Воцарение императора Павла не отразилось на судьбе Голенищева-Кутузова; он сохранил свое служебное положение и даже приобрел доверие государя успешным исполнением его поручения – склонить Пруссию к союзу с Россией и Англией против Франции. В начале 1798 г. произведен в генералы от инфантерии, пожалован кавалером большого креста ордена Св. Иоанна Иерусалимского и назначен шефом Псковского пехотного полка; в 1799 г. назначен литовским генерал-губернатором, а в 1800 г. за искусное руководство маневрами награжден орденом Св. Андрея Первозванного.
По восшествии на престол императора Александра I Голенищев-Кутузов получил назначение санкт-петербургским военным губернатором, но в августе 1802 г. вызвал неудовольствие государя неудовлетворительным состоянием санкт-петербургской полиции и был уволен в свои поместья, где оставался до 1805 г., когда был поставлен во главе войск, двинутых в Баварию для совместных действий с австрийцами против Наполеона. В операциях своих Голенищев-Кутузов должен был подчиняться указаниям из Вены, откуда настойчиво требовали наступления и выручки Макка, окруженного под Ульмом. Имея в виду дальность расстояния и то, что армия его не была еще вполне сосредоточена, Голенищев-Кутузов вопреки этим настояниям принимает самостоятельное решение отступить. На предложение австрийцев удерживать Наполеона на каждом шагу Голенищев-Кутузов отвечает: «Если мне оспаривать у неприятеля каждый шаг, я должен буду выдерживать нападения, а когда часть войск вступает в дело, случается надобность подкреплять их, от чего может завязаться большое сражение и последует неудача».
Когда 15 октября обнаружилось наступление Наполеона на Браунау и Зальцбург, Голенищев-Кутузов отступил за реку Траун. Дальнейший план действий, высказанный им императору Францу, заслуживает особого внимания: «Отдать Вену французам, действовать неторопливо; сперва защищать переправы на реке Энсе, потом перейти на левый берег Дуная, не перепуская за собой неприятеля; соединить все разрозненные части союзной армии и, собравшись с силами, начать новую кампанию». Предлагая, таким образом, меру очень тяжелую – отдать Вену, Голенищев-Кутузов советовал преследовать цель более важную – сосредоточение сил, основной принцип военного искусства. Согласно желанию императора Франца было решено: русской армии держаться за рекой Энсом, а затем в предмостовом укреплении у Кремса до подхода подкреплений. Выдержав бой у Ламбаха, разрушив мосты на реке Траун, Голенищев-Кутузов 23 октября достиг реки Энса, заслонился укреплениями и рекой, но отход австрийцев у Штейна обнажил его левый фланг под удары Даву, Мармона и Бернадота. <...>
Тогда Голенищев-Кутузов вторично решается не исполнить приказания императора Франца – защищать предмостовое укрепление у Кремса во что бы то ни стало, – и 27 октября <...> сам переходит на левый берег Дуная. Это сохранило русскую армию, улучшило ее стратегическое положение и разрушило план Наполеона, который на следующий день стал свидетелем уничтожения дивизии Газана при Дюриштейне, результатом чего был переход корпуса Мортье на правый берег Дуная и вследствие этого безопасность правого фланга и тыла русской армии.
Однако 31 октября французы захватывают Вену и мост на Дунае, и кавалерия Мюрата, гренадеры Удино и корпуса Сульта и Ланна двигаются наперерез пути отступления Голенищева-Кутузова. Последний ставит целью своих действий соединение с армией Буксгевдена, бывшей на марше к Брюнну.
1 ноября он начинает отступление. <...> 4 ноября Багратион выдерживает в течение 8 часов удары 25 тысяч французов и пробивается к Голенищеву-Кутузову, армия которого 8-го соединяется с армией Буксгевдена у Прасница.
Таким образом, игнорируя нецелесообразные распоряжения австрийского правительства и поступая противно воле императора Франца, Голенищев-Кутузов неуклонно стремится к своей собственной цели, которой и достигает. Для этого необходим был не только крупный военный талант и выдержка, но и большое гражданское мужество. К сражению как акту большой важности Голенищев-Кутузов прибегает, только имея важную цель – уничтожение значительной части противника; для спасения армии он выбирает лучшего начальника; для достижения главного он решительно жертвует частным: «Хотя я и видел неминуемую гибель, которой подвергался корпус Багратиона, – писал Голенищев-Кутузов, – не менее того я должен был считать себя счастливым спасти пожертвованием оного армию». Верная оценка обстановки, строгий расчет с большой выдержкой и осторожностью, иногда хитрость, в необходимых же случаях настойчивость и бесповоротная решительность и мужество взять ответственность на себя – вот характерные качества Голенищева-Кутузова как полководца в эту кампанию.
