Следующей модификацией, предназначенной к серийному выпуску, была Do 335A-2. Это должен был быть бомбардировщик (Kampfflugzeug), оснащенный двигателями DB 603G с большой степенью сжатия в цилиндрах и стартовой мощностью 1900 Л.С./1396 кВт и 1560 л.с./1146 кВт на высоте 7500 м. Для мотора требовался бензин С3 с октановым числом 100. Бортовое вооружение было таким же, что и на предыдущих модификациях (2xMG 151 и 1хМК 103), но бомбовая нагрузка на внутренней подвеске достигала 1000 кг. Очевидно, ни одного экземпляра А-2 не удалось построить. Аналогичная судьба ждала и Do 335A-3 — тяжелый истребитель (Zerstoerer). A-3 должен был дополнительно оснащаться устройствами форсирования двигателя GM-1 и MW-1. Система GM-1 производила впрыск закиси азота, что позволяло поднять потолок, а система MW-1 впрыскивала воднометанольную смесь, кратковременно форсируя мощность двигателя на низких высотах.
Do 335А-4 должен был стать разведывательным самолетом, концепцию которого разработали еще на прототипе Do 335V3. Инициатором этого проекта стал генерал-майор Карл-Хенниг фон Барзевиш — командующий разведывательной авиацией, который весной 1944 года решил использовать Do 335 в качестве разведчика, оборудованного фотокамерами. «Pfeil» идеально подходил для этой роли — большая скорость спасала самолет от истребителей противника, а большой радиус действия позволял проводить глубокую разведку. Фон Барзевиш предполагал использовать эти самолеты для разведывательных полетов над Великобританией. По его плану прототип Do 335V1 должен был сфотографировать английский флот в Скапа-Флоу, a Do 335V3 провести разведку над Лондоном.
Предложение фон Барзевиша удалось реализовать лишь в малой степени. В июле 1944 года Do 335V3, оснащенный камерой Rb 50/18 передали на испытания в экспериментальную часть 1./Versuchsverband OKL. Основываясь на накопленном опыте, была разработана разведывательная модификация самолета, получившая обозначение Do 335A-4. На разведчик планировалось установить две камеры Rb 50/18 или 50/30, установленные в бомбоотсеке. Предполагалось, что самолет не будет нести вооружения, а его защитой будет большая скорость. А-4 мог брать на внешнюю подвеску дополнительные топливные баки, увеличивавшие дальность полета. Вероятно, на самолете должны были стоять моторы DB 603G. Все говорит за то, что до конца войны ни одного разведчика не построили (в некоторых источниках упоминается о двух-трех построенных самолетах).
О модификации Do 335A-5 можно сказать еще меньше. Очевидно, это был истребитель, оснащенный двигателями Jumo 213. Такие же двигатели предполагалось установить на бомбардировщике А-7, тяжелом истребителе А-8 и разведчике А-9. Тут следует упомянуть о чертеже, составленном на фирме Junkers и датированным 7 декабря 1944 года. На чертеже изображен разрез фюзеляжа с установленными в бомбоотсеке двумя фотокамерами Rb 50/30. Там же находился 250-литровый бак с закисью азота для устройства GM-1. Вероятно, этот чертеж относился к Do 335А-9.
Одновременно с развитием модификаций А-0 и А-1 шли работы над двухместной учебной версией самолета. Необычная схема самолета и его необычные характеристики требовали дополнительной подготовки пилотов. Учебные самолеты, базирующиеся на истребительной модификации, позволяли проводить подготовку летчиков под надзором инструктора. Учебных модификаций было три: Do 335A-10 с двигателями Jumo 213 (не было изготовлено ни одной такой машины), Do 335А-11 на базе А-0 и Do 335A-12 на базе А-1. На учебных самолетах имелась вторая кабина, расположенная за главной кабиной, образуя характерный горб. Во второй кабине имелся набор основных приборов и органов управления. Кресло инструктора, в отличие от кресла курсанта, не было оборудовано катапультой. На учебном самолете уменьшили объем бензобаков, а также сняли вооружение. Самолету присвоили собственное название «Ameisenbaer» (муравьед).
11 октября 1944 года флюгкапитан Аппель совершил первый полет на двухместной машине Do 335M11 (CP+UL, W.Nr. 230011) — прототипе А-11. Самолет создали на базе планера А-0, оснастив его двигателями DB 603А-2. Такие двигатели должны были стоять на серийных А-11. Вскоре в воздух поднялся М12 (RP+UO, W.Nr. 230012), второй прототип А-11. Do 335M11, испытывавшийся в Менгене, повредил при посадке шасси. Одновременно с летными испытаниями, на этом прототипе отрабатывался механизм аварийного сброса заднего винта. Do 335M12, в свою очередь, оснащался винтами Messerschmitt P8 с возможностью реверса. Этот самолет позднее был уничтожен во Фридрихсхафене, чтобы он не попал в руки наступающих союзников. Следует отметить, что после того, как прототип МП получил повреждения и был списан, появился второй самолет с таким же обозначением. Этот новый МП имел серийный номер W.Nr. 240318. Вероятно это был одноместный самолет Do 335В, однако его не закончили.
