Относительно низкие потери «ягдваффе» в первые месяцы войны привели к тому, что заводы, выпускавшие Bf 109, продолжали работать в одну смену – фактически в режиме мирного времени. За IV квартал 1939 г. было выпущено 449 таких самолетов, что довело годовой выпуск до 1540 машин. Самолеты ранних модификаций были практически полностью вытеснены Bf 109Е, а «временные» группы взамен «сто девятых» получили двухмоторные Bf 110.
Зимне-весеннее затишье на Западном фронте закончилось 10 мая 1940 г., когда развернулось полномасштабное наступление вермахта, разворачивавшееся в полном соответствии с теорией «молниеносной войны» – блицкрига. К тому моменту Люфтваффе располагали 1346 Bf 109, из них 1076 боеготовых (одномоторных истребителей других типов в строю уже не осталось), из них 1106 находилось в составе действовавших на Западе 2-го и 3-го воздушных флотов. Подавляющее большинство их относилось к модификации Bf 109Е. Им противостоял 1151 истребитель союзников. То есть в количественном отношении силы были примерно равными – но не в качественном. Бельгийские бипланы CR.42 и британские «Гладиатор», голландские монопланы «Фоккер» D.21 и французские «Моран-Солнье» MS.406 и в подметки не годились «мессершмиттам». С огромным трудом могли тягаться с Bf 109 «Харрикейны» и «Кертиссы» Н75 (последние находились на вооружении ВВС Франции). К тому же истребительная авиация союзников была раздроблена на множество мелких частей. Люфтваффе же сосредоточили большинство истребителей в двух кулаках: 2-м и 3-м истребительных командованиях, входивших соответственно во 2-й и 3-й воздушные флоты.
Каждое из них объединяло по семь групп и насчитывало более 300 Bf 109Е. Такое решение позволяло создавать подавляющее превосходство на ключевых участках фронта, завоевывая господство в воздухе.
Начало массированных наступательных операций привело к возрастанию собственных потерь – 10 мая «ягдваффе» лишилась 29 Bf 109, еще 10 одномоторных истребителей было потеряно на следующий день. Но преимущество Люфтваффе было неоспоримым. День 14 мая в германских военных хрониках заслужил звания «дня истребителя»: только в воздушных боях, главным образом в районе Седана, было уничтожено 43 самолета противника (правда, четыре победы не были подтверждены). Наибольший вклад в успех сделали пилоты группы I/JG 53, сбившие над Седаном 15 бомбардировщиков и два истребителя. К вечеру того дня безвозвратные потери авиации британского экспедиционного корпуса достигли 268 самолетов, а к концу второй декады мая ВВС союзников во Франции были полностью дезорганизованы. Лишь ввод в бой новейших «Спитфайров» позволил английским летчикам на равных сражаться с «мессершмиттами». Увы, сделано это было слишком поздно, и единственное, что успели сделать «Спитфайры», – это прикрыть эвакуацию британского экспедиционного корпуса из Дюнкерка… Именно над Дюнкерком «ягдваффе» впервые с начала войны столкнулась с серьезными проблемами, обусловленными прежде всего недостаточным радиусом действия Bf 109. Хотя командование и постаралось перебазировать некоторые истребительные группы поближе к району боевых действий, все же «мессершмитты» могли патрулировать над Дюнкерком весьма ограниченное время.
В общей сложности в ходе блицкрига на Западе (с 10 мая по 1 июля 1940 г.) безвозвратные потери Люфтваффе составили 257 Bf 109, еще 150 одномоторных истребителей пришлось отправить в ремонт. Но передышки не последовало – практически сразу же Люфтваффе включились в сражения с Королевскими ВВС над Ла-Маншем и Англией – знаменитую «битву за Британию». По состоянию на 29 июня «ягдваффе» насчитывала 1107 Bf 109 (856 исправных), а в начале следующего месяца ее соединения прошли серьезную реорганизацию и были приведены к единому стандарту: теперь истребительная авиация была сведена в девять эскадр (JG 2, 3, 26, 27, 51, 52, 53, 54 и 77-я), каждая из которых имела три группы и штабной отряд. Некоторые соединения (например, эскадра JG 53) были отведены на отдых, оставшиеся же поначалу патрулировали западное побережье Франции и воздушное пространство над Ла-Маншем. Инструкторская группа l(J)/LG 2 первой приступила к полетам на «свободную охоту» над самой Англией. Июльские бои принесли «ягдваффе» целый ряд новых побед – одна только эскадра JG 51 записала на свой счет 99 сбитых самолетов противника. Но и собственные потери в схватках со «Спитфайрами» были довольно ощутимыми. К тому же британская авиационная промышленность, работавшая с предельным напряжением сил, с лихвой перекрывала потери, германская же функционировала фактически в режиме мирного времени: в июле 1940 г. было выпущено 496 «Харрикейнов» и «Спитфайров», a Bf 109 – лишь 182, в августе – соответственно 549 и 160.
