28 апреля 1943 года личный конфликт между Мессершмиттом и Липпишем вылился в разрыв. Abteilung L был расформирован. Основной причиной для разрыва послужило упрямое нежелание Липпиша установить на Me 163B обычный авиационный двигатель. Надо также учитывать, что сам Мессершмитт, имевший в своем портфеле два перспективных проекта Me 210 и Me 262, желал бы видеть Me 163 также своей разработкой, или не иметь к ней никакого отношения вообще. Липпиш вместе с несколькими своими сотрудниками, работавшими с ним вместе еще в DFS, перебрался в Luftfahrforschung Wien (Институт воздухоплавания в Вене), где продолжил работу над своими бесхвостыми машинами.
В мае 1943 года в RLM приняли решение о том, что фирма Klemm в Бёблингене закончит под руководством Вилли Мессершмитта первую партию «Комет», а затем продолжит выпуск этих самолетов уже самостоятельно. До этого времени на предприятиях Мессершмитта в разной степени готовности находились 23 «Кометы». Необходимо было освободить место для наращивания выпуска остро необходимых истребителей Bf 109 и Bf 110. 23 мая 1943 года из Рейхсминистерства пришло указание отстранить Клемма от руководства выпуском «Комет», а на его место назначить доктора Венца. Клемм, фанатичный пацифист, был против того, чтобы выпускающиеся его фирмой самолеты использовались в качестве боевых машин. Предельным компромиссом для него был выпуск учебных самолетов для люфтваффе.
Шпете в разговоре с новым директором предприятия получил заверение в том, что фирма готовится к выпуску самолетов. Завод № 2, находящийся на Зиндельфингерштрассе, должен был выпускать фюзеляжи и крылья, а выпуск других узлов планировалось наладить на других предприятиях: Flettner, Focke-Achsnels, Wolf Hirth, Shemp & Boser. Бронированный нос фюзеляжа делали румыны, бензобаки поставляло предприятие из Коттбуса (Хотебужа), а гидравлическое шасси — из Зонненберга. Окончательная сборка проводилась на заводе № 1 Клемма на Кальверштрассе. Как сообщал директор Венц, основную рабочую силу на заводе составляли девушки, угнанные из Советского Союза.
Шпете потребовал подготовить трех пилотов, которые должны были облетывать новые машины. Этими пилотами стали: Вуа, Першалль и Лам. Они проходили обучение в составе ЕК 16 летом 1943 года.
В то время несколько Me 163 без двигателей проходили испытания в Пенемюнде. Другие машины в это время летали в Регенсбурге: VI служил для испытаний тормозного парашюта, V2 — для наземных испытаний вооружения и других узлов, V3 — для испытаний двигателя на заводе Walter6 V4 с двигателем R II-203 — для испытаний радиооборудования в полете, V7 — для испытаний пушки МК 108, a V8 (также оснащенный мотором R II-203) летал в Пенемюнде, испытывая вооружение и радиостанцию.
Постоянная неопределенность с двигателем Вальтера заставила конструкторов Me 163 искать другие двигатели.
На Me 163B (V10) планировалось установить ракетный двигатель BMW Р.3330А. Этот двигатель был создан на фирме BMW в качестве альтернативы двигателю Вальтера. В реестре RLM баварский двигатель обозначался как RLM 109–510. Для Me 163C был создан вариант двигателя с двумя камерами сгорания (Р.339 °C/3391; RLM 109-708А). Тяга двигателя изменялась в пределах от 600 до 2500 кг.
На Me 163B V11 и V12 планировалось установить двигатель Argus 109–014, который позднее использовали на «Фау-1». Однако эти планы осуществить не удалось, и оба прототипа простояли без дела в ожидании лучшего времени.
24 июня 1943 года Me 163V21 (VA+SS) совершил первый полет с «горячим» двигателем HWK 109–509 (RII-211). Во время полета на прототипе не стояли ни закрылки, ни хвостовое колесо. Этот полет во многом определял дальнейшую судьбу проекта. В случае провала можно было ожидать свертывания всей программы.
Два снимка, иллюстрирующих способ перевозки «Кометы» в железнодорожном вагоне.
Первый полет лично наблюдал профессор Липпиш, который уже не занимался этим самолетом. Пилотировал самолет Р. Опиц. Во время разбега пилот слишком резко попытался набрать высоту, в результате самолет совершил подскок. При ударе о землю отлетела колесная тележка, и Опиц продолжил разбег на полозе. В итоге V21 все же поднялся в воздух. Вскоре самолет достиг уровня облачности на высоте 2200 м. На этой высоте пилот сделал круг с включенным двигателем, а, исчерпав запасы топлива, пошел на посадку в режиме планирования. После посадке Опиц доложил, что в кабине было невозможно дышать из-за топливных испарений. Испарения даже проникали через летные очки, из-за чего сильно слезились глаза. Несмотря на все эти проблемы полет в целом признали успешным. Вальтер наконец-то сделал то, что обещал. Можно было начинать серийное производство «Комет». Мильх, который также присутствовал во время полета, на обратном пути в Берлин беседовал со Шпетом, желая узнать, есть ли смысл продолжать работу над Me 163 или лучше все силы сконцентрировать на доводке Me 262. Шпете сказал, что результаты прошедшего испытания говорят о перспективности машины. По мнению Шпете следовало осуществить давнишний план и построить 200 боевых Me 163. Но при этом Шпете горячо поддержал и Me 262, сказав: «…если я поддерживаю Me 163 на 100 %, то Me 262 я поддерживаю на все 300 %».
