Зачем братьям-адмиралам понадобилась «шестая часть», сказать трудно. Скорее всего, «двигателями» в этом вопросе выступали жёны. Сразу вспоминаешь «Сказку о рыбаке и рыбке», о желании старушки стать столбовой дворянкой, видимо, быть просто адмиральшами им показалось недостаточно. Нашёл себе занятие Григорий Иванович и в военно-морской игре, о которой уже упоминалось. Он руководил ею в собрании Русского технического общества Занятия проходили интересно, потому что он, как всегда, занялся рационализацией, позволившей ускорить проведение расчётов и повысить темп игры. В конце 1880 года тяжело заболел и вскоре умер главный командир Петербургского порта вице-адмирал Александр Николаевич Андреев. По ходатайству Лесовского Константин скрепя сердце согласился назначить Бутакова на его место. 1 января 1881 года появился за его подписью соответствующий приказ.
Но как можно было служить, если оба, Константин и Бутаков, не могли простить друг другу, один — критику, высказанную в оскорбительной для брата царя форме, второй — жестокое наказание за неё. В феврале Бутаков написал свои замечания на записку о программе кораблестроения на 20 лет, которые вновь вызвали раздражение великого князя. Григорий Иванович писал, что Россия — государство бедное, не может себе позволить иметь сильный флот на Чёрном море и на Балтике. Он высказывал опасение, что усиление Черноморского флота вызовет ввод английского флота в Чёрное море. Бутаков предлагал создать сильный флот на Балтике, на Чёрном море держать учебный флот, а на Дальнем Востоке — только канонерские лодки. Жизнь показала, что адмирал был неправ: следующая война началась как раз на Дальнем Востоке, куда пришлось направить большие корабли с Балтики. И закончилось всё Цусимской трагедией, оставившей глубокий рубец в истории России. Через два месяца после назначения Бутакова произошло событие, которое оказало огромное влияние на судьбы многих людей — народовольцы убили императора Александра II. Григорий Иванович дал телеграмму брату, находившемуся в Москве: «Поспеши приездом по случаю восшествия на престол государя императора Александра Александровича». Все понимали, что последуют перемены. Вместо Лесовского временно исполняющим обязанности морского министра назначили Пещурова. Он потребовал от Бутакова скорейшего заключения контрактов с Балтийским заводом на строительство броненосного фрегата «Владимир Мономах». Григорий Иванович отказывался это сделать, доказывая, что цены на выполнение заказов завышены.
Председателем кораблестроительного отделения морского технического комитета был Андрей Александрович Попов, который не скрывал своего возмущения действиями, а точнее бездействием, Бутакова. Руководство Балтийского завода, чтобы не срывать сроков изготовления фрегата и механизмов, распорядилось приступить к постройке. При этом строители не имели от морского министерства ни наряда, ни полномочий для ведения работ. Строительство началось без контроля со стороны военных, из материалов, привезенных из-за границы без письменного согласия Морского министерства. 12 мая Бутаков получил строгое замечание от генерал-адмирала за то, что контракты с Балтийским заводом не заключены. После чего Григорий Иванович написал очередной рапорт управляющему Морским министерством. Содержание рапорта вызывает недоумение. Видимо, Бутаков всё не мог забыть, что управляющий Морским министерством контр-адмирал Пещуров был когда-то его подчинённым в Англии во время службы военно-морским агентом. На основании материалов, собранных капитаном над портом Николаем Васильевичем Копытовым, Бутаков до этого уже четыре раза писал Пещурову, сообщая ему о своём требовании правлению Балтийского завода снизить стоимость заказов на 1 086 740 рублей. И каждый раз Пещуров отвечал, что стоимость заказа необходимо оставить в том виде, как её представляет завод. Управляющего Морским министерством можно было понять: вопрос стоимости постройки фрегата согласовали давно, ещё до назначения Бутакова, который занялся ревизией ранее принятого решения.
В своём последнем рапорте Григорий Иванович, обвинил Пещурова в том, что тот дал устное согласие на использование металла, купленного за рубежом Тогда устное распоряжение Пещурова оформили соответствующим распоряжением канцелярии министерства. Вместо того чтобы принять к исполнению решение, Бутаков написал, что просит возложить на канцелярию, «как ведающую под непосредственным Вашим руководством всеми расчётами с этим заводом, или на другое учреждение министерства, и заключение самого контракта с Балтийским заводом». Это был откровенный вызов.
