Реорганизации начала 50-х годов коснулись и отдела «ДР» МГБ, отвечавшего за проведение диверсий за границей. Осенью 1950 года он был расформирован, а на его базе 9 сентября 1950 года были созданы бюро № 1 (проведение диверсий и террора за границей) и бюро № 2 (проведение похищений и убийств внутри СССР). 28 сентября 1950 года были сформированы бюро № 1 (начальник генерал-лейтенант Павел Анатольевич Судоплатов) и бюро №2 (начальник генерал-лейтенант В. А. Дроздов). Оба бюро действовали на правах управлений и подчинялись непосредственно министру.
Таким образом, к концу 1951 года в структуре Центрального аппарата МГБ СССР за деятельность за рубежом отвечали два подразделения: 1-е Главное управление (внешняя разведка) и бюро № 1 (проведение диверсий и террора за границей).
4 июля 1951 года В. С. Абакумов по решению ЦК ВКП(б) был отстранен от должности, а временное исполнение его обязанностей было возложено на первого заместителя министра госбезопасности СССР генерал-лейтенанта С. И. Огольцова. 9 августа 1951 года министром государственной безопасности СССР был назначен С. Д. Игнатьев.
Что касается внешней разведки, то в 1952 году руководство СССР, проанализировав первые итоги «холодной войны», внесло в её деятельность некоторые коррективы.
30 декабря 1952 года было принято решение об объединении 1-го (внешняя разведка) и 2-го (контрразведка) Главных управлений, бюро № 1, отдела «Д» (активные мероприятия), а также ряда подразделений 4-го (розыскного), 5-го (секретно-политического) и 7-го (оперативного) управлений Центрального аппарата МГБ в Главное разведывательное управление (ГРУ) МГБ СССР. Начальником ГРУ МГБ был назначен первый заместитель министра госбезопасности генерал-лейтенант Сергей Иванович Огольцов, его заместителями — генерал-майор Евгений Петрович Питовранов (он же начальник 1-го управления ГРУ: разведка за границей) и генерал-лейтенант Василий Степанович Рясной (он же начальник 2-го управления ГРУ: контрразведка).
Но из-за смерти Сталина этот проект не был воплощен в жизнь.
Смерть Сталина принесла для органов большие перемены. На состоявшемся в тот же день, 5 марта, совместном заседании Президиума Верховного Совета СССР, Совета Министров СССР и ЦК КПСС было решено объединить МГБ и МВД в одно министерство— МВД СССР. На этом заседании первым заместителем председателя Совета Министров СССР и министром внутренних дел СССР был утвержден Л. П. Берия, а бывший министр госбезопасности С. Игнатьев избран одним из секретарей ЦК КПСС.
14 марта 1953 года разведка вошла в МВД как 2-е Главное управление (разведка за границей). Начальником внешней разведки был назначен генерал-лейтенант Василий Степанович Рясной. Он родился в 1904 году в Самарканде в рабочей семье. Учился в Ашхабадском железнодорожном техническом училище. Служил в Красной Армии, был на комсомольской работе в Туркмении, в 1922 году вступил в партию, работал в партийных органах в Туркмении. В 1931—1933 годы учился во Всесоюзной промакадемии имени Сталина в Москве. Затем находился на партийной работе в Сталинградском крае до 1937 года, когда был направлен по партнабору в НКВД. Работал в Контрразведывательном отделе ГУГБ, где за 4 года прошел путь от стажера до начальника отделения. В 1941—1943 годы работал начальником УНКВД-УНКГБ по Горьковской области, в 1943—1946 годы наркомом внутренних дел Украинской ССР, в 1946—1952 годы заместителем министра внутренних дел СССР, с 1952 года — заместителем министра госбезопасности и начальником Контрразведывательного управления МГБ СССР.
Он пробыл в этой должности до 28 мая 1953 года, после чего был назначен начальником УМВД Москвы и Московской области. В 1956 году был снят с должности и уволен в запас. Около 30 лет работал в системе строительства. Умер в Москве 12 декабря 1995 года.
Исполняющим обязанности начальника стал Александр Михайлович Коротков, до этого руководивший Управлением нелегальной разведки.
Берия провел очередную реорганизацию ее структуры. Были ликвидированы Управление нелегальной разведки и американский отдел (был создан объединенный отдел США, Канады, Англии, Мексики и Аргентины со штатом 24 человека), Управление Западной Европы было преобразовано в отдел.