Особенно горячо в небе над Англией стало в августе. С 13 августа Люфтваффе начали операцию «Адпертаг» – массированные удары по британским аэродромам с целью разгромить авиацию противника. Обе стороны действовали с предельным напряжением сил, причем потери «ягдваффе» постоянно росли: 15 августа над Англией было сбито 5 Bf 109,16-го – 12,18 августа из вылетов не вернулись уже 15 «сто девятых». Более того, истребители во многих случаях не смогли обеспечить надежное прикрытие бомбардировщиков. Bf 109 элементарно не хватало дальности – самолет с полной заправкой едва мог достичь Лондона, а подвесные топливные баки внедрялись крайне медленно. Как известно, «Адлертаг» цели не достиг – Истребительное командование Королевских ВВС сохранило свою боеспособность. В дальнейшем роль одномоторных истребителей в боях над Англией постоянно возрастала – предназначенные на роль дальних истребителей сопровождения двухмоторные Bf 110 сами оказались неспособными действовать без прикрытия Bf 109.
Одной из главных форм боевых действий в ходе «битвы за Англию» стали групповые схватки между истребителями, разворачивавшиеся в диапазоне высот от 3000 до 9000 м. Они отличались большой продолжительностью и упорством. Британские истребители сражались над своей территорией, их аэродромы находились гораздо ближе к району боев – следовательно, у пилотов «Харрикейнов» и «Спитфайров» оставалось больше времени для патрулирования в воздухе и ведения боя. К тому же британцы не были скованы сопровождением своих бомбардировщиков и имели поддержку с земли благодаря наличию хорошо организованной сети связи и управления и многочисленных радиолокационных станций. «Ягдваффе» пыталась противопоставить этому лучше отработанное управление в воздухе, умение концентрировать силы на решающих направлениях, хорошую подготовку и большой боевой опыт как командного, так и рядового состава. Среди командиров групп и эскадр была проведена ротация – на эти должности выдвинули молодых лидеров истребительной авиации, добившихся значительных успехов в воздушных боях. Но, несмотря на предпринимаемые усилия, Германия первой не выдержала напряжения. С середины июля до конца октября 1940 г. потери в «битве за Англию» составили 610 Bf 109 и 235 Bf 110, а британцы лишились 631 «Харрикейна», 403 «Спитфайров» и 138 истребителей других типов. Если учитывать только схватки между одномоторными истребителями, то за каждые три сбитых британских самолета Люфтваффе платили двумя Bf 109. Но поскольку бои велись над Англией, то гибель «мессершмитта» означала и потерю летчика, в то время как многие из сбитых британских пилотов вскоре возвращались в строй. В сентябре из строя «ягдваффе» выбыло 23% летчиков, а во время блицкрига на Западе уровень ежемесячных потерь не превышал 6-8%. Еще более ощутимыми были потери в технике. Все это вынудило германское руководство отказаться от намерения «поставить Англию на колени» путем авиаударов.
Вторая мировая война поменяла свой характер – из «молниеносной» она перешла в затяжную. К тому же Германии пришлось вести бои сразу на нескольких театрах военных действий, что существенно ограничивало возможность маневра силами и концентрации соединений Люфтваффе. В то время как значительные силы авиации продолжали действовать над Англией и Ла-Маншем (хотя и не с таким размахом, как в предыдущие месяцы), с января 1941 г. германская авиация появляется над Средиземным морем и Балканами. В феврале Bf 109 дебютируют над Мальтой, а с 6 апреля действуют над Грецией и Югославией. Здесь немецким «сто девятым» довелось столкнуться в бою с однотипными самолетами – югославские ВВС получили из Германии порядка 70 таких машин. Но ни ВВС Югославии, ни греческая авиация, усиленная несколькими британскими эскадрильями, не смогли оказать достойного сопротивления Люфтваффе. Сосредоточив в Восточном Средиземноморье 8-й авиакорпус, в состав которого, помимо других частей, входили три группы Bf 109Е (II, III/JG 77 и l(J)/LG 2 – в общей сложности около 120 самолетов), германское командование успешно осуществило операцию «Меркурий», целью которой был захват Крита. «Мессершмитты» успешно действовали не только как чистые истребители, но и в качестве истребителей-бомбардировщиков, нанося удары по британским кораблям. С середины апреля 1941 г. в Ливии воевала группа J/JG 27, вооруженная приспособленными для действий в Северной Африке путем установки противопыльных фильтров самолетами Bf 109E-4/trop и Bf 109E-7/trop.