Успокоенный съ этой стороны, Петръ уѣхалъ на Свирь, торопить съ постройкою судовъ. Въ октябрѣ онъ уже вывелъ оттуда въ Неву цѣлую флотилію, среди которой былъ даже большой фрегатъ. Теперь онъ могь осмотрѣть Финскій заливъ, не опасаясь шведской эскадры. На шлюпкѣ, среди плавающихъ льдинъ, онъ объѣхалъ кругомъ островъ Котлинъ, и понявъ его важное положеніе противъ невскаго устья, тщательно самъ промѣрилъ глубину обоихъ фарватеровъ и выбралъ мѣсто для постройки укрѣпленія. Наблюденіе за работами на Котлинѣ царь поручилъ петербургскому губернатору Меншикову, но модель укрѣпленія взялся сдѣлать самъ. Ранней весной слѣдующаго года тамъ уже закипѣла работа: рубили изъ бревенъ ряжи, нагружали ихъ камнемъ и опускали на дно. Пока еще держался ледъ, перетащили изъ Петербурга орудія и вооружили ими бастіоны, защищавшіе подступъ съ моря. Въ апрѣлѣ все уже поспѣло, и 4 мая Петръ въ своемъ присутствіи освятилъ новую крѣпость, назвавъ ее Кроншлотомъ.
Особенную радость доставилъ Петру приходъ въ Петербургъ перваго иностраннаго купеческаго корабля. Это случилось еще въ ноябрѣ 1703 года.
Голландское судно, съ виномъ и солью, направлялось въ Нарву, но такъ какъ городъ этотъ въ то время былъ осажденъ русскими войсками, то предпріимчивый шкиперъ рѣшилъ идти въ Петербургъ и тамъ продать грузъ. По другимъ свѣдѣніямъ, судно принадлежало саардамскимъ купцамъ, лично знавшимъ Петра и поспѣшившимъ завязать сношеніе съ первымъ русскимъ портомъ. Сохранилось преданіе, будто Петръ, подъ видомъ лоцмана, самъ ввелъ судно въ Неву и поставилъ его на якорь какъ разъ передъ домомъ Меншикова. Преданіе это очевидно вымышленное, такъ какъ самого Петра въ то время не было въ Петербургѣ. Но Меншиковъ, хорошо знавшій желанія и виды царя, принялъ этого перваго торговаго гостя изъ за моря съ необыкновенною щедростью. Весь товаръ былъ тотчасъ купленъ за счетъ казны, шкиперу подарено было 500 золотыхъ, а матросамъ по 15 тогдашнихъ русскихъ рублей каждому. При этомъ было обѣщано, что когда придетъ второй корабль, шкиперъ получитъ 300 золотыхъ, и когда придетъ третій – 150 золотыхъ. Объ этихъ преміяхъ тогда же сообщили для всеобщаго свѣдѣнія данцигскія газеты.
