Зачастую машины получали серьезные повреждения именно во время этих операций.
Три крейсера — «Комет», «Корморан» и «Михель» — несли на борту своеобразное «вундерваффе» — легкие торпедные катера типа LS, спроектированные перед самой войной. Эти младшие братья знаменитых «шнелльботов» имели водоизмещение 11,5 т и развивали скорость 40 уз. По проекту они вооружались двумя 450-мм торпедными аппаратами и одной авиационной 20-мм пушкой MG151/20. Однако, поскольку торпедные аппараты калибра 450 мм в 1940 г. еще серийно не производились, чтобы не задерживать передачу катеров флоту, LS-2 и LS-3 вошли в строй в качестве минных заградителей, предназначенных для установки мин на входах в порты. Первый нес три магнитных донных мины типа ТМВ (общий вес 740 кг, заряд 540 кг), второй — четыре.
В качестве средств пассивной защиты на всех вспомогательных крейсерах устанавливалась аппаратура для постановки дымовой завесы, для которой имелось около 1000 литров дымообразующего состава. На вышедших во второй поход «Торе» и «Комете», а также «Коронеле» и «Шифф-5» устанавливались радары.
Радиоаппаратура на вспомогательных крейсерах являлась стандартной для Кригсмарине. Обеспечение связи на дальних расстояниях достигалось не увеличением мощности передающих устройств, что неизбежно привело бы к усложнению антенного и фидерного хозяйства, а за счет применения коротковолнового диапазона. Таким образом, мощность установленных на них передатчиков не превышала 800 Вт. Однако для рейдеров это не всегда являлось плюсом, так как известны жалобы радистов на недостаток мощности, когда требовалось забить сигнал о помощи атакуемого судна. Характерной особенностью корабельной радиоаппаратуры производства фирм «Лоренц» и «Телефункен» являлось широкое использование однотипных унифицированных деталей и конструктивных узлов, что в значительной мере упрощало производство и ремонт аппаратуры. Ящики — контуры, содержащие отдельные каскады, равно как и другие крупные и мелкие детали во всех передатчиках, были легко заменяемы запасными. Основные передатчики имели диапазон частот (исключая УКВ) в пределах от 100 КГц до 23 МГц (длина волны 3000-13 м). Диапазон частот УКВ передатчиков — 37,5-46 МГц (длина волны 8–6,5 м). Характерными значениями мощности, отдаваемой в антенну для передатчиков, были: 800, 200, 150, 70, 40, 15, 10, 3 и 1 Вт. Радиоприемные устройства имели диапазон частот в пределах от 15 КГц до 24 МГц (длина волны 20000-12 м).
Рядом с радиорубкой располагался шифровальный пост, оборудованный шифровальной машиной «Энигма». Для ведения радиоигры на некоторых рейдерах имелось по две радиорубки, разнесенные в оконечности, чтобы при одновременной работе создавать у противника видимость нахождения рядом друг с другом двух различных кораблей.
Для общения с РВМ и между собой вспомогательные крейсера использовали код «для иностранных вод». Его с 1941 года сменил «Эгир», которым пользовались все надводные военные корабли Кригсмарине, находившиеся в плавании вне контролируемых немцами водных пространств. Для связи с подводными лодками применялся код «Гидра», а для контактов с блокадопрорывателями — «Зондершлюссель-100». Кодовые таблицы менялись раз в месяц, за исключением шифров «Эгир» и «Зондершлюссель-100», у которых это происходило один раз в год. Остается лишь добавить, что оба этих кода так и остались не расшифрованными союзниками.
От командира вспомогательного крейсера в походе зависит слишком многое. Для того чтобы суметь успешно воевать в сложнейших условиях и обстоятельствах, он должен быть умным, волевым, изобретательным, хладнокровным и являться образцом подражания для своих подчиненных. Почти постоянно предоставленный только сам себе, не имеющий всей необходимой информации, он обязан принимать единственно верное, зачастую нестандартное решение. В связи с этим, РВМ заранее составило перечень офицеров, которые по своим личностно-служебным качествам могли занять место на командирском мостике. Поэтому неудивительно, что рейдеры «первой волны» повели в поход такие авторитетные на флоте офицеры «старой закваски», начинавшие службу еще в кайзеровском флоте, как Бернгард Рогге, Курт Вайер и Отто Кэлер, командовавшие до войны учебными парусными судами, один из лучших минеров Эрнст-Феликс Крюдер и гидрографов Роберт Айссен. Особняком среди них выделяется фигура Гельмута фон Руктешелля, командовавшего подводными лодками еще в годы Первой мировой войны, а после ее окончания ушедшего в отставку. Тем не менее, его действия оказались не менее, а в кое-чем даже более эффективными, чем у строевых коллег. Командиры крейсеров «второй волны» Теодор Детмерс, Гюнтер Гумприх, Хорст Герлах, Ульрих Брокзин и Эрнст Тинеман были не столь популярны и известны, хотя тот же Тинеман являлся в немецком флоте главным специалистом по переоборудованию вспомогательных крейсеров.