Аустерлицкая операция является как бы диссонансом в деятельности Голенищева-Кутузова как главнокомандующего; необходимо, однако, отметить, что он не имел полной власти, был стеснен присутствием двух императоров и засилием австрийской стратегии, а во время сражения попал в странное положение, командуя сперва одной из колонн (4-й), а затем и бригадою. Аустерлицкое сражение по своему результату еще раз является доказательством того, что несогласие Голенищева-Кутузова с планом операции имело основанием более глубокий расчет, правильное понимание обстановки и верное представление о характере противника. Указание военных историков на недостаток у Голенищева-Кутузова гражданского мужества в полной мере проявить свою власть главнокомандующего и добиться того, что он считал необходимым, едва ли имеет основания: фактически власти главнокомандующего у Голенищева-Кутузова не было, и обстановка была такова, что настойчивая воля его не могла что-либо сделать.
Однако император Александр I возложил моральную ответственность за поражение на Голенищева-Кутузова и до конца сохранил к Голенищеву-Кутузову свое нерасположение. В Аустерлицком сражении Голенищев-Кутузов был ранен в третий раз в щеку.
В 1808 г. Голенищев-Кутузов состоит помощником главнокомандующего князя Прозоровского на театре войны с Турцией. В марте 1809 г. Голенищеву-Кутузову приказано овладеть Браиловом. 28 марта Голенищев-Кутузов выступает из Фокшан; 6 апреля он производит рекогносцировку путей к крепости и 8-го приступает к постройке укреплений; 11-го прибывают осадные орудия. Прозоровский решает, однако, взять крепость штурмом. Тщетно Голенищев-Кутузов указывает ему на несвоевременность штурма без подготовки его огнем.
Тогда Прозоровский решается на полумеру, – овладеть хотя бы одним только ретраншементом. Голенищеву-Кутузову приказано составить диспозицию. Он назначает 3 колонны. <...> Но левая колонна атакует раньше, и штурм отбит с потерей до 5 тысяч человек. Прозоровский падает духом, рыдает и рвет волосы. Голенищев-Кутузов не теряет бодрости духа. «Не такие беды бывали со мною; я проиграл Аустерлицкое сражение, решившее участь Европы, но не плакал». Однако различие во взглядах с главнокомандующим побуждает его в июне 1809 г. покинуть армию.
Он назначается виленским военным губернатором.
В 1811 г. Голенищев-Кутузов возвращается на театр войны с Турцией, но уже в роли главнокомандующего. Обстановка, при которой Голенищев-Кутузов вступил в командование армией на Дунае, была весьма неблагоприятной: <...> необходимо было добиться скорого заключения мира ввиду грозившего нашествия Наполеона. Приходилось или наступать, или оборонять линию Дуная почти на 1000 верст. Голенищев-Кутузов решает стянуть возможно больше сил к центру, Рущуку, и, придерживаясь обороны, вызвать турок на наступление и разбить их в открытом поле. <...> Во исполнение этого плана Голенищев-Кутузов стягивает войска к центру, Бухаресту и Рущуку, сокращая таким образом стратегический фронт, уничтожает укрепления Силистрия и Никополь, чтобы лишить турок этих опорных пунктов и не расходовать свои войска на их гарнизоны, переводит войска на левый берег Дуная и строит там батареи на случай, если не удастся купить турецкую флотилию, о чем ведет переговоры с виддинским пашою. В половине июня Измаил-бей (60 тысяч, 78 орудий) стал лагерем у деревни Кадаскиной. Голенищев-Кутузов с 15-ю тыс. человек переправляется через Дунай и 19-го располагается на позиции, по его выражению, «не совсем выгодной, но единственной», в 4-х верстах к югу от Рущука. <...> 19 июня 5 тысяч турок атакуют его, но отбиты. 22-го на рассвете они производят общее наступление. Голенищев-Кутузов строит пехоту в 2 линии каре и в 3 линии кавалерию. Турки вели бой очень активно, Первая атака их конницы была остановлена огнем артиллерии. Для поддержания правого фланга Голенищев-Кутузов высылает полк егерей, полк драгун и полк казаков. Егеря, рассыпавшись по опушке садов, своим огнем отбивают турок, драгуны ударяют им во фланг, <...> Голенищев-Кутузов очень искусно вел этот бой: умелое пользование артиллерией, пользование 2-й линией как резервом, обеспечение тыла и фланговая атака. Но особого внимания заслуживает применение егерей в рассыпном строю, который только в 1818 г. в «Правилах рассыпного строя» получает право существования. Донося об этой победе, Голенищев-Кутузов писал 3 июля военному министру: «Прежде еще окончания дела уверенность в победе была написана на их (солдат) лицах, Я во всяком видел истинный дух русских».