Тем не менее, рабочий план с немецкой пунктуальностью расписывал ход проектных работ, словно не было никакой войны и не было бесчисленного количества проблем. Например, в январе 1945 года план предусматривал завершение предварительных проектных работ и постройку модели для испытаний в аэродинамической трубе. Выяснилось, что самолет имеет асимметричную аэродинамику, то есть воздушные потоки на одном крыле располагаются иначе, чем на другом. Параллельно велись работы над вооружением самолета. RLM предложило, чтобы Ju 635 был вооружен четырьмя пушками MG 151/20, размещенными в фюзеляже и защищающими заднюю полусферу. Альтернативный проект предусматривал установку дистанционно управляемых турелей FDL 151Z, FDL-B или FDL–C с такими же пушками. Кроме того, самолет должен был нести и наступательное вооружение.
В письме от 17 января Циндель высказался против таких планов, поскольку они бы резко ухудшили летные качества машины. В качестве основного средства защиты от союзнических истребителей Циндель предлагал использовать преимущество в скорости и большой запас хода, позволявший легко уходить из зоны действий авиации противника. Например, разведывательные самолеты «Mosquito» заслужили репутацию несбиваемых, а ведь Ju 635 мог обогнать «Москита». Кроме того, Циндель предложил использовать на самолете вместо бензина В4 с октановым числом 87 бензин СЗ с октановым числом 100. Это позволило бы поднять мощность двигателей и значительно повысить летные характеристики самолета. Однако в RLM ответили, что бензин СЗ в настоящее время недоступен. Вместе с тем было разрешено сохранить катапульты кресел экипажа. Вскоре стало ясно, что проект Ju 635 зашел в тупик. Желая получить с него хоть что-то, RLM разрешило продать Японии лицензию, на Ju 635. Самолет произвел на японцев огромное впечатление. 18 января 1945 года должна была состояться передача комплекта документации. Однако промышленность Страны Восходящего Солнца находилась к тому времени в таком удручающем состоянии, что просто не смогла бы наладить выпуск такого сложного самолета. 5 февраля 1945 года программу официально закрыли. Профессор Гертель получил сравнительные данные по Ju 635/4, Huetter Hu 211 и Ju 488. Ju 635 заметно проигрывал конкурентам. Это обстоятельство стало последним гвоздем в крышку гроба проекта Ju 635.
Прототип Do 335V1 сверху (борта и верх фюзеляжа, верхние стороны крыльев) был выкрашен краской RLM 71 Dunkelgruen. Снизу (нижняя сторона фюзеляжа и крыльев) была покрашена краской RLM 65. Винты вместе с обтекателями втулки в соответствии с правилами были покрыты краской RLM 75 Schwarzgruen.
Последующие прототипы и серийные машины имели стандартный заводской камуфляж. Верхние и боковые стороны самолета покрывали пятнами красок RLM 71 и RLM 70. Пятна были регулярные и имели границу плавного перехода шириной около 2,5 см. Такой же плавный переход имелся и на границе с нижним камуфляжем, который представлял собой сплошной фон RLM 65. Такую окраску имел Do 335V3, у которого краской RLM 65 был дополнительно выкрашен нижний киль. Следующие машины вплоть до V9 (кроме V4 и V5) окрашивались также, но оба киля у них несли верхний камуфляж. Лишь у V7 и, возможно, V6, нижний киль был окрашен как у V3. Следует заметить, что камуфляж Do 335 соответствовал камуфляжу, применяемому в бомбардировочной и разведывательной авиации.
В июле 1944 года RLM в качестве стандартных ввело краски серии 80. Основным цветом для нижних поверхностей стал RLM 76 Lichtblau. Изготовителям направили письменные описания новых камуфляжных схем, но цветные образцы отсутствовали. Кроме того, запасы старых красок следовало использовать до конца. Так появились нестандартные и смешанные камуфляжи, состоявшие, например, из цветов RLM 71 и 81 или RLM 70 и 80.
Поскольку официальных образцов цветов 80-й серии до сих пор не обнаружено, о их точном оттенке можно лишь догадываться. Очевидно, заводы так и не получили цветных образцов, поэтому все красили самолеты красками, лишь примерно соответствующими утвержденным образцам. Считается, например, что RLM 81 — это цвет с доминирующим коричневым оттенком и называется Braunviolett, в то время как RLM 82 светлее на два тона и имеет выраженную зелень — Dunkelgruen. В отношении Do 335, новые краски попросту заменялись старыми RLM 70 и RLM 71, сохраняя новый рисунок камуфляжа. Такой камуфляж несли серийные машины, а также прототипы V4 и V5.
Анализ оригинальной краски сохранившегося до наших дней самолета Do 335A-02 (пренебрегая тем обстоятельством, что за прошедшие десятилетия цвет краски мог измениться непредсказуемым образом, тогда как по воспоминаниям пилотов цвета машин заметно менялись уже через несколько дней с начала эксплуатации) показывает, что пятна верхнего камуфляжа представляют собой темный и более светлый оттенки зеленого. Что интересно, этот факт подтверждается официальной инструкцией по окраске Do 335, в которой обе краски RLM 81 и 82 характеризуются словом Dunkelgruen, т. е. темно-зеленая. Впрочем, есть вероятность, что такая интерпретация была характерна только для завода Dormer.
