С вводом в строй линкора третьей серии «Эльзас» и модернизированных линкоров типа «Бранденбург», а с другой стороны, с передачей «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» в состав 1-й эскадры 2-я эскадра осталась в своей прежней численности из шести кораблей.
Вновь возобновившаяся реорганизация флота в этот раз только в небольшой мере снова коснулась линкора «Кайзер Фридрих III». Она выразилась в передаче от него функции флагманского корабля эскадры вновь построенному линкору «Прёйссен» и переходу корабля в состав 1-й эскадры, где линкор стал флагманским кораблём младшего флагмана.
Эти изменения полностью осуществили к 1 октября. На пост младшего флагмана 1-й эскадры назначили капитана 1-го ранга Поля (офицер морского генерального штаба капитан- лейтенант Крах).
В октябре 1905 г. корабли эскадры проводили подготовку по программе одиночного корабля. Впервые в распоряжение флота передали две флотилии миноносцев, чтобы период содержания их в готовности к использованию продлить и на зимние месяцы.
Так называемая «учебная» флотилия миноносцев под командованием корветтен-капитана Нордмана имела задачу обучать новый командный и рядовой состав. В то время как «тактическая» флотилия под командованием корветтен-капитана Мааса имела задачу в текущем году больше заниматься практикой с уже обученным командным и рядовым составом и возможно больше действовать совместно с флотом.
В ноябре соединение флота в составе 1-й эскадры и крейсеров совершило поход в Балтийское море, в то время как 2-я эскадра осуществляла мероприятия по вводу в строй и подготовку по программе одиночного корабля для построенных линкоров.
В начале декабря все три соединения действующего линейного флота раздельно совершали выходы в Балтийское море, провели ещё одно крупное учение и 12 декабря вновь соединились в Данциге. Совершенное по приказу адмирала фон Кёстера возвращение в Киль снова использовали для проведения тактических учений. В нём также приняла участие «тактическая» флотилия миноносцев. В Киле обе флотилии миноносцев распустили, а крупные корабли вернулись в места своего постоянного базирования.
На баке "Кайзера Барбаросса”
1906 г.
Как и прошедший, 1906 г. проходил привычным порядком. В начале года произошли некоторые изменения в корабельном составе флота. В январе после окончания модернизации и ходовых испытаний в состав 2-й эскадры снова вошёл «Курфюрст Фридрих Вильгельм», и на его борту поднял свой флаг младший флагман.
Когда в начале марта новый линкор третьей серии «Гессен» также занял место в составе 2-й эскадры, впервые, в соответствии с законом 1898 г. о флоте, обе эскадры полностью состояли из новейших или, по крайней мере, модернизированных кораблей. В её составе ещё не хватало числившегося отдельно флагманского корабля флота, поскольку «Кайзер Вильгельм II» лишь тактически всё ещё относился к 1-й эскадре. В начале июля в составе 2-й эскадры «Вёрт» сменили новым линкором третьей серии «Лотаринген».
Важную инициативу проявил кайзер Вильгельм II. Она состояла в том, что в марте только для экипажа флагманского корабля флота император учредил фонд в 15000 марок, проценты от которого должны были идти для его офицерского и рядового состава.
Более существенные изменения произошли в соединении разведывательных кораблей. В апреле новым флагманским кораблём соединения вместо броненосного крейсера «Фридрих Карл» стал броненосный крейсер «Йорк», в то время как новый броненосный крейсер «Роон» втупил на место выведенного из строя броненосного крейсера «Принц Генрих» и стал флагманским кораблём младшего флагмана. Среди лёгких крейсеров недавно построенный «Любек» являлся первым турбинным крейсером германского флота.
В 1906 г. ставшая уже привычной учебная деятельность действующего линейного флота становилась всё более обширной и многосторонней. Подготовка по программе одиночного корабля сменялась постоянными учениями в составе соединения и эскадры и продолжалась до состоявшихся с 13 мая по 8 июня в Северном море первых в этом году манёвров всего флота, закончившихся походом вокруг мыса Скаген.
Учебные походы весной (с 8 мая по 7 июня) в Северном море и летом (с 12 июля по 10 августа) в Северном и Балтийском морях прошли без особых происшествий. В середине июля 1906 г. предприняли длительный летний поход действующего линейного флота, сначала в среднюю, а затем в северную часть Северного моря к берегам Норвегии. Во время этого похода корабли 1-й эскадры во главе с флагманским линкором «Виттельсбах» и учебной флотилией миноносцев заходили сначала в Мольде, затем в Берген, 2-й эскадры в Аальзунд, затем в Дронхейм. В ходе похода «Кайзер Фридрих III» посетил с 20 по 26 июля Мольде, а с 27 июля по 2 августа Берген.