В общем, Григорий Иванович не только вдрызг разругался с правлением Балтийского завода, но и пошёл на открытый конфликт с управляющим Морским министерством. Стоит ли удивляться тому, что адмирал получил соответствующую отповедь. Но Григорий Иванович продолжал упорствовать. А дальше происходит вообще невероятное! В газету «Голос» неведомым путём попали выписки из секретных рапортов Бутакова управляющему Морским министерством. Корреспондент газеты, основываясь на утверждениях адмирала, написал большую статью, в которой разоблачал правление Балтийского завода, которое якобы наживается на военных заказах, невероятно завышая их стоимость. Нетрудно себе представить реакцию в Морском министерстве и на Балтийском заводе. Началась полемика в печати. Великий князь через управляющего Морским министерством потребовал от Григория Ивановича объяснений. Теперь Бутакову пришлось оправдываться, каким образом секретные сведения попали в открытую печать. Григорий Иванович выражал недоумение, откуда шла утечка информации, утверждал, что копии его рапортов лежали в бюро вместе с деньгами, и ничего у него не тронуто. Его объяснения министру читались как: ищите утечку у себя в канцелярии.
Скандал вышел грандиозный, и многие расценили его так, что Бутаков «копает» под великого князя, зная о неприязненных отношениях между племянником-царём, и дядей — генерал-адмиралом, потому и выдал переписку газетчику. Изучив по документам весь жизненный путь адмирала, я глубоко убеждён, что Григорий Иванович был неспособен на такой поступок. Скорее всего, это сделал какой-то «доброхот» из его окружения или в министерстве.
Вскоре Попова в кораблестроительном отделении сменил вице-адмирал Иван Алексеевич Шестаков.
Андрей Александрович Попов, незадолго до ухода с должности, излил душу Константину «.. Бутаков и Копы-тов выступают против контракта на строительство “Владимира Мономаха” и двух машин с Балтийским заводом… Честный Лесовскии понимал Вас и энергическим пособием Вам отстоял завод. Думаю, что и Пещуров, так же как Лесовскии, смотрит на это дело. Я должен сказать, что прежде я считал Бутакова и Копытова только ничтожными людьми, но теперь я не могу допустить, что они были так глупы, чтоб не могли понимать того, что сделали… при всём желании оправдать их поступки, я не могу отыскать в них честного побуждения». Дружили когда-то в севастопольской юности четыре мушкетёра: Бутаков, Шестаков, Попов и Лесовскии. Сначала рассорились Попов и Бутаков.
С Шестаковым Григорий Иванович вместе проводил гидрографические исследования на Чёрном море, оба тогда получили одинаковые награды. Услышав о назначении Шестакова на должность Попова, Григорий Иванович приободрился, решил, что пришёл не только старинный друг, но и единомышленник. Поэтому он не только вёл с Шестаковым откровенные разговоры, но и передал ему всю свою переписку по Балтийскому заводу. В том числе и заготовленный рапорт на имя генерал-адмирала: «В 1877 году мне удалось помочь отстоять от постройки броненосной “Ливадии” (или “Екатерины II”), и затем я был отстранён от должности и потерял в бюджете своём до настоящего года около 10 тысяч рублей. Не знаю, дорого ли мне обойдётся борьба с Балтийской компанией? Сознаю слабость своих сил — я вооружён только средствами конторы над портом, которая не имеет весьма многих данных, имеющихся в канцелярии министерства, против себя же я, как нарушитель спокойного течения дел, имею целое солидарное министерство и силы Балтийского завода Нельзя не прибавить, что, возбуждая вопрос о высоких ценах, я был в праве ожидать сочувственной готовности вникнуть в такой важный вопрос и всевозможных облегчений по дальнейшему разъяснению его, конечно, не со стороны Балтийского завода Ожидал даже поощрения моему главному помощнику по кораблестроительной части, т.к. его бескорыстная деятельность в этом вопросе заслуживает только признательности начальства Исход дела покажет, неизвестный ли благоприятель, или тайный недруг постарался огласить в печати поднятые вопросы. Но, во всяком случае, он оказал делу медвежью услугу, обострив домашний вопрос и доставив прекрасный случай управляющему Балтийским заводом с полною свободою пускаться в печать со своими разглагольствованиями о бескорыстии завода и греховности автора статьи “Голоса”. Тогда как подобной свободы не имеют и не ищут те, кто находит цены завода непомерными. Лучшим судьёй в этом деле, конечно, не газетные статьи, а беспристрастный трибунал Адмиралтейств-Совета», — писал Григорий Иванович.