Чтобы еще больше запутать читателя, скажем несколько слов о краске RLM 83, которая в документах RLM от августа 1944 года характеризуется как… «темная краска». Благодаря анализу дошедших до нас документов удалось определить, что RLM 83 — это зеленая краска, несколько темнее, чем RLM 82. Возможно, что Do 335A-02 нес камуфляж RLM 82/83. Некоторые авторы безапелляционно заявляют, что Do 335 нес камуфляж 81/82, не приводя в доказательство этого ни одного документа.
Сомнения вызывает и цвет нижнего камуфляжа. В упомянутой выше инструкции нижние поверхности самолета следовало покрывать краской RLM 65. Эта краска практически никогда не использовалась совместно с красками 80-й серии. Ее заменила краска RLM 76. Но нельзя исключить возможности того, что некоторые Do 335 были снизу выкрашены краской RLM 65.
Опознавательные знаки (балочный крест — Balkenkreuz и свастика — Hakenkreuz) наносились на фюзеляж, киль и обе стороны крыльев. Кресты на фюзеляже были упрощенные и представляли собой белые уголки. На самолетах Do 335V1-V6 размах плеч креста составлял 1000 мм, а, начиная с V7 и до М14, увеличился до 1250 мм. На серийных самолетах крест снова уменьшили до 1000 мм. На верхней стороне крыльев кресты все время были упрощенные с размахом плечей 1000 мм. На нижней стороне крыльев кресты изображались полностью, то есть были черными с толстой белой обводкой и тонким черным кантом. У прототипов размах плеч составлял 1525 мм, а у машин А-0 нижние кресты стали того же размера, что и верхние.
Свастика на верхнем киле имела плечи размахом 535 мм и представляла собой лишь белую окантовку. У самолета Do 335M13 свастика на киле была необычного типа — вписанная в квадрат темного цвета (вероятно, RLM 70) со стороной 575 мм. У этого самолета была еще одна особенность — законцовки крыльев были с нижней стороны выкрашены в другой цвет. Вероятно, это был желтый или красный цвет. Несмотря на множество фотографий точно определить цвет невозможно. Мы склоняемся к мнению, что законцовки крыльев в действительности вовсе не были окрашены и оставались цвета дюраля, что на черно-белых фотографиях могло создать эффект более темного, чем RLM 65 цвета. В пользу нашего мнения говорит тот факт, что на законцовках крыльев отчетливо видны зашпаклеванные клепаные швы.
Некоторые самолеты, попавшие в руки союзников в недоделанном состоянии, оставались неокрашенными. Ис ключение составляли кили. Следует упомянуть о самолете Do 335A-12 (RP+UB, W.Nr. 240112), у которого нижняя сторона оставалась неокрашенной. Вероятно, покрасить самолет не хватило времени.
Бортовой код (Stemmkennzeichen) наносились на фюзеляж и нижнюю сторону крыльев. Код представлял собой буквы черного цвета и высотой 560 мм (фюзеляж) или 600 мм (нижняя сторона крыльев). У самолетов с более крупными крестами на фюзеляже, литеры кода были увеличены до 760 мм. Код наносили водорастворимой краской, что позволяло при необходимости быстро изменить код. К сожалению, код быстро стирался в ходе эксплуатации, и у многих самолетов его едва можно различить на фоне темного камуфляжа. Некоторые самолеты не несли бортового кода вообще. На прототипах (не всех) на нижнем киле белой краской обозначался номер прототипа (V8, V9 и т. п.). Предсерийные и серийные самолеты на верхнем киле несли три последние цифры своего серийного номера. Цифры наносили белой краской над свастикой. У некоторых прототипов, поменявших код «V» на «М», на месте трех последних серийных цифр наносился код, включавший в себя одну или две последние цифры серийного номера и номер в системе «Muster». Например, у Do 335A-1 (МЗ, W.Nr. 240161) значилось на хвосте 1/3, а самолет Do 335M18 (W.Nr. 240314) нес код 14/18. У некоторых самолетов номер в системе «Muster» указывался на нижнем киле.
Ничего не известно об окраске самолета Do 335V10/M10, прототипа ночного истребителя А-6, действовавшего в составе I./NJG 3. Скорее всего самолет нес стандартный камуфляж ночной истребительной авиации в виде небольших пятен RLM 74 или 75, нанесенных пульверизатором поверх фона RLM 76, который покрывал весь самолет целиком. Пятна же наносились на верхнюю сторону фюзеляжа и крыльев. О бортовом номере самолета можно только догадываться, начинался он на «D5» — префикс I./NJG 3. Не исключена возможность того, что самолет носил старый камуфляж, нанесенный еще на заводе. Возможен вариант камуфляжа, характерный для истребителей Do 217J/N, представлявший собой крупные пятна RLM 74 и 75 на верхней стороне фюзеляжа, крыльев и оперения, постепенно переходящих в мелкие пятна по бортам фюзеляжа. Базовый цвет камуфляжа — RLM 76. Радиопозывной самолета в тот период CP+UK.