Опиц почти ежедневно летал на V21, каждый раз увеличивая объем топлива на борту. Ему удалось подняться выше 12000 метров, причем от дальнейшего набора высоты его удержало лишь отсутствие гермокабины.
Тем временем Пёс готовил еще двух пилотов: Талера и Лангера.
К моменту первого взлета Me 163B на ракетном двигателе, ЕК 16 насчитывал в своих рядах следующих пилотов: В. Шпете — командир, Пёс — адъютант, Талер — офицер техслужбы, Опиц — ответственный за полеты, капитан Отто Бёнер — второй офицер техслужбы. Командиром 1-й эскадрильи был капитан Роберт Олейник. Всего отряд насчитывал около 30 пилотов. В числе прочих в ЕК 16 служили: обер-лейтенант Франц Медикус, лейтенант Фриц Кельб, лейтенант Ганс Ботт, лейтенант Франц Рёсле, лейтенант Мано Циглер и фельдфебель Рольф Глогнер.
В начале июля 1943 года Me 163V21 оснастили хвостовым колесом и посадочными закрылками.
24 июля 1943 года руководство люфтваффе снова нанесло визит в Рехлин. Делегацию возглавлял сам Герман Геринг. ЕК 16 продемонстрировало Me 163 А в полете (пилот Йоши Пёс). В воздух поднялся и единственный оснащенный двигателем Me 163B (V21) (пилот Рудольф Опиц), а также Me 262 (пилот-испытатель Вендель). Поскольку число демонстрируемых самолетов было велико, каждой машине уделялось не более 2 минут времени. Во время полета Me 163B Геринг задавал множество вопросов, в основном о скоростных характеристиках машины.
17 августа 1943 года 126 американских бомбардировщиков В-17 нанесли удар по заводам Мессершмитта и Клемма. Ущерб был ощутимый. Только на заводе Клемма было уничтожено 11 готовых «Комет». Была уничтожена также одна сборочная линия Bf 109. Этот налет заставил приостановить выпуск самолетов на заводе Клемма. Представители Мессершмитта практически перестали появляться там, поскольку все они требовались для восстановления собственного предприятия.
В ту же ночь 597 английских бомбардировщиков бомбили Пенемюнде. Хотя ЕК 16 не понес потерь в ходе налета, командование решило передислоцировать часть в более безопасное место. Таким местом сперва избрали Анклам, а затем Бад-Цвишенан в районе Ольденбурга. Передислокация уже сама по себе привела к задержке дальнейших испытаний, а отсутствие оборудованного аэродрома в Бад-Цвишенан лишь увеличило паузу в полетах.
К моменту прибытия в Бад-Цвишенан ЕК 16 насчитывал около 150 человек, в том числе 5 пилотов-инструкторов и 23 пилотов-курсантов.
Подготовка пилотов Me 163 шла в несколько этапов. Сначала они осваивали полет на планерах Kranich. Освоив базовые навыки полетов на планере, курсанты пересаживались на планер Habicht с размахом крыльев 13,6 м. Затем они осваивали планер Habicht с размахом крыльев 8,0 м, и, наконец, планер Stummel Habicht с размахом крыльев 6,0 м. Посадочная скорость этого планера составляла 100 км/ч и приближалась к посадочной скорости «Кометы». Совершив около ста полетов на планерах, курсанты приступали к полетам на Me 163А. Посадочная скорость у «Кометы» составляла 150 км/ч. Главной задачей на этом этапе обучения было отработка точной посадки на планере с большой посадочной скоростью.
После того, как летчик полностью осваивал полеты на Me 163 в режиме планера, ему давалась возможность взлететь на машине, оснащенной двигателем.
Ме 163А-0, на который командир 13/JG 400 Нимайер устиповил ракеты R4M.
Далее шли учебные полеты на планерной версии Me 163B. Боевая модификация «Кометы» была тяжелее учебной, со всеми вытекающими отсюда последствиями. И лишь в конце начинались полеты на Me 163B с двигателем. К этому этапу пилоты приступили лишь в начале 1944 года, когда были готовы первые Me 163B-0.
В августе 1943 года Шпете провел переговоры с командиром JG 2, майором Ёзау. Шпете имел приказ сформировать две боевые части на Me 163 в Венло и Делене. Обе части должны были подчиняться штабу JG 2. Разговор касался вопросов организации и снабжения. Позиции Шпете были слабыми, ему приходилось отстаивать интересы части, которая еще не имела ни одного самолета.
