Захваченный Азов на некоторое время стал важным административным центром на юге России.
Храбрость Войска Донского была оценена Петром I, и за участие во взятии Азова донцы получили от царя крепость Лютик на протоке Дона – Мертвом Донце. Однако эта царская любовь к казакам была недолгой.
После присоединения Азова к России Петр I решил поставить все Войско Донское под свой полный контроль. Особенно не нравилось ему, что казаки продолжали принимать на Дону беглых. Царь сам нуждался в людях, в рабочей силе, в рекрутах и не мог терпеть, что кто-то прячется от него на Дону. В Войско полетели распоряжения о высылке людей, пришедших на Дон после 1696 г., и о запрете принимать беглых, но казаки в них особо не вчитывались.
С начала XVIII в. разгорелся спор между Войском Донским и соседним слободским украинским Изюмским полком за земли по р. Северский Донец, где находились соляные промыслы. Донские казаки, которые занимались рыболовством, всегда нуждались в соли. Но русские власти склонялись в пользу Изюмского полка, опасаясь, что если промыслы окажутся в руках донских казаков, то там найдут приют и работу беглые со всей России.
В 1705 г. в Астрахани вспыхнуло восстание против петровских преобразований. Астраханцы обратились за помощью к донским казакам. Но те, наоборот, выступили против астраханцев и помогли царским войскам подавить восстание. Петр I был очень доволен Войском Донским, пожаловал казакам 20 тыс. рублей, знамя и другие знаки отличия. Но по вопросу о спорных землях с изюмцами Петр I оставался непреклонен.
Тогда в конце 1705 г. донские казаки во главе с атаманом Кондратием Афанасьевичем Булавиным силой изгнали Изюмский полк со спорных мест и сами стали там варить соль. В июне 1706 г. дьяк Горчаков с отрядом солдат прибыл на место конфликта разобраться в ситуации. Но Булавин с казаками арестовали дьяка, не дав ему расследовать дело, и отправили его в Воронеж, где и выпустили. Такое неповиновение вызвало гнев царя.
В сентябре 1707 г. на Дон прибыл крупный отряд под командованием полковника князя Юрия Долгорукого, чтобы ловить беглых в казачьих городках и отсылать на прежние места жительства. Сыск велся очень жестокими методами. Беглых ловили, клеймили, резали им ноздри и уши, заковывали в кандалы. Долгорукий, усердствуя, арестовывал не только беглых, но зачастую и старожилых казаков. Возмущенные донцы решили убить полковника. Возглавил заговорщиков К. Булавин.
В ночь на 9 октября отряд Долгорукого был разбит в Шульгинском городке на р. Айдар – левом притоке Северского Донца. Самого Долгорукого булавинцы убили, а солдат отпустили в Таганрог.
Когда все это произошло, старшины и войсковой атаман испугались царского гнева. Против казаков-повстанцев ими был направлен карательный отряд во главе со старшиной Ефремом Петровым. В ноябре в сражении у Закотного городка отряд Ефрема Петрова разбил силы Булавина. Сам Булавин бежал в Запорожскую Сечь.
Однако весной 1708 г. Булавин со своими казаками появился в верховых казачьих городках, собрал там сообщников, разбил отряд донских старшин на р. Лисковатке и вскоре без сопротивления овладел Черкасским городком. По постановлению Войскового круга были казнены старшины, выступавшие против Булавина, а 9 мая сам Булавин был избран войсковым атаманом.
Зная крутой нрав царя, булавинцы сделали попытку начать с ним переговоры и уверить, что теперь, сменив прежнего старшину, по-прежнему будут верно служить ему. Одновременно они двинули войско на Волгу, где захватили город Дмитриевск (Камышин) и осадили Саратов. Другое войско должно было сдерживать царские войска в случае их наступления на Дон. И еще один отряд сам Булавин готовил к походу на Азов.
Правительство направило против булавинцев полки регулярной армии, карательную экспедицию возглавил брат Ю. Долгорукого, лейб-гвардии майор князь Василий Долгорукий. В боях с войсками В. Долгорукого казаки потерпели поражение. Поход на Азов тоже закончился неудачей.
Пока шло сражение за Азов, в самом Черкасском городке старшины напали на Булавина и убили его. Потом они распространили слух, что Булавин застрелился. Самоубийство считалось страшным грехом, и церковь запрещала хоронить самоубийц на кладбищах.
Каратели Долгорукого двинулись по Дону, творя в городках суд и расправу. Казаки восстававших городков уничтожались поголовно. В городках, которые не восставали, убивали каждого десятого. Позже Долгорукий утверждал, что истребил 23 500 казаков. Никогда еще донское казачество не переживало такого разгрома.
Атаман Игнат Некрасов увел часть уцелевших повстанцев на Кубань, во владения крымского хана. Так за пределами России появились казаки-некрасовцы.
Разгром Булавинского восстания позволил русскому правительству упрочить свою власть на Дону. По указу Петра I от 18 декабря 1708 г. земля Войска Донского была включена в состав Азовской губернии. Часть земли по Северскому Донцу у казаков отобрали. Нового войскового атамана Петра Рамазанова назначил сам Петр I, не спрашивая мнения Войска. С 1718 г. избрание новых войсковых атаманов стало утверждаться царем, причем без права переизбрания Войсковым кругом. Наконец 3 марта 1721 г. Войско Донское было передано из ведения Иностранной коллегии в ведение Военной коллегии. Это, помимо прочего, означало включение Войска Донского в состав Российского государства и присоединение его земель к России.
С 1723 года на Дону был временно упразднен пост войскового атамана. Атаман стал называться «наказным» (назначенным по наказу), так как назначался царской властью.
Упало значение Войскового круга. Теперь его собирали главным образом для выслушивания царских указов и получения жалованья. В 1732 году Круг потерял право избирать походных атаманов, а с 1754-го – войсковых старшин. Власть сосредоточилась в руках атамана и канцелярии войсковых дел старшин.
Все это время казаки участвовали в войнах Российской империи, били ее врагов. В царствование императрицы Анны Иоанновны 2 тысячи казаков под командованием генерала Ласси участвовали в русско-польской войне в 1733 году. В 1736 году началась очередная русско-турецкая война, и шесть тысяч донских казаков атамана Фролова ушли сражаться с турками. Донские казаки первыми ворвались в крепость Очаков. В 1738 году вместе с генералом Ласси они ворвались в Крым. Это было первое вступление русских войск под командованием фельдмаршала Миниха на этот полуостров. Другой казачий отряд взял город Хотин.
Императрицу Анну Иоанновну сменила Елизавета Петровна. Войны империи продолжались. Шесть тысяч казаков участвовали в русско-шведской войне 1741–1743 годов.
Особо отличились донцы в знаменитой Семилетней войне против прусского короля Фридриха II. Впервые 16 тысяч донских казаков сражались так далеко от родины на землях Западной Европы. Невозможно перечислить все крупные сражения и мелкие бои, в которых они участвовали. Они были разведчиками, шли впереди русской армии, а в случае неудачи прикрывали ее отступление. В сражении при Гросс-Егерсдорфе, когда русская армия, застигнутая врасплох, не успела еще приготовиться к бою, казаки, очень искусно маневрируя, «лавой» сумели заманить знаменитых прусских драгун прямо на русскую артиллерию, и те понесли потери. В битве при Цорндорфе, окончившейся для русских неудачно, казаки все же сумели опрокинуть прусских гусар и захватить у врага восемь пушек.
В 1759 году полковник Луковкин со своими казаками в течение восьми дней опустошил всю Силезию. Здесь он несколько раз разбивал знаменитых «черных» гусар, которые носили название «бессмертных», так как их никогда еще не побеждали.
В 1760 году донские казаки участвовали в штурме Берлина, который капитулировал через пять дней. Здесь донцы захватили одежду Фридриха Великого (мундир, перчатки и пр.), которая теперь хранится в Историческом музее Петербурга.
В Семилетней войне казаки впервые сражались под началом А.В. Суворова. После ряда удачных набегов под командование Суворова передали семь казачьих полков.
В Семилетнюю войну отличились казачьи полки Ивана Грекова, Абросима Луковкина, Бориса Луковкина, Орлова, Поздеева, Попова, Серебрякова и других. Особенно прославился атаман Федор Иванович Краснощеков. За подвиги в этой войне Краснощекову были пожалованы сабля и грамота, а в 1763 году он получил звание генерал-майора в связи с похвальными отзывами пяти генерал-фельдмаршалов, под начальством которых он служил свыше 36 лет. Сами казаки считали Краснощекова колдуном, который якобы может заговаривать пушечные ядра и поэтому нисколько не боится артиллерийского огня противника.
За участие в Семилетней войне Войску Донскому было пожаловано большое белое знамя. В память о донских героях в 1904 году Донской № 6 полк был назван полком Краснощекова.
Знаки особого расположения к Войску бережно хранились казаками. Каждый царь прислал Войску Донскому особую грамоту с выражением своей признательности Войску за его службу, и в этой грамоте перечислялись казачьи заслуги перед Россией. Так делали Петр Первый, Анна Иоанновна и Екатерина Великая, и положено было, чтоб была грамота в нарочитом ковчеге и по праздникам церемониально вычитывал бы из нее старый дьяк. «Сие делается издревле для образования всему Войску», – объясняли казаки. Считалось, что жалуются эти грамоты «на несмертельную казакам и потомкам ихним память».
