Продолжая обследовать помещения арсенала и рулевого отделения, водолаз обнаружил и шесть сломанных задраек от разделявшей эти помещения водонепроницаемой двери. Так подтверждался подвиг Афиногена Жукова, успевшего, как полагалось, задраить дверь и тем остановить распространение воды. Взамен сорванной с задраек двери П.А. Федоров и старший офицер Д.П. Шумов предложили изготовить и с помощью водолаза установить закладной (из брусьев) пластырь. Но расчет на полное осушение рулевого отделения не оправдался. Вода опустилась только на 2.4 м, где-то еще была течь.
Особо осложняла работы сложная конфигурация борта с выкружками для выхода гребных валов. Подгонка кессона к борту требовалась ювелирная. Устанавливать его начали 5 марта (то есть только на подготовку работ потеряли более месяца), а окончательно закрепили (пришлось его несколько сдвинуть вдоль корпуса) к 16 марта.
С.О. Макаров, прибывший 24 февраля в Порт-Артур в качестве командующего флотом, и 27 февраля докладывающий наместнику об обстановке, отмечал, что "исправление судов из-за недостатка надлежащих средств в порту идет мало успешно". Признать пришлось и тот горький факт, что "техника наша значительно слабее неприятельской, что тяжелым образом сказывается на тактических свойствах эскадры и на работах по исправлению судов". Необходимость тратить силы на преодоление множества неполадок технического и организационного свойства (особенно поражен был адмирал безумным расточительством угля, которого некоторые корабли даже на якоре сжигали до 23 т в сутки) сильно мешает, писал адмирал, решению главной задачи — повышению боеспособности флота.
Погруженность в ремонтные заботы не освобождала "Цесаревич" от участия в порт-артурской пока что лишь оборонительной страде. За счет бездействовавшего броненосца начали пополнять некомплект на других кораблях. На "Петропавловск" перешел младший артиллерийский офицер мичман Б.О. Шишко. С броненосцем он погиб при катастрофе 31 марта. На катера "Цесаревича"(из-за их привязанности к стоянке в порту) были возложены первые опыты только еще организовывавшегося по инициативе С.О. Макарова траления рейда от мин засорявших его японских миноносцев. В продолжении осады и тралении участвовали (сведения из труда МГШ, т. 2, с. 337) офицеры "Цесаревича" капитан 1 ранга Иванов, лейтенанты Драгичевич-Никшич, Щетинин, Зельгейм, мичманы Леонтьев, Бабицын, Гадд, барон Фитингоф.
Регулярно выходили катера и в сторожевые цепи на рейд. В ночь отражения первой попытки японцев закупорить эскадру в гавани лейтенант Н.Н. Азарьев вместе с двумя также вызвавшимися охотниками лейтенантом М.А. Кедровым и мичманом Г.С. Пилсудским по заданию С.О. Макарова высадились на сбившийся с курса и выбросившийся на мель японский брандер. Офицеры- успели перерезать проводники от заложенной в угольных ямах "адских машинок", потушили пожар, лишив ориентировки японские миноносцы. Пушки, снятые с брандера, передали на береговые батареи.
После гибели С.О. Макарова пришлось отдавать людей и для сухопутной обороны крепости. Самым большим (36 человек) был десантный отряд "Цесаревича", входивший в те два батальона, которые каждый день с 11 февраля с заходом солнца свозились на берег для отражения ожидавшейся японской высадки. Высылали и патрули для ловли шпионов, каждую ночь сигнализировавших японцам.
В апреле сформировали роту (96 человек), входившую в состав батальона четвертого резерва. Он должен был оставаться готовым к сбору на берегу по условному сигналу флагманского броненосца. Для вооружения дополнительных рот, формировавшихся в Квантунском флотском экипаже, передали 142 винтовки. В апреле оказалось необходимым назначать комендоров и на батареи Квантунской крепостной артиллерии, где как выяснилось некомплект доходил до 500 человек. Так флот, помимо своих обширных огрехов и не менее чувствительного некомплекта, заставили расплачиваться и за несостоятельность сухопутного командования. Корабль как боевая единица все более дисквалифицировался.
Тем временем водолазы "Цесаревича" с 18 марта начали очищать осушенные отсеки от ила и обломков. Все более прояснявшуюся картину дополнили расчеты главного корабельного инженера порта P.P. Свирского (автора проекта кессона) и французского инженера Кудро. Оказалось, что до опрокидывания "Цесаревича" достаточно было прибавления крена на 0,5°. Своим спасением корабль был обязан броневой переборке (она ограничила поступление воды внутрь корпуса) и энергичному контрзатоплению, которое уже перед самым порогом потери остойчивости успел осуществить П.А. Федоров.
