В 1293 г. монастырь был разорен татарским царевичем Дюденей, братом хана Тохты, напавшим на Русь по просьбе князя Андрея Городецкого, боровшегося со своими родственниками за Владимирский престол.
В 1330 г. сын Даниила, князь Иван I Данилович Калита при св. митрополите Киевском и всея Руси Феогносте (1328–1353), перевел часть иноков этого монастыря вместе с архимандритом в Кремль на свой княжеский двор, к перестроенной в камне церкви Спаса Преображения, где и образовался первый в Кремле великокняжеский монастырь, получивший при поддержке митрополита Феогноста архимандрию. Старый Даниловский монастырь, его погост и принадлежавшие ему села были поручены управлению архимандрита кремлевского монастыря, который, будучи занят обустройством нового монастыря, не мог уделять старому достаточного внимания. Поэтому он постепенно оскудел и был возрожден только при Иване Грозном.
Точные причины фактического перевода монастыря в Кремль неизвестны. Одной из них могло быть желание князя иметь поблизости от своего дворца собственный духовный центр и место упокоения членов княжеской династии. Это говорило о серьезности стремлений Ивана Калиты (на княжении – 1328–1340 гг.), второго князя, носившего титул великого князя московского и фактически перенесшего столицу из Владимира в Москву.
Монастырь Спаса на Бору был киновией по греческому образцу с общим пребыванием иноков и инокинь, а также приютом для убогих и нищих, уход за которыми входил в княжеское послушание. Архимандриты этой обители были всегда духовниками великих князей. Здесь постригали в монашество перед кончиной первых московских князей и княгинь. Иногда в монастыре хоронили и членов княжеской семьи. В монастыре приняли пострижение и схиму сам Иван Калита и его сын Симеон Гордый, принявший в схиме имя Созонта. Их останки впоследствии были перенесены в великокняжеские усыпальницы Архангельского и Вознесенского соборов. В самом монастыре первой была похоронена в 1332 г. княгиня Елена – супруга Ивана Калиты. Здесь были похоронены жена Ивана II Ивановича Красного – Александра (сконч. в 1364 г.), в инокинях Мария (мать Дмитрия Донского), жены Симеона Гордого – Анастасия Литовская (сконч. в 1345 г.) и Мария (сконч. в 1399 г.), в схиме Фотиния, останки которой 74 года спустя, в 1478 г., были обретены нетленными и по приказу Ивана III облачены в новые ризы. Здесь в 1452 г. совершилось таинство бракосочетания 12-летнего княжича Ивана Васильевича и Тверской княжны Марии Борисовны, его первой жены, внука которых, Дмитрия Ивановича, в 1498 г. венчали великим князем, а четыре года спустя заточили до конца жизни в тюрьму.
Трагическое событие, связанное с междоусобной княжеской борьбой и косвенно касающееся истории Спасо-Преображенского монастыря, произошло в правление на Москве старшего брата Ивана Калиты, князя Юрия III Даниловича. Претендуя на великокняжеский престол, полагавшийся по старшинству его дяде, Тверскому князю Михаилу II Ярославичу, получившему на великое княжение ханский ярлык, князь Юрий Данилович обвинил Михаила Тверского в гибели своей жены Кончаки, в крещении Агафьи, сестры хана Узбека. Вызванный в Орду Михаил Тверской был зверски замучен в 1319 г. в присутствии князя Юрия. Михаилу предлагали бежать, но он отказался, не желая ханской мести своим соплеменникам. Поступок Юрия вызвал неодобрение даже его ордынских друзей, а его бояре отвезли тело Михаила Тверского в Москву, не разрешив по дороге даже отпеть его в церкви. В Москве же тело бывшего врага с исполнением поминальных обрядов было положено в великокняжеском Спасском монастыре, в знак единения русских в борьбе с Ордой. По просьбе вдовы Михаила через год его останки были «отпущены» в Тверь. Юрий Данилович получил ханский ярлык на великое княжение, добился присоединения к Москве Коломны и Можайска, но в 1326 г. был убит в Орде сыном Михаила Тверского, князем Димитрием по прозвищу Грозные Очи, в свою очередь казненным ханом за самоуправство.
Эти легенды косвенно подтвердились во время ремонта притвора храма в 1836 г., когда были обнаружены два захоронения в каменных гробах характерной для XIV в. формы – широких в головной части и сужающихся к ногам. В одном из них было хорошо сохранившееся погребение женщины в шелковом платье, а в другом – мужчины в иноческом одеянии. Погребения были идентифицированы как принадлежавшие матери Дмитрия Донского, великой княгине Александре, и ее внуку, Ивану Дмитриевичу (в схиме Иоасафу), скончавшемуся в монашестве в 1393 г.
Незадолго до смерти митрополита Алексия (сконч. 12 февраля 1378 г.) великий князь, желая иметь митрополитом небезызвестного Михаила-Митяя, принудил его постричься в монашество и занять архимандрию в придворном Спасском монастыре.
В Спасском монастыре был похоронен святитель Стефан Пермский, уроженец Великого Устюга, выходец из Ростовского Григориево-Богословского монастыря, посвятивший свою жизнь просвещению зырянских народов великой Перми (современной Республике Коми). Он отправился в Пермь, где создал для зырян азбуку, перевел на зырянский язык церковные книги и 13 лет служил Великопермским епископом. В 1396 г. по делам своей епархии свт. Стефан приехал в Москву к митрополиту Киприану, где занемог и в том же году скончался. Он был похоронен в самом соборе, у северной стены, в углу храма (56, с. 19). Мощи его были положены под спудом и не были «отпущены» в Пермь, несмотря на неоднократные просьбы жителей Перми.
Собор, построенный Иваном Калитой, был полностью благоустроен, богато украшен иконами, оснащен церковной утварью, хотя вряд ли был расписан (илл. 1). Князь любил в нем уединяться для молитвы, но храм был очень небольшим, вероятно, трехапсидным, четырехстолпным, однокупольным и вряд ли мог вместить даже немногочисленную братию для общей молитвы, которая в обычное время размещалась в каких-то помещениях дворца, здания которого на некотором расстоянии окружали храм, создавая таким образом традиционный монастырский двор.
Илл. 1. План дворцового комплекса Кремля. В центре двора план Спасского собора. Обмерные чертежи команды Д. В. Ухтомского (копия середины XVIII в.)
Облик храма Ивана Калиты неизвестен, но при разборке в 1932 г. уже второго собора, построенного на его месте, были найдены несколько фрагментов блоков с белокаменным резным орнаментом, относящихся к XIV в. (45, с. 28, рис. 4б; с. 264, рис. 3б, 3в) (илл. 2, 3, 4).
Уже при Симеоне Гордом производится расширение и дальнейшее украшение храма. В 1345 г. иждивением первой его супруги Анастасии мастером Гайтаном, с греческими и русскими учениками, из которых известны Семен и Иван, производится роспись собора. В 1350 г. с западной стороны собора пристраивается каменный притвор или трапеза, по площади равная храму без алтарной части, в котором совершались княжеские захоронения (64, с. 7).
Монастырь был великокняжеским, и собор стоял посреди обширного двора, обстроенного по периметру зданиями княжеских покоев и служебных помещений, часть которых была отведена под монашеские кельи и игуменские покои. Таким образом, планировочная структура монастыря являла собой тип монастыря с центральным размещением собора – один из ведущих планировочных типов в русском монастырском строительстве, несмотря на уникальное функциональное сочетание дворца правителя и монашеской обители. Эта структура сохранилась и в дальнейшем – и когда собственно монастырь был переведен в другое место, и когда перестраивался дворец, занимая все большую площадь. Уменьшалась лишь площадь двора, в центре которого по-прежнему стоял собор.
Илл. 2, 3, 4. Фрагменты белокаменных деталей фриза собора Спаса на Бору в Кремле. 1330 г. Археологические находки 1930-х гг.
В 1382 г., во время нашествия на Москву Тохтамыша, обитель была разграблена, ее архимандрит Симеон убит, но вскоре усилиями великого князя Дмитрия Донского (1363–1389) и его сына, великого князя Василия I Дмитриевича (1389–1425), монастырь был восстановлен.
В 1488 г. здания монастыря сильно пострадали от пожара, и великий князь Иван III, желая расширить дворцовые помещения, решил перевести его из Кремля на новое место за Яузу, на Васильевский стан, где он стал называться «Спас Новый» или Новоспасский. Кремлевский дворцовый монастырь был обращен в собор и назывался Верховою или Спасскою церковью на Царском Дворе; иногда назывался «Спасскою церковью за Двором Великого Князя» или «Придворным собором». По поводу конкретной даты перевода монастыря существуют разные мнения. В Синодальном справочнике указывается, что это произошло около 1466 г. Такой же даты придерживается М. И. Александровский (1, № 65), Машков (50, с. 162–164), а также М. Ильин и Т. Моисеева (27, с. 469–470), которые называют еще более раннюю дату – 1462 г. Однако Л. И. Денисов (17, № 450), И. К. Кондратьев (32, с. 64) и ряд других авторов считают, что это произошло в 1490 г., основываясь на сведениях И. Снегирева, который еще в 1853 г., обращаясь к оппонентам своего времени, приводил следующие аргументы в пользу датировки 1490 г.: «Хотя перемещение Спасопреображенского монастыря без оснований полагают в 1462 г., когда Иоанн III только вступил на престол; но свидетельством же тому, что еще в 1482 и в 1488 годах эта обитель пребывала на прежнем месте, служит: “данная Архимандриту Елисею в дом Всемилостивого Спаса, что на Москве в городе, за двором Великого Князя” (Грамота на тряпичн. бумаге, схороненная в Моск. Государ. Архиве старых дел, № 238) и жалованная Великокняжеская грамота 1488 года (там же, по указанию Г. Строева)» (64, с. 11).