30 мая 1953 года на базе бюро № 1 МГБ СССР был организован 9-й отдел МВД СССР (проведение актов индивидуального террора и диверсий). Начальником 9-го отдела был назначен заместитель начальника 2-го Главного управления МВД генерал-лейтенант П. А. Судоплатов.
Берия 26 июня 1953 года был арестован, снят с должности первого заместителя председателя Совета Министров СССР и министра МВД СССР, а дело о его «преступных действиях» было передано на рассмотрение Верховного суда СССР. В тот же день министром внутренних дел был назначен генерал-полковник С. Н. Круглов. 18 июля 1953 года начальником 2-го Главного управления был назначен Александр Семенович Панюшкин.
А. С. Панюшкин родился 1(14) августа 1905 года в Самаре в рабочей семье. Окончил среднюю школу, служил в Красной Армии, в погранвойсках, в 1927 году вступил в партию. В 1938 году окончил Военную академию РККА имени Фрунзе, был направлен на работу в НКВД, работал в 5-м отделе ГУГБ (помощник начальника отделения) й начальником 3-го спецотдела ГУГБ. В 1939—1944 годы работал в Китае полпредом СССР и одновременно главным резидентом НКВД. После возвращения работал в отделе международной информации ЦК ВКП(б) — первым заместителем заведующего и главным секретарем в КИ. С 1947 по 1952 год — чрезвычайный и полномочный посол СССР в США и одновременно главный резидент советской разведки. В 1952— 1953 годы вновь посол в Китае.
9-й отдел МВД 31 июля 1953 года был упразднен, его начальник, генерал-лейтенант Павел Судоплатов, 21 августа 1953 года арестован.
13 марта 1954 года указом ПВС СССР был образован Комитет государственной безопасности (КГБ) при Совете Министров СССР. Тем же указом бывший первый заместитель министра внутренних дел СССР генерал-полковник Иван Александрович Серов был назначен председателем КГБ СССР. Согласно решению ЦК КПСС была утверждена структура центрального аппарата КГБ. Внешняя разведка вошла в КГБ как 1-е Главное управление (ПГУ), а ее начальником был утвержден генерал-майор Александр Семенович Панюшкин.
После этого центральный аппарат внешней разведки был реорганизован и укреплен. К концу 50-х годов в структуру ПГУ входили секретариат (секретное делопроизводство, обеспечение функционирования аппарата разведки), Управление нелегальной разведки, Управление оперативной техники, 3 службы (активных мероприятий, информационно-аналитической работы и шифровальная), 4 функциональных отдела (научно-технической разведки, внешней контрразведки, эмиграции и специальных операций), 7 линейных отделов (США, Англии и Северной Европы, Латинской Америки, Южной Европы, Западной Европы, Ближнего и Среднего Востока, Дальнего Востока).
Позднее появился и африканский отдел.
В мае 1956 года начальник ПГУ Александр Семенович Панюшкин был назначен председателем комиссии ЦК КПСС по выездам за границу. В Центральном Комитете он проработал 18 лет, заведуя отделом заграничных кадров (названия отдела менялись) до 1973 года, когда вышел на пенсию. Он избирался кандидатом в члены ЦК КПСС, членом Центральной ревизионной комиссии КПСС, был награжден тремя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, тремя орденами Красного Знамени. Умер А. С. Панюшкин 12 ноября 1974 года в Москве.
11 мая 1956 года начальником ПГУ был назначен Александр Михайлович Сахаровский, до этого занимавший должность первого заместителя начальника внешней разведки. Он родился 3 сентября 1909 года в деревне Большое Ожогино Костромской губернии в крестьянской семье. Окончил среднюю школу, работал на судостроительных заводах в Ленинграде, в 1930 году вступил в партию. В 1931—1934 годы служил в РККА, окончил вечерний комвуз при Военно-политической академии РККА, после демобилизации находился на комсомольской и партийной работе в Ленинграде. В 1939 году направлен в УНКВД Ленинградской области, работал в транспортном отделе, во время Великой Отечественной войны был заместителем начальника разведывательного и контрразведывательного отделов УНКГБ. С 1946 года работал в центральном аппарате внешней разведки, в 1950—1952 годы — советником МГБ СССР при МГБ Румынии, с 1953 года вновь в центральном аппарате разведки, с 1954 года — заместитель начальника.
За время пребывания Сахаровского на посту начальника ПГУ центральный аппарат внешней разведки значительно расширился. Резко увеличилось и количество оперативных сотрудников за рубежом за счет открытия новых резидентур в странах Азии, Африки, на Ближнем Востоке и в Латинской Америке.