Для уплотнения продолжавшего подтекать контура кессона по предложению руководителя порт-артурской спасательной партии Горста водолазы из мешков, втащенных под кессон, выпустили облако опилок. Заполнив узкие щели, они отчасти уменьшили поступление воды в кессон. С продолжавшейся фильтрацией боролись с помощью пульзометра (беспоршневой насос, действовавший паром).
С 26 марта рваные края пробоин начали очень успешно вырезать электрическим резаком по инициативе полковника А.П. Меллера. Как представитель Обуховского завода он возглавил в крепости ремонт артиллерии. 26 апреля начали установку первых шпангоутов, а затем и наружной обшивки. Работы начали приближаться к завершающей стадии, и только тогда начальство вспомнило о том, что новейший и сильнейший в эскадре броненосец, так и не пройдя полного курса боевой подготовки, к тому же еще и не имеет штатного командира.
После назначения И.К. Григоровича по представлению С.О. Макарова командиром порта (надо было форсированно оживлять эту работу), обязанности командира броненосца временно исполнял старший офицер Д.П. Шумов. Его прямому назначению на эту должность мешали непреложные законы ценза. Хотя и бывший со времени постройки старшим офицером корабля и потому в совершенстве знавший и корабль, и его людей, Д.П. Шумов был, однако и по службе и по возрасту безнадежно "молод".
Преступить это бюрократическое табу не мог даже сам облеченный высокой должностью командующего флотом С.О. Макаров. ГМШ во главе с З.П. Рожественским был шокирован назначением "не в очередь" слишком "молодого" (44 года) капитана 2 ранга Н.О. Эссена. Он был лишь на один год старше Д.П. Шумова и имел опыт двух лет командования легким крейсером. Адмирала, который, спасая флот, войну и может быть (это поняли много позднее) всю Россию, посмел распорядиться самолично, начали энергично "ставить на место".
Словно сговорившись с японцами, "структуры" без раздумий одна за другой проваливали все инициативы командующего. Особую историческую повесть могли бы составить эти отказы от экстренного напечатания "Рассуждений по вопросам морской тактики", до столь же экстренно требовавшихся заказа и присылки в Порт-Артур миноносцев и подводной лодки. Отказали С.О. Макарову и в назначении вместо явно несостоятельного Греве командиром Порта-Артура находившегося в Кронштадте капитана 1 ранга В.Н. Миклухи (Маклая).
С.О. Макаров поднимается на “Цесаревич"
Не сочли "сферы" нужным иметь в осажденной крепости командира порта, на которого командующий флотом мог бы вполне положиться. Тогда С.О. Макаров и решил доверить эту должность находившемуся в Порт-Артуре И.К. Григоровичу. Видимо, адмирал полагал, что опыт недавней постройки "Цесаревича" на европейском заводе поможет ему справиться с портовый порядками. На место командира "Цесаревича" адмирал назначил своего флаг-капитана капитана 2 ранга М.П. Васильева (1857–1904), который командовал в 1895–1897 гг. миноносцем "Сокол", а в 1898–1901 гг. ледоколом "Ермак".
Но тут восстал сам Главнокомандующий, он же наместник его императорского величества на Дальнем Востоке. Он полагал, что более достойным командирства на "Цесаревиче" будет капитан 1 ранга А.А. Эбергард. Судьба рассудила спор с присущей ей злой иронией: М.П. Васильев, не сумев вступить в командование, погиб как и С.О. Макаров при катастрофе "Петропавловска" 31 марта 1904 г. Эбергарда же, о назначении которого, как того желал наместник, уже был выпущен высочайший приказ (отчего это несостоявшееся командование проходит через все послужные списки Андрея Августовича), тот же наместник, покидая Порт-Артур 22 апреля (чтобы не попасть в осаду), увез с собой. Теперь ему А.А. Эбергард как опытный штабной работник оказался более нужен в Мукдене.
Только до "Цесаревича" никому уже не было дела. Он по-прежнему оставался под временным командованием старшего офицера, который, конечно, не мог в должной мере препятствовать начавшему в период командования флотом В.К. Витгефта "растаскиванию" экипажа корабля на береговые потребности. Все словно забыли, что кораблю, не имевшему даже той боевой подготовки, что была на кораблях эскадры, скоро придется возглавить флот в бою.
Период общего подъема надежд, энтузиазма, уверенности в себе и готовности на равных сразиться с японцами, как это было до гибели С.О. Макарова на "Петропавловске" вместе с кораблем, сменился уже до конца не покидавшим эскадру унынием и упадком боевого духа. И все это сумел в считанные недели совершить второй любимец генерал-адъютанта Алексеева контр-адмирал В.К. Витгефт (1847–1904).
