Больше всего рабочіе, какъ и остальные жители Петербурга, терпѣли отъ наводненій. Почва невскаго устья еще не была искусственно повышена, и понятно, что въ то время рѣка даже при незначительномъ подъемѣ воды затопляла острова и берега. Наводненія начались съ первыхъ же лѣтъ. Въ ночь на 5 октября 1705 года Нева затопила даже лѣвый берегъ, подмочила сложенные на адмиралтейскомъ дворѣ припасы и разрушила много домовъ. Въ сентябрѣ слѣдующаго года Петръ былъ разбуженъ прибылью воды въ своемъ домикѣ на Петербургской сторонѣ. Наводненіемъ залило и такъ называемыя "полковничьи хоромы", выстроенныя для командировъ полковъ; по словамъ царя, вода тамъ доходила до 21 дюйма надъ поломъ, "а по улицамъ вездѣ ѣздили на лодкахъ". Понятно, что заботы Петра съ самаго начала были направлены къ тому, чтобы при застройкѣ города укрѣпить и поднять почву и дать правильный истокъ водамъ. Этимъ объясняется множество каналовъ, прорѣзывавшихъ первоначальный планъ Петербурга.
Между тѣмъ шведы не прекращали попытокъ оттѣснить русскихъ отъ взморья. Положеніе Петра стало тѣмъ затруднительнѣе, что его союзникъ Августъ II потерялъ бодрость и удалился въ Саксонію. Шведскій король въ январѣ 1705 года неожиданно бросился на Гродно, гдѣ стояла русская вспомогательная армія. Это заставило Петра поспѣшить въ Литву, соединить разбросанные тамъ отряды въ 15-тысячный корпусъ, и отдать его въ распоряженіе Меншикова, съ приказомъ освободить запертые въ Гродно полки. Въ мартѣ цѣль эта была достигнута, и царь, торжествуя, прибылъ въ Петербургъ, вмѣстѣ съ будущей императрицей Екатериной, которая уже сопровождала его во всѣхъ походахъ.
Тогда Петербургъ впервые сдѣлался мѣстомъ празднествъ и веселья. Петръ, шутя, назвалъ его своимъ "парадизомъ" и говорилъ, что ведетъ тутъ "райское житье". Къ царю съѣхались его сподвижники, русскіе и иноземные; едва зарождающійся городокъ принялъ видъ резиденціи… Благодарственное молебствіе сопровождалось пальбою изъ крѣпости и съ кораблей. Въ домѣ Меншикова данъ былъ большой парадный обѣдъ съ тостами. Торжественнымъ пиромъ отпразднована была также закладка перваго судна въ новомъ адмиралтействѣ, наскоро возведенномъ на лѣвомъ берегу Невы. Въ крѣпости приступили къ постройкѣ каменныхъ бастіоновъ на мѣстѣ деревянныхъ.
Невская флотилія, предводимая царемъ, вышла 23 ноября, въ день имянинъ Меншикова, возведеннаго за калишскую побѣду въ княжеское достоинство, Петербургъ въ первый разъ увидалъ фейерверкъ и иллюминацію. На четырехъ улицахъ, выходившихъ къ крѣпости, разставлены были транспаранты съ соотвѣтствующими изображеніями и надписями.
Не радостно начался 1708 годъ. Война съ шведами принимала рѣшительный оборотъ. Союзникъ Петра, король Августъ II, отпалъ отъ него и примирился съ Карломъ XII. Вся тяжесть борьбы съ воинственнымъ героемъ лежала теперь на одной Россіи. Неизвѣстность, гдѣ именно надо ждать вторженія, заставляла дробить и передвигать наши войска. Петръ измучился, разъѣзжая по западному краю и приготовляя мѣры обороны. Здоровье измѣнило ему, и въ мартѣ онъ уѣхалъ въ Петербургъ совсѣмъ больной. Тридцати-пяти-лѣтнему богатырю пришлось слечь въ постель. У него показалась кровь горломъ, при полномъ изнуреніи. Приближенные испугались и дали знать царскому семейству въ Москву объ опасности. По весеннему бездорожью, сестры и невѣстки Петра пустились въ трудный путь въ Петербургъ. Больной между тѣмъ сталъ поправляться, и какъ только Нева вскрылась и прошелъ ледъ, выѣхалъ на встрѣчу роднымъ въ Шлиссельбургъ, приказавъ слѣдовать за собой и всему флоту. Торжественный въѣздъ царицы и царевенъ въ Петербургъ состоялся 25 апрѣля. Адмиралъ Апраксинъ встрѣтилъ ихъ на своей яхтѣ за 4 версты выше города и ввелъ на пристань предъ домомъ Меншикова, гдѣ для нихъ приготовлено было помѣщеніе. Собственный домикъ Петра былъ очень малъ и до крайности просто устроенъ, поэтому для всѣхъ торжественныхъ случаевъ царь пользовался домомъ своего любимца, самымъ большимъ и богатымъ во всемъ Петербургѣ. Его называли также "посольскимъ домомъ", потому что здѣсь давались аудіенціи иностраннымъ посламъ.
День пріѣзда царицъ и царевенъ закончился пиромъ, а на другой день утромъ въ домѣ вспыхнулъ пожаръ, сильно всѣхъ напугавшій. Давъ своимъ царственнымъ гостьямъ время оправиться, Петръ 2 мая возилъ ихъ въ Кроншлотъ смотрѣть свой балтійскій флотъ, a 13 мая, въ день Вознесенья, предоставилъ имъ новое торжественное зрѣлище. Въ этотъ день происходила закладка второго каменнаго бастіона петропавловской крѣпости. Первый камень положилъ прибывшій изъ Москвы мѣстоблюститель патріаршаго престола митрополитъ Стефанъ Яворскій; второй камень заложилъ царь, слѣдующіе – царицы, царевны и присутствовавшіе сановники. Торжество закончилось банкетомъ въ въ домѣ генералъ-провіантмейстера кн. Шаховскаго.