Ни один учебный «Pfeil» не был собран с нуля. Кроме того, ни один из собранных учебных самолетов не принадлежал к серии А-11. Причина этого была очевидной — нехватка времени. Чтобы ускорить ввод в строй учебных самолетов, их изготовили путем переделки из имевшихся машин Do 335А-1 с двигателями DB 603E-1. Всего переделали восемь машин, все из которых принадлежали серии А-12. Самолет RP+UB после войны попал в Великобританию, а два других (RP+UD и RP+UI) обнаружили на аэродроме Оберпфаффенхофен в небоеспособном состоянии. Четыре остальные машины не успели достроить. Следует упомянуть, что на базе Do 335B также планировали создать учебный самолет Do 335B-5, о чем будет рассказано ниже.
Самолеты Do 335A-0/A-1 не отвечали всем предъявляемым к ним требованиям. Главным недостатком самолета как истребителя было слабое бронирование. Перехватывать хорошо вооруженные союзнические бомбардировщики на таком самолете было очень опасно.
Летом 1944 года начались работы над очередной модификацией «Стрелы» с усиленным бронированием, более мощным вооружением и более крепкой конструкцией. На самолет предполагалось ставить моторы DB 603Е или LA. Первым вариантом должен был стать дневной истребитель Do 335В-1, похожий на Do 335A-1, но с усиленным бронированием кабины, измененным оборудованием и более крупными колесами шасси. Переднее колесо теперь убиралось в фюзеляж с оборотом стойки на 45(. Вооружение и двигатели не изменились по сравнению с А-1. Построили два прототипа: Do 335M15 (W.Nr/ 240311) и Do 335М16 (W.Nr. 240312), но оба остались недоделанными до конца войны. Очень быстро от серийного производства самолетов В-1 отказались в пользу лучше вооруженных В-2 и В-3. Их классифицировали как тяжелые истребители (Zerstoerer), предназначенные для борьбы с бомбардировщиками. Для борьбы с прочными английскими и американскими стратегическими бомбардировщиками требовалось мощное вооружение, способное поразить машину противника несколькими попаданиями.
Прототипами Do 335B-2 стали машины Do 335M13 (W.Nr. 230013, RP+UP), а также Do 335M14 (W.Nr. 230014, RP+UQ). Силу огня увеличили, разместив в крыльях две 30-мм пушки МК 103 с боекомплектом 70 выстрелов на ствол. Считая еще одну пушку, установленную в развале блока цилиндров, самолет нес три 30-мм пушки. Кроме того, было решено установить 20-мм пушку MG 151/20. Предусматривалась возможность замены пушки на два 15-мм пулемета MG 151. Для этого арсенала требовался боекомплект. Чтобы его разместить, пришлось уменьшить объем крыльевых топливных баков с 300 до 220 литров. Двигатели оставили прежними.
Do 335M13 облетали 31 октября 1944 года. На самолете стояли двигатели DB 603E-1 (передний) и DB 603QE-1 (задний). Do 335M14 закончили в декабре 1944 года, после чего аэродром Менген был занят французами.
Программа Do 335B-2 сильно задержалась. Серийный выпуск этих самолетов первоначально планировалось начать на фирме Heinkel в Ораниенбурге в июне 1944 года, но в итоге дату перенесли на февраль 1945 года. Неизвестно, был ли вообще построен хоть один Do 335B-2, или хотя бы велись какие-то приготовления в этом направлении.
На прототипе Do 335M13 испытали новые оконцовки крыльев, увеличивающие размах до 13,84 м. На правом крыле самолета установили кинокамеру в аэродинамическом обтекателе.
Развитием Do 335B-2 должен был стать Do 335B-3. На этот самолет планировалось установить двигатели DB 603LA с двухступенчатым наддувом. Двигатель DB 603LA представлял собой двигатель DB 603L, дополнительно оборудованный устройством MW-50. Двигатель оптимизировали для большой высоты. Стартовая мощность DB 603L составляла 1820 л.с./1339 кВт, а боевая 1675 л.с./1232 кВт. Модификация LA развивала стартовую мощность 2000 Л.С./1472 кВт и боевую 1510 л.с./1111 кВт. Как видно, двигатель был значительно мощнее, чем применявшиеся прежде моторы серий А и Е. Однако форсированные моторы еще не производились серийно, а работы по их доводке задерживались. В мае 1944 года Дорнье начал требовать от Daimler-Benz хотя бы два таких мотора, которые можно было бы поставить на прототип Do 335B-3. Срок поставки моторов определили на июнь 1944 года, но даже осенью ни одного мотора получить не удалось.
В качестве прототипов Do 335B-3 использовались машины Do 335M18 (W.Nr. 240314), М19 (W.Nr. 240315) и М20 (240316). Все три перечисленных самолета находились в Оберпфаффенхофене на разных стадиях сборки. В таком виде они и попали в руки американцев.