Салют на Кильском рейде
21 июля у Мольде «Кайзер Вильгельм II» и корабли 2-й эскадры встретили и приветствовали пароход «Гамбург» компании «Хапаг», на борту которого в этот год кайзер проводил северный круиз в сопровождении лёгкого крейсера «Лейпциг». Во время своего посещения флагманского корабля флота кайзер от имени собравшихся командиров кораблей поблагодарил уходящего осенью в отставку командующего флотом гросс-адмирала фон Кёстера за его заслуги перед германским военно-морским флотом. В своей очень выразительной речи кайзер охарактеризовал его как «rocher de Ьгопсе» (бронзовый рыцарь) германского флота.
Первоначально возвращение в отечественные воды предполагали начать 1 августа. Но затем, по приказу кайзера, его перенесли на 4 августа с тем, чтобы 3 августа встретить день рождения короля Норвегии Хаакона VII (к тому времени ему присвоили звание почётного адмирала германского военно-морского флота), а салютом и флагами расцвечивания поздравить его.
Возвращение флота в Германскую бухту происходило через Северное море, и у Гельголанда продолжились учения, в которых также принял участие новый броненосный крейсер «Роон». 15 августа флот снова был в Киле. Уже через несколько дней после возвращения из летнего похода, с 22 по 24 августа состоялись манёвры с высадкой десанта в Эккернфёрдской бухте совместно с учениями по блокаде укреплений Киля, в которых активное участие принял «Кайзер Карл дер Гроссе».
Затем действующий линейный флот начал подготовку к осенним манёврам 1906 г., которые длились с 26 августа по 14 сентября. Манёвры 1906 г. были непродолжительными, и «Кайзер Фридрих III» принимал в них активное участие.
На время осенних манёвров 1906 г. действующему линейному флоту дополнительно подчинили устаревшие броненосцы береговой обороны (теперь корабли-базы резервной эскадры) «Фритхоф» и «Аэгир», корабль защиты рыболовства «Цитен», учебный корабль «Грилле», минный транспорт «Пеликан» и госпитальное судно «Ганза».
Приданные линейному флоту миноносные силы (согласно «высочайшему распоряжению» от 27 августа 1906 г., дивизионы были переименованы в «полуфлотилии») в этот раз впервые состояли из трёх флотилий. В их состав передали ещё совсем недавно находящиеся в составе флота учебную флотилию миноносцев (начальник корветтен-капитан Нордман, флагманский миноносец S-102) в составе 4-й и 5-й полуфлотилий и манёвренную флотилию (начальник капитан-лейтенант Кётнер, флагманский миноносец D-5) в составе 1 -й и 6-й полуфлотилий.
Впервые в осенних манёврах принимал участие дивизион минных тральщиков (командир дивизиона капитан-лейтенант Мост, флагманский тральщик S-25). Сначала дивизион состоял из 9, затем 10 кораблей.
Во время короткой паузы с 31 августа по 3 сентября гостем германских моряков стала шведско-датская эскадра, на что все обратили особое внимание, так же как и на последовавшее вслед за этим (с 3 по 9 сентября) посещение русской эскадрой Киля.
Продолженные с 3 по 14 сентября маневры закончились без чрезвычайных происшествий. Вечером последнего дня учений все экипажи кораблей флота, проходящих в устье реки Эльба мимо флагманского линкора «Кайзер Вильгельм II», приветствовали троекратными криками «Ура!» уходящего в отставку командующего флотом гросс- адмирала фон Кёстера. 14 сентября в Брунсбюттеле на борту флагманского корабля состоялся разбор учений, а 15 сентября корабли разошлись по портам своего постоянного базирования, кто в Киль, кто в Вильгельмсхафен.
Сразу после окончания манёвров «Кайзер Фридрих III» перешёл на имперскую верфь в Вильгельмсхафене. где его начали готовить к выводу из состава флота. 30 сентября закончилась почти 7-легняя активная служба линкора «Кайзер Фридрих III» в составе флота. Его систершип «Кайзер Барбаросса» вступил на его место в составе 1-й эскадры.
“Кайзер Карл дер Гроссе” выходит в море
В осенний период обычная смена командного состава в персональном отношении вылилась в значительные изменения личного состава и командования. 26 сентября гросс-адмирал фон Кёстер спустил свой флаг, поступил сначала в распоряжение кайзера, но вскоре вышел в отставку. На его место назначили адмирала принца Генриха Прусского, являвшегося в то время главным командиром портов Балтийского моря.