Между тѣмъ шведы, хотя и дѣйствовавшіе чрезвычайно вяло, не оставляли надежды отбить русскихъ отъ невскаго берега. Попытки оттѣснить насъ дѣлались и съ суши, и съ моря. Въ маѣ 1704 г. шведскій вице-адмиралъ Депру подошелъ къ острову Котлину съ значительной эскадрой. Тамъ уже стояла наша флотилія, приведенная изъ Сяси и Свири вице-адмираломъ Крюйсомъ. Депру выжидалъ въ теченіи мѣсяца, чтобы русскіе напали на него со своими сравнительно слабыми силами; но не дождавшись, рѣшился самъ произвести высадку на островъ и разрушить возведенное тамъ укрѣпленіе. Крюйсъ распорядился очень искусно: поставивъ два пѣхотныхъ полка позади батарей, онъ запретилъ отвѣчать на выстрѣлы. Шведская канонада не причиняла намъ почти никакого вреда, но Депру, не слыша нашихъ орудій и предполагая что кроншлотскія батареи сбиты, направилъ туда дессантъ на шлюпкахъ. По причинѣ мелководья, шлюпки не могли близко подойти; люди пошли въ бродъ и были неожиданно встрѣчены ружейнымъ и пушечнымъ огнемъ нашего притаившагося отряда. Въ рядахъ шведовъ произошло смятеніе; часть ихъ бросилась назадъ къ своимъ шлюпкамъ, но другіе храбро шли впередъ, и были всѣ захвачены въ плѣнъ нашею спрятанною въ засадѣ пѣхотою. Непріятельскія суда также значительно пострадали отъ нашихъ батарей. Неудача эта такъ разстроила шведовъ, что эскадра ихъ простояла все лѣто за Котлиномъ въ полномъ бездѣйствіи. Не болѣе успѣха имѣли шведы и на сушѣ. Неспособнаго Кроніорта смѣнилъ болѣе предпріимчивый баронъ Мейдель, но и ему не удалось подступить къ Петербургу внезапно. Наши генералы уже умѣли пользоваться кавалеріей, которая въ іюлѣ 1704 года и открыла присутствіе шведовъ. Ускакавъ безъ потерь отъ вчетверо сильнѣйшаго непріятеля, конница наша донесла петербургскому коменданту Брюсу о готовящемся нападеніи. Быстро были приняты мѣры обороны. На Аптекарскомъ островѣ (тогдашній Карпи-саари) въ одну ночь возведены были батареи, а предъ ними, поперекъ Невки, поставленъ былъ фрегатъ. Мейдель высадился 12 іюля на Каменномъ острову, но встрѣченный огнемъ съ нашихъ батарей и фрегата, отступилъ и скрылся. Въ началѣ августа онъ снова попытался подойти къ Петербургу со стороны Большой Охты, засѣлъ въ разрушенныхъ веркахъ Ніеншанца, и сталъ готовиться къ переправѣ черезъ Неву. Оттуда онъ прислалъ Брюсу высокомѣрное письмо, въ которомъ предлагалъ сдать ему Петербургъ и удалиться съ береговъ Невы. Брюсъ отвѣтилъ трехдневной канонадой, послѣ чего шведы, понеся значительныя потери и не надѣясь болѣе на помощь своей эскадры, ушли къ Кексгольму, уничтоживъ все заготовленное для переправы.
Неудачи эти раздражали шведовъ, и они замыслили повести въ слѣдующемъ году болѣе рѣшительныя дѣйствія и собрать достаточныя силы. Предъ Котлиномъ появился адмиралъ Анкерштернъ съ большою эскадрою, въ составѣ которой было 8 линейныхъ кораблей и 6 фрегатовъ. Армія Мейделя усилена была до 10 тысячъ чел. Положено было дѣйствовать одновременно съ моря и съ суши.
Въ виду этого Крюйсъ перегородилъ рогатками фарватеръ, поставилъ новую батарею съ 28 орудіями, и расположилъ на Котлинѣ два пѣхотныхъ полка, Толбухина и Островскаго. 4 іюня 1705 г. шведская эскадра рано утромъ построилась противъ нашихъ батарей и открыла огонь изъ всѣхъ орудій. Къ полудню пальба затихла, и на шлюпки спущенъ былъ дессантъ въ 2 тыс. чел. Наши отразили шведовъ. На слѣдующій день нападеніе было повторено, и опять безъ успѣха. Въ воскресенье 10 іюня въ третій разъ, послѣ жестокой пальбы съ эскадры, шведы пытались высадиться, и снова были отбиты съ урономъ. Часть эскадры пробовала въ то же время пробраться сѣвернымъ фарватеромъ, но наши галеры нанесли шведскимъ судамъ столько пробоинъ, что непріятель счелъ за лучшее удалиться. Только 14 іюля Анкерштернъ появился вновь, доведя свои силы до 24 вымпеловъ, и въ послѣдній разъ произвелъ рѣшительное нападеніе, подготовленное бомбардировкой. Но русскіе отразили враговъ съ полнымъ успѣхомъ, нанеся имъ чувствительный уронъ.
Между тѣмъ Мейдель, послѣ неудачнаго нападенія на Каменный островъ, дошелъ лѣсами до Тосны и переправился на лѣвый берегъ Невы. Здѣсь настигли его русскіе отряды, вступили съ нимъ въ бой у Пильной мельницы, и принудили переправиться обратно за Неву. Испытавъ еще частную неудачу у р. Черной, гдѣ горсть русскихъ три раза отбила отчаянныя атаки шведовъ, Мейдель отступилъ къ Выборгу.
Аксештернъ со своей сильной эскадрой простоялъ въ бездѣйствіи до октября, и наконецъ удалился. Тогда и Крюйсъ ввелъ свою флотилію въ Неву, и проходя мимо петропавловской крѣпости, салютовалъ ей. По странной оплошности, изъ крѣпости ему не отвѣчали. Крюйсъ обидѣлся и принесъ жалобу.
Пока Петербургъ оборонялся такимъ образомъ отъ наступавшихъ съ моря и съ суши враговъ, русскія войска овладѣвали окрестной страной. Шереметевъ взялъ Копорье и Ямбургъ, и наконецъ вся Ингрія была въ русскихъ рукахъ. Въ Москвѣ, въ присутствіи царя, эти событія были торжественно отпразднованы.
Съ строительными работами въ Петербургѣ спѣшили. Со всей Россіи собрали сюда до двадцати тысячъ людей по особому наряду, для земляныхъ, плотничьихъ и каменныхъ работъ. Земства, наряжая этихъ людей, обязаны были отпускать для нихъ и кормъ на все время работъ.
Въ русскомъ обществѣ, которое въ большинствѣ своемъ мало сочувствовало нововведеніямъ Петра, создалось преданіе, будто положеніе рабочихъ, строившихъ Петербургъ, было очень тяжелое, будто они гибли отъ болѣзней и плохого содержанія, и проч. Разсказы эти однако ничѣмъ не подтверждаются. Рабочіе созывались двухмѣсячными смѣнами, и по окончаніи срока тотчасъ распускались. Въ случаѣ недостатка припасовъ, изъ казенныхъ складовъ хлѣбъ и все нужное отпускалось заимообразно. Работы продолжались отъ Благовѣщенія до послѣднихъ чиселъ сентября, и на зимніе мѣсяцы никто изъ очередныхъ не удерживался. Непривычные къ климату подвергались преимущественно желудочнымъ заболѣваніямъ; противъ этого недуга аптекарь Левкенсъ изобрѣлъ настойку изъ сосновыхъ шишекъ.
Больше всего рабочіе, какъ и остальные жители Петербурга, терпѣли отъ наводненій. Почва невскаго устья еще не была искусственно повышена, и понятно, что въ то время рѣка даже при незначительномъ подъемѣ воды затопляла острова и берега. Наводненія начались съ первыхъ же лѣтъ. Въ ночь на 5 октября 1705 года Нева затопила даже лѣвый берегъ, подмочила сложенные на адмиралтейскомъ дворѣ припасы и разрушила много домовъ. Въ сентябрѣ слѣдующаго года Петръ былъ разбуженъ прибылью воды въ своемъ домикѣ на Петербургской сторонѣ. Наводненіемъ залило и такъ называемыя "полковничьи хоромы", выстроенныя для командировъ полковъ; по словамъ царя, вода тамъ доходила до 21 дюйма надъ поломъ, "а по улицамъ вездѣ ѣздили на лодкахъ". Понятно, что заботы Петра съ самаго начала были направлены къ тому, чтобы при застройкѣ города укрѣпить и поднять почву и дать правильный истокъ водамъ. Этимъ объясняется множество каналовъ, прорѣзывавшихъ первоначальный планъ Петербурга.