Въ іюнѣ Петръ долженъ былъ внезапно прервать лѣченіе и выѣхать къ арміи, такъ какъ отъ Меншикова пришло извѣстіе о вторженіи Карла XII въ Украйну.
Между тѣмъ опасность угрожала и Петербургу. Шведскій король, зная что главныя русскія силы сторожатъ его на югѣ, приказалъ открыть рѣшительныя дѣйствія на сѣверѣ. Въ августѣ выступила изъ Выборга 13-тысячная армія генерала Либекера, и въ тоже время противъ, острова Котлина собрался шведскій флотъ. У р. Тосны Либекеръ сталъ готовить переправу. Генералъ-адмиралъ Апраксинъ, завѣдывавшій обороною Петербурга пытался помѣшать переправѣ, но шведы, прикрываясь огнемъ артиллеріи, успѣли перевезти на понтонныхъ плотахъ 500 чел., которые тотчасъ окопались на лѣвомъ берегу. Дальнѣйшая переправа совершилась безпрепятственно, и 30 августа вся шведская армія была уже на нашей сторонѣ Невы. Апраксинъ, успѣвшій стянуть свои силы, двинулся слѣдомъ за нею, безпрерывно ее тревожа, и наконецъ у Сойкиной мызы совсѣмъ ее окружилъ и отрѣзалъ ей всѣ сообщенія. Либекеръ возвелъ земляное укрѣпленіе и окопался, выжидая помощи съ моря. Но флотъ бездѣйствовалъ, a Апраксинъ 16 октября двинулъ войска на штурмъ, взялъ окопы, перебилъ третью часть шведской арміи, a 3 тыс. чел. взялъ въ плѣнъ. Пораженіе Либекера было полное, и грозившая Петербургу серьезная опасность счастливо миновала.
III. Послѣднія попытки шведовъ оттѣснить русскихъ отъ Невы. – Празднества въ царской семьѣ. – Петербургъ въ первыя девять лѣтъ своего существованія.
Рѣшительный поворотъ въ военныхъ дѣйствіяхъ насталъ въ 1709 году, ознаменованномъ блестящею побѣдою надъ шведами подъ Полтавой. Карлъ XII, лично распоряжавшійся битвой, былъ разбитъ наголову и бѣжалъ вмѣстѣ съ измѣнникомъ Мазепой въ Турцію. Война еще далеко не кончилась, но шведы уже перестали быть грозными и опасными для Петра. Извѣщая генералъ-адмирала Апраксина о побѣдѣ, царь писалъ: «Нынѣ уже совершенно камень въ основаніе Санктъ-Петербурга положенъ».
Самъ онъ прибылъ въ Петербургъ уже къ зимѣ, и 30 ноября далъ обѣдъ "господамъ петербургскимъ жителямъ" въ частномъ трактирѣ, или въ австеріи, иностранца Фельтена, единственнаго тогдашняго ресторатора на берегахъ Невы. Банкетъ окончился фейерверкомъ и иллюминаціей.
Торжества по случаю полтавской побѣды происходили въ Москвѣ, которая все еще считалась столицею царства; но перенесеніе резиденціи въ Петербургъ было уже рѣшено въ умѣ Петра. Въ февралѣ 1710 г. онъ самъ туда вернулся и сталъ немедленно готовиться къ походу на Выборгъ, безъ занятія котораго не считалъ положеніе Петербурга вполнѣ безопаснымъ.
Русскія войска подошли къ Выборгу по льду, и устроивъ траншеи, открыли артиллерійскій огонь. Но городъ стойко держался два съ половиною мѣсяца, и только 13 іюня сдался на капитуляцію. Обрадованный Петръ выразился, что "устроена крѣпкая подушка Петербургу". Вслѣдъ за Выборгомъ сдался русскимъ войскамъ и Кексгольмъ.
Въ послѣдній день октября 1710 года Петербургъ въ первый разъ видѣлъ большое придворное торжество, подобающее столицѣ: въ этотъ день происходило бракосочетаніе племянницы Петра, царевны Анны Ивановны, будущей императрицы, съ герцогомъ курляндскимъ. Для вѣнчанія избрана была церковь въ домѣ князя Меншикова на Васильевскомъ острову. Петръ хотѣлъ отпраздновать свадьбу съ возможною пышностью. Самъ онъ, вопреки своему обыкновенію, облекся въ парадное платье: красный кафтанъ съ бобровой оторочкой, съ шпагой на серебряной перевязи. На головѣ у него былъ высокій напудренный парикъ, на который шляпы нельзя было надѣть, и приходилось держать ее въ рукѣ. Царь самъ везъ невѣсту къ вѣнцу по Невѣ въ катерѣ. На гребцахъ были голландскія куртки съ вышитыми серебряными гербами. На другомъ катерѣ слѣдовали нѣмецкіе музыканты, игравшіе на роговыхъ инструментахъ. Жениха привезли съ такою же торжественностью.
Царь держалъ вѣнецъ надъ герцогомъ, а Меншиковъ надъ царевною. По окончаніи вѣнчанія состоялся парадный обѣдъ тутъ же въ домѣ Меншикова. Обѣдъ сопровождался любимою забавою Петра: на оба главные стола поставили два громадныхъ кондитерскихъ пирога, изъ которыхъ среди общаго смѣха выскочили карликъ и карлица.