В царствование Алексея Михайловича снова была война с Польшей, и многих евреев увели в плен вместе с поляками. Отправляли в Россию мужчин, женщин и детей; в Москве на Ивановской площади вовсю торговали пленниками, и некоторые из них стали крепостными у помещиков. После Андрусовского перемирия 1667 года бывшие пленные поляки, литовцы и евреи, оставшиеся в России, основали в Москве Мещанскую слободу. Это случилось в 1670 году: "по указу великого государя велено за Сретенскими воротами строить мещанам новую слободу". Слово "мещане" - иноземного происхождения, и в те времена оно прилагалось лишь к выходцам из Польши. Первая книга переписи Мещанской слободы упоминает про двух крещеных евреев, что жили там своими дворами: это были Матюшка Григорьев и Андрюшка Лукьянов. Третьим записан в переписи Лучка Григорьев -"еврейской породы", "бездворный подсоседник".
Евреи-выкресты жили тогда не только в Москве. Опальный патриарх Никон, жалуясь царю Алексею Михайловичу на своих врагов, писал в 1671 году среди прочего:"Да у меня же в Воскресенском монастыре были два жида крещеных, и, оставя православную веру, начали они старую жидовскую держать и молодых чернецов совращать. Я, сыскав об этом подлинно, велел жида Демьяна посмирить и сослать в Иверский монастырь, а Демьян другому жиду, Мишке, сказал: "Не пробыть и тебе без беды. Беги в Москву и скажи за собою государево слово"; тот так и сделал… А в это время молодые чернецы, бывшие в жидовской ереси, покрали у меня деньги, платье и тем жидам помогли, да им же помогал архимандрит Чудовский".
По словам иностранного врача Коллинса, который жил при царском дворе, в Москве образовалась небольшая еврейская колония. "В последнее время, - писал этот врач, - к русскому двору пробралось много жидов чрез покровительство одного лекаря жида, который. принял лютеранскую веру". Этот лекарь много раз упоминается в документах под разными именами: Данило Евлевич, Данило Ильич, Данило Жидовинов, Данило Фунгаданов, "Данило, а в крещенье Степан Фунгаданов", "дохтур Стенька Фонгадин", Стефан Фунгаданов, и наконец - "Данило фон Гаден, жид". Это был еврей из Силезии, из города Бреславля; приехав в Москву из Киева в 1657 году, он стал врачом царя Алексея Михайловича и сына его Федора. Гаден принял поочередно лютеранство, католичество и православие, но оставался, скорее всего, тайным евреем, а из Подолии к нему приезжали в Москву члены его семьи - правоверные евреи. Он был популярным врачом при московском дворе; царь одарял его всяческими милостями и даже позволил съездить к матери в Польшу, что редко разрешалось иностранцам. В семидесятых годах семнадцатого века к Гадену переселились его родные, и благодаря этому, как писали тогда, "значительно увеличилось число евреев в Москве".
Гаден погиб во время восстания стрельцов в 1682 году, обвиненный в отравлении царя Федора. Его притащили на Красную площадь, царица Марфа и царевны уверяли стрельцов, что Гаден невиновен, что он сам прежде отведывал лекарства, которые затем подавали царю, но это не помогло. "Он чернокнижник! - кричали стрельцы. - Мы в его доме нашли сушеных змей, и поэтому его надобно казнить смертью!" Несчастного поволокли в застенок и пытали. Там, не выдержав боли, он наговорил на себя и попросил дать ему три дня сроку, после чего он укажет на тех, кто более его достоин смерти за убийство царя. Очевидно, он просто хотел выиграть время, но стрельцы на это не согласились. "Долго ждать!" - закричали они, разорвали записку с его пыточными показаниями, снова потащили Гадена на Красную площадь и там подняли на копья, а затем изрубили на куски. Вместе с ним был убит и его сын. В документе того времени, при перечислении жертв стрелецкого бунта, сказано о нем среди прочих: "а именно убиты насмерть…Данило фон Гаден, жид". Еврейский свидетель тех событий сообщил следующее: "Я приехал в Москву через три или четыре дня после погрома и пошел на похороны с другими анусим (тайными евреями), ибо дан был приказ от царя похоронить убитых. Даниил (Гаден) был изрублен на куски: отрублены были одна нога и одна рука, тело проколото копьем, а голова разрезана топором. Я и другие анусим похоронили Даниила и его сына Цви в поле."
