4 апреля 1941 года Хорти назначил премьером Ласло Бардоши, который попытался продолжить политику своего предшественника.
24 июня 1941 года Венгрия разорвала дипломатические отношения с СССР. А через два дня страну потрясла весть о том, что в районе городов Рахо (Рахов) и Мункач (Мукачево) на железнодорожные линии были совершены с востока воздушные налеты, а на город Кашша (ныне Кошице) были брошены бомбы. На осколках бомб нашли клеймо Путиловского завода. В Кашше было разрушено здание почты, казарма и жилые дома, погибли 30 человек, 285 получили ранения. Большинство историков склоняются к версии, что бомбардировка была инспирирована гитлеровцами. В тот же день от высшего германского командования в генштаб венгерской армии поступило предложение о присоединении к войне против СССР. 27 июня Хорти объявил, что «Венгрия считает себя находящейся в состоянии войны с Советским Союзом».
Согласно мемуарам Хорти, численность первоначально введенных в бой венгерских частей составляла всего 30 000 человек. Они участвовали в боях за Галицию, а затем в середине июля были направлены на Украину и дошли до Донецка. С апреля по июнь 1942 года 2-я венгерская армия была выведена в район сосредоточения под Курском и, по советским разведданным, реально состояла из 9 дивизий и 1 бригады общей численностью в 160 000 человек.
Внешнеполитические итоги 1941–1942 годов для Венгрии оказались весьма печальными. Экономический и военный потенциал страны был предоставлен в распоряжение Германии. Внутренняя обстановка хортистской Венгрии казалась, однако, весьма благополучной — военное производство способствовало экономической конъюнктуре, обеспечивалась почти полная занятость и достаточно высокий уровень оплаты труда. Несмотря на инфляцию (правда, небольшую), экономическая ситуация считалась хорошей. Страну не беспокоили социальные конфликты, хотя имели место некоторые ограничения на продукты питания и отдельные промышленные товары (вводились карточки на продукты). Линия фронта была еще далеко. До Будапешта советские бомбардировщики впервые долетели лишь в сентябре 1942 года. В марте 1942 года очередным премьером стал М. Каллаи.
В январе 1943 года под Воронежем 2-я венгерская армия была разбита советскими войсками. Потери венгерской армии (убитые, тяжелораненые, пленные) иностранные обозреватели оценивали тогда в 100–140 тысяч человек. Остатки армии — по разным подсчетам, от 20 до 60 тысяч человек — были частично возвращены на родину, а частично использовались на Украине в качестве оккупационных сил и на охране железнодорожного транспорта в Польше.
В связи с 75-летием фюрер подарил венгерскому другу яхту. Поблагодарив фюрера за подарок и поздравление, Хорти попросил возвратить на родину остатки венгерских войск, мотивируя это тем, что Венгрия нуждается в них для защиты своих границ. Хорти не мог не замечать растущую мощь советско-англо-американской коалиции. Поражение 2-й венгерской армии под Воронежем, осложнение взаимоотношений с гитлеровской Германией толкали его к принятию шагов по установлению контактов с правительствами Англии и США с целью заключения с ними сепаратного соглашения. Окружение Хорти еще надеялось, что в страну войдут именно войска США и Великобритании. Однако быстрое продвижение Советской Армии к границам Венгрии разрушило все надежды Хорти и его правительства на англо-американскую оккупацию страны.
17 марта 1944 года Хорти в сопровождении министров иностранных дел и обороны, а также начальника генштаба отправился к Гитлеру в его штаб-квартиру. Встреча в Клесхейме оказалась драматической. Фюрер настоял на «союзнической оккупации» Венгрии.
С войсками вермахта Венгрию наводнили агенты гестапо и СС, а также служба безопасности (СД), которые, имея от Кальтенбруннера специальный список почти на 400 ненадежных венгерских политических деятелей, депутатов парламента, журналистов, социал-демократов и руководителей профсоюзов, приступили к их арестам. Среди арестованных оказались и 9 депутатов верхней и 13 — нижней палаты парламента. Премьер-министр Каллаи избежал ареста только благодаря тому, что успел по подземным коридорам покинуть королевский замок и укрыться в турецком посольстве. Граф Бетлен также был вынужден скрываться от гестапо.