Первоначально комплектация команд рейдеров осуществлялась по принципу пословицы «На тебе, Боже, что мне негоже». На начало войны в руководстве Кригсмарине существовало сильное лобби противников вспомогательных крейсеров, что сразу же отразилось в подборе экипажей — на корабли направлялись худшие люди, а также зачастую неквалифицированные резервисты и запасники. Точка зрения кадровой службы сводилась к рассуждению «Зачем убивать в начале войны такое количество первоклассных моряков?» Так из присланных 214 человек низших чинов Рогге после личной беседы с каждым отклонил 104 кандидатуры. Вайер пошел еще дальше, отказавшись от 2/3 своей первоначальной команды. На это у них были свои основания. Опыт Первой мировой показал, что не каждый моряк способен к длительному, до двух лет, нахождению в море. Никакого отдыха на берегу, маломальский комфорт в быту, отдых в кубриках, переделанных из грузовых трюмов, постоянное нормирование пищи и пресной воды, отсутствие свежих овощей и фруктов, никаких вестей из дома, не говоря уже о женском обществе. Служба на борту вспомогательного крейсера могла оказаться чрезвычайно скучной и монотонной: в течение нескольких месяцев ни одного встреченного судна. Таким образом, командирам очень важно было постоянно поддержать мораль своих людей на высоком уровне. В связи с этим все рейдеры хорошо снабжались кинофильмами, книгами, грампластинками. Постоянно проводились спортивные состязания, издавались корабельные газеты, по внутренней радиовещательной сети все время сообщались свежие новости и транслировалась музыка. Кое-где прямо на палубе устроили плавательный бассейн. Во время похода на «Комете» был проведен конкурс, куда каждый член экипажа представлял свое творчество (модели кораблей, картины, безделушки и т. п.), а на «Штире» состоялась вещевая лотерея с главным призом в 3000 рейхсмарок. На некоторых кораблях давались концерты и ставились театральные постановки. Рогге ввел на «Атлантисе» практику предоставления «отпуска на борту», когда нижние чины могли наслаждаться ничегонеделанием в пустующем лазарете сроком до двух недель.
Еще одной особенностью комплектования экипажей вспомогательных крейсеров было наличие на них призовых офицеров. Эти офицеры, обычно являвшимися опытными моряками торгового флота, переходили на захваченные суда и уводили призы к берегам рейха. Поэтому их количество на рейдерах постоянно менялось. По мере необходимости новых офицеров либо присылало РВМ, либо командиры крейсеров сами забирали людей со встреченных блокадопрорывателей или судов снабжения.
Итак, как уже писалось ранее, к 27 ноября 1939 г. РВМ заключило контракты с верфями о начале работ на двенадцать судах. Всего на работы отводилось 60 дней, чтобы первые рейдеры смогли выйти в море той же зимой. Однако возникшие сложности с переоборудованием и комплектацией кораблей, с загруженностью верфей другими, более важными и срочными заказами, привели к тому, что сроки начали нарушаться уже в самом начале. Вскоре работы на некоторых судах были вообще прекращены. В итоге, к концу года в строй вступили всего три рейдера — «Виддер», «Орион» и «Атлантис». Наступившая же крайне суровая для Балтики зима 1939/1940 г., в свою очередь, полностью сорвала испытания и учебные тренировки. Как результат — только 1 апреля 1940 г. в море вышел первый германский вспомогательный крейсер со времен Великой войны — «Атлантис». Через пять дней за ним последовал «Орион», а еще через месяц — «Виддер». Затем наступил перерыв, вызванный оккупацией Норвегии и Дании, после чего летом в поход отправились еще три рейдера: «Тор», «Пингвин» и «Комет», вступившие в строй уже в 40-м году. В итоге, Германия смогла, не учитывая линкоры и тяжелые крейсера, противопоставить морской торговле Британии и ее союзников только эти шесть рейдеров «первой волны».