого разведчика графа Николая Павловича Игнатьева. Полковник Игнатьев служил до своего нового назначения военным агентом, как тогда называли военных атташе в Лондоне, и был хорошо знаком с политикой англичан в Средней Азии. Поводом для дипломатической миссии послужил визит вежливости в ответ на поздравление Александра II делегациями из Хивы и Бухары в связи с коронацией.