Реформы царя Петра I широко открыли двери в Россию для всех иностранцев, кроме евреев. Рассказывали, что когда Петр жил в Голландии и приглашал в Россию разных мастеров, амстердамские евреи тоже попросили права переселиться, обещали от этого громадные выгоды казне и на первых порах предлагали преподнести государю сто тысяч гульденов. На это Петр I будто бы так ответил посреднику в переговорах: "Вы знаете евреев, их характер и нравы, знаете также русских. Я тоже знаю и тех и других, и поверьте мне: не настало еще время соединить обе народности. Передайте евреям, что я признателен за их предложение и понимаю, как выгодно было бы им воспользоваться, но мне пришлось бы пожалеть их (переселенцев), если бы они поселились среди русских." Известен, правда, и другой случай, прямо противоположного характера, когда в Россию соглашался приехать врач-еврей - при условии свободы вероисповедания. Петр ответил на это: "По мне будь крещен или обрезан - едино, лишь будь добр человек и знай дело". Но Петербург во времена Петра оставался закрытым для евреев. Купцы могли приезжать туда только по делам, и непродолжительное время там жили поставщики и посредники - финансовый агент царя Израиль Гирш, поставщик серебра на монетный двор Зундель Гирш, прусский банкир Либман. Среди тех, кто противился в России реформам, ходили слухи, что Петр I - это антихрист, который соберет всех жидов, поведет их на Иерусалим и будет там царствовать над ними; еще говорили, что истинный Петр умер за границей во время путешествия, а вместо него приехал в Россию "жидовин из колена Дана", - быть может, и это в какой-то мере повлияло на решение Петра не приглашать евреев в Россию?… Во всяком случае, в своем манифесте за 1702 год о приглашении в Россию "искусных" иностранцев Петр I сделал оговорку: кроме евреев.
Во время Северной войны русские войска продвигались по Польше, и тамошнее еврейское население очень страдало от грабежей и поборов. В еврейских летописях отмечен один только случай, когда Петр I лично заступился за евреев. Это случилось в городе Мстиславле в 1708 году, когда солдаты русской армии начали грабить местное население, но царь немедленно прекратил погром и строго наказал зачинщиков. В кагальной книге города Мстиславля это событие было записано "на память грядущим поколениям": "28 элула 5468 года пришел Кесарь, называемый царь Московский, по имени Петр сын Алексея, со всей толпой своей - огромным, несметным войском. И напали на нас из его народа грабители и разбойники, без его ведома, и едва не дошло до кровопролития. И если бы Господь Бог не внушил царю, чтобы он самолично зашел в нашу синагогу, то наверное была бы пролита кровь. Только с помощью Божией спас нас царь и отомстил за нас, и приказал повесить немедленно тринадцать человек из них, и успокоилась земля". Еще известен случай, когда во время войны со шведами Петр 1 был в Могилеве, "и евреи могилевские пришли встретить его с хлебом и живого осетра в чане принесли государю; но государь на них и не взглянул, только хлеб велел от них принять".
При Петре I в новой российской столице свободно жили лишь крещеные евреи, и некоторые из них занимали там высокие государственные должности. Петр Павлович Шафиров, внук смоленского еврея Шафира, был пожалован Петром I в действительные тайные советники, произведен в вице-канцлеры, первым в России получил баронское достоинство. В 1711 году во время неудачного Прутского похода, когда царь Петр вместе с малочисленной русской армией был окружен турками, Шафирова послали на переговоры. Чтобы избежать унизительного плена, царь был согласен на значительные территориальные уступки, но Шафиров сумел обмануть турецких представителей, и Россия отдала лишь Азов. "Тучный Шафиров проявил присущую ему ловкость", - писали тогда, но во исполнение договора Шафиров был оставлен заложником в Стамбуле. В плену он находился два с половиной года и писал оттуда царю: "Держат нас в такой крепости, что от вони и духа в несколько дней вынуждены будем умереть". Тем не менее ему удалось заключить выгодный для России мир, и по возвращении в Петербург Петр I наградил Шафирова высшим орденом Российской империи - Андреевской звездой. Петр Павлович Шафиров был генерал-почтмейстером, среди прочих подписал "Духовный регламент", упразднивший в России патриаршество, принимал участие в суде над царевичем Алексеем. Впоследствии обер-прокурор Сената обвинил его в нарушении закона и в утаивании еврейского происхождения, а особая комиссия, назначенная царем, признала его виновным в казнокрадстве и приговорила к смертной казни. Как сообщали очевидцы, Шафиров вел себя мужественно, по русскому обычаю обратился лицом к церкви и перекрестился, после чего встал на колени и положил голову на плаху. Палач взмахнул топором и вонзил его рядом с головой осужденного, а затем был прочитан царский приказ о замене смертной казни ссылкой в Сибирь. При Екатерине I Шафиров возвратился в Петербург, вновь был назначен президентом Коммерц-коллегии и сенатором, вел дипломатические переговоры с Персией и с Турцией.