Вернувшись в оккупированный Будапешт, в окруженный германскими войсками королевский замок, Хорти 19 марта 1944 года собрал заседание Коронного Совета, где подробно доложил об обстоятельствах клесхеймских «переговоров». Хорти сообщил также, что фюрер заверил его, что в отличие от Чехии, которая «всегда принадлежала империи», Венгрию он не собирается превращать в провинцию. Он довел до сведения Коронного Совета, что новый посол Германии при первой же встрече с ним заявил «Рейх не доверяет правительству Каллаи». Со своей стороны Хорти выразил полное доверие правительству, но тем не менее, имея на руках заявление премьера об отставке, он фактически подчинился гитлеровскому давлению и согласился на формирование нового кабинета. По сути, Хорти капитулировал и своим именем и авторитетом покрывал перед внешним миром германскую агрессию и насилие.
Коронный Совет поддержал Хорти в его решении не покидать пост главы государства. Это означало, что, несмотря на оккупацию страны, венгерская государственность де-юре была сохранена и Хорти по-прежнему оставался правителем.
Многие венгерские дипломаты за рубежом в знак протеста против оккупации подали в отставку. В стране полновластными хозяевами стали Везенмайер, командующий войсками СС и начальник полиции. Хорти назначил премьер-министром отставного генерала Деме Стояи, пользовавшегося доверием немцев.
После назначения нового премьера и образования правительства Хорти на некоторое время укрылся в замке. Немцы провели тотальную мобилизацию в армию, отправили на фронт новые эшелоны с войсками, начали депортацию евреев.
Наместник Гитлера Везенмайер уже 25 мая доложил в Берлин об отправке в Германию около 140 000 евреев. В целом из Венгрии, согласно немецким сведениям, до 11 июля было депортировано 437 402 человека. Только после многочисленных обращений к Хорти руководителей венгерских церквей и лидеров оппозиционных партий, а также Папы Римского, шведского короля и иностранных дипломатов регент приостановил депортацию.
О событиях последних месяцев в Венгрии 25 сентября 1944 года следующим образом писал журналист Рене Пейс, автор передовой статьи в швейцарском «Журнал де Женев»: «Адмирал Хорти разочаровал многих своих сторонников, согласившись на все требования Германии. Из страха перед большевизмом, из опасения за свое личное благополучие он доверил власть Стояи, который повел чисто гитлеровскую политику. Судя по прежним действиям Хорти, не следует рассчитывать на то, что он последует примеру короля Михая и Маннергейма. Венгрия пожинает сегодня плоды его политики».
Хорти теперь стремился выйти из войны. Он послал четырех человек в Москву для ведения предварительных переговоров об условиях перемирия. 11 октября делегация в Москве получила окончательное согласие на принятие условий и подписание предварительного соглашения о перемирии. В тот же день делегация подписала его. В соответствии с ними Венгрия должна была отвести свои войска с фронта, а после подписания соглашения о перемирии объявить войну Германии и выступить вместе с Советской Армией.
По венгерскому радио было передано «Обращение» Хорти к народу Хорти сказал: «Сегодня каждому здравомыслящему человеку очевидно, что Германский рейх войну проиграл». Далее он подчеркнул, что ни одна нация не обязана жертвовать собой ради своего союзника. Отмечая, что гитлеровцы лишили венгерский народ самого ценного — свободы и независимости, Хорти заявил: «Я принял решение сохранить честь венгерской нации даже в глазах бывшей союзницы и довел до сведения здешнего представителя Германского рейха, что мы заключили предварительное соглашение о перемирии с бывшим противником и прекращаем против него боевые действия».
Объявление о перемирии явилось полной неожиданностью для гитлеровцев. Воззвание Хорти в народе было встречено с большим воодушевлением. Из тюрем начали выпускать политзаключенных, арестованных гитлеровцами, активизировались подпольщики, готовые реализовать призыв правителя. Антифашистские силы подполья готовились к национальному сопротивлению. Как отмечалось в корреспонденции шведского журналиста из Будапешта по Лондонскому радио, «после оглашения декларации Хорти на улицы Будапешта высыпали жители и десятки тысяч беженцев из зон военных действий. Незнакомые люди обнимали друг друга, повсюду раздавались приветственные возгласы в честь мира, союзников и Советского Союза. Вдруг появились немецкие танки, которые стали беспорядочно стрелять в толпу. Те, у кого было оружие, и солдаты, поддержанные полицией и военными формированиями, вступили в борьбу с немецкими солдатами